BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-204K23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 139,729,339 - 139,894,488
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIgsf21, LOC100040728
Upstream gene9530077C14Rik, Capzb, Pqlc2, LOC100042808, Akr7a5, LOC625977, LOC626000, Mrto4, C230096C10Rik, Zubr1, C79267, Aldh4a1, Tas1r2, Pax7, Gm1667, Klhdc7a
Downstream geneArhgef10l, Rcc2, Padi6, Padi4, Padi3, Padi1, Padi2, Sdhb, Atp13a2, Mfap2, Crocc, Necap2, LOC638991, Spata21, D4Ertd22e, Fbxo42, 6330545A04Rik, Arhgef19, Epha2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-204K23.bB6Ng01-204K23.g
ACCGA024562GA024563
length1,043805
definitionB6Ng01-204K23.b B6Ng01-204K23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,893,454 - 139,894,488)(139,729,339 - 139,730,138)
sequence
gaattctgagggaccatctgcattggcagcaagagcttctaccttttcag
ccatcttacaacctggatttcccccaaatctataatagttttattgaaac
ataatttgcacatgggaagcttatgcttcacctcttaactcatcacagag
tatacactgggctgctctgagtttctaaagcccctccgttcccccagaat
aatagcctcgtggtctccatccaaagcctcatgtgtagaatggtcaatga
aggcactcattcattcattcattcattcattcatttattcattcattcaa
ggaatgcttccatcttctggattggcttcctatgactactgtgacaaaga
gccatggttccaaataacacaaatagctggccacatggtgcagaatgcct
gaactcccaggtcttgggaggctgaagcaggagaatcacaagttcaaggc
ttgtgtgtgctacctagtgagacagaggctagcatgcactacacaagatt
gtgtctcaagacaaacaaatgaaccaacaaccaactgaaagcaaaaccta
accctgtcacagctctggagatgccagaacctaagagcccagtgtccagg
gtcatactatgtgtgagtctctggatcaaatcctctgaccaattcctccc
ttgtcctagtatccttgtggagacatggagtctgggagtgtgtggtgctg
tggtttgtctatgtgtttgtgtggcttttgccgtgaagacaggagcaaac
ctcagacagggcaccagtgacagataaatgaaaatgtcccatgatgcttt
gctttagtgagagagtacacagatttgggatcttcataggaatctgatta
ggccagagacagctgaaaacccccaatcttcatcctctctcctgcccccc
agcaagagagaccaactctccaaattctgcatccctgggagttccctgga
agggcttggtaggagagcatctgtgtggttgaataagcatggcctccata
gactcctgtgtttgaatgcttggcccataggagtggtcactat
gaattcaggggcagggcagagcgagctccagcaatcctcctatggcacat
tgagtctatagtatgcacatggtcacactgtaggtgtgggtgctgggtgg
agccagaccagtctgtagtgttgatggtcacaggcttggggtagggctca
gagaggggggaatagacaggtcggagtcttgttttgccactttcccatgg
ggctcagtcttttcatttatgaactaggtgtcacctcctgatgcaggaga
ttgcagacaatgttacgcctcccgtggctgtgttctcactgtggtaacca
cttcttgtaggccagagctgacagaaagatgcacgggtcccaagtgagga
ttgatagatttgggcagacatatacacccaaagggccaccaataggacag
ccaccaagacgatctcaacactgaaagcttccccgcctcccacccccatt
cctaacagctccggaagcaaggatagtgacctctgtttctgcaggttatt
aggctcagttccttttcttattgaccccgtgtaaacaaggtcacacagcc
gggagccttcacgagctgctttcactttctcaacatcatgtgcctggcat
ttcctgtctgcgaggaagtttctagattgggttaactgagatgggaaaac
ccacccctgagtgtgggtaacaccacccacggtctggtttcatggctgaa
tctagaggagaaagtgagctgagcttctagatttaatctctgtcccagac
ttggggacttgtgacctcagtgaccactaccctgtcgattcatgctcctg
gcgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_139893454_139894488
seq2: B6Ng01-204K23.b_47_1089 (reverse)

seq1  ATAGTG-CCACTCCTTATGGGCCAAGCATTCAAACACAGGAGTCTATGGA  49
      |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGACCACTCC-TATGGGCCAAGCATTCAAACACAGGAGTCTATGGA  49

seq1  GGCCATGCCTATTCAAACCACCACAGATGCTCTCCTACCAAGCCC-TCCA  98
      |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGCCATGCTTATTC-AACCA-CACAGATGCTCTCCTACCAAGCCCTTCCA  97

seq1  GGGAACT-CCAGGGATGCAGAA-TTGGAGAG-TGGTCTCTCTTGCTGGGG  145
      ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGGAACTCCCAGGGATGCAGAATTTGGAGAGTTGGTCTCTCTTGCTGGGG  147

seq1  GGCAGG-GAGAGGATG-AGA-TGGGGGTTTTCAGCTGTCTCTGGCCTATT  192
      |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGCAGGAGAGAGGATGAAGATTGGGGGTTTTCAGCTGTCTCTGGCCTAAT  197

seq1  CAGATTCCTATGAAGATCCC-AATCTGTGTACTCTCTCACT-AAGCAAAG  240
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGATTCCTATGAAGATCCCAAATCTGTGTACTCTCTCACTAAAGCAAAG  247

seq1  CATCATGGGACATTTTCATTTATCTGTCACTGGTGCCCTGTCTGAGGTTT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGGGACATTTTCATTTATCTGTCACTGGTGCCCTGTCTGAGGTTT  297

seq1  GCTCCTGTCTTCACGGCAAAAGCCACAC-AACACATAGACAAACCACAGC  339
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGTCTTCACGGCAAAAGCCACACAAACACATAGACAAACCACAGC  347

seq1  ACCACACACTCCCAGACTCCATGTCTCCACAAGGATACTAGGACAAGGGA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACACTCCCAGACTCCATGTCTCCACAAGGATACTAGGACAAGGGA  397

seq1  GGAATTGGTCAGAGGATTTGATCCAGAGACTCACACATAGTATGACCCTG  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTGGTCAGAGGATTTGATCCAGAGACTCACACATAGTATGACCCTG  447

seq1  GACACTGGGCTCTTAGGTTCTGGCATCTCCAGAGCTGTGACAGGGTTAGG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGGGCTCTTAGGTTCTGGCATCTCCAGAGCTGTGACAGGGTTAGG  497

seq1  TTTTGCTTTCAGTTGGTTGTTGGTTCATTTGTTTGTCTTGAGACACAATC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTTTCAGTTGGTTGTTGGTTCATTTGTTTGTCTTGAGACACAATC  547

seq1  TTGTGTAGTGCATGCTAGCCTCTGTCTCACTAGGTAGCACACACAAGCCT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAGTGCATGCTAGCCTCTGTCTCACTAGGTAGCACACACAAGCCT  597

seq1  TGAACTTGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAAGACCTGGGAGTTCAGGC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAAGACCTGGGAGTTCAGGC  647

seq1  ATTCTGCACCATGTGGCCAGCTATTTGTGTTATTTGGAACCATGGCTCTT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGCACCATGTGGCCAGCTATTTGTGTTATTTGGAACCATGGCTCTT  697

seq1  TGTCACAGTAGTCATAGGAAGCCAATCCAGAAGATGGAAGCATTCCTTGA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACAGTAGTCATAGGAAGCCAATCCAGAAGATGGAAGCATTCCTTGA  747

seq1  ATGAATGAATAAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAGTGCCTTCAT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGAATAAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAGTGCCTTCAT  797

seq1  TGACCATTCTACACATGAGGCTTTGGATGGAGACCACGAGGCTATTATTC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATTCTACACATGAGGCTTTGGATGGAGACCACGAGGCTATTATTC  847

seq1  TGGGGGAACGGAGGGGCTTTAGAAACTCAGAGCAGCCCAGTGTATACTCT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGAACGGAGGGGCTTTAGAAACTCAGAGCAGCCCAGTGTATACTCT  897

seq1  GTGATGAGTTAAGAGGTGAAGCATAAGCTTCCCATGTGCAAATTATGTTT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGAGTTAAGAGGTGAAGCATAAGCTTCCCATGTGCAAATTATGTTT  947

seq1  CAATAAAACTATTATAGATTTGGGGGAAATCCAGGTTGTAAGATGGCTGA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAAACTATTATAGATTTGGGGGAAATCCAGGTTGTAAGATGGCTGA  997

seq1  AAAGGTAGAAGCTCTTGCTGCCAATGCAGATGGTCCCTCAGAATTC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTAGAAGCTCTTGCTGCCAATGCAGATGGTCCCTCAGAATTC  1043

seq1: chr4_139729339_139730138
seq2: B6Ng01-204K23.g_66_870

seq1  GAATTCAGGGGCAGGGCAGAGCGAGCTCCAGCAATCCTCCTATGGCACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGGCAGGGCAGAGCGAGCTCCAGCAATCCTCCTATGGCACAT  50

seq1  TGAGTCTATAGTATGCACATGGTCACACTGTAGGTGTGGGTGCTGGGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTATAGTATGCACATGGTCACACTGTAGGTGTGGGTGCTGGGTGG  100

seq1  AGCCAGACCAGTCTGTAGTGTTGATGGTCACAGGCTTGGGGTAGGGCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGACCAGTCTGTAGTGTTGATGGTCACAGGCTTGGGGTAGGGCTCA  150

seq1  GAGAGGGGGGAATAGACAGGTCGGAGTCTTGTTTTGCCACTTTCCCATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGGGGAATAGACAGGTCGGAGTCTTGTTTTGCCACTTTCCCATGG  200

seq1  GGCTCAGTCTTTTCATTTATGAACTAGGTGTCACCTCCTGATGCAGGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGTCTTTTCATTTATGAACTAGGTGTCACCTCCTGATGCAGGAGA  250

seq1  TTGCAGACAATGTTACGCCTCCCGTGGCTGTGTTCTCACTGTGGTAACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGACAATGTTACGCCTCCCGTGGCTGTGTTCTCACTGTGGTAACCA  300

seq1  CTTCTTGTAGGCCAGAGCTGACAGAAAGATGCACGGGTCCCAAGTGAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGTAGGCCAGAGCTGACAGAAAGATGCACGGGTCCCAAGTGAGGA  350

seq1  TTGATAGATTTGGGCAGACATATACACCCAAAGGGCCACCAATAGGACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGATTTGGGCAGACATATACACCCAAAGGGCCACCAATAGGACAG  400

seq1  CCACCAAGACGATCTCAACACTGAAAGCTTCCCCGCCTCCCACCCCCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAAGACGATCTCAACACTGAAAGCTTCCCCGCCTCCCACCCCCATT  450

seq1  CCTAACAGCTCCGGAAGCAAGGATAGTGACCTCTGTTTCTGCAGGTTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACAGCTCCGGAAGCAAGGATAGTGACCTCTGTTTCTGCAGGTTATT  500

seq1  AGGCTCAGTTCC-TTTCTTATTGACCCCGTGTAAACAAGGTCACACAGCC  549
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAGTTCCTTTTCTTATTGACCCCGTGTAAACAAGGTCACACAGCC  550

seq1  GGGAGCCTTCACGAGCTGCTTTCACTTTCTCAACATCATGTGCCTGGCA-  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGGAGCCTTCACGAGCTGCTTTCACTTTCTCAACATCATGTGCCTGGCAT  600

seq1  TTCCTGTCTGCGAGGAAGTTTCTAGATTGGGTTAACTGAGATGGGAAAAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTCTGCGAGGAAGTTTCTAGATTGGGTTAACTGAGATGGGAAAAC  650

seq1  CCA-CCCTGAGTGTGGGTAACACCACCCACGGCCTGGGTTTCATGGCTGA  697
      ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
seq2  CCACCCCTGAGTGTGGGTAACACCACCCACGGTCT-GGTTTCATGGCTGA  699

seq1  ATCTAGAGGAGAAAGTGAGCTGAGCTCCAAGA-TTAATCTCTGTCCCAGA  746
      |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||
seq2  ATCTAGAGGAGAAAGTGAGCTGAGCTTCTAGATTTAATCTCTGTCCCAGA  749

seq1  CTT-GGGACCTGTGACCCCAGTGACCACGA-CCTGTCGATTCATGCTCCT  794
      ||| ||||| ||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGACTTGTGACCTCAGTGACCACTACCCTGTCGATTCATGCTCCT  799

seq1  GGCGCC  800
      ||||||
seq2  GGCGCC  805