BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-185L06
Chromosome4 (Build37)
Map Location 45,378,967 - 45,501,280
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWdr32, Mcart1, Shb
Upstream genePax5, 5730488B01Rik, LOC545618, Zcchc7, D4Wsu132e, Grhpr, Zbtb5, 1700055D18Rik, Polr1e, Fbxo10, 1110019J04Rik, Frmpd1, Rg9mtd3, Exosc3, LOC666325
Downstream geneLOC100040140, LOC100040557, Gm829, LOC100040567, LOC100040580, Aldh1b1, Igfbpl1, 1300002K09Rik, Tdrd7, Tmod1, BC057893, AU014645, Xpa, LOC624430, LOC666379, LOC666389, Foxe1, 5830415F09Rik, Hemgn, LOC100040643, Anp32b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-185L06.bB6Ng01-185L06.g
ACCGA010742GA010743
length7621,150
definitionB6Ng01-185L06.b B6Ng01-185L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,378,967 - 45,379,728)(45,500,132 - 45,501,280)
sequence
gaattcaaaaaacaaaaagcacttctgtatgacaataactatgtatataa
actaggcaaataatagagatgaaaagtaatttcatggttgcctatgtcta
caagttggaatgattgctgatgatggccagggagactattaatattatga
tactgaaaatgttgtaaagctgtattgtattgatcaaacaattctaaatt
tactaaaagtgattgaacatgcacttaaaatgagtgagttttatgatatg
ctaattattccttaaactgtatgaaaacaaaatgattcaaaagaagtaga
aattcaccaaaagtatacagagtattcagcatatttttaaaaaaatattt
attgtatttacatgactactgtagctgtcctcagacacaccagaagaggg
catcattatctcattacagatggttgtgagcaaccacgtggttgctggga
attgaacttaggacttctggaagagcagtcagtgctcttaaccactgagc
tcaagcacttttgtttttgagacaatttttctagctcgggctggcctgaa
actctcatgtaactgaaaatgaccttgaacatctttcttatcctaatacc
tccctccaccttcttagttcagggtcacaggtttgtgcatcgatagccag
tttacatgctgtggggtcaaggctctgtgcatgctagacaagcaatctac
taactgagcaatagctcagtacttaagcagagtggttggttggttggttg
gttttggttttt
gaattcaggtcattaggctttgtggcaagtgacctgtggagtcactttgc
ttgcacaccccccccccattttattggtttgtgtttcaccaacattgaaa
aaaaaacttttagattagaacacagttatagttaaccatagataccaaga
gctagaggagagtttgctcagaaactcctgaatacagagaggtaggcata
aaaccttatgtggagccatctaccagctagcacagaagtggaaacagacc
ggttcatgccacttgttaactagcagaggaggagggcaccttgtttacgc
agaaaatgattctgcagcctctttgcaaagtgcctggtgtttgcggcccc
tcctctgcctcgggttacccacatcttctccttttttagaatccgagcag
ctaaaagagccagttcctggttgtgcggatcctgccaaggcttctgtgac
tcttgacttctttgtgtgtactgtcaccatggcgattgattgtgtgggca
tggcccagggtgagctgtcagtgtaagcactccaagaagggacttagatc
cttggacagatgaagaacttgttagtgctgaaggcagccacggaccaggg
tagcacaggaagttgaactgtttacactgggcctccagcccagagtgacc
ctgaactttgtagctaaggatggtcttgaacttctaattctcctgactct
aacttgagtcatcacattcagtgtctgtagtgctgcaaaccagctcttgg
gctaggcaagcgcttcaacctagccacactccccacccatcaaattaagc
cgtgagagcgatccctccaagggaactgtttgaagttctgtgttgtgtgt
acagaacctcggaccagggcagtgtctggtgcttggaaagggcccaggct
ggagccaagcacacccagactgggcacgtgccacccagtcaatctctggg
atttcagttttccattggggtagcaagaactttaaattcaaggcagttaa
cacagggtgccaggctgctttgcccacattctattgctccgcttttccct
attgtcaggtgacaaataacagtcaacagtggagttgccaggtctctagt
ctcattggcaatagtggaagtgggattccaatgtagctgttaccaataga

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_45378967_45379728
seq2: B6Ng01-185L06.b_44_805

seq1  GAATTCAAAAAACAAAAAGCACTTCTGTATGACAATAACTATGTATATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAAACAAAAAGCACTTCTGTATGACAATAACTATGTATATAA  50

seq1  ACTAGGCAAATAATAGAGATGAAAAGTAATTTCATGGTTGCCTATGTCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGCAAATAATAGAGATGAAAAGTAATTTCATGGTTGCCTATGTCTA  100

seq1  CAAGTTGGAATGATTGCTGATGATGGCCAGGGAGACTATTAATATTATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGGAATGATTGCTGATGATGGCCAGGGAGACTATTAATATTATGA  150

seq1  TACTGAAAATGTTGTAAAGCTGTATTGTATTGATCAAACAATTCTAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAAAATGTTGTAAAGCTGTATTGTATTGATCAAACAATTCTAAATT  200

seq1  TACTAAAAGTGATTGAACATGCACTTAAAATGAGTGAGTTTTATGATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAAAGTGATTGAACATGCACTTAAAATGAGTGAGTTTTATGATATG  250

seq1  CTAATTATTCCTTAAACTGTATGAAAACAAAATGATTCAAAAGAAGTAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTATTCCTTAAACTGTATGAAAACAAAATGATTCAAAAGAAGTAGA  300

seq1  AATTCACCAAAAGTATACAGAGTATTCAGCATATTTTTAAAAAAATATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACCAAAAGTATACAGAGTATTCAGCATATTTTTAAAAAAATATTT  350

seq1  ATTGTATTTACATGACTACTGTAGCTGTCCTCAGACACACCAGAAGAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTATTTACATGACTACTGTAGCTGTCCTCAGACACACCAGAAGAGGG  400

seq1  CATCATTATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCAACCACGTGGTTGCTGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCAACCACGTGGTTGCTGGGA  450

seq1  ATTGAACTTAGGACTTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAACTTAGGACTTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGC  500

seq1  TCAAGCACTTTTGTTTTTGAGACAATTTTTCTAGCTCGGGCTGGCCTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCACTTTTGTTTTTGAGACAATTTTTCTAGCTCGGGCTGGCCTGAA  550

seq1  ACTCTCATGTAACTGAAAATGACCTTGAACATCTTTCTTATCCTAATACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCATGTAACTGAAAATGACCTTGAACATCTTTCTTATCCTAATACC  600

seq1  TCCCTCCACCTTCTTAGTTCAGGGTCACAGGTTTGTGCATCGATAGCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCACCTTCTTAGTTCAGGGTCACAGGTTTGTGCATCGATAGCCAG  650

seq1  TTTACATGCTGTGGGGTCAAGGCTCTGTGCATGCTAGACAAGCAATCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATGCTGTGGGGTCAAGGCTCTGTGCATGCTAGACAAGCAATCTAC  700

seq1  TAACTGAGCAATAGCTCAGTACTTAAGCAGAGTGGTTGGTTGGTTGGTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGAGCAATAGCTCAGTACTTAAGCAGAGTGGTTGGTTGGTTGGTTG  750

seq1  GTTTTGGTTTTT  762
      ||||||||||||
seq2  GTTTTGGTTTTT  762

seq1: chr4_45500132_45501280
seq2: B6Ng01-185L06.g_66_1215 (reverse)

seq1  TCTATTGGTAAAAACAAGCCTTCCATTGGAATCCCACATCAACTACTGCA  50
      ||||||||||| | |      | |||||||||||||| || |||| ||| 
seq2  TCTATTGGTAACAGC------TACATTGGAATCCCACTTCCACTATTGCC  44

seq1  AATGAGGACTAGAGAACTGGCAACCTCCACTG-TGACTGTTA-TTGTCA-  97
      ||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| |||||| 
seq2  AATGA-GACTAGAGACCTGGCAA-CTCCACTGTTGACTGTTATTTGTCAC  92

seq1  CTGAC-ATAGGGAAAAGCGGAGGCATAGAATGTGGGCAAAGCAGCCTGGC  146
      ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAATAGGGAAAAGCGGAGCAATAGAATGTGGGCAAAGCAGCCTGGC  142

seq1  ACCCTGTGTTAACTGCCT--GATTTAAGGTTCTTGCTA-CCCAATGG-AA  192
      ||||||||||||||||||   |||||| |||||||||| |||||||| ||
seq2  ACCCTGTGTTAACTGCCTTGAATTTAAAGTTCTTGCTACCCCAATGGAAA  192

seq1  ACTG-AATCCCAGAGATTGACTGGGTGGCACGTGCCCAGTCTGGGTGTGC  241
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAATCCCAGAGATTGACTGGGTGGCACGTGCCCAGTCTGGGTGTGC  242

seq1  TTGGCTCCAGCCTGGGCCCCTTCCAAGCACCAGACACTGCCCTGGTCCGA  291
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTCCAGCCTGGGCCCTTTCCAAGCACCAGACACTGCCCTGGTCCGA  292

seq1  GGTTCTGTACACACAACACAGAACTTCAAACAGTTCCCTTGGAGGGATCG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGTACACACAACACAGAACTTCAAACAGTTCCCTTGGAGGGATCG  342

seq1  CTCTCACGGCTTAATTTGATGGGTGGGGAGTGTGGCTAGGTTGAAGCGCT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCACGGCTTAATTTGATGGGTGGGGAGTGTGGCTAGGTTGAAGCGCT  392

seq1  TGCCTAGCCCAAGAGCTGGTTTGCAGCACTACAGACACTGAATGTGATGA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAGCCCAAGAGCTGGTTTGCAGCACTACAGACACTGAATGTGATGA  442

seq1  CTCAAGTTAGAGTCAGGAGAATTAGAAGTTCAAGACCATCCTTAGCTACA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTTAGAGTCAGGAGAATTAGAAGTTCAAGACCATCCTTAGCTACA  492

seq1  AAGTTCAGGGTCACTCTGGGCTGGAGGCCCAGTGTAAACAGTTCAACTTC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCAGGGTCACTCTGGGCTGGAGGCCCAGTGTAAACAGTTCAACTTC  542

seq1  CTGTGCTACCCTGGTCCGTGGCTGCCTTCAGCACTAACAAGTTCTTCATC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTACCCTGGTCCGTGGCTGCCTTCAGCACTAACAAGTTCTTCATC  592

seq1  TGTCCAAGGATCTAAGTCCCTTCTTGGAGTGCTTACACTGACAGCTCACC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAAGGATCTAAGTCCCTTCTTGGAGTGCTTACACTGACAGCTCACC  642

seq1  CTGGGCCATGCCCACACAATCAATCGCCATGGTGACAGTACACACAAAGA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCCATGCCCACACAATCAATCGCCATGGTGACAGTACACACAAAGA  692

seq1  AGTCAAGAGTCACAGAAGCCTTGGCAGGATCCGCACAACCAGGAACTGGC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGAGTCACAGAAGCCTTGGCAGGATCCGCACAACCAGGAACTGGC  742

seq1  TCTTTTAGCTGCTCGGATTCTAAAAAAGGAGAAGATGTGGGTAACCCGAG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAGCTGCTCGGATTCTAAAAAAGGAGAAGATGTGGGTAACCCGAG  792

seq1  GCAGAGGAGGGGCCGCAAACACCAGGCACTTTGCAAAGAGGCTGCAGAAT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGAGGGGCCGCAAACACCAGGCACTTTGCAAAGAGGCTGCAGAAT  842

seq1  CATTTTCTGCGTAAACAAGGTGCCCTCCTCCTCTGCTAGTTAACAAGTGG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCTGCGTAAACAAGGTGCCCTCCTCCTCTGCTAGTTAACAAGTGG  892

seq1  CATGAACCGGTCTGTTTCCACTTCTGTGCTAGCTGGTAGATGGCTCCACA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAACCGGTCTGTTTCCACTTCTGTGCTAGCTGGTAGATGGCTCCACA  942

seq1  TAAGGTTTTATGCCTACCTCTCTGTATTCAGGAGTTTCTGAGCAAACTCT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTTTTATGCCTACCTCTCTGTATTCAGGAGTTTCTGAGCAAACTCT  992

seq1  CCTCTAGCTCTTGGTATCTATGGTTAACTATAACTGTGTTCTAATCTAAA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAGCTCTTGGTATCTATGGTTAACTATAACTGTGTTCTAATCTAAA  1042

seq1  AGTTTTTTTTTCAATGTTGGTGAAACACAAACCAATAAAATGGGGGGGGG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTTTTTCAATGTTGGTGAAACACAAACCAATAAAATGGGGGGGGG  1092

seq1  GTGTGCAAGCAAAGTGACTCCACAGGTCACTTGCCACAAAGCCTAATGAC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCAAGCAAAGTGACTCCACAGGTCACTTGCCACAAAGCCTAATGAC  1142

seq1  CTGAATTC  1149
      ||||||||
seq2  CTGAATTC  1150