BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-199B03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 23,385,234 - 23,538,368
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC625462, LOC383998
Upstream genePou3f2, LOC664911, 1700025O08Rik
Downstream geneLOC100040464, LOC623873, LOC664973, F730047E07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-199B03.bB6Ng01-199B03.g
ACCGA020501GA020502
length1,040996
definitionB6Ng01-199B03.b B6Ng01-199B03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,537,326 - 23,538,368)(23,385,234 - 23,386,234)
sequence
gaattctctagtggtaaatgaaaagagcaatagatctgtcatctaccatg
tcaacacggtgtgatgaatcatattaaataacactgagtgagtgagaggc
aattccagagatgtgcttctgtgaaccagaattgggaggtacatcagaag
ttacatttgggattttttttctaaatatgtgaaatcactttgcaaaaaaa
accccataacctactaaagaaattcaaagagaatagaaaatttcctccta
gtaatcaaaacaataactaattaatgctcattatcttcctttttctataa
ttcccaactttaacccatatttaatacaaaatgctctattacatcatgaa
tataatgaacatacacaaggtatataataagcaaggtagttcttaaacat
tccatttgggtcatcattaatttttatcatcattctatggagaagatatt
ctatggagaagatcctagttctatatctttaacacaatcccagtcattta
taagattgaaacatagttttgatatttttatattcattaattttagtcaa
tttgagaggattgcatattcctcaaaatgtacacatccatttatgatctg
caaatgcattgatttacgccatgctgaaaaaagaacaaaaactctgtttt
gctttttctcatttcgtcttaactgcttcaaaggcttttcaatctcagtt
gaaaccttcatggtagattttctttgttttctttttcttttccatttatt
aagaaataagctctagccaccaccaaccgaagaacatacataggcagaac
ataggcttcctgcacatatgtagcagatgtatgtgtagcttggccttcat
gtggatcctgaacaactgaaacagacctatcccaaaagctgttgcctgtt
tgtgggatatgttcttctagctgggctgtcgtgtctggcctcaggggagt
ctctacacctagccttgcagaaacttgaagtaccaaggatatggatactc
agggaccccaccaactcagagtagaaggggagggagaatg

gaattcattgctaacaactgggatcaccaagagctccacctaagagtcac
ttaatctttgaagccagggtcaagggcttcatgcccttgccatagttcct
attttagtctattgtatagtccaccttttccttaggccattgtaaatatg
tgtgtatgggttagagagaacgccagactccaggaggcgagtttccgtga
aactctttgccttgtgagtagcttccaagcttctcggtctgtcaagctga
ctcaaccagagtgtgtggcaattgttttctttgtaatctgttatattgcc
tatatttgtctttatcctttctcccttttttgcttttatgtctctatggc
aatgttaacaatattattcagtctataaattgatacatgaaaaaagcagg
tcaaaaatttattttttccttttcctcacttactcactttctcaatttca
tttcagctttcttttcccttattgtgatggtttgtatattcttggaccag
ggagtggtaccatttggaggtgtgaccttgttagaataggtgtgacctgg
ttggagtaggtgtgtcactgtttagtgtgggcttaagactctcaccccag
ttgcttggaagtcagtcttccactagcagcctttggatgaagatgtagaa
ctctcagttttgcctgtgctatgacaacctggatgctgccatgctgccac
cttgatgataatggactgaacctctgaacttgtaagccagccccaattaa
atgttgttttgactgtattataataaaaaattacttcatgttaatgaata
ttaatgaatattgtagaaaaagaagttgataggagtaaatgggttgattg
aagtgccattcattcacttaatgagcatgttgggccaggttttcttttaa
gagcatggctgtgttagtcttcccacttctgtattgaagcagtaactatc
atgtttatgagtttatcctggaaacatataccatgaacttgttaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_23537326_23538368
seq2: B6Ng01-199B03.b_47_1086 (reverse)

seq1  CATTCTCCCTCCCCTTCTACTCTGAGTGGTGGGGGTCCCCTGAGTATCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||
seq2  CATTCTCCCTCCCCTTCTACTCTGAGTTGGTGGGGT-CCCTGAGTATCCA  49

seq1  TTATCCTTGGTACTTCAAGTTTCTGCAAGGCTAGGTGTAGAGACTCCCCC  100
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  -TATCCTTGGTACTTCAAGTTTCTGCAAGGCTAGGTGTAGAGACT-CCCC  97

seq1  TGAGGCCAGACACGACAGCCCAGCTAGAAGAACATATCCCACAAACAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCCAGACACGACAGCCCAGCTAGAAGAACATATCCCACAAACAGGC  147

seq1  AACAGCTTTTGGGATAGGTCTGTTTCAGTTGTTCAGGATCCACATGAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTTTTGGGATAGGTCTGTTTCAGTTGTTCAGGATCCACATGAAGG  197

seq1  CCAAGCTACACATACATCTGCTACATATGTGCAGGAAGCCTATGTTCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCTACACATACATCTGCTACATATGTGCAGGAAGCCTATGTTCTGC  247

seq1  CTATGTATGTTCTTCGGTTGGTGGTGGCTAGAGCTTATTTCTTAATAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTATGTTCTTCGGTTGGTGGTGGCTAGAGCTTATTTCTTAATAAAT  297

seq1  GGAAAAGAAAAAGAAAACAAAGAAAATCTACCATGAAGGTTTCAACTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGAAAAAGAAAACAAAGAAAATCTACCATGAAGGTTTCAACTGAG  347

seq1  ATTGAAAAGCCTTTGAAGCAGTTAAGACGAAATGAGAAAAAGCAAAACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAAAGCCTTTGAAGCAGTTAAGACGAAATGAGAAAAAGCAAAACAG  397

seq1  AGTTTTTGTTCTTTTTTCAGCATGGCGTAAATCAATGCATTTGCAGATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTGTTCTTTTTTCAGCATGGCGTAAATCAATGCATTTGCAGATCA  447

seq1  TAAATGGATGTGTACATTTTGAGGAATATGCAATCCTCTCAAATTGACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGATGTGTACATTTTGAGGAATATGCAATCCTCTCAAATTGACTA  497

seq1  AAATTAATGAATATAAAAATATCAAAACTATGTTTCAATCTTATAAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAATGAATATAAAAATATCAAAACTATGTTTCAATCTTATAAATGA  547

seq1  CTGGGATTGTGTTAAAGATATAGAACTAGGATCTTCTCCATAGAATATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATTGTGTTAAAGATATAGAACTAGGATCTTCTCCATAGAATATCT  597

seq1  TCTCCATAGAATGATGATAAAAATTAATGATGACCCAAATGGAATGTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATAGAATGATGATAAAAATTAATGATGACCCAAATGGAATGTTTA  647

seq1  AGAACTACCTTGCTTATTATATACCTTGTGTATGTTCATTATATTCATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTACCTTGCTTATTATATACCTTGTGTATGTTCATTATATTCATGA  697

seq1  TGTAATAGAGCATTTTGTATTAAATATGGGTTAAAGTTGGGAATTATAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATAGAGCATTTTGTATTAAATATGGGTTAAAGTTGGGAATTATAGA  747

seq1  AAAAGGAAGATAATGAGCATTAATTAGTTATTGTTTTGATTACTAGGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAAGATAATGAGCATTAATTAGTTATTGTTTTGATTACTAGGAGG  797

seq1  AAATTTTCTATTCTCTTTGAATTTCTTTAGTAGGTTATGGGGTTTTTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTCTATTCTCTTTGAATTTCTTTAGTAGGTTATGGGGTTTTTTTT  847

seq1  GCAAAGTGATTTCACATATTTAGAAAAAAAATCCCAAATGTAACTTCTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTGATTTCACATATTTAGAAAAAAAATCCCAAATGTAACTTCTGA  897

seq1  TGTACCTCCCAATTCTGGTTCACAGAAGCACATCTCTGGAATTGCCTCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCTCCCAATTCTGGTTCACAGAAGCACATCTCTGGAATTGCCTCTC  947

seq1  ACTCACTCAGTGTTATTTAATATGATTCATCACACCGTGTTGACATGGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTCAGTGTTATTTAATATGATTCATCACACCGTGTTGACATGGTA  997

seq1  GATGACAGATCTATTGCTCTTTTCATTTACCACTAGAGAATTC  1043
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACAGATCTATTGCTCTTTTCATTTACCACTAGAGAATTC  1040


seq1: chr4_23385234_23386234
seq2: B6Ng01-199B03.g_66_1060

seq1  GAATTCATTGCTAACAACTGGGATCACCAAGAGCTCCACCTAAGAGTCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGCTAACAACTGGGATCACCAAGAGCTCCACCTAAGAGTCAC  50

seq1  TTAATCTTTGAAGCCAGGGTCAAGGGCTTCATGCCCTTGCCATAGTTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTTTGAAGCCAGGGTCAAGGGCTTCATGCCCTTGCCATAGTTCCT  100

seq1  ATTTTAGTCTATTGTATAGTCCACCTTTTCCTTAGGCCATTGTAAATATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGTCTATTGTATAGTCCACCTTTTCCTTAGGCCATTGTAAATATG  150

seq1  TGTGTATGGGTTAGAGAGAACGCCAGACTCCAGGAGGCGAGTTTCCGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGGGTTAGAGAGAACGCCAGACTCCAGGAGGCGAGTTTCCGTGA  200

seq1  AACTCTTTGCCTTGTGAGTAGCTTCCAAGCTTCTCGGTCTGTCAAGCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTTGCCTTGTGAGTAGCTTCCAAGCTTCTCGGTCTGTCAAGCTGA  250

seq1  CTCAACCAGAGTGTGTGGCAATTGTTTTCTTTGTAATCTGTTATATTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACCAGAGTGTGTGGCAATTGTTTTCTTTGTAATCTGTTATATTGCC  300

seq1  TATATTTGTCTTTATCCTTTCTCCCTTTTTTGCTTTTATGTCTCTATGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTGTCTTTATCCTTTCTCCCTTTTTTGCTTTTATGTCTCTATGGC  350

seq1  AATGTTAACAATATTATTCAGTCTATAAATTGATACATGAAAAAAGCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTAACAATATTATTCAGTCTATAAATTGATACATGAAAAAAGCAGG  400

seq1  TCAAAAATTTATTTTTTCCTTTTCCTCACTTACTCACTTTCTCAATTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAATTTATTTTTTCCTTTTCCTCACTTACTCACTTTCTCAATTTCA  450

seq1  TTTCAGCTTTCTTTTCCCTTATTGTGATGGTTTGTATATTCTTGGACCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCTTTCTTTTCCCTTATTGTGATGGTTTGTATATTCTTGGACCAG  500

seq1  GGAGTGGTACCATTTGGAGGTGTGACCTTGTTAGAATAGGTGTGACCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGTACCATTTGGAGGTGTGACCTTGTTAGAATAGGTGTGACCTGG  550

seq1  TTGGAGTAGGTGTGTCACTG-TTAGTGTGGGCTTAAGACTCTCACCCCAG  599
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTAGGTGTGTCACTGTTTAGTGTGGGCTTAAGACTCTCACCCCAG  600

seq1  TTGCTTGGAAGTCAGTCTTCCACTAGCAGCCTTTGGATGAAGATGTAGAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGGAAGTCAGTCTTCCACTAGCAGCCTTTGGATGAAGATGTAGAA  650

seq1  CTCTCAGTTTTGCCTGTGCTATGACAACCTGGATGCTGCCATGCTGCCAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGTTTTGCCTGTGCTATGACAACCTGGATGCTGCCATGCTGCCAC  700

seq1  CTTGATGATAATGGACTGAACCTCTGAACTTGTAAGCCAGCCCCAATTAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGATAATGGACTGAACCTCTGAACTTGTAAGCCAGCCCCAATTAA  750

seq1  ATGTTGTTTTGACTGTATTATAAT-AAAAATTACTTCATGTTAATGAATA  798
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTTTTGACTGTATTATAATAAAAAATTACTTCATGTTAATGAATA  800

seq1  TTAATGAATATTGTAGAAAAAGAAGTTGATAGGAGTAAAATGGTTGATTT  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||
seq2  TTAATGAATATTGTAGAAAAAGAAGTTGATAGGAGTAAATGGGTTGA-TT  849

seq1  GAAGTGCCATTTAATTCACTTAATGAGCATGTTGGGCCAGGTTTTCTTTT  898
      ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGCCA-TTCATTCACTTAATGAGCATGTTGGGCCAGGTTTTCTTTT  898

seq1  AAAGAGCATGGCTGTGTTTAGTCTTCCCACTTCTGTATTTGAAGCAGTAA  948
       ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  -AAGAGCATGGCTGTG-TTAGTCTTCCCACTTCTGTA-TTGAAGCAGTAA  945

seq1  CTATCATTGTTTATGAGTTTTATTCCCTGAAACAATATACCATG-ACCTG  997
      |||||| |||||||||| |||||  |||| ||  |||||||||| || ||
seq2  CTATCA-TGTTTATGAG-TTTAT--CCTGGAAACATATACCATGAACTTG  991

seq1  TTAA  1001
      ||||
seq2  TTAA  995


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |