BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-204B24
Chromosome4 (Build37)
Map Location 120,274,500 - 120,422,979
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG667063, Cited4, Kcnq4
Upstream geneFoxj3, Guca2a, Guca2b, Hivep3, Edn2, Foxo6, Scmh1, Slfnl1, Ctps
Downstream geneNfyc, Rims3, LOC626489, 3110037I16Rik, Zfp69, Smap1l, Col9a2, Zmpste24, Tmco2, LOC100042174, Rlf, OTTMUSG00000008911, EG666914, LOC666921, LOC666927
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-204B24.bB6Ng01-204B24.g
ACCGA024158GA024159
length1,116692
definitionB6Ng01-204B24.b B6Ng01-204B24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,274,500 - 120,275,597)(120,422,294 - 120,422,979)
sequence
gaattcctgaatttagatctcaggagccatgcaaagccaggcatggtagt
acatctgtaatccaatgctcctacagtgagaggggaagcagagccagggg
aattcccagaacctcactgactagctaatatcagcaaacaagaagaaact
ggctcaagcaagccaaggacccaagatggtcctctgacgtgtgcactata
acaagtttgcactggtacccatgaacacatgcatatacatcacacataca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaccacac
attcctcaaatatacgtatttttaattcaaggtagataatacctaataaa
tgatacatgaggttgaacgctgacttttatttgaataccatgctacctca
tgagtgtatacacacacacacacacacacacacacacacacaccagtagc
cactccttcagaggaccactcagagcagagtctccttaccactgtccaat
ttagactttttcatcatttcccaatttatctgttgtcaaattacatgctg
acacatttgctgtctgtgtcttctagaaaaagccaaaggccttggattca
tatcactatcatgcccccaaaggacaatgactggaaaatattggtttatt
tttgcatggatggatgaagcttcctgagagacatcacaggagatgtctgg
actgtgactttttgtcaactgtcttacttcctgtcaggatccatgaaggg
gcagtgcaggaatcccctgttagacttttctctccttttgtactcaaaac
tggtctccacttgaatctcttcttcacaaaaaatgagctaaccatccctc
caccccagccctttttgatgtaactcaggtgatgcatgcctgccccttcc
ccaactcaaaatctctgttcaacctatattacctcggcctactttacatc
cttaatatagtatgatctgactcctctcctgttattttacttccctttaa
tgataaccccatctgcaacctcatgcctcatcttgagcggcatccagatg
gaagaacaaacacaccttgctggggtgggagtaactgctacctggccaag
actcctgaacctctga
gaattccttctccttggcactcagggcctaggagttctgggaaagtgcaa
gccagtgagggcgtgagctccctgcctggttgtctctccttgggtgagtg
tccctacctctcagcccatttcccacaaagcaccggactctgttctttgt
aaaggagaggatctggcccccagctggtgctcagcaaatgggaaccctct
ccctccccacccttcctcgcaatcaatacctgctccattgatggatgatg
gagacagtgatggattacagcagatcagggagttggcctgttcttataca
gccctggaaactcaagagccagggagaaacatgggtcaggggatgagctc
agaagactaggcagggttcccaaggagctgaggaagcagagttgaggaag
ttgcagagggtggagtcaagggcatagatgtgggagttagagaatggtgt
gtggaaagccatagcataccccacctccctccagtagggaggctagacct
gggagccagagacagctgtttgctcagaaaagtgtcttagtcactaaagc
ctgctgtggggaaagtccgttctctgtcatgtcctgggaatccggatggg
cacaggaatgccactgagttaacactcaagagttgccacctgtcctctct
gggactctcctctgcctcctactcacatacatacacactcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_120274500_120275597
seq2: B6Ng01-204B24.b_49_1164

seq1  GAATTCCTGAATTTAGATCTCAGGAGCCATGCAAAGCCAGGCATGGTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGAATTTAGATCTCAGGAGCCATGCAAAGCCAGGCATGGTAGT  50

seq1  ACATCTGTAATCCAATGCTCCTACAGTGAGAGGGGAAGCAGAGCCAGGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGTAATCCAATGCTCCTACAGTGAGAGGGGAAGCAGAGCCAGGGG  100

seq1  AATTCCCAGAACCTCACTGACTAGCTAATATCAGCAAACAAGAAGAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCAGAACCTCACTGACTAGCTAATATCAGCAAACAAGAAGAAACT  150

seq1  GGCTCAAGCAAGCCAAGGACCCAAGATGGTCCTCTGACGTGTGCACTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAAGCAAGCCAAGGACCCAAGATGGTCCTCTGACGTGTGCACTATA  200

seq1  ACAAGTTTGCACTGGTACCCATGAACACATGCATATACATCACACATACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTTTGCACTGGTACCCATGAACACATGCATATACATCACACATACA  250

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCACAC  300

seq1  ATTCCTCAAATATACGTATTTTTAATTCAAGGTAGATAATACCTAATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTCAAATATACGTATTTTTAATTCAAGGTAGATAATACCTAATAAA  350

seq1  TGATACATGAGGTTGAACGCTGACTTTTATTTGAATACCATGCTACCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACATGAGGTTGAACGCTGACTTTTATTTGAATACCATGCTACCTCA  400

seq1  TGAGTGTATACACACACACACACACACACACACACACACACACCAGTAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGTATACACACACACACACACACACACACACACACACACCAGTAGC  450

seq1  CACTCCTTCAGAGGACCACTCAGAGCAGAGTCTCCTTACCACTGTCCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCTTCAGAGGACCACTCAGAGCAGAGTCTCCTTACCACTGTCCAAT  500

seq1  TTAGACTTTTTCATCATTTCCCAATTTATCTGTTGTCAAATTACATGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTTTTTCATCATTTCCCAATTTATCTGTTGTCAAATTACATGCTG  550

seq1  ACACATTTGCTGTCTGTGTCTTCTAGAAAAAGCCAAAGGCCTTGGATTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTTGCTGTCTGTGTCTTCTAGAAAAAGCCAAAGGCCTTGGATTCA  600

seq1  TATCACTATCATGCCCCC-AAGGACAATGACTGGAAAATATTGGTTTATT  649
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACTATCATGCCCCCAAAGGACAATGACTGGAAAATATTGGTTTATT  650

seq1  TTTGCATGGATGGATGAAGC-TCCTGAGAGACATCACAGGAGATGTCTGG  698
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATGGATGGATGAAGCTTCCTGAGAGACATCACAGGAGATGTCTGG  700

seq1  ACTGTGAC-TTTTGTCAACTGTCTTACTTCCTGTCAGGATCCATGAA-GG  746
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTGTGACTTTTTGTCAACTGTCTTACTTCCTGTCAGGATCCATGAAGGG  750

seq1  GCAGTGCAGGAATCCCCTG-TAGAC-TTTCTCTCC-TTTGTACTC-AAAC  792
      ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||
seq2  GCAGTGCAGGAATCCCCTGTTAGACTTTTCTCTCCTTTTGTACTCAAAAC  800

seq1  TGGTCTCCACTTGAATCTCTTCTTCACAAAAAATGAGCTAACCAT-CCTC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGGTCTCCACTTGAATCTCTTCTTCACAAAAAATGAGCTAACCATCCCTC  850

seq1  CACCCCAGCCCTTTTTGATGTAACTCAGGTGATGCATGCCTGCCCCTTCC  891
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CACCCCAGCCCTTTTTGATGTAACTCAGGTGATGCATGCCTGCCCCTT-C  899

seq1  CCCAACTCAAAATCTCTGTTCAACCTATAATTACCTC-GCCTACTTTTAC  940
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||
seq2  CCCAACTCAAAATCTCTGTTCAACCTAT-ATTACCTCGGCCTAC-TTTAC  947

seq1  ATCCTTAATATAGTATGATCTGACT-CTCT-CTGTTATTTTTACTTCCCT  988
      ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||
seq2  ATCCTTAATATAGTATGATCTGACTCCTCTCCTGTTA-TTTTACTTCCCT  996

seq1  TAAATGATTAACCCCATCTGCAACCTCA-GGCTCATCTTGAGC-GCATCC  1036
      | ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| |
seq2  TTAATGA-TAACCCCATCTGCAACCTCATGCCTCATCTTGAGCGGCAT-C  1044

seq1  CAGATGGAAGA--CAACACACC-TGCTGTG--TGGAGTAACTGCT-TCTG  1080
      |||||||||||   |||||||| ||||| |   ||||||||||||  |||
seq2  CAGATGGAAGAACAAACACACCTTGCTGGGGTGGGAGTAACTGCTACCTG  1094

seq1  --CCAGACTCCTGA--CTCTGA  1098
        | ||||||||||  ||||||
seq2  GCCAAGACTCCTGAACCTCTGA  1116

seq1: chr4_120422294_120422979
seq2: B6Ng01-204B24.g_66_757 (reverse)

seq1  ----GTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGAGGCAGAGGAGAGT-CCAGAGAGGA  45
          |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTGAGTGTGTATGTATGTGAGTAGGAGGCAGAGGAGAGTCCCAGAGAGGA  50

seq1  CAGGTGGCTACTCTTGAGTGTT-ACTCAGTGGCCTTCCTGTGCCCATCCG  94
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGCAACTCTTGAGTGTTAACTCAGTGGCATTCCTGTGCCCATCCG  100

seq1  GATTCCCAGGACATGACAGAGAACGGACTTTCCCCACAGCAGGCTTTAGT  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCCAGGACATGACAGAGAACGGACTTTCCCCACAGCAGGCTTTAGT  150

seq1  GACTAAGACACTTTTCTGAGCAAACAGCTGTCTCTGGCTCCCAGGTCTAG  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAGACACTTTTCTGAGCAAACAGCTGTCTCTGGCTCCCAGGTCTAG  200

seq1  CCTCCCTACTGGAGGGAGGTGGGGTATGCTATGGCTTTCCACACACCATT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTACTGGAGGGAGGTGGGGTATGCTATGGCTTTCCACACACCATT  250

seq1  CTCTAACTCCCACATCTATGCCCTTGACTCCACCCTCTGCAACTTCCTCA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAACTCCCACATCTATGCCCTTGACTCCACCCTCTGCAACTTCCTCA  300

seq1  ACTCTGCTTCCTCAGCTCCTTGGGAACCCTGCCTAGTCTTCTGAGCTCAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCTTCCTCAGCTCCTTGGGAACCCTGCCTAGTCTTCTGAGCTCAT  350

seq1  CCCCTGACCCATGTTTCTCCCTGGCTCTTGAGTTTCCAGGGCTGTATAAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGACCCATGTTTCTCCCTGGCTCTTGAGTTTCCAGGGCTGTATAAG  400

seq1  AACAGGCCAACTCCCTGATCTGCTGTAATCCATCACTGTCTCCATCATCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCCAACTCCCTGATCTGCTGTAATCCATCACTGTCTCCATCATCC  450

seq1  ATCAATGGAGCAGGTATTGATTGCGAGGAAGGGTGGGGAGGGAGAGGGTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGGAGCAGGTATTGATTGCGAGGAAGGGTGGGGAGGGAGAGGGTT  500

seq1  CCCATTTGCTGAGCACCAGCTGGGGGCCAGATCCTCTCCTTTACAAAGAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTGCTGAGCACCAGCTGGGGGCCAGATCCTCTCCTTTACAAAGAA  550

seq1  CAGAGTCCGGTGCTTTGTGGGAAATGGGCTGAGAGGTAGGGACACTCACC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCCGGTGCTTTGTGGGAAATGGGCTGAGAGGTAGGGACACTCACC  600

seq1  CAAGGAGAGACAACCAGGCAGGGAGCTCACGCCCTCACTGGCTTGCACTT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGAGACAACCAGGCAGGGAGCTCACGCCCTCACTGGCTTGCACTT  650

seq1  TCCCAGAACTCCTAGGCCCTGAGTGCCAAGGAGAAGGAATTC  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAACTCCTAGGCCCTGAGTGCCAAGGAGAAGGAATTC  692