BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188M17
Chromosome4 (Build37)
Map Location 28,318,890 - 28,458,965
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665141
Upstream geneLOC100040691, Tpm3-rs2, LOC100040842, LOC100040735, LOC230044
Downstream geneLOC100040773, Epha7, LOC100040907, LOC100040811
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188M17.bB6Ng01-188M17.g
ACCGA012995GA012996
length1,2171,113
definitionB6Ng01-188M17.b B6Ng01-188M17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,457,752 - 28,458,965)(28,318,890 - 28,319,999)
sequence
gaattctctatcaataacatcatccacatcttttacaatcgaggtgcaaa
gtcagtaatcaactcgacaatttgaggagaacctaggtacatcacttcaa
agaatttataatcttcctcattagaagcgtcttatcaattacaagactgt
tccatggctgtcattaaaccttaatggaaataactagaatacagtaagag
accaaatatgtatcccatgaggattgcatgcaggagttcatcaactgtta
tgtaaacactagaaagctgtggagtctcctatctatggcacaaagcctgg
agctaatttaaaggacagtagctcctttcaacaagttgtaagaggagaga
caagtgtacacagtagatagataggatgcttaccccatcgctagcatacc
tcttcctgatggatcactaattctaagtactgaagatagataaatattgt
ctttcgttttatatatttaccagagagattcctcactgatatagctatgt
agaaaatttccaagattataccaaacacatatacaaggacaagttgaaca
ctactagaaagtggtatatcgatactctgaaagccaaacactagtaccca
ggtacacatggctactctaagactgaagtaagataaaataatgtagagct
cctagtattcacagcagtgtcagcacagactaaaaagcaattgtgttcaa
cattggaggacgtctatagtgtggcaaatcactttattggtctaaagata
gtgtttagaattcacttaaattgtgaaacagagaaattatggaaaagatc
gataggaatatctaaagtaataaatatggtcaaatttagacataggtgag
aaatcagaggtgacatcgatgtagggactggtgacttgtttgaagatgta
ttctcaaaggcttttcttctagtctgaattaattattttatttcccttat
tgaaggtagatagaaactacgtttctttacacacgctcatgctgttttct
gggactagggttaaacttctgaaccggtaaaatttggttattgaactgta
ccataaactgggtcttaaattgtggtgaagatcgggtttttccctgagat
tggtgccattacctagctggctcaatttttggaattacgaacatatgtat
ggaaatgattttcatgatgcaacctgaaggatccaatgtttttcttgatt
gattggattcattcctg

gaattccagtcttggcatgtatagaagattttgactagttcctgcaccac
tatgccaaataaacctgtggcagtttctgcattcccttataggtgttaga
tgccgtccgttccctagtaacttttctcccagttaggaatcatagagatg
agcagctggtgcagtgctaaataataaagggaaaaaaataaattccagaa
gtaatgttgagtacctcacagaattagatgtcagaatggagtacctagta
ggaaaatgggcataaaaacaaaagaagatttggagtgtaaattctagcca
aggccatgttgaggcaacacttttcctgtgagccctgcaggcaatgccag
ggccaatcccatttcacagctctgtactagatactgctgctggtgcactc
aacagaagctttgcagtagatccaaatgacacatgtccaaaaacatatca
ctgtcatatttgccttcccgtatgagggcaaatgcatattcaacagaaaa
gaaatcaaagtgtatctgtgctcatgaggggactcaagaaagagtcatac
aattaagtgattttcaaggtagagaatagaataatcactttaaaatatca
gaatatttcttagttttattgacttccttagtgaccatggaccctgaaga
tcaaatgaaatctccatcataaaattcctggatcaacacccaccatagta
tctactttatagttagtgaacttttggtaatattgaggtaagaacaacat
taaaaccactacaatgtcccagaaacaaatgagcacacacacatgcacac
gcacacgcacacatcacaaaacaaaaggaaaggaaactgggtcaagtatg
gtaatacacttatggtacaactgcttaaaaatttggcccacaattatgat
gactttgaaggcacagttatacaagttttgggtgggttagtgtcttctct
actactctatccactgggtaagtttttcacttcccagtgcatggaataaa
caaccacatgcaaatgggcacccactaattggactcagtgactataaaat
aaaataaggtaaataactaaataaagcagcaagttgcaacattgtgctat
tgttgctggattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_28457752_28458965
seq2: B6Ng01-188M17.b_50_1266 (reverse)

seq1  CAGG-ATGAATCCCAACTCATTCAAGAAAAACATTTTTGTAATCCTTCAG  49
      |||| ||||||||  | ||| ||||||||||||||      |||||||||
seq2  CAGGAATGAATCC--AATCAATCAAGAAAAACATT----GGATCCTTCAG  44

seq1  TTTGCATCATGAAAATTCATTT-CATACATATG-TCGTAA-TCCAAAAA-  95
       |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||| 
seq2  GTTGCATCATGAAAA-TCATTTCCATACATATGTTCGTAATTCCAAAAAT  93

seq1  TGAGCCAGCTAGGTTATGGCACCAATCTCAGGGAAAAA-CCGATTCCTTC  144
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||
seq2  TGAGCCAGCTAGGTAATGGCACCAATCTCAGGGAAAAACCCGAT--CTTC  141

seq1  ACAACAATTT-AGA-CCAGTTTATGGTACAGTTCAATTAACCAATTTTAC  192
      || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | | ||||||||
seq2  ACCACAATTTAAGACCCAGTTTATGGTACAGTTCAATAACCAAATTTTAC  191

seq1  C-GTTCAG-AGTTTAACCCTAGTCCCAGAAAACAGCATGAGCGTGTGTAA  240
      | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTCAGAAGTTTAACCCTAGTCCCAGAAAACAGCATGAGCGTGTGTAA  241

seq1  AGAAACGTAGTTTCTATCTACC-TCAATAAGGGAAATAAAATAATTAATT  289
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACGTAGTTTCTATCTACCTTCAATAAGGGAAATAAAATAATTAATT  291

seq1  CAGACTAGAAG-AAAGCCTTTGAGAATACATCTTCAAACAAGTCACCAGT  338
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTAGAAGAAAAGCCTTTGAGAATACATCTTCAAACAAGTCACCAGT  341

seq1  CCCTACATCGATGTCACCTCTGATTTCTCACCTATGTCTAAATTTGACCA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACATCGATGTCACCTCTGATTTCTCACCTATGTCTAAATTTGACCA  391

seq1  TATTTATTACTTTAGATATTCCTATCGATCTTTTCCATAATTTCTCTGTT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTACTTTAGATATTCCTATCGATCTTTTCCATAATTTCTCTGTT  441

seq1  TCACAATTTAAGTGAATTCTAAACACTATCTTTAGACCAATAAAGTGATT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATTTAAGTGAATTCTAAACACTATCTTTAGACCAATAAAGTGATT  491

seq1  TGCCACACTATAGACGTCCTCCAATGTTGAACACAATTGCTTTTTAGTCT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACACTATAGACGTCCTCCAATGTTGAACACAATTGCTTTTTAGTCT  541

seq1  GTGCTGACACTGCTGTGAATACTAGGAGCTCTACATTATTTTATCTTACT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGACACTGCTGTGAATACTAGGAGCTCTACATTATTTTATCTTACT  591

seq1  TCAGTCTTAGAGTAGCCATGTGTACCTGGGTACTAGTGTTTGGCTTTCAG  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTTAGAGTAGCCATGTGTACCTGGGTACTAGTGTTTGGCTTTCAG  641

seq1  AGTATCGATATACCACTTTCTAGTAGTGTTCAACTTGTCCTTGTATATGT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCGATATACCACTTTCTAGTAGTGTTCAACTTGTCCTTGTATATGT  691

seq1  GTTTGGTATAATCTTGGAAATTTTCTACATAGCTATATCAGTGAGGAATC  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGTATAATCTTGGAAATTTTCTACATAGCTATATCAGTGAGGAATC  741

seq1  TCTCTGGTAAATATATAAAACGAAAGACAATATTTATCTATCTTCAGTAC  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGTAAATATATAAAACGAAAGACAATATTTATCTATCTTCAGTAC  791

seq1  TTAGAATTAGTGATCCATCAGGAAGAGGTATGCTAGCGATGGGGTAAGCA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATTAGTGATCCATCAGGAAGAGGTATGCTAGCGATGGGGTAAGCA  841

seq1  TCCTATCTATCTACTGTGTACACTTGTCTCTCCTCTTACAACTTGTTGAA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATCTATCTACTGTGTACACTTGTCTCTCCTCTTACAACTTGTTGAA  891

seq1  AGGAGCTACTGTCCTTTAAATTAGCTCCAGGCTTTGTGCCATAGATAGGA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTACTGTCCTTTAAATTAGCTCCAGGCTTTGTGCCATAGATAGGA  941

seq1  GACTCCACAGCTTTCTAGTGTTTACATAACAGTTGATGAACTCCTGCATG  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCACAGCTTTCTAGTGTTTACATAACAGTTGATGAACTCCTGCATG  991

seq1  CAATCCTCATGGGATACATATTTGGTCTCTTACTGTATTCTAGTTATTTC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTCATGGGATACATATTTGGTCTCTTACTGTATTCTAGTTATTTC  1041

seq1  CATTAAGGTTTAATGACAGCCATGGAACAGTCTTGTAATTGATAAGACGC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGGTTTAATGACAGCCATGGAACAGTCTTGTAATTGATAAGACGC  1091

seq1  TTCTAATGAGGAAGATTATAAATTCTTTGAAGTGATGTACCTAGGTTCTC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATGAGGAAGATTATAAATTCTTTGAAGTGATGTACCTAGGTTCTC  1141

seq1  CTCAAATTGTCGAGTTGATTACTGACTTTGCACCTCGATTGTAAAAGATG  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAATTGTCGAGTTGATTACTGACTTTGCACCTCGATTGTAAAAGATG  1191

seq1  TGGATGATGTTATTGATAGAGAATTC  1214
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGATGTTATTGATAGAGAATTC  1217


seq1: chr4_28318890_28319999
seq2: B6Ng01-188M17.g_66_1178

seq1  GAATTCCAGTCTTGGCATGTATAGAAGATTTTGACTAGTTCCTGCACCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTCTTGGCATGTATAGAAGATTTTGACTAGTTCCTGCACCAC  50

seq1  TATGCCAAATAAACCTGTGGCAGTTTCTGCATTCCCTTATAGGTGTTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCAAATAAACCTGTGGCAGTTTCTGCATTCCCTTATAGGTGTTAGA  100

seq1  TGCCGTCCGTTCCCTAGTAACTTTTCTCCCAGTTAGGAATCATAGAGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGTCCGTTCCCTAGTAACTTTTCTCCCAGTTAGGAATCATAGAGATG  150

seq1  AGCAGCTGGTGCAGTGCTAAATAATAAAGGGAAAAAAATAAATTCCAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTGGTGCAGTGCTAAATAATAAAGGGAAAAAAATAAATTCCAGAA  200

seq1  GTAATGTTGAGTACCTCACAGAATTAGATGTCAGAATGGAGTACCTAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGTTGAGTACCTCACAGAATTAGATGTCAGAATGGAGTACCTAGTA  250

seq1  GGAAAATGGGCATAAAAACAAAAGAAGATTTGGAGTGTAAATTCTAGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATGGGCATAAAAACAAAAGAAGATTTGGAGTGTAAATTCTAGCCA  300

seq1  AGGCCATGTTGAGGCAACACTTTTCCTGTGAGCCCTGCAGGCAATGCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATGTTGAGGCAACACTTTTCCTGTGAGCCCTGCAGGCAATGCCAG  350

seq1  GGCCAATCCCATTTCACAGCTCTGTACTAGATACTGCTGCTGGTGCACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAATCCCATTTCACAGCTCTGTACTAGATACTGCTGCTGGTGCACTC  400

seq1  AACAGAAGCTTTGCAGTAGATCCAAATGACACATGTCCAAAAACATATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAGCTTTGCAGTAGATCCAAATGACACATGTCCAAAAACATATCA  450

seq1  CTGTCATATTTGCCTTCCCGTATGAGGGCAAATGCATATTCAACAGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATATTTGCCTTCCCGTATGAGGGCAAATGCATATTCAACAGAAAA  500

seq1  GAAATCAAAGTGTATCTGTGCTCATGAGGGGACTCAAGAAAGAGTCATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCAAAGTGTATCTGTGCTCATGAGGGGACTCAAGAAAGAGTCATAC  550

seq1  AATTAAGTGATTTTCAAGGTAGAGAATAGAATAATCACTTTAAAATATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGTGATTTTCAAGGTAGAGAATAGAATAATCACTTTAAAATATCA  600

seq1  GAATATTTCTTAGTTTTATTGACTTCCTTAGTGACCATGGACCCTGAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTTCTTAGTTTTATTGACTTCCTTAGTGACCATGGACCCTGAAGA  650

seq1  TCAAATGAAATCTCCATCATAAAATTCCTGGATCAACACCCACCATAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGAAATCTCCATCATAAAATTCCTGGATCAACACCCACCATAGTA  700

seq1  TCTACTTTATAGTTAGTGAACTTTTGGTAATATTGAGGTAAGAACAACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTTATAGTTAGTGAACTTTTGGTAATATTGAGGTAAGAACAACAT  750

seq1  TAAAACCACTACAATGTCCCAGAAACAAATGAGCACACACACATGCACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCACTACAATGTCCCAGAAACAAATGAGCACACACACATGCACAC  800

seq1  GCACACGCACACATCACAAAAC-AAAGGAAAGGAAACTGGGTCAAGTATG  849
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACGCACACATCACAAAACAAAAGGAAAGGAAACTGGGTCAAGTATG  850

seq1  GTAATACACTTATGGTACAACTGCTTAAAAATTTGGCCCACAATTATGAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATACACTTATGGTACAACTGCTTAAAAATTTGGCCCACAATTATGAT  900

seq1  GACTTTGAAGGCACAGTTATAC-AGTTTT-GGTTGGTTAGTGTCTTCTCT  947
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  GACTTTGAAGGCACAGTTATACAAGTTTTGGGTGGGTTAGTGTCTTCTCT  950

seq1  ACTACTCTATCCACT-GGTAAGTTTTTCACTTCCCAGTGCATGG-ATAAA  995
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACTACTCTATCCACTGGGTAAGTTTTTCACTTCCCAGTGCATGGAATAAA  1000

seq1  CAACCACATGCAAATGGGCA-CCACTAATTGGACTCAGTGGACTATAAAA  1044
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAACCACATGCAAATGGGCACCCACTAATTGGACTCAGT-GACTATAAAA  1049

seq1  T-AAATAA-GTAAATAACTAAATAAAAAGCAGGCAAGGTGGAACATTTGT  1092
      | |||||| ||||||||||||||  |||||| ||||| || |||| ||||
seq2  TAAAATAAGGTAAATAACTAAAT--AAAGCA-GCAAGTTGCAACA-TTGT  1095

seq1  GCTATTGTTGCTGGATTG  1110
      ||||||||||||||||||
seq2  GCTATTGTTGCTGGATTG  1113


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |