BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-187F18
Chromosome4 (Build37)
Map Location 142,789,349 - 142,923,226
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrdm2, EG626575, LOC433776, Pdpn
Upstream geneEG665983, LOC546484, 6330411D24Rik, LOC666018
Downstream geneLrrc38, LOC621961, Pramel1, 4732496O08Rik, Oog4, LOC666015, LOC626700, OTTMUSG00000010207, LOC100040854, LOC100040861, BC080695, LOC666049, LOC279185, LOC277668, LOC100040924, OTTMUSG00000010333, LOC277666, OTTMUSG00000010009, OTTMUSG00000010328, OTTMUSG00000010433, LOC195555, LOC194224, LOC626889, LOC329984, LOC626922, LOC626943, LOC100041127, LOC436146, Pramel4, LOC100041077, LOC100041144, Oog3, Oog2, C87977, Pramel5, LOC666150, LOC626995
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-187F18.bB6Ng01-187F18.g
ACCGA011959GA011960
length1,074527
definitionB6Ng01-187F18.b B6Ng01-187F18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,922,174 - 142,923,226)(142,789,349 - 142,789,881)
sequence
gaattcattgcaggggctggagagatggctcagtggttaagagcactcac
tgctcttctcagaggtcctgagttcaattcccagcaacctcatggtggct
tcacaaccatctgtaatgatagaatctgatgccctcttctggtgtgtctg
aagacagctacagtatattcatatacataaaacaaataaataaatctttt
taaaaaagaatttattacagtagcaaaattatagttatgaagtagcaaca
aaacacttttatggttggggggtcaccacaacatgaggaattgtattaaa
aaggtcacagtattagtaaggttgaggccagttgtggtggcgcacaccgg
taggatttgctgaaggaggcagaggcaggaggaggtcctgagttcaaatc
ccagcacccacatggtggctcacaaccatctgtaatgagatatgatgctt
tcttctggtgtgtctgaagacagctacagtgtacttacatataataataa
ataaatgtttaaaaaaaagaaggaaggttgagagccactgctataggact
tgatgcttctgttaaatgggagcaagcctgactctctttggagttgttga
gcccacagagggttcacatacacaccacatcacaccaaaagtcagtgtct
ctctcagttctcctaagaggctcaggctgagtctgtggctcagcagatgg
ttgataaggtagtctcaaattagctggataggagaatttgtcaccaagag
gaatacagtcctggcctctgtgtctcaggaagtcagtcatcaattgtcac
aataataataaccctcccccttttccttgtgagacagggtctcactgtat
atcctatgatggccttgtgttatatttggttagcttaactgtcaagttgg
gcacaacctgcaaccacctgggaaaggaatctcaatagggaattgtccac
gagtgttggcctatgagtatgtctttagttaagtcactttgatgtgggag
gacccgagcccactgtgggttagcagcatcctaggtaggaagtcctgaat
atgtgagtcgtatgcatttaattt
actctgtagaccaggctgacctcaaactcagaaatctgcctgcctctgcc
tctcaagtactgggattaaagacgtacgccaccactacctggctcacttt
tttaaaaaaatatttctttttaaatgagtacactatagctgtcttcagac
acaccagaacagggtattggatcccattacagatggttgtgagccaccat
gtggttgctgggaattgaactcaggacctctggaaaagctgtcagtgttc
ttacttaacccctgagccatctctccagccccacactttcttttaaaagt
tcactacatagtcatgtttactggaccctcttctctgttacttctaatcc
taaccattagaaaactcatctttgtaggtaagggcacttgctgccaagcc
tgatagcctgagttcaatccccagaacacaagtgaatagaaagaaccaat
tctctcagttgttttgacctacacagacacacagacacagatacacacat
agacacacacagggggagggggagggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_142922174_142923226
seq2: B6Ng01-187F18.b_66_1117 (reverse)

seq1  AAATTAAATGCATACCACTCACATAATTCAGGACTTCCTACCTAGGGAAT  50
      ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  ||
seq2  AAATTAAATGCATACGACTCACAT-ATTCAGGACTTCCTACCTAGG--AT  47

seq1  GCTGCT-ACCCACAGTGGGCTCGGGTCCTCCCACATC-AAGTGACTTAAC  98
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTGCTAACCCACAGTGGGCTCGGGTCCTCCCACATCAAAGTGACTTAAC  97

seq1  T-AAGACATACTCATAGGCCAACACCTCGTGGACAATTCCCTATTGAGAT  147
      | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGACATACTCATAGGCCAACA-CTCGTGGACAATTCCCTATTGAGAT  146

seq1  TCCTTTCCCAGGTGGTTGCAGGTTGTG-CCAACTTGACAGTTAAAGCTAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  TCCTTTCCCAGGTGGTTGCAGGTTGTGCCCAACTTGACAGTT-AAGCTAA  195

seq1  CCAAATATAACACAAGGCCATCATAGGATATACAGTGAGACCCTGTCTCA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATATAACACAAGGCCATCATAGGATATACAGTGAGACCCTGTCTCA  245

seq1  CAAGGAAAAGGGGGAGGGTTATTATTATTGTGACAATTGATGACTGACTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAAAAGGGGGAGGGTTATTATTATTGTGACAATTGATGACTGACTT  295

seq1  CCTGAGACACAGAGGCCAGGACTGTATTCCTCTTGGTGACAAATTCTCCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGACACAGAGGCCAGGACTGTATTCCTCTTGGTGACAAATTCTCCT  345

seq1  ATCCAGCTAATTTGAGACTACCTTATCAACCATCTGCTGAGCCACAGACT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGCTAATTTGAGACTACCTTATCAACCATCTGCTGAGCCACAGACT  395

seq1  CAGCCTGAGCCTCTTAGGAGAACTGAGAGAGACACTGACTTTTGGTGTGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGAGCCTCTTAGGAGAACTGAGAGAGACACTGACTTTTGGTGTGA  445

seq1  TGTGGTGTGTATGTGAACCCTCTGTGGGCTCAACAACTCCAAAGAGAGTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGTGTATGTGAACCCTCTGTGGGCTCAACAACTCCAAAGAGAGTC  495

seq1  AGGCTTGCTCCCATTTAACAGAAGCATCAAGTCCTATAGCAGTGGCTCTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGCTCCCATTTAACAGAAGCATCAAGTCCTATAGCAGTGGCTCTC  545

seq1  AACCTTCCTTCTTTTTTTTAAACATTTATTTATTATTATATGTAAGTACA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTCCTTCTTTTTTTTAAACATTTATTTATTATTATATGTAAGTACA  595

seq1  CTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAAAGCATCATATCTCATTACAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAAAGCATCATATCTCATTACAG  645

seq1  ATGGTTGTGAGCCACCATGTGGGTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTCCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTGTGAGCCACCATGTGGGTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTCCT  695

seq1  CCTGCCTCTGCCTCCTTCAGCAAATCCTACCGGTGTGCGCCACCACAACT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTCTGCCTCCTTCAGCAAATCCTACCGGTGTGCGCCACCACAACT  745

seq1  GGCCTCAACCTTACTAATACTGTGACCTTTTTAATACAATTCCTCATGTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCAACCTTACTAATACTGTGACCTTTTTAATACAATTCCTCATGTT  795

seq1  GTGGTGACCCCCCAACCATAAAAGTGTTTTGTTGCTACTTCATAACTATA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGACCCCCCAACCATAAAAGTGTTTTGTTGCTACTTCATAACTATA  845

seq1  ATTTTGCTACTGTAATAAATTCTTTTTTAAAAAGATTTATTTATTTGTTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCTACTGTAATAAATTCTTTTTTAAAAAGATTTATTTATTTGTTT  895

seq1  TATGTATATGAATATACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATATGAATATACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCA  945

seq1  TCAGATTCTATCATTACAGATGGTTGTGAAGCCACCATGAGGTTGCTGGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTCTATCATTACAGATGGTTGTGAAGCCACCATGAGGTTGCTGGG  995

seq1  AATTGAACTCAGGACCTCTGAGAAGAGCAGTGAGTGCTCTTAACCACTGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAACTCAGGACCTCTGAGAAGAGCAGTGAGTGCTCTTAACCACTGA  1045

seq1  GCCATCT  1053
      |||||||
seq2  GCCATCT  1052

seq1: chr4_142789349_142789881
seq2: B6Ng01-187F18.g_66_598

seq1  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTGACCTCAAACTCAGAAATCTGCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTGACCTCAAACTCAGAAATCTGCCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCTCAAGTACTGGGATTAAAGACGTACGCCACCACTACCTGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCTCAAGTACTGGGATTAAAGACGTACGCCACCACTACCTGGCT  100

seq1  CACTTTTTTAAAAAAATATTTCTTTTTAAATGAGTACACTATAGCTGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTTTTAAAAAAATATTTCTTTTTAAATGAGTACACTATAGCTGTCT  150

seq1  TCAGACACACCAGAACAGGGTATTGGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACACACCAGAACAGGGTATTGGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGC  200

seq1  CACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAAAGCTGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAAAGCTGTCA  250

seq1  GTGTTCTTACTTAACCCCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCACACTTTCTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTTACTTAACCCCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCACACTTTCTTTT  300

seq1  AAAAGTTCACTACATAGTCATGTTTACTGGACCCTCTTCTCTGTTACTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTCACTACATAGTCATGTTTACTGGACCCTCTTCTCTGTTACTTC  350

seq1  TAATCCTAACCATTAGAAAACTCATCTTTGTAGGTAAGGGCACTTGCTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCTAACCATTAGAAAACTCATCTTTGTAGGTAAGGGCACTTGCTGC  400

seq1  CAAGCCTGATAGCCTGAGTTCAATCCCCAGAACACAAGTGAATAGAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCTGATAGCCTGAGTTCAATCCCCAGAACACAAGTGAATAGAAAGA  450

seq1  ACCAATTCTCTCAGTTGTTTTGACCTACACAGACACACAGACACAGATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATTCTCTCAGTTGTTTTGACCTACACAGACACACAGACACAGATAC  500

seq1  ACACATAGACACACACAGGGGGAGGGGGAGGGG  533
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAGACACACACAGGGGGAGGGGGAGGGG  533