BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-197P20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 29,300,257 - 29,468,468
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC665141, LOC100040773, Epha7, LOC100040907, LOC100040811
Downstream geneLOC665185
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-197P20.bB6Ng01-197P20.g
ACCGA019706GA019707
length8111,204
definitionB6Ng01-197P20.b B6Ng01-197P20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,300,257 - 29,301,066)(29,467,251 - 29,468,468)
sequence
gaattccttgtcttctagtgacttccacaaagccagctaagcagcacttg
accctgaccttgaatctgtgagattctgaatgatggagtttaccctctta
atatttttttaaaaaagaagctcaaattttataggtctgggctctcaggc
tttctgctcatgacaggaggtggaaaatgtttcaactgatctccatccta
gtgatctgtgttaggcaaggtcatgaaatcaatgaatcattgaataagaa
cacagacccatacatttagctgcatcccagctcaataaaggtaaggacag
aattaatgagtttgtatttgtacacattctagaaagatcacagcattcaa
acaagtacaacttcaactacttcctaggagacagagatgtcagagcagtg
attactagtgggtcataatgggtgacagtggtaactccctttcccttcat
ggctgtgtgcttgtagactgaggttcataaatgagaggtggatgctcaca
gccatccattggactgagcacagggtccacaataaatgagctagagaaag
gacccaaggagttgaaagggttacagctcaataggaggaacaacaatatg
aactaaccagtactgtcagagattcctgggactaagccaccagccaaaga
gtacacatggtgggactaatggctccagctacatatgtagcagaggatgg
cctagtttggttatcaatgggagaagaggcccttggtcatgtgaaggctc
tatgcaaccagtgtaagggaatgccaggaccaggaagagagagtgggtgg
gtaggtaggca
gaattcaaagggtatgtatgacattagatgaaatttataaaggaagcctg
aactttcacgaataaacaatttcagttgtccaatatgtctttccaagaaa
acatataataaaatggaaatagtattaataataataatagtaataataat
aataaattttaatataagcaaagaaaaacatatcatttatagttactgac
tcactttaaacatcatgtctacaattacatacaacttgatgggtattatt
tcttgaactctagtcaagtcatactacaaaaattaccttatggatatttc
acctgtttaacacttaataacaaattatattctgatttagcaactttcct
gagcatctgtttctatgtccaaaaacatatgctaatctctaagtagatct
tctgccaacatttgtattttaaaaataaacttgcatagtaaatagaaaag
cagccaatgtttcatacaataaacttgctaagtgtccagtaatctctgcc
tttattgtaaatggagtcatcttagttttcatgtgcccttaaacacaaga
gcagtctctgactactcttgccatgcagcacatagcttaatcttctggta
tttcattgatggctactttaagacctcctccatactctccaatcccaatg
ttcttttatagtaaagatgctcaattttccatggggtggatagctacacc
tctctatcccagttgtataattgtcattatataatgttcaataaacactc
aaatgccttctgcacctccagtctgacattttttaagttaatgttgaagg
aaacagaggtgctgctgctttatgaagctgaactcctactaggaatatag
agaagtaaagggtcattgaactggccaattgaaagcaaagcaagtgagta
aatactatgacaataaatggtcacagcatcataaaagtgactggagtcag
cttttctgagatctgacaaaatcaacaccaaccaagagcacagactagag
tggtataagcaaagaaaaaaaaataccagagcttttatctttgagtatga
ggtcaaagtagtaagaacggtaacatgccgacttcaagaagtgttcaagg
ggcattttattttctagagaacataatcatttttagggaaccttaatgca
gattcgattacagccatagcatggactaggtgagaccaattaatattaac
atga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_29300257_29301066
seq2: B6Ng01-197P20.b_42_852

seq1  GAATTCCTTGTCTTCTAGTGACTTCCACAAAGCCAGCTAAGCAGCACTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGTCTTCTAGTGACTTCCACAAAGCCAGCTAAGCAGCACTTG  50

seq1  ACCCTGACCTTGAATCTGTGAGATTCTGAATGATGGAGTTTACCCTCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGACCTTGAATCTGTGAGATTCTGAATGATGGAGTTTACCCTCTTA  100

seq1  ATATTTTTTTAAAAAAGAAGCTCAAATTTTATAGGTCTGGGCTCTCAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTTTTAAAAAAGAAGCTCAAATTTTATAGGTCTGGGCTCTCAGGC  150

seq1  TTTCTGCTCATGACAGGAGGTGGAAAATGTTTCAACTGATCTCCATCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCTCATGACAGGAGGTGGAAAATGTTTCAACTGATCTCCATCCTA  200

seq1  GTGATCTGTGTTAGGCAAGGTCATGAAATCAATGAATCATTGAATAAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCTGTGTTAGGCAAGGTCATGAAATCAATGAATCATTGAATAAGAA  250

seq1  CACAGACCCATACATTTAGCTGCATCCCAGCTCAATAAAGGTAAGGACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACCCATACATTTAGCTGCATCCCAGCTCAATAAAGGTAAGGACAG  300

seq1  AATTAATGAGTTTGTATTTGTACACATTCTAGAAAGATCACAGCATTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATGAGTTTGTATTTGTACACATTCTAGAAAGATCACAGCATTCAA  350

seq1  ACAAGTACAACTTCAACTACTTCCTAGGAGACAGAGATGTCAGAGCAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTACAACTTCAACTACTTCCTAGGAGACAGAGATGTCAGAGCAGTG  400

seq1  ATTACTAGTGGGTCATAATGGGTGACAGTGGTAACTCCCTTTCCCTTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTAGTGGGTCATAATGGGTGACAGTGGTAACTCCCTTTCCCTTCAT  450

seq1  GGCTGTGTGCTTGTAGACTGAGGTTCATAAATGAGAGGTGGATGCTCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGTGCTTGTAGACTGAGGTTCATAAATGAGAGGTGGATGCTCACA  500

seq1  GCCATCCATTGGACTGAGCACAGGGTCCACAATAAATGAGCTAGAGAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCCATTGGACTGAGCACAGGGTCCACAATAAATGAGCTAGAGAAAG  550

seq1  GACCCAAGGAGTTGAAAGGGTTACAGCTCAATAGGAGGAACAACAATATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAAGGAGTTGAAAGGGTTACAGCTCAATAGGAGGAACAACAATATG  600

seq1  AACTAACCAGTACTGTCAGAGATTCCTGGGACTAAGCCACCAGCCAAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAACCAGTACTGTCAGAGATTCCTGGGACTAAGCCACCAGCCAAAGA  650

seq1  GTACACATGGTGGGACTAATGGCTCCAGCTACATATGTAGCAGAGGATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACATGGTGGGACTAATGGCTCCAGCTACATATGTAGCAGAGGATGG  700

seq1  CCTAG-TTGGTTATCAATGGGAGAAGAGGCCCTTGGTCATGTGAAGGCTC  749
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTTTGGTTATCAATGGGAGAAGAGGCCCTTGGTCATGTGAAGGCTC  750

seq1  TATGCAACCAGTGTAAGGGAATGCCAGGACCAGGAAGAGAGAGTGGGTGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAACCAGTGTAAGGGAATGCCAGGACCAGGAAGAGAGAGTGGGTGG  800

seq1  GTAGGTAGGCA  810
      |||||||||||
seq2  GTAGGTAGGCA  811

seq1: chr4_29467251_29468468
seq2: B6Ng01-197P20.g_64_1267 (reverse)

seq1  TCATGTTTATATT-ATTGGTCT-ACCTAGTCCATACCCTATGCTTGGTAC  48
      ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||   |||||  ||  | 
seq2  TCATGTTAATATTAATTGGTCTCACCTAGTCCAT--GCTATGGCTGTAAT  48

seq1  TGAAAATCTTGCTATTATAGTCTCACT-AAAATGATTATGTTCTCTAGAA  97
       |  |||| ||| |||| ||  || || ||||||||||||||||||||||
seq2  CG--AATC-TGC-ATTA-AGGTTCCCTAAAAATGATTATGTTCTCTAGAA  93

seq1  AATAAAATGCCCCTTGAACACTCTTTCCATGTCTGCATGTTCCCCTTTCT  147
      |||||||||||||||||||||| | |  | ||| |||||||  || ||||
seq2  AATAAAATGCCCCTTGAACACT-TCTTGAAGTCGGCATGTT-ACCGTTCT  141

seq1  AACTACTTTGGCCCTCATTACTTTCAAAGATTAAAAGCTCTGGTAATTTT  197
       |||||||| | ||||| |||  ||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  TACTACTTT-GACCTCA-TAC--TCAAAGA-TAAAAGCTCTGGT-ATTTT  185

seq1  TTTTTCTTTGCTTATACCACTCTAGTCTGTGCTCTTGGGTTGGTGTTGAT  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTTTCTTTGCTTATACCACTCTAGTCTGTGCTCTT-GGTTGGTGTTGAT  234

seq1  TTTGTTCAGATCTCAGAAAAGCTGACTCCAGTCACTTTTATGATGCTGTG  297
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTG-TCAGATCTCAGAAAAGCTGACTCCAGTCACTTTTATGATGCTGTG  283

seq1  ACCATTTATTGTCATAGTATTTACTCACTTGCTTTGCTTTCAATTGGCCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTTATTGTCATAGTATTTACTCACTTGCTTTGCTTTCAATTGGCCA  333

seq1  GTTCAATGACCCTTTACTTCTCTATATTCCTAGTAGGAGTTCAGCTTCAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATGACCCTTTACTTCTCTATATTCCTAGTAGGAGTTCAGCTTCAT  383

seq1  AAAGCAGCAGCACCTCTGTTTCCTTCAACATTAACTTAAAAAATGTCAGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGCAGCACCTCTGTTTCCTTCAACATTAACTTAAAAAATGTCAGA  433

seq1  CTGGAGGTGCAGAAGGCATTTGAGTGTTTATTGAACATTATATAATGACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGTGCAGAAGGCATTTGAGTGTTTATTGAACATTATATAATGACA  483

seq1  ATTATACAACTGGGATAGAGAGGTGTAGCTATCCACCCCATGGAAAATTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATACAACTGGGATAGAGAGGTGTAGCTATCCACCCCATGGAAAATTG  533

seq1  AGCATCTTTACTATAAAAGAACATTGGGATTGGAGAGTATGGAGGAGGTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTTTACTATAAAAGAACATTGGGATTGGAGAGTATGGAGGAGGTC  583

seq1  TTAAAGTAGCCATCAATGAAATACCAGAAGATTAAGCTATGTGCTGCATG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTAGCCATCAATGAAATACCAGAAGATTAAGCTATGTGCTGCATG  633

seq1  GCAAGAGTAGTCAGAGACTGCTCTTGTGTTTAAGGGCACATGAAAACTAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAGTAGTCAGAGACTGCTCTTGTGTTTAAGGGCACATGAAAACTAA  683

seq1  GATGACTCCATTTACAATAAAGGCAGAGATTACTGGACACTTAGCAAGTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTCCATTTACAATAAAGGCAGAGATTACTGGACACTTAGCAAGTT  733

seq1  TATTGTATGAAACATTGGCTGCTTTTCTATTTACTATGCAAGTTTATTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTATGAAACATTGGCTGCTTTTCTATTTACTATGCAAGTTTATTTT  783

seq1  TAAAATACAAATGTTGGCAGAAGATCTACTTAGAGATTAGCATATGTTTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATACAAATGTTGGCAGAAGATCTACTTAGAGATTAGCATATGTTTT  833

seq1  TGGACATAGAAACAGATGCTCAGGAAAGTTGCTAAATCAGAATATAATTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATAGAAACAGATGCTCAGGAAAGTTGCTAAATCAGAATATAATTT  883

seq1  GTTATTAAGTGTTAAACAGGTGAAATATCCATAAGGTAATTTTTGTAGTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTAAGTGTTAAACAGGTGAAATATCCATAAGGTAATTTTTGTAGTA  933

seq1  TGACTTGACTAGAGTTCAAGAAATAATACCCATCAAGTTGTATGTAATTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTGACTAGAGTTCAAGAAATAATACCCATCAAGTTGTATGTAATTG  983

seq1  TAGACATGATGTTTAAAGTGAGTCAGTAACTATAAATGATATGTTTTTCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATGATGTTTAAAGTGAGTCAGTAACTATAAATGATATGTTTTTCT  1033

seq1  TTGCTTATATTAAAATTTATTATTATTATTACTATTATTATTATTAATAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTATATTAAAATTTATTATTATTATTACTATTATTATTATTAATAC  1083

seq1  TATTTCCATTTTATTATATGTTTTCTTGGAAAGACATATTGGACAACTGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCCATTTTATTATATGTTTTCTTGGAAAGACATATTGGACAACTGA  1133

seq1  AATTGTTTATTCGTGAAAGTTCAGGCTTCCTTTATAAATTTCATCTAATG  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTTTATTCGTGAAAGTTCAGGCTTCCTTTATAAATTTCATCTAATG  1183

seq1  TCATACATACCCTTTGAATTC  1218
      |||||||||||||||||||||
seq2  TCATACATACCCTTTGAATTC  1204