BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-187C07
Chromosome4 (Build37)
Map Location 54,855,449 - 54,986,800
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC384018, EG666920, Zfp462
Upstream geneTmem38b, LOC670124, LOC100041280, LOC666901, LOC100041303
Downstream geneLOC670211, Rad23b, LOC666953, LOC100041348, Klf4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-187C07.bB6Ng01-187C07.g
ACCGA011799GA011800
length1,119984
definitionB6Ng01-187C07.b B6Ng01-187C07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,985,675 - 54,986,800)(54,855,449 - 54,856,256)
sequence
gaattcagtagctggcttatgagaacactccagagaaagcaggcaaacta
gacagcgtgtaggaatggtctctaagaagatggaaggcaacagggagctg
gggaatcctcaacaacaacgtacaaagagctcatcctgttagctgataaa
aagcccacggtgaaggccattacgggttcaaaccactacttaccctggat
aagtcacagggacaagctattcccaatcagttcctgcttcctgattaaac
attcagtttctcactttcaacctctggaagtggactgtctccaagaacat
caagtgagaaggtgtttagctagggagtcaatctgattttaaaagggaca
acaaccgtggggacgtgccacctcctgccatttatcttctcccacccact
cagccttctctgcttgatctttactcccttccaacaagcccagacaaagc
acagaatcctccaaatgaagctccaggcagtctccaccaatcaatcaaaa
ctggcatgagcaatagaagctctctgccaacacagttgacgtggagtaag
catggatcaccaaggcagaaaagtgcaattgcagttccggtttccctggc
tgactttcctacactgtggactttggaccaatcactttaagcctttgcag
agctgtaagcaaactgaaggggctgggtgggacgacttcacaggtccaca
taatgagttcacatccagtacagatgagagtaactccttccctttcgacc
ctgtctctcccttctgcttttcttagctgatactgctgagtatttgggga
tcaaggtttagagtgtgctcacagtctatgtctggatcctcaggcggcat
tctggcattttatttttaaaaccgggatccagtatccttgccagcatgca
gtggcttgaaccctgcaagctgggatacccttgagtcattatcaactttc
gaaataggcagcaaaattcacacagctgagcagaaacaacttcaagctct
acattcctgggatttacaaaaacatcgtgagtcaggcaagataaatctaa
aaagtgacctaatgaagagcaactccaccaccttctaaccatccagcctt
cagtcctttatagtcacta

gaattccaggtcctctgacctccacaagctcactggagcaggtgtacgct
tgtgatcttcttccactctgcacacaaactaaaataaatataaagataca
taaataagatccgatatttttaaattctaaagctttgactctaagaagag
ttcagcccccagatttgtttgcgtacaggagaaatggggaacactcaaaa
aattgcaaatttagatctctctacaattgtttgtgtctactgctactgag
caactagctggtcttggattggtattgttgacaggttaaagaattggaca
tagtactaccggaggatccagcaatacctctcctgggcatatatcaagat
gtcccaaccggtatgaaggacacatgctccactatgttataaataaatat
aactataaatagcagccttatttataatagccaggagctggaaagaaccc
agatgcccctcaacagaggaatggatacagaaaatgtggtacatttacac
aatggagtactactcagctattaaaaagaatgaatttatgaaattcatag
ccaaatggatggacctggagggcatcatcctgagtgaggtaacccaatca
caaaggaactcacacaatatgtactcactgataagtggatattagcccaa
aacttagcatacccaagatataagatacaatttgctaaacacatgaaact
ctagaagaatgaagaccaaagtgtggacactgtgccccttcttagaattg
ggaacaaaacacccatggaaggagttacagagacaaagtttggagctgtg
acaaaaggatggaccatctagagactgccatatccagggatccaccccat
aatcagcttccaaattgctgacaccattgcatacactagcaagattttgc
tgaaaggacccagatatagctgtctcttgtgagactatggccggggccct
agcaaacacagaagtgggatgctcacagtcagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_54985675_54986800
seq2: B6Ng01-187C07.b_45_1163 (reverse)

seq1  TAGTGACTTAATAAAAGAACTGAGGGCTGGGTGGTTAGAAGGTGGTGGGA  50
      ||||||||  || |||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||
seq2  TAGTGACT--AT-AAAGGACTGAAGGCTGGATGGTTAGAAGGTGGT-GGA  46

seq1  GTTGCTTCTTCATTAGGTCACTTTTTAGATTTTAATCTTTGCCTGACTTC  100
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||
seq2  GTTGC-TCTTCATTAGGTCACTTTTTAGATTT--ATC-TTGCCTGAC-TC  91

seq1  ACGATGTTTTTGTAAATCCCA-GAATGTAGAGCTTGAAG-TGTTTCTGCT  148
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACGATGTTTTTGTAAATCCCAGGAATGTAGAGCTTGAAGTTGTTTCTGCT  141

seq1  CAGCTGTGTGAATTTTGCTGCCTATTTCGAAAGTTGATAATGACTCAAGG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTGTGAATTTTGCTGCCTATTTCGAAAGTTGATAATGACTCAAGG  191

seq1  GTAT-CCAGCTTGCAGGGTTCAAGCCACTGCATGCTGGCAAGGATACTGG  247
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCCAGCTTGCAGGGTTCAAGCCACTGCATGCTGGCAAGGATACTGG  241

seq1  ATCCCGGTTTTAAAAATAAAATGCCAGAATGCCGCCTTGAGGATCCAGAC  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATCCCGGTTTTAAAAATAAAATGCCAGAATGCCGCC-TGAGGATCCAGAC  290

seq1  ATAGACTGTGAGCACACTCTAAACCTTGATCCCCAAATACTCAGCAGTAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTGTGAGCACACTCTAAACCTTGATCCCCAAATACTCAGCAGTAT  340

seq1  CAGCTAAGAAAAGCAGAAGGGAGAGACAGGGTCGAAAGGGAAGGAGTTAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAAGAAAAGCAGAAGGGAGAGACAGGGTCGAAAGGGAAGGAGTTAC  390

seq1  TCTCATCTGTACTGGATGTGAACTCATTATGTGGACCTGTGAAGTCGTCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCTGTACTGGATGTGAACTCATTATGTGGACCTGTGAAGTCGTCC  440

seq1  CACCCAGCCCCTTCAGTTTGCTTACAGCTCTGCAAAGGCTTAAAGTGATT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGCCCCTTCAGTTTGCTTACAGCTCTGCAAAGGCTTAAAGTGATT  490

seq1  GGTCCAAAGTCCACAGTGTAGGAAAGTCAGCCAGGGAAACCGGAACTGCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAAAGTCCACAGTGTAGGAAAGTCAGCCAGGGAAACCGGAACTGCA  540

seq1  ATTGCACTTTTCTGCCTTGGTGATCCATGCTTACTCCACGTCAACTGTGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCACTTTTCTGCCTTGGTGATCCATGCTTACTCCACGTCAACTGTGT  590

seq1  TGGCAGAGAGCTTCTATTGCTCATGCCAGTTTTGATTGATTGGTGGAGAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGAGAGCTTCTATTGCTCATGCCAGTTTTGATTGATTGGTGGAGAC  640

seq1  TGCCTGGAGCTTCATTTGGAGGATTCTGTGCTTTGTCTGGGCTTGTTGGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGGAGCTTCATTTGGAGGATTCTGTGCTTTGTCTGGGCTTGTTGGA  690

seq1  AGGGAGTAAAGATCAAGCAGAGAAGGCTGAGTGGGTGGGAGAAGATAAAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTAAAGATCAAGCAGAGAAGGCTGAGTGGGTGGGAGAAGATAAAT  740

seq1  GGCAGGAGGTGGCACGTCCCCACGGTTGTTGTCCCTTTTAAAATCAGATT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGAGGTGGCACGTCCCCACGGTTGTTGTCCCTTTTAAAATCAGATT  790

seq1  GACTCCCTAGCTAAACACCTTCTCACTTGATGTTCTTGGAGACAGTCCAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCCTAGCTAAACACCTTCTCACTTGATGTTCTTGGAGACAGTCCAC  840

seq1  TTCCAGAGGTTGAAAGTGAGAAACTGAATGTTTAATCAGGAAGCAGGAAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAGGTTGAAAGTGAGAAACTGAATGTTTAATCAGGAAGCAGGAAC  890

seq1  TGATTGGGAATAGCTTGTCCCTGTGACTTATCCAGGGTAAGTAGTGGTTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGGAATAGCTTGTCCCTGTGACTTATCCAGGGTAAGTAGTGGTTT  940

seq1  GAACCCGTAATGGCCTTCACCGTGGGCTTTTTATCAGCTAACAGGATGAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCGTAATGGCCTTCACCGTGGGCTTTTTATCAGCTAACAGGATGAG  990

seq1  CTCTTTGTACGTTGTTGTTGAGGATTCCCCAGCTCCCTGTTGCCTTCCAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGTACGTTGTTGTTGAGGATTCCCCAGCTCCCTGTTGCCTTCCAT  1040

seq1  CTTCTTAGAGACCATTCCTACACGCTGTCTAGTTTGCCTGCTTTCTCTGG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTAGAGACCATTCCTACACGCTGTCTAGTTTGCCTGCTTTCTCTGG  1090

seq1  AGTGTTCTCATAAGCCAGCTACTGAATTC  1126
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCTCATAAGCCAGCTACTGAATTC  1119


seq1: chr4_54855449_54856256
seq2: B6Ng01-187C07.g_65_872

seq1  GAATTCCAGGTCCTCTGACCTCCACAAGCTCACTGGAGCAGGTGTACGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTCCTCTGACCTCCACAAGCTCACTGGAGCAGGTGTACGCT  50

seq1  TGTGATCTTCTTCCACTCTGCACACAAACTAAAATAAATATAAAGATACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCTTCTTCCACTCTGCACACAAACTAAAATAAATATAAAGATACA  100

seq1  TAAATAAGATCCGATATTTTTAAATTCTAAAGCTTTGACTCTAAGAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAGATCCGATATTTTTAAATTCTAAAGCTTTGACTCTAAGAAGAG  150

seq1  TTCAGCCCCCAGATTTGTTTGCGTACAGGAGAAATGGGGAACACTCAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCCCCCAGATTTGTTTGCGTACAGGAGAAATGGGGAACACTCAAAA  200

seq1  AATTGCAAATTTAGATCTCTCTACAATTGTTTGTGTCTACTGCTACTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCAAATTTAGATCTCTCTACAATTGTTTGTGTCTACTGCTACTGAG  250

seq1  CAACTAGCTGGTCTTGGATTGGTATTGTTGACAGGTTAAAGAATTGGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAGCTGGTCTTGGATTGGTATTGTTGACAGGTTAAAGAATTGGACA  300

seq1  TAGTACTACCGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGCATATATCAAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACTACCGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGCATATATCAAGAT  350

seq1  GTCCCAACCGGTATGAAGGACACATGCTCCACTATGTTATAAATAAATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAACCGGTATGAAGGACACATGCTCCACTATGTTATAAATAAATAT  400

seq1  AACTATAAATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGGAGCTGGAAAGAACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATAAATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGGAGCTGGAAAGAACCC  450

seq1  AGATGCCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATTTACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATTTACAC  500

seq1  AATGGAGTACTACTCAGCTATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGTACTACTCAGCTATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCATAG  550

seq1  CCAAATGGATGGACCTGGAGGGCATCATCCTGAGTGAGGTAACCCAATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATGGATGGACCTGGAGGGCATCATCCTGAGTGAGGTAACCCAATCA  600

seq1  CAAAGGAACTCACACAATATGTACTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGAACTCACACAATATGTACTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAA  650

seq1  AACTTAGCATACCCAAGATATAAGATACAATTTGCTAAACACATGAAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAGCATACCCAAGATATAAGATACAATTTGCTAAACACATGAAACT  700

seq1  CTAGAAGAATGAAGACCAAAGTGTGGACACTGTGCCCCTTCTTAGAATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGAATGAAGACCAAAGTGTGGACACTGTGCCCCTTCTTAGAATTG  750

seq1  GGAACAAAACACCCATGGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAAAACACCCATGGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGTG  800

seq1  ACAAAAGG  808
      ||||||||
seq2  ACAAAAGG  808


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |