BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201O23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 114,106,713 - 114,241,016
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666048
Upstream geneLOC242627, LOC100040625, A630098G03Rik
Downstream geneFoxd2, LOC100040736, Foxe3, Cmpk, Stil, Tal1, Pdzk1ip1, Cyp4x1, Cyp4a21-ps, LOC384042, LOC230639, Cyp4a12, LOC546842, Cyp4a12b, LOC435802, LOC666393, LOC230641, Cyp4a14, Cyp4a10, LOC666168
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201O23.bB6Ng01-201O23.g
ACCGA022569GA022570
length9321,109
definitionB6Ng01-201O23.b B6Ng01-201O23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,240,087 - 114,241,016)(114,106,713 - 114,107,814)
sequence
gaattcctagagggctcctctaattcctctggtctgaccacacagcaatt
atccatttacagaggaggggggaatggcctcccaggttcaccagctgtgt
ggagggagacctctgctctccttggccttgagcaatagctggggagggct
gcactggagtggacacctgttagggggctcagtgtgggaggacctggctg
tgatcacatagaacagacagaaatggtaacagcctccctgcttgcctgct
tagccaccattgccaagtgcttctgatacaaagaaagggctctgatgggc
ttcagacctggccgtgcttatagaccatggaaaccttgctctggatcttt
ctgtgtgggggacaggccttgctgctctctgggcctcagcttacctatct
gtcaggtgtgtgtgtgtgtaagtaacattaatcctgcctgtttgaggtga
gcattttaataaccttatcaagtacttattccttccttaggacagggaca
cacacagaacacttgcttcgtattagctggggtggtctccaaaggctatg
ctgcaggagtacagaggaggggccagagtgcaagcaaacgtggacagggt
tcctgggtaggctgtgctggttgcttgattgacagaccaaatcatttcca
ggtgtggggtggcataaggggaggacttggagcgatcaagcaacacttgt
taaggccagtgtcaaggagtggacgttatgccattagagtcctgcaaagg
tacagagaccaaaaccagagactctcaaagatagcgacggtagcaagcac
actatgaaagcatgtgtttgccatacggcagggaaaaggaaggaagttgc
aggtgatgctgatgatcatggggaggtgctttgtggttcctcttagggct
gaacactagacgggataagagactgggtggac
gaattcaaagcataatttcaaatgacgtcgtggcattcttttggaagttg
aggacatgagtacagtgggttgttaactttttgtctatttgtttgaacat
ttgttctttatataggaagttgctatatacgggacttactgatcacatgc
tgtgtatgtgtgtgctcatgtttattaccatacatgcatgatacatagga
ggtggttaattcagctaatttagcttcagaaggattctctctatccatag
gaactctatctatccctcgtggctctgcttggtccatgaaagtgtctagt
gtcttggaagccaatatctcatctcattaaaggaaggtttggctgagtga
caagtgtggtcttggaataactgccctggggacctgagttcctatcacaa
gagcagcaccagaaaatgccaactcgttcaagcacatgattgagaggatc
taaatatttctgaactgattgatccagttttttaacttttaggacttttg
aagtatagtcaaaacacattgaactatctaagtgaattatcaacttgatt
gttttttaaaatccattcctgccccctttgagattgagcagtgatatgtc
ctatgaatatacaccacccatgtagagtctacatacaattcaggtgagct
gacctcttgccagtgagatggacatgagtgaggttcctgtttcagctcat
cagggcgtctggttagtctccttctcattgcaagatgactgaaaagtgag
ccttcttgccttatctttaccacattcaattataaaagggccaaattccc
tctggtgttgactgactgctgggtaagtctctccctctcctcccctccct
ctctctccagtttgggaagtaaatttccatcattttgggattcatggtaa
aggtccacagggttcttcagtgttgtctgtgggtagtttctgtggacctc
tcccttacctccaattgtgggtcagcccaggtttgagtctggaccatgcc
tagatcacacagagaaggatccaaggtgcctcttaccccctaccacctca
ctcaaggtaagacatcccatttgtaaatgtgaaccataggcctttcttgc
attctccgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_114240087_114241016
seq2: B6Ng01-201O23.b_47_978 (reverse)

seq1  GTCCACCCAGTCTCCTTTCCCGTCCTGTG-TCAGCCCTAAGAGGAACCAC  49
      |||||||||||||| | |||||||  ||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACCCAGTCTCTTATCCCGTCTAGTGTTCAGCCCTAAGAGGAACCAC  50

seq1  AAAGCACCT-CCCATGTTCATCAGCATCACCTGCAACTTCCTTCCTTTTC  98
      ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACCTCCCCATGATCATCAGCATCACCTGCAACTTCCTTCCTTTTC  100

seq1  CCTGCCGTATGGCAAACACATGCTTTCATAGTGTGCTTGCTACCGTCGCT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCGTATGGCAAACACATGCTTTCATAGTGTGCTTGCTACCGTCGCT  150

seq1  ATCTTTGAGAGTCTCTGGTTTTGGTCTCTGTACCTTTGCAGGACTCTAAT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGAGAGTCTCTGGTTTTGGTCTCTGTACCTTTGCAGGACTCTAAT  200

seq1  GGCATAACGTCCACTCCTTGACACTGGCCTTAACAAGTGTTGCTTGATCG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAACGTCCACTCCTTGACACTGGCCTTAACAAGTGTTGCTTGATCG  250

seq1  CTCCAAGTCCTCCCCTTATGCCACCCCACACCTGGAAATGATTTGGTCTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGTCCTCCCCTTATGCCACCCCACACCTGGAAATGATTTGGTCTG  300

seq1  TCAATCAAGCAACCAGCACAGCCTACCCAGGAACCCTGTCCACGTTTGCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCAAGCAACCAGCACAGCCTACCCAGGAACCCTGTCCACGTTTGCT  350

seq1  TGCACTCTGGCCCCTCCTCTGTACTCCTGCAGCATAGCCTTTGGAGACCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTCTGGCCCCTCCTCTGTACTCCTGCAGCATAGCCTTTGGAGACCA  400

seq1  CCCCAGCTAATACGAAGCAAGTGTTCTGTGTGTGTCCCTGTCCTAAGGAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCTAATACGAAGCAAGTGTTCTGTGTGTGTCCCTGTCCTAAGGAA  450

seq1  GGAATAAGTACTTGATAAGGTTATTAAAATGCTCACCTCAAACAGGCAGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAAGTACTTGATAAGGTTATTAAAATGCTCACCTCAAACAGGCAGG  500

seq1  ATTAATGTTACTTACACACACACACACCTGACAGATAGGTAAGCTGAGGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATGTTACTTACACACACACACACCTGACAGATAGGTAAGCTGAGGC  550

seq1  CCAGAGAGCAGCAAGGCCTGTCCCCCACACAGAAAGATCCAGAGCAAGGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAGCAGCAAGGCCTGTCCCCCACACAGAAAGATCCAGAGCAAGGT  600

seq1  TTCCATGGTCTATAAGCACGGCCAGGTCTGAAGCCCATCAGAGCCCTTTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGGTCTATAAGCACGGCCAGGTCTGAAGCCCATCAGAGCCCTTTC  650

seq1  TTTGTATCAGAAGCACTTGGCAATGGTGGCTAAGCAGGCAAGCAGGGAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATCAGAAGCACTTGGCAATGGTGGCTAAGCAGGCAAGCAGGGAGG  700

seq1  CTGTTACCATTTCTGTCTGTTCTATGTGATCACAGCCAGGTCCTCCCACA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACCATTTCTGTCTGTTCTATGTGATCACAGCCAGGTCCTCCCACA  750

seq1  CTGAGCCCCCTAACAGGTGTCCACTCCAGTGCAGCCCTCCCCAGCTATTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCCCCTAACAGGTGTCCACTCCAGTGCAGCCCTCCCCAGCTATTG  800

seq1  CTCAAGGCCAAGGAGAGCAGAGGTCTCCCTCCACACAGCTGGTGAACCTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGCCAAGGAGAGCAGAGGTCTCCCTCCACACAGCTGGTGAACCTG  850

seq1  GGAGGCCATTCCCCCCTCCTCTGTAAATGGATAATTGCTGTGTGGTCAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCCATTCCCCCCTCCTCTGTAAATGGATAATTGCTGTGTGGTCAGA  900

seq1  CCAGAGGAATTAGAGGAGCCCTCTAGGAATTC  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGAATTAGAGGAGCCCTCTAGGAATTC  932

seq1: chr4_114106713_114107814
seq2: B6Ng01-201O23.g_65_1173

seq1  GAATTCAAAGCATAATTTCAAATGACGTCGTGGCATTCTTTTGGAAGTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCATAATTTCAAATGACGTCGTGGCATTCTTTTGGAAGTTG  50

seq1  AGGACATGAGTACAGTGGGTTGTTAACTTTTTGTCTATTTGTTTGAACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATGAGTACAGTGGGTTGTTAACTTTTTGTCTATTTGTTTGAACAT  100

seq1  TTGTTCTTTATATAGGAAGTTGCTATATACGGGACTTACTGATCACATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTTTATATAGGAAGTTGCTATATACGGGACTTACTGATCACATGC  150

seq1  TGTGTATGTGTGTGCTCATGTTTATTACCATACATGCATGATACATAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGTGTGTGCTCATGTTTATTACCATACATGCATGATACATAGGA  200

seq1  GGTGGTTAATTCAGCTAATTTAGCTTCAGAAGGATTCTCTCTATCCATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTTAATTCAGCTAATTTAGCTTCAGAAGGATTCTCTCTATCCATAG  250

seq1  GAACTCTATCTATCCCTCGTGGCTCTGCTTGGTCCATGAAAGTGTCTAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTATCTATCCCTCGTGGCTCTGCTTGGTCCATGAAAGTGTCTAGT  300

seq1  GTCTTGGAAGCCAATATCTCATCTCATTAAAGGAAGGTTTGGCTGAGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGAAGCCAATATCTCATCTCATTAAAGGAAGGTTTGGCTGAGTGA  350

seq1  CAAGTGTGGTCTTGGAATAACTGCCCTGGGGACCTGAGTTCCTATCACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGTGGTCTTGGAATAACTGCCCTGGGGACCTGAGTTCCTATCACAA  400

seq1  GAGCAGCACCAGAAAATGCCAACTCGTTCAAGCACATGATTGAGAGGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCACCAGAAAATGCCAACTCGTTCAAGCACATGATTGAGAGGATC  450

seq1  TAAATATTTCTGAACTGATTGATCCAGTTTTTTAACTTTTAGGACTTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTTCTGAACTGATTGATCCAGTTTTTTAACTTTTAGGACTTTTG  500

seq1  AAGTATAGTCAAAACACATTGAACTATCTAAGTGAATTATCAACTTGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATAGTCAAAACACATTGAACTATCTAAGTGAATTATCAACTTGATT  550

seq1  GTTTTTTAAAATCCATTCCTGCCCCCTTTGAGATTGAGCAGTGATATGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTAAAATCCATTCCTGCCCCCTTTGAGATTGAGCAGTGATATGTC  600

seq1  CTATGAATATACACCACCCATGTAGAGTCTACATACAATTCAGGTGAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAATATACACCACCCATGTAGAGTCTACATACAATTCAGGTGAGCT  650

seq1  GACCTCTTGCCAGTGAGATGGACATGAGTGAGGTTCCTGTTTCAGCTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCTTGCCAGTGAGATGGACATGAGTGAGGTTCCTGTTTCAGCTCAT  700

seq1  CAGGGCGTCTGGTTAGTCTCCTTCTCATTGCAAGATGACTGAAAAGTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCGTCTGGTTAGTCTCCTTCTCATTGCAAGATGACTGAAAAGTGAG  750

seq1  CCTTCTTGCCTTATCTTTACCACATTCAATTATAAAAGGGCCAAATTCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTGCCTTATCTTTACCACATTCAATTATAAAAGGGCCAAATTCCC  800

seq1  TCTGGTGTTGACTGACTGCTGGGTAAGTCTCTCCCTCTCCTCCCCTCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTGTTGACTGACTGCTGGGTAAGTCTCTCCCTCTCCTCCCCTCCCT  850

seq1  CTCTCTCCAGTTTGGGAAGTTAATTTCCATCATTTTGGGATTCATGGTAA  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCCAGTTTGGGAAGTAAATTTCCATCATTTTGGGATTCATGGTAA  900

seq1  AGGT-CACAGGGTTCTTCAGTG-TGTCTGTGGGTAGTTTCTGTGGA-CTC  947
      |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGGTCCACAGGGTTCTTCAGTGTTGTCTGTGGGTAGTTTCTGTGGACCTC  950

seq1  TCCCTTACCTCCAATTGTGGGTCAGCCCAGGTTTGAGTCTGGAACATGCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  TCCCTTACCTCCAATTGTGGGTCAGCCCAGGTTTGAGTCTGGACCATGCC  1000

seq1  AAGATCACACAGGAGAA-GATCAAAGGTGCCTCCTTAACCCCTA-CACTT  1045
       |||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||| |||||| ||| |
seq2  TAGATCACACA-GAGAAGGATCCAAGGTGCCT-CTTACCCCCTACCACCT  1048

seq1  CACTC-AGGT-AGACATCCCATTTGT-AATGTG-ACCATAAGGCTTTCTT  1091
      ||||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||| | ||||| |
seq2  CACTCAAGGTAAGACATCCCATTTGTAAATGTGAACCATAGGCCTTTC-T  1097

seq1  TGCA-TCTCCGT  1102
      |||| |||||||
seq2  TGCATTCTCCGT  1109