BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-197I01
Chromosome4 (Build37)
Map Location 84,967,391 - 85,113,194
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSh3gl2
Upstream geneBnc2, LOC100040660, LOC624465, LOC100040284, D530005L17Rik, LOC622811, LOC100040303
Downstream geneA930009N24, LOC668052, Adamtsl1, 4930500O09Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-197I01.bB6Ng01-197I01.g
ACCGA019347GA019348
length1,0181,130
definitionB6Ng01-197I01.b B6Ng01-197I01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,967,391 - 84,968,404)(85,112,063 - 85,113,194)
sequence
gaattcaaagttagtgagaaaacccctttcttctgactctgttaggactg
gtatgagggtcaacactgcccatggagccctggggtagagtgggtagtct
gtccaggttggagctatcctcattgatttggattcttttttccatgactc
ctgtgctcttcctggttcccatgtccgcatctgagcactaaactgccttt
ctctggtctttcacctgggcccatctttgacttgtattttagtttgcctt
tctggctaagtaccactacgtgattccacatcctaactgatggttgtgtt
ttatgctttgtatttatggtgttaaatattcttggtctctttttatatca
agtgattcttccttagagaaattatactttaaagaagtcaggaaccctat
atgtagaataattccagtttgaacatattctaagtttggcttttcaaaca
tatcatttttgaggactgaactaacagactcgatttcctaagtgcattac
atatagaggaaatatatgcatgtgtatatgtgcttgtgtatactttttga
ctcctgagcttgatgtgtttctaccatgaggttatggtcagagctctgct
agatgtgcagcctgctgaccccagtgtggctcagatagtacacttcagtt
tgctttaaatttactggatgaaggaaggatgcttcagagatgcttaaaga
gtgctatttaaagacttcttggccccatttaagaaattaggctatgcaaa
tccaacccgattacaagatttagttttaaagaaatatgaagttcatttga
ggttctttgttgtaacagatcttagttcttcctggaactaaaaataaagc
ctgaattgtaggtatttcatgttttagataaaaagaattccattctcagt
gctgtataattccttgtattttaatacctttgtggtgaggctgttatttt
ttttctatatatagaggttcagttttgttacctttgttccacttttggtt
atgaagtttaatgtcttg

gaattcattgaaaacaaacaattcttgttcagtaggactccttggcagag
agttagggagccatctttgtttatcttagtgggcttatttgtgaatgcac
ctaagtgctcatgcctgtacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacgcctgtaacactgagggccttatgcatgccaggaaaatgctcct
gaagtgaaccataagtccagcctcatttggatttgaattgagaaacagag
tttactaaactggtctttacagaaaataagagtttgaggagacaagatgc
aaaggtaggaaagacaagaaggagaggatcaatgaccaggctagacccag
aaagatgaagggaacaattcctgatttctggaattacccaaatgttttaa
aaagaggaatatcagagtttccattcatacaatcttagtctccatgtttc
agaagtacagtcaagctactaaaaaaagatacaaccgccatcttcctaca
tacacatatatacatacacacatgcactgactgatacatacacatagaca
cacatgtacacacacacacaaacacacacatgtacatatatgctacacat
gcatttgcacacacataacacatacatacatacatacatacatacataca
tacatacacacacatgaagcacacacatacacacaatcatctatttttca
cactgcaaacaataacctctaggaatgtgagaaaatacacaatatgcatc
tgtgtattatttcatgtgtttcttatgaatgcttcttaaactttaaaggg
ccaagaaatccaagcaaatagagattcaggcctcccatgagctaaacatg
ggactcctccctaaatggcactctgagtccccactgtcactctaactaca
gcacaactccaaatccctagaatttcttccaatctccagctctgcagaag
catttctcagagatgtaataaaccccatcagaagaaaagccaggagcttg
aagtctgctagctgcccacctccctctctaaagagatcctgggcatcttc
caatgctcgtgaagaaggctctgtgtggcttattcttctgtcagaaacgc
caagttcacagttatatttaactcttgttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_84967391_84968404
seq2: B6Ng01-197I01.b_42_1059

seq1  GAATTCAAAGTTAGTGAGAAAACCCCTTTCTTCTGACTCTGTTAGGACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGTTAGTGAGAAAACCCCTTTCTTCTGACTCTGTTAGGACTG  50

seq1  GTATGAGGGTCAACACTGCCCATGGAGCCCTGGGGTAGAGTGGGTAGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAGGGTCAACACTGCCCATGGAGCCCTGGGGTAGAGTGGGTAGTCT  100

seq1  GTCCAGGTTGGAGCTATCCTCATTGATTTGGATTCTTTTTTCCATGACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGGTTGGAGCTATCCTCATTGATTTGGATTCTTTTTTCCATGACTC  150

seq1  CTGTGCTCTTCCTGGTTCCCATGTCCGCATCTGAGCACTAAACTGCCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTCTTCCTGGTTCCCATGTCCGCATCTGAGCACTAAACTGCCTTT  200

seq1  CTCTGGTCTTTCACCTGGGCCCATCTTTGACTTGTATTTTAGTTTGCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTCTTTCACCTGGGCCCATCTTTGACTTGTATTTTAGTTTGCCTT  250

seq1  TCTGGCTAAGTACCACTACGTGATTCCACATCCTAACTGATGGTTGTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTAAGTACCACTACGTGATTCCACATCCTAACTGATGGTTGTGTT  300

seq1  TTATGCTTTGTATTTATGGTGTTAAATATTCTTGGTCTCTTTTTATATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCTTTGTATTTATGGTGTTAAATATTCTTGGTCTCTTTTTATATCA  350

seq1  AGTGATTCTTCCTTAGAGAAATTATACTTTAAAGAAGTCAGGAACCCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTCTTCCTTAGAGAAATTATACTTTAAAGAAGTCAGGAACCCTAT  400

seq1  ATGTAGAATAATTCCAGTTTGAACATATTCTAAGTTTGGCTTTTCAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGAATAATTCCAGTTTGAACATATTCTAAGTTTGGCTTTTCAAACA  450

seq1  TATCATTTTTGAGGACTGAACTAACAGACTCGATTTCCTAAGTGCATTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTTTTGAGGACTGAACTAACAGACTCGATTTCCTAAGTGCATTAC  500

seq1  ATATAGAGGAAATATATGCATGTGTATATGTGCTTGTGTATACTTTTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGAGGAAATATATGCATGTGTATATGTGCTTGTGTATACTTTTTGA  550

seq1  CTCCTGAGCTTGATGTGTTTCTACCATGAGGTTATGGTCAGAGCTCTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAGCTTGATGTGTTTCTACCATGAGGTTATGGTCAGAGCTCTGCT  600

seq1  AGATGTGCAGCCTGCTGACCCCAGTGTGGCTCAGATAGTACACTTCAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGCAGCCTGCTGACCCCAGTGTGGCTCAGATAGTACACTTCAGTT  650

seq1  TGCTTTAAATTTACTGGATGAAGGAAGGATGCTTCAGAGATGCTTAAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAAATTTACTGGATGAAGGAAGGATGCTTCAGAGATGCTTAAAGA  700

seq1  GTGCTATTTAAAGACTTCTTGGCCCCATTTAAGAAATTAGGCTATGCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTATTTAAAGACTTCTTGGCCCCATTTAAGAAATTAGGCTATGCAAA  750

seq1  TCCAACCCGATTACAAGATTTAGTTTTAAAGAAATATGAAGTTCATTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACCCGATTACAAGATTTAGTTTTAAAGAAATATGAAGTTCATTTGA  800

seq1  GGTTCTTTGTTGTAACAGATCTTAGTTCTTCCTGGAACTAAAAATAAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTTGTTGTAACAGATCTTAGTTCTTCCTGGAACTAAAAATAAAGC  850

seq1  CTGAATTGTAGGTATTTCATGTTTTAGATAAAAAGAATTCCATTCTCAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATTGTAGGTATTTCATGTTTTAGATAAAAAGAATTCCATTCTCAGT  900

seq1  GCTGTTATAATTCCTTGTATTTTAATACCTTTGTGGTGAGGCTGTTA-TT  949
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCTG-TATAATTCCTTGTATTTTAATACCTTTGTGGTGAGGCTGTTATTT  949

seq1  TTTTTCTATATATAGAGG-TCAGTTTTGTTACCTTTG-TCCACTTTTGTT  997
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  TTTTTCTATATATAGAGGTTCAGTTTTGTTACCTTTGTTCCACTTTTGGT  999

seq1  TATG-AGTTT-ATGTCTTG  1014
      |||| ||||| ||||||||
seq2  TATGAAGTTTAATGTCTTG  1018


seq1: chr4_85112063_85113194
seq2: B6Ng01-197I01.g_64_1193 (reverse)

seq1  AAACAAGAAGTAAATATAACTGTGAACATGGCG--TCTGACAGAAGAATA  48
      ||||||||  ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||
seq2  AAACAAGAGTTAAATATAACTGTGAACTTGGCGTTTCTGACAGAAGAATA  50

seq1  AGCAACACAGAGCCCTTCTTCACGGAGCACTGGGAGATGCCCAGGGATCT  98
      ||| |||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||
seq2  AGCCACACAGAG-CCTTCTTCAC-GAGCATTGGAAGATGCCCA-GGATCT  97

seq1  CTTTAAGAGAGGGAGGTGGGCAGCTAGCAGACCTTCAAGCTCCCTGGCTT  148
      |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |
seq2  CTTT-AGAGAGGGAGGTGGGCAGCTAGCAGA-CTTCAAGCT-CCTGGC-T  143

seq1  TTTCTTCTGAT-GGGTTTATTACATCTCTGAGAAATGC-TCTGCAGAGCT  196
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTCTTCTGATGGGGTTTATTACATCTCTGAGAAATGCTTCTGCAGAGCT  193

seq1  GGAGATTGGAAG-AATTCTA-GGATTTGGAGTTGTGCTGTAGTTAGAGTG  244
      |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATTGGAAGAAATTCTAGGGATTTGGAGTTGTGCTGTAGTTAGAGTG  243

seq1  ACAGTGGGGACTCAGAGTGCCATTTAGGGAGGAGTCCCATGTTTTAGCTC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACAGTGGGGACTCAGAGTGCCATTTAGGGAGGAGTCCCATG-TTTAGCTC  292

seq1  ATGGGAGGCCTGAAATCTCTATTTGCTTGGATTTCTTGGCCCTTTAAAGT  344
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGGCCTG-AATCTCTATTTGCTTGGATTTCTTGGCCCTTTAAAGT  341

seq1  TTAAGAAGCATTCATAAGAAACACATG-AATAATACACAGATGCATATTG  393
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAGCATTCATAAGAAACACATGAAATAATACACAGATGCATATTG  391

seq1  TGTATTTTCTCACATTCCTAGAGGTTATTGTTTGCAGTGTGAAAAATAGA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTTCTCACATTCCTAGAGGTTATTGTTTGCAGTGTGAAAAATAGA  441

seq1  TGATTGTGTGTATGTGTGTGCTTCATGTGTGTGTATGTATGTATGTATGT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGTGTGTATGTGTGTGCTTCATGTGTGTGTATGTATGTATGTATGT  491

seq1  ATGTATGTATGTATGTATGTGTTATGTGTGTGCAAATGCATGTGTAGCAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATGTATGTATGTGTTATGTGTGTGCAAATGCATGTGTAGCAT  541

seq1  ATATGTACATGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTACATGTGTGTCTATGTGT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTACATGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTACATGTGTGTCTATGTGT  591

seq1  ATGTATCAGTCAGTGCATGTGTGTATGTATATATGTGTATGTAGGAAGAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCAGTCAGTGCATGTGTGTATGTATATATGTGTATGTAGGAAGAT  641

seq1  GGCGGTTGTATCTTTTTTTAGTAGCTTGACTGTACTTCTGAAACATGGAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGGTTGTATCTTTTTTTAGTAGCTTGACTGTACTTCTGAAACATGGAG  691

seq1  ACTAAGATTGTATGAATGGAAACTCTGATATTCCTCTTTTTAAAACATTT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGATTGTATGAATGGAAACTCTGATATTCCTCTTTTTAAAACATTT  741

seq1  GGGTAATTCCAGAAATCAGGAATTGTTCCCTTCATCTTTCTGGGTCTAGC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAATTCCAGAAATCAGGAATTGTTCCCTTCATCTTTCTGGGTCTAGC  791

seq1  CTGGTCATTGATCCTCTCCTTCTTGTCTTTCCTACCTTTGCATCTTGTCT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCATTGATCCTCTCCTTCTTGTCTTTCCTACCTTTGCATCTTGTCT  841

seq1  CCTCAAACTCTTATTTTCTGTAAAGACCAGTTTAGTAAACTCTGTTTCTC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAACTCTTATTTTCTGTAAAGACCAGTTTAGTAAACTCTGTTTCTC  891

seq1  AATTCAAATCCAAATGAGGCTGGACTTATGGTTCACTTCAGGAGCATTTT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAATCCAAATGAGGCTGGACTTATGGTTCACTTCAGGAGCATTTT  941

seq1  CCTGGCATGCATAAGGCCCTCAGTGTTACAGGCGTGTGTGTGTGTGTGTG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCATGCATAAGGCCCTCAGTGTTACAGGCGTGTGTGTGTGTGTGTG  991

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACAGGCATGAGCACTTAGGTGCATTCACA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACAGGCATGAGCACTTAGGTGCATTCACA  1041

seq1  AATAAGCCCACTAAGATAAACAAAGATGGCTCCCTAACTCTCTGCCAAGG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGCCCACTAAGATAAACAAAGATGGCTCCCTAACTCTCTGCCAAGG  1091

seq1  AGTCCTACTGAACAAGAATTGTTTGTTTTCAATGAATTC  1132
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTACTGAACAAGAATTGTTTGTTTTCAATGAATTC  1130


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |