BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201A23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 93,658,832 - 93,768,353
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC620269, LOC384125, Tusc1
Downstream gene5830433M19Rik, Plaa, LOC667250, Lrrc19, Ift74, Tek, 4930579C15Rik, LOC100039252, Mysm1, LOC100039265, LOC665029, Jun
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201A23.bB6Ng01-201A23.g
ACCGA021938GA021939
length1,1731,053
definitionB6Ng01-201A23.b B6Ng01-201A23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,658,832 - 93,660,007)(93,767,296 - 93,768,353)
sequence
gaattcagactaatcagtaaggaaaagttccacaaagcttgatatttatg
acaaagatttccactgaagaaaggacaatgaggctcatttatctcaacag
ccatcctcagagcttagagaaaaaatataaacagaagccaatatagcaca
tttacttaaacatttaagagttattaattacagttaaaaacttgattaca
aatacttataattccagtatctggtatccatatagttgcaaaagggaaga
cgtgacaaagaactgaaatattgtctgtttcctagagatagatatgttcc
aacagaatttactataactatgaaaattttctatgtctgtgtcctccagt
atagcgtctactaaccacatgcagtgacttcatggactactacaaccatg
gaagccatatatcacgtagtggattgaaattaatattagtgtccacatgt
atcacatggtaagatccagacgtaaaagaatgctgctttgccgcaataca
gagcaccacaaagactgtactaactcataaggaccttcagtatcacatat
taaaacaagaaactaaacaaacaaacaaaaagaatattatttctggaaac
gctttgtcatgacacaagatttttcaaatctatgctaacacacagtgtta
gagcacatctattgatttgattgataactatgatgtgcttttactgttaa
aaacccttctttctatttgaagcaaggtccacctgaaatataggccaaag
cccagctaacaatcatcactacaggcagaatcagtcaccatttatttcaa
ggatgtaagacatgagaaattttatgctagtttttaaattgtccacaaca
tagttctaaatgcctggaattaggttaggcccaaagcgatggaggtgacg
ccttttcagtaatttagtggcatatgcatgcatgtgccatataggtgtgt
tcctttaaacaggcgggcagagacagagggaggtcatcaatgtttcttct
agaatgtgtaatctagtgatgtttccttcctcctgagttacatctgaact
gaccccatacaaaaaataaaaaattttgttttatagctaacatgttgtat
aaaattagctaaatatttttttactcgagaacaaaaagggaagatgtact
cttatggacaagtcatccatgct

gaattcactatcagtgatggaaagcttggactgcatgctgctagccaaat
caaagcatggggtggcactgtggttggcacatggctatagcagcctaagg
cacaaaatgagagcaaggaagtatgtaataaacagactccttccattaaa
tttgatctctagatcaagtataactatacaggcaaaactaaacagagact
taatatttagtaaattatgaaacaaaagagagaggatgttaatgtatttc
ctcttctactttctcctatagtgagtaagtacttccaatcattagcagcc
actaattatttttttttagtttgttcatttctgtagaagtgctggtatga
ttttaatatctataatcaatagaaatgtgaatgacttcacatttttccaa
acatgagtcggatgctttccagcaagtacattcgtatttaatagtaactg
agatgagtctagaatcctgtctttagggacagaaagcaaagtaatataat
cacagggtggagaaagtataacttcataagattcagtacaaaatgtgagg
ggatatctctacagtacacttaatgtcagtccatagtgtgattaatcctc
taagaacactcaagtttcttactccccctgggattcagagggaggtccag
ggattctgatatactcagtactggtcaagaatggctttggaatatttgat
cagattaggaaaaatgcactttgtggtgatgcttgatcagaacagccata
gccaacattctagattcatttctattgttgtgatttaaaaaaaaaatcct
caaataataaaacagacaaacaaaaaaccctgatgaaaaccaacttaagg
gcctaaaagggttgtttatcttaaatttctatgtagagtgattttaatcc
aacaatgtggctactctgggatggaatacagacacacccctagcacacat
ctttaacaccaaacagtgaagatggagttagtttgtagaagagaatctgt
gtggagagtgatgtctatttgaagctagacaagtgactgatcaaagaagg
att
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_93658832_93660007
seq2: B6Ng01-201A23.b_42_1214

seq1  GAATTCAGACTAATCAGTAAGGAAAAGTTCCACAAAGCTTGATATTTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACTAATCAGTAAGGAAAAGTTCCACAAAGCTTGATATTTATG  50

seq1  ACAAAGATTTCCACTGAAGAAAGGACAATGAGGCTCATTTATCTCAACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGATTTCCACTGAAGAAAGGACAATGAGGCTCATTTATCTCAACAG  100

seq1  CCATCCTCAGAGCTTAGAGAAAAAATATAAACAGAAGCCAATATAGCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTCAGAGCTTAGAGAAAAAATATAAACAGAAGCCAATATAGCACA  150

seq1  TTTACTTAAACATTTAAGAGTTATTAATTACAGTTAAAAACTTGATTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTAAACATTTAAGAGTTATTAATTACAGTTAAAAACTTGATTACA  200

seq1  AATACTTATAATTCCAGTATCTGGTATCCATATAGTTGCAAAAGGGAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTTATAATTCCAGTATCTGGTATCCATATAGTTGCAAAAGGGAAGA  250

seq1  CGTGACAAAGAACTGAAATATTGTCTGTTTCCTAGAGATAGATATGTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGACAAAGAACTGAAATATTGTCTGTTTCCTAGAGATAGATATGTTCC  300

seq1  AACAGAATTTACTATAACTATGAAAATTTTCTATGTCTGTGTCCTCCAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAATTTACTATAACTATGAAAATTTTCTATGTCTGTGTCCTCCAGT  350

seq1  ATAGCGTCTACTAACCACATGCAGTGACTTCATGGACTACTACAACCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCGTCTACTAACCACATGCAGTGACTTCATGGACTACTACAACCATG  400

seq1  GAAGCCATATATCACGTAGTGGATTGAAATTAATATTAGTGTCCACATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCATATATCACGTAGTGGATTGAAATTAATATTAGTGTCCACATGT  450

seq1  ATCACATGGTAAGATCCAGACGTAAAAGAATGCTGCTTTGCCGCAATACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATGGTAAGATCCAGACGTAAAAGAATGCTGCTTTGCCGCAATACA  500

seq1  GAGCACCACAAAGACTGTACTAACTCATAAGGACCTTCAGTATCACATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACCACAAAGACTGTACTAACTCATAAGGACCTTCAGTATCACATAT  550

seq1  TAAAACAAGAAACTAAACAAACAAACAAAAAGAATATTATTTCTGGAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAAGAAACTAAACAAACAAACAAAAAGAATATTATTTCTGGAAAC  600

seq1  GCTTTGTCATGACACAAGATTTTTCAAATCTATGCTAACACACAGTGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTCATGACACAAGATTTTTCAAATCTATGCTAACACACAGTGTTA  650

seq1  GAGCACATCTATTGATTTGATTGATAACTATGATGTGCTTTTACTGTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACATCTATTGATTTGATTGATAACTATGATGTGCTTTTACTGTTAA  700

seq1  AAACCCTTCTTTCTATTTGAAGCAAGGTCCACCTGAAATATAGGCCAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTTCTTTCTATTTGAAGCAAGGTCCACCTGAAATATAGGCCAAAG  750

seq1  CCCAGCTAACAATCATCACTACAGGCAGAATCAGTCACCATTTATTTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTAACAATCATCACTACAGGCAGAATCAGTCACCATTTATTTCAA  800

seq1  GGATGTAAGACATGAGAAATTTTATGCTAGTTTTTAAATTGTCCACAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTAAGACATGAGAAATTTTATGCTAGTTTTTAAATTGTCCACAACA  850

seq1  TAGTTCTAAATGCCTGGAATTAGGTTAGGCCCAAAGCGATGGAGGTGACG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCTAAATGCCTGGAATTAGGTTAGGCCCAAAGCGATGGAGGTGACG  900

seq1  CCTTTTCAGTAATTTAGTGGCATATGCATGCATGTGCCATATAGGTGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCAGTAATTTAGTGGCATATGCATGCATGTGCCATATAGGTGTGT  950

seq1  TCCTTTAAAACAGGCGGGCAGAGACAGA-GGAAGTCATCAATGTTTCTTC  999
      |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  TCCTTT-AAACAGGCGGGCAGAGACAGAGGGAGGTCATCAATGTTTCTTC  999

seq1  TAGAATGTGTAATCTAGTGATGTTTCCTTTCTCCTGAG-TACATCTGAAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  TAGAATGTGTAATCTAGTGATGTTTCCTTCCTCCTGAGTTACATCTGAAC  1049

seq1  TGACCCCATACCAAAAAAATAAAAATTTTGTTTTAATAGCT-ACATGTTG  1097
      |||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  TGACCCCATA-CAAAAAATAAAAAATTTTGTTTT-ATAGCTAACATGTTG  1097

seq1  TATAAAATTAGCTTAAATATTTTTTTTTACTC-AGAACAAAATAGGAGAA  1146
      |||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||||| ||| |||
seq2  TATAAAATTAGC-TAAATA--TTTTTTTACTCGAGAACAAAA-AGG-GAA  1142

seq1  GGATGTACT-TTATGGACAAG-CATCAATGCT  1176
       |||||||| ||||||||||| |||| |||||
seq2  -GATGTACTCTTATGGACAAGTCATCCATGCT  1173


seq1: chr4_93767296_93768353
seq2: B6Ng01-201A23.g_66_1118 (reverse)

seq1  AATCTTTCTCTGATCTGTCACTTTGTCTGGCTTTCAATTAGACATCACTC  50
      |||| |||| ||||| ||||| |||||| || ||||| ||||||||||||
seq2  AATCCTTCTTTGATCAGTCAC-TTGTCTAGC-TTCAAATAGACATCACTC  48

seq1  TCCAACACAGATTCTTCTTTCTACAAACTAACTTCATCTTCACTGTTTGG  100
      ||| |||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCC-ACACAGATTCT--CTTCTACAAACTAACTCCATCTTCACTGTTTGG  95

seq1  TGTTAAAGATGTGTGCTAGGGGTGTGTCTGTATTCCAT-CCAGAGTAGCC  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGTTAAAGATGTGTGCTAGGGGTGTGTCTGTATTCCATCCCAGAGTAGCC  145

seq1  ACATTGTTGGATTAAAATCACTCTACATAGAAATTTAAGATAAAACAACC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACATTGTTGGATTAAAATCACTCTACATAGAAATTTAAGAT-AAACAACC  194

seq1  CTTTTAGGCCCTTAAGTTGGTTTTCATCAGGGTTTTTTGTTTGTCTGTTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGGCCCTTAAGTTGGTTTTCATCAGGGTTTTTTGTTTGTCTGTTT  244

seq1  TATTATTTGAGGATTTTTTTTTTAAATCACAACAATAGAAATGAATCTAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTGAGGATTTTTTTTTTAAATCACAACAATAGAAATGAATCTAG  294

seq1  AATGTTGGCTATGGCTGTTCTGATCAAGCATCACCACAAAGTGCATTTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTGGCTATGGCTGTTCTGATCAAGCATCACCACAAAGTGCATTTTT  344

seq1  CCTAATCTGATCAAATATTCCAAAGCCATTCTTGACCAGTACTGAGTATA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATCTGATCAAATATTCCAAAGCCATTCTTGACCAGTACTGAGTATA  394

seq1  TCAGAATCCCTGGACCTCCCTCTGAATCCCAGGGGGAGTAAGAAACTTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATCCCTGGACCTCCCTCTGAATCCCAGGGGGAGTAAGAAACTTGA  444

seq1  GTGTTCTTAGAGGATTAATCACACTATGGACTGACATTAAGTGTACTGTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTTAGAGGATTAATCACACTATGGACTGACATTAAGTGTACTGTA  494

seq1  GAGATATCCCCTCACATTTTGTACTGAATCTTATGAAGTTATACTTTCTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATATCCCCTCACATTTTGTACTGAATCTTATGAAGTTATACTTTCTC  544

seq1  CACCCTGTGATTATATTACTTTGCTTTCTGTCCCTAAAGACAGGATTCTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGTGATTATATTACTTTGCTTTCTGTCCCTAAAGACAGGATTCTA  594

seq1  GACTCATCTCAGTTACTATTAAATACGAATGTACTTGCTGGAAAGCATCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCATCTCAGTTACTATTAAATACGAATGTACTTGCTGGAAAGCATCC  644

seq1  GACTCATGTTTGGAAAAATGTGAAGTCATTCACATTTCTATTGATTATAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCATGTTTGGAAAAATGTGAAGTCATTCACATTTCTATTGATTATAG  694

seq1  ATATTAAAATCATACCAGCACTTCTACAGAAATGAACAAACTAAAAAAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAAATCATACCAGCACTTCTACAGAAATGAACAAACTAAAAAAAA  744

seq1  ATAATTAGTGGCTGCTAATGATTGGAAGTACTTACTCACTATAGGAGAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAGTGGCTGCTAATGATTGGAAGTACTTACTCACTATAGGAGAAA  794

seq1  GTAGAAGAGGAAATACATTAACATCCTCTCTCTTTTGTTTCATAATTTAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGAGGAAATACATTAACATCCTCTCTCTTTTGTTTCATAATTTAC  844

seq1  TAAATATTAAGTCTCTGTTTAGTTTTGCCTGTATAGTTATACTTGATCTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTAAGTCTCTGTTTAGTTTTGCCTGTATAGTTATACTTGATCTA  894

seq1  GAGATCAAATTTAATGGAAGGAGTCTGTTTATTACATACTTCCTTGCTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCAAATTTAATGGAAGGAGTCTGTTTATTACATACTTCCTTGCTCT  944

seq1  CATTTTGTGCCTTAGGCTGCTATAGCCATGTGCCAACCACAGTGCCACCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGTGCCTTAGGCTGCTATAGCCATGTGCCAACCACAGTGCCACCC  994

seq1  CATGCTTTGATTTGGCTAGCAGCATGCAGTCCAAGCTTTCCATCACTGAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTTGATTTGGCTAGCAGCATGCAGTCCAAGCTTTCCATCACTGAT  1044

seq1  AGTGAATTC  1058
      |||||||||
seq2  AGTGAATTC  1053


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |