BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201A04
Chromosome4 (Build37)
Map Location 5,511,714 - 5,657,842
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700012H17Rik
Upstream geneImpad1, LOC100039338
Downstream geneLOC669309, 3110003A22Rik, Cyp7a1, Sdcbp, Nsmaf, LOC100039397, LOC100039414, Tox
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201A04.bB6Ng01-201A04.g
ACCGA021905GA021906
length1,152502
definitionB6Ng01-201A04.b B6Ng01-201A04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,656,698 - 5,657,842)(5,511,714 - 5,512,221)
sequence
gaattctaccttgcttaggccaattctttggcagcagagttagactggga
ggttcctgaagaagtgataacatcagccaagcttatcttaaagaatgcaa
tagaagtagtcataaaatgcatggtggactatgtaagtgatgccatatca
catgtgcatgctgggaaggggctggaagaaagctgtccatcaaagtgaag
gccaggttcacctgctatgtggtcagaggttgtggccctgatactatgga
agacctttcccactccttgtctcacagaacgtgtgactcaactagagaga
gatagggtttttctatcccgtcccaacatttttggttgataacattgagc
tctctgtccttctagaaagggatccatctgcttcctatccagccactgtt
tatccccttcctcagtctgctcttccctaaatgggtttgacgaggagagg
agaaacagaaagatttctgtgttgtctctgtttgtggaagagaccaggaa
gaagacctaggaatggatggctatgtattcaagcaccttgaggccaggtc
tgcaggtctggctgatctgaaacatctatgtggtcctctctgtctcagtc
cctagagtggaattcagcccctgttctcatcactccaattctcatgatgg
ccatcagctcaccacatcagctcccaggacccacatcctcatctcctccc
caatctcagagtgtttacttctcattcaggggcaaagaggctaatttctt
aagttgtcttcaaactcgggcacataagcagagccttctgaatacctggg
aggttaacggtaaacattccctgtccatagcaaaatggcaatttattagc
acatatacagacaagaaatgagaaaccttggtgagagcatcttggtcatg
gcctgggcttacttatttatttagtgtctgagagcaaaatattttagatc
acaggctctttgtcttaataacatgacacagttttagacgcaatcaatat
ccttctgcttagaattgatgaaagcaagccctaatactaacctaaaggca
tgtagttattttatggaaatgcgacagaagccaaggataaccttccttgc
tataagcactctctccgaagcaggaggtgtctctgaaaccaaccggaaga
ga

ttctgttacttctgtgtacagtgcagccactgtgtgatttgtggctaaga
gtctgaggttctcactataggaacacatggggaaccaactctgcaccttt
gacagctgcagttgagcaggtctttgtggatgaactagcattcctccagg
gtagaacacaaggccccatcttctcaggctgattacaaataactgacagt
gattgggctgaagtcatgctttcataatcagaccattcagcatagtgaag
ctcattttctcccctaagtattagagataagcaatatctccagtgattcg
atcttgatttcactagtggcaagaacaaagcagaggtgtataaagaaagc
taactattgtgcagaagtgctttgaagtgtattaaaatgatttaactatt
ttctctttatcatgaagcatagctaaagaatgtaaaacggtgagaggaaa
ggacagaaggaaggatggaagagagggatagagaaggagaggaagaagga
ga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_5656698_5657842
seq2: B6Ng01-201A04.b_47_1198 (reverse)

seq1  TCTCTTCCTGTTTGTTTC--AGACACCTCCTGCTTC--AGAGAGTGCTTT  46
      |||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||  ||||||||||| 
seq2  TCTCTTCCGGTTGGTTTCAGAGACACCTCCTGCTTCGGAGAGAGTGCTTA  50

seq1  AAGCAAGGAAGGTTTTCCTTGGCTTCTGTCTGCA-TTCCATAAAAT-ACT  94
       ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||
seq2  TAGCAAGGAAGGTTATCCTTGGCTTCTGTC-GCATTTCCATAAAATAACT  99

seq1  CATTGCCTTTTAGGTAAGTATATGGCTTTGCTTTCATCCATTCTAAGCAG  144
         |||| ||||||| |||||  ||  ||||||||||| |||||||||||
seq2  ACATGCC-TTTAGGTTAGTATTAGGGCTTGCTTTCATCAATTCTAAGCAG  148

seq1  AA-GATATTGATTGCGTCTAAAACCTGTGTCATTGTTATTAAGACAAAGA  193
      || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGGATATTGATTGCGTCTAAAA-CTGTGTCA-TGTTATTAAGACAAAGA  196

seq1  GCCTGTGATCTTAAATATTTTGCTCTCAGACACTAAATAAATAAGTAAGC  243
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGATCTAAAATATTTTGCTCTCAGACACTAAATAAATAAGTAAGC  246

seq1  CCA-GCCATGACCAAGATGCTCTCACCAAGGTTTCTCATTTCTTGTCTGT  292
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCCATGACCAAGATGCTCTCACCAAGGTTTCTCATTTCTTGTCTGT  296

seq1  ATATGTGCTAAT-AATTGCCA-TTTGCTATGGACA-GGAATGTTTACCGT  339
      |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATATGTGCTAATAAATTGCCATTTTGCTATGGACAGGGAATGTTTACCGT  346

seq1  TAACCTCCCAGGTATTCAGAAGGCTCTGCTTATGTGCCCGAGTTTGAAGA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTCCCAGGTATTCAGAAGGCTCTGCTTATGTGCCCGAGTTTGAAGA  396

seq1  CAACTTAAGAAATTAGCCTCTTTGCCCCTGAATGAGAAGTAAACACTCTG  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTAAGAAATTAGCCTCTTTGCCCCTGAATGAGAAGTAAACACTCTG  446

seq1  AGATTGGGGAGGAGATGAGGATGTGGGTCCTGGGAGCTGATGTGGTGAGC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGGGGAGGAGATGAGGATGTGGGTCCTGGGAGCTGATGTGGTGAGC  496

seq1  TGATGGCCATCATGAGAATTGGAGTGATGAGAACAGGGGCTGAATTCCAC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGCCATCATGAGAATTGGAGTGATGAGAACAGGGGCTGAATTCCAC  546

seq1  TCTAGGGACTGAGACAGAGAGGACCACATAGATGTTTCAGATCAGCCAGA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGGACTGAGACAGAGAGGACCACATAGATGTTTCAGATCAGCCAGA  596

seq1  CCTGCAGACCTGGCCTCAAGGTGCTTGAATACATAGCCATCCATTCCTAG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGACCTGGCCTCAAGGTGCTTGAATACATAGCCATCCATTCCTAG  646

seq1  GTCTTCTTCCTGGTCTCTTCCACAAACAGAGACAACACAGAAATCTTTCT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTTCCTGGTCTCTTCCACAAACAGAGACAACACAGAAATCTTTCT  696

seq1  GTTTCTCCTCTCCTCGTCAAACCCATTTAGGGAAGAGCAGACTGAGGAAG  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCCTCTCCTCGTCAAACCCATTTAGGGAAGAGCAGACTGAGGAAG  746

seq1  GGGATAAACAGTGGCTGGATAGGAAGCAGATGGATCCCTTTCTAGAAGGA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAAACAGTGGCTGGATAGGAAGCAGATGGATCCCTTTCTAGAAGGA  796

seq1  CAGAGAGCTCAATGTTATCAACCAAAAATGTTGGGACGGGATAGAAAAAC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGCTCAATGTTATCAACCAAAAATGTTGGGACGGGATAGAAAAAC  846

seq1  CCTATCTCTCTCTAGTTGAGTCACACGTTCTGTGAGACAAGGAGTGGGAA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTCTCTCTAGTTGAGTCACACGTTCTGTGAGACAAGGAGTGGGAA  896

seq1  AGGTCTTCCATAGTATCAGGGCCACAACCTCTGACCACATAGCAGGTGAA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTCCATAGTATCAGGGCCACAACCTCTGACCACATAGCAGGTGAA  946

seq1  CCTGGCCTTCACTTTGATGGACAGCTTTCTTCCAGCCCCTTCCCAGCATG  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCTTCACTTTGATGGACAGCTTTCTTCCAGCCCCTTCCCAGCATG  996

seq1  CACATGTGATATGGCATCACTTACATAGTCCACCATGCATTTTATGACTA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTGATATGGCATCACTTACATAGTCCACCATGCATTTTATGACTA  1046

seq1  CTTCTATTGCATTCTTTAAGATAAGCTTGGCTGATGTTATCACTTCTTCA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATTGCATTCTTTAAGATAAGCTTGGCTGATGTTATCACTTCTTCA  1096

seq1  GGAACCTCCCAGTCTAACTCTGCTGCCAAAGAATTGGCCTAAGCAAGGTA  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCTCCCAGTCTAACTCTGCTGCCAAAGAATTGGCCTAAGCAAGGTA  1146

seq1  GAATTC  1145
      ||||||
seq2  GAATTC  1152


seq1: chr4_5511714_5512221
seq2: B6Ng01-201A04.g_64_571

seq1  GAATTCTTCTGTTACTTCTGTGTACAGTGCAGCCACTGTGTGATTTGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTGTTACTTCTGTGTACAGTGCAGCCACTGTGTGATTTGTGG  50

seq1  CTAAGAGTCTGAGGTTCTCACTATAGGAACACATGGGGAACCAACTCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGTCTGAGGTTCTCACTATAGGAACACATGGGGAACCAACTCTGC  100

seq1  ACCTTTGACAGCTGCAGTTGAGCAGGTCTTTGTGGATGAACTAGCATTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGACAGCTGCAGTTGAGCAGGTCTTTGTGGATGAACTAGCATTCC  150

seq1  TCCAGGGTAGAACACAAGGCCCCATCTTCTCAGGCTGATTACAAATAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGTAGAACACAAGGCCCCATCTTCTCAGGCTGATTACAAATAACT  200

seq1  GACAGTGATTGGGCTGAAGTCATGCTTTCATAATCAGACCATTCAGCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGATTGGGCTGAAGTCATGCTTTCATAATCAGACCATTCAGCATA  250

seq1  GTGAAGCTCATTTTCTCCCCTAAGTATTAGAGATAAGCAATATCTCCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGCTCATTTTCTCCCCTAAGTATTAGAGATAAGCAATATCTCCAGT  300

seq1  GATTCGATCTTGATTTCACTAGTGGCAAGAACAAAGCAGAGGTGTATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCGATCTTGATTTCACTAGTGGCAAGAACAAAGCAGAGGTGTATAAA  350

seq1  GAAAGCTAACTATTGTGCAGAAGTGCTTTGAAGTGTATTAAAATGATTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTAACTATTGTGCAGAAGTGCTTTGAAGTGTATTAAAATGATTTA  400

seq1  ACTATTTTCTCTTTATCATGAAGCATAGCTAAAGAATGTAAAACGGTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTTCTCTTTATCATGAAGCATAGCTAAAGAATGTAAAACGGTGAG  450

seq1  AGGAAAGGACAGAAGGAAGGATGGAAGAGAGGGATAGAGAAGGAGAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGGACAGAAGGAAGGATGGAAGAGAGGGATAGAGAAGGAGAGGAA  500

seq1  GAAGGAGA  508
      ||||||||
seq2  GAAGGAGA  508


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |