BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-207G20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 84,297,588 - 84,435,838
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040660, LOC624465, LOC100040284
Upstream gene4930473A06Rik, LOC668010, Bnc2
Downstream geneD530005L17Rik, LOC622811, LOC100040303, Sh3gl2, A930009N24
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-207G20.bB6Ng01-207G20.g
ACCGA026580GA026581
length1,1711,159
definitionB6Ng01-207G20.b B6Ng01-207G20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,434,656 - 84,435,838)(84,297,588 - 84,298,754)
sequence
gaattctgccttgtgaatactcccacagagagtcctacatggtgtcctcc
caagaagcaatacatgtttttctaatacatcccatttggggacagtatcc
actcttctgccagcatcctgacattaaacatccccatcacccaagccttg
caaagtgccctaatatagccttctgcaggtagggccccatgcctctcttt
ggctaatatacagtttgttctatctttaggacagtatttgaaagaattta
aacagtaattaagcagctggtggatgcttagcactaacatctaatagtaa
catataatggcatctttgactttggtggtgtctttcaagggtgaaattcc
taaacaaatatcacagagaacttgctaatgtacattctctgtcatagaaa
gtccccatagctacctaggtgacaaaactctgaagcaagctgaggtggtg
tcttgtgtttcattggttactgcccttatctcttccctactttctggact
aactaaataagcatgcacagcacactctgaaagatgagacactgaggtgg
gcagaagtggtctggcccccaaagaccacaaagagcaactgctcttgagc
aggcctaaccattgcaaacatggcaccagcaggtcttgctctttcctctt
tcctcttcattggtaaaccattaggttacattcctaaaactagcccctac
ttcttatggctgactaaaacatcagagcccaactatcaaaacagcaaggt
ccagcaaatcaaaattcattatttggctacactggttaacctgtccaatc
aggatttactaactcatcctagcacagagttccttctttttatccttaaa
aaatactcctgcagggacactagatgttgtcttttcctaatcttgaggca
gcccgagcccctaacccctgcacttgtgcctttctagggaaatacatctc
ctttgtgctgagaatttggcagccgggtgtgttttgtgctgaccctgagt
cccctgccccctatcctgagtttatgctttttataactagcactatgtct
gtctcagtaaaatgtatgcagcatgatctagcaggcatgaatattcctca
ccatagcctgctaattcgagcttgtctcatgactctgatagtttattaga
cctcagacacattccaatcca
gaattcagagttccactcatgaagaagcttaaagaaacagaaacatgtct
ttctaagggaaggactttgttaggtagaattctgagggaacctcccatct
acattaaccagttacgtttttattttatttaatcagttagctgtccagtg
acgcctatgagtgggtcttaccgaattcaccatggcacaaagtcttctgg
gctctgtacaagtctgtgtcattagtctaaccagcagcaggtctccctaa
ctcagtcatctgtgacaaacaaaacgtctagtaagactgccaactccctg
cggaggacaaggcgtccccagttcagcaccctacaagcctcagcgttccc
agcccctgggagttcagtccactgacaaggctgctcctgtgattagccac
gctgacatctagctttccacagagctgctggggactcacagtttgagact
tagcttcttctcatgtggtctaccagctgtgaattctaatgttctcacct
aacttagtattaaacatatatgcattaatttgatcgatactacagaaaaa
agtggctaacagaaatggattggaaaagcataaagaccctttccattatt
ttaatttggccatctacctttttctaatgtataaactactatagattatt
aagtagaaatccttgggagttcaactttcaaaacaaaaattatttaggaa
tacaaatttcacactgcaggacataccatgtaagtccaatgcctctgtac
tactgctggcctcaagaccaaaacaaggctaaccttttaaaggtggcatg
aaatttagagacagttatatctgagacaataattttaagaactttactta
ggggtttggggaagagcttagatggtaaagcacttgtcttgaaagtttga
agacctaaaactggcaaggtttcatatcacatgctggtatccctagtggt
tggagagacagagaccagagatctctggaaccttaatggccagccagcct
tagcctactgttgtcttctggcctctacatatgtacattacacatgcaca
cacacacttattgtgccatgtaccaccatcagctatttatttgtgactac
agcctaggatgaagctactgagatctaggacaaccatcgttagattttaa
cgtaattat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_84434656_84435838
seq2: B6Ng01-207G20.b_43_1213 (reverse)

seq1  TGGAT--GAATGTGGCTGAGTTCTAATAAAACTTTATTCAGAGTCATGAG  48
      |||||  ||||||| ||||| |||||| |||||    |||||||||||| 
seq2  TGGATTGGAATGTGTCTGAGGTCTAAT-AAACT---ATCAGAGTCATGA-  45

seq1  GACAGGCTCG-ATTAGCA-GCTATTGGGTGAGG-ATA-TCATGCCTGCTT  94
      |||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| ||| ||||||||||  
seq2  GACAAGCTCGAATTAGCAGGCTAT--GGTGAGGAATATTCATGCCTGC--  91

seq1  TAGATTCATGCTGCATACATTTTTACTGAGACAGACATTAAGTTGCTAGT  144
      |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||||||
seq2  TAGA-TCATGCTGCATACA-TTTTACTGAGACAGACAT--AG-TGCTAGT  136

seq1  TATAAAAAGCATAAAACCTCCAAGGGATAGGGGGCAGGGGACTCAGGGTC  194
      |||||||||||||||  |||    ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAAGCATAAA--CTC---AGGATAGGGGGCAGGGGACTCAGGGTC  181

seq1  AGCACAAAACACACCCGGCTGCCAAATTCTCAGCACAAAGGAGATGTATT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAAAACACACCCGGCTGCCAAATTCTCAGCACAAAGGAGATGTATT  231

seq1  TCCCTAG-AAGGCACAAGTGCAGGGGTTAGGGGCTCGGGCTGCCTCAAGA  293
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGAAAGGCACAAGTGCAGGGGTTAGGGGCTCGGGCTGCCTCAAGA  281

seq1  TTAGGAAAAGACAACATCTAGTGTCCCTGCAGGAGTATTTTTTAAGGATA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAAAAGACAACATCTAGTGTCCCTGCAGGAGTATTTTTTAAGGATA  331

seq1  AAAAGAAGGAACTCTGTGCTAGGATGAGTTAGTAAATCCTGATTGGACAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAGGAACTCTGTGCTAGGATGAGTTAGTAAATCCTGATTGGACAG  381

seq1  GTTAACCAGTGTAGCCAAATAATGAATTTTGATTTGCTGGACCTTGCTGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACCAGTGTAGCCAAATAATGAATTTTGATTTGCTGGACCTTGCTGT  431

seq1  TTTGATAGTTGGGCTCTGATGTTTTAGTCAGCCATAAGAAGTAGGGGCTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAGTTGGGCTCTGATGTTTTAGTCAGCCATAAGAAGTAGGGGCTA  481

seq1  GTTTTAGGAATGTAACCTAATGGTTTACCAATGAAGAGGAAAGAGGAAAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAGGAATGTAACCTAATGGTTTACCAATGAAGAGGAAAGAGGAAAG  531

seq1  AGCAAGACCTGCTGGTGCCATGTTTGCAATGGTTAGGCCTGCTCAAGAGC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGACCTGCTGGTGCCATGTTTGCAATGGTTAGGCCTGCTCAAGAGC  581

seq1  AGTTGCTCTTTGTGGTCTTTGGGGGCCAGACCACTTCTGCCCACCTCAGT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTCTTTGTGGTCTTTGGGGGCCAGACCACTTCTGCCCACCTCAGT  631

seq1  GTCTCATCTTTCAGAGTGTGCTGTGCATGCTTATTTAGTTAGTCCAGAAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCATCTTTCAGAGTGTGCTGTGCATGCTTATTTAGTTAGTCCAGAAA  681

seq1  GTAGGGAAGAGATAAGGGCAGTAACCAATGAAACACAAGACACCACCTCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGAAGAGATAAGGGCAGTAACCAATGAAACACAAGACACCACCTCA  731

seq1  GCTTGCTTCAGAGTTTTGTCACCTAGGTAGCTATGGGGACTTTCTATGAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTTCAGAGTTTTGTCACCTAGGTAGCTATGGGGACTTTCTATGAC  781

seq1  AGAGAATGTACATTAGCAAGTTCTCTGTGATATTTGTTTAGGAATTTCAC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATGTACATTAGCAAGTTCTCTGTGATATTTGTTTAGGAATTTCAC  831

seq1  CCTTGAAAGACACCACCAAAGTCAAAGATGCCATTATATGTTACTATTAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAAAGACACCACCAAAGTCAAAGATGCCATTATATGTTACTATTAG  881

seq1  ATGTTAGTGCTAAGCATCCACCAGCTGCTTAATTACTGTTTAAATTCTTT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAGTGCTAAGCATCCACCAGCTGCTTAATTACTGTTTAAATTCTTT  931

seq1  CAAATACTGTCCTAAAGATAGAACAAACTGTATATTAGCCAAAGAGAGGC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACTGTCCTAAAGATAGAACAAACTGTATATTAGCCAAAGAGAGGC  981

seq1  ATGGGGCCCTACCTGCAGAAGGCTATATTAGGGCACTTTGCAAGGCTTGG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGCCCTACCTGCAGAAGGCTATATTAGGGCACTTTGCAAGGCTTGG  1031

seq1  GTGATGGGGATGTTTAATGTCAGGATGCTGGCAGAAGAGTGGATACTGTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGGGATGTTTAATGTCAGGATGCTGGCAGAAGAGTGGATACTGTC  1081

seq1  CCCAAATGGGATGTATTAGAAAAACATGTATTGCTTCTTGGGAGGACACC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATGGGATGTATTAGAAAAACATGTATTGCTTCTTGGGAGGACACC  1131

seq1  ATGTAGGACTCTCTGTGGGAGTATTCACAAGGCAGAATTC  1183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGGACTCTCTGTGGGAGTATTCACAAGGCAGAATTC  1171

seq1: chr4_84297588_84298754
seq2: B6Ng01-207G20.g_67_1225

seq1  GAATTCAGAGTTCCACTCATGAAGAAGCTTAAAGAAACAGAAACATGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGTTCCACTCATGAAGAAGCTTAAAGAAACAGAAACATGTCT  50

seq1  TTCTAAGGGAAGGACTTTGTTAGGTAGAATTCTGAGGGAACCTCCCATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGGGAAGGACTTTGTTAGGTAGAATTCTGAGGGAACCTCCCATCT  100

seq1  ACATTAACCAGTTACGTTTTTATTTTATTTAATCAGTTAGCTGTCCAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAACCAGTTACGTTTTTATTTTATTTAATCAGTTAGCTGTCCAGTG  150

seq1  ACGCCTATGAGTGGGTCTTACCGAATTCACCATGGCACAAAGTCTTCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCCTATGAGTGGGTCTTACCGAATTCACCATGGCACAAAGTCTTCTGG  200

seq1  GCTCTGTACAAGTCTGTGTCATTAGTCTAACCAGCAGCAGGTCTCCCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTACAAGTCTGTGTCATTAGTCTAACCAGCAGCAGGTCTCCCTAA  250

seq1  CTCAGTCATCTGTGACAAACAAAACGTCTAGTAAGACTGCCAACTCCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTCATCTGTGACAAACAAAACGTCTAGTAAGACTGCCAACTCCCTG  300

seq1  CGGAGGACAAGGCGTCCCCAGTTCAGCACCCTACAAGCCTCAGCGTTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGGACAAGGCGTCCCCAGTTCAGCACCCTACAAGCCTCAGCGTTCCC  350

seq1  AGCCCCTGGGAGTTCAGTCCACTGACAAGGCTGCTCCTGTGATTAGCCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCTGGGAGTTCAGTCCACTGACAAGGCTGCTCCTGTGATTAGCCAC  400

seq1  GCTGACATCTAGCTTTCCACAGAGCTGCTGGGGACTCACAGTTTGAGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACATCTAGCTTTCCACAGAGCTGCTGGGGACTCACAGTTTGAGACT  450

seq1  TAGCTTCTTCTCATGTGGTCTACCAGCTGTGAATTCTAATGTTCTCACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTCTTCTCATGTGGTCTACCAGCTGTGAATTCTAATGTTCTCACCT  500

seq1  AACTTAGTATTAAACATATATGCATTAATTTGATCGATACTACAGAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAGTATTAAACATATATGCATTAATTTGATCGATACTACAGAAAAA  550

seq1  AGTGGCTAACAGAAATGGATTGGAAAAGCATAAAGACCCTTTCCATTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTAACAGAAATGGATTGGAAAAGCATAAAGACCCTTTCCATTATT  600

seq1  TTAATTTGGCCATCTACCTTTTTCTAATGTATAAACTACTATAGATTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTGGCCATCTACCTTTTTCTAATGTATAAACTACTATAGATTATT  650

seq1  AAGTAGAAATCCTTGGGAGTTCAACTTTCAAAACAAAAATTATTTAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAAATCCTTGGGAGTTCAACTTTCAAAACAAAAATTATTTAGGAA  700

seq1  TACAAATTTCACACTGCAGGACATACCATGTAAGTCCAATGCCTCTGTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATTTCACACTGCAGGACATACCATGTAAGTCCAATGCCTCTGTAC  750

seq1  TACTGCTGGCCTCAAGACCAAAACAAGGCTAACCTTTTAAAGGTGGCATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCTGGCCTCAAGACCAAAACAAGGCTAACCTTTTAAAGGTGGCATG  800

seq1  AAATTTAGAGACAGTTATATCTGAGACAATAA-TTTAAGAACTTTACTTA  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAATTTAGAGACAGTTATATCTGAGACAATAATTTTAAGAACTTTACTTA  850

seq1  GGGGTTTGGGGAAGAGCTTAGATGGTAAAGCACTTGTCTTGAAAGTTTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTTGGGGAAGAGCTTAGATGGTAAAGCACTTGTCTTGAAAGTTTGA  900

seq1  AGACCTAAAACTGGC-AGGTTTCATATCACATGCTGGTATCCCTAGT-GT  947
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGACCTAAAACTGGCAAGGTTTCATATCACATGCTGGTATCCCTAGTGGT  950

seq1  TGGAGAGACAGAGACAAGAGAATCTCTGG-ACCTTATTGGCCAGCCAGCC  996
      ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  TGGAGAGACAGAGACCAGAG-ATCTCTGGAACCTTAATGGCCAGCCAGCC  999

seq1  -TAGCCTAACTGTTGTCTTCTGGCCTCTACATATGTACACATACACATGC  1045
       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  TTAGCCT-ACTGTTGTCTTCTGGCCTCTACATATGTACA-TTACACATGC  1047

seq1  ACACACACACCTATTTGTGCACATGTACACACCCATACAGCTATTTTATT  1095
      |||||||||| || |||||| ||||||| || |||| |||||| ||||||
seq2  ACACACACACTTA-TTGTGC-CATGTAC-CA-CCAT-CAGCTA-TTTATT  1091

seq1  TTTAACTACAGCAAAAGAATGATAGCAAATAAAGATCTTAAGACAAAACA  1145
      | | ||||||||   || |||| ||| | |  ||||| || ||| || ||
seq2  TGTGACTACAGC-CTAGGATGA-AGCTACT-GAGATC-TAGGAC-AACCA  1136

seq1  GCGTTAGATTTTAA-GTAATTAT  1167
       ||||||||||||| ||||||||
seq2  TCGTTAGATTTTAACGTAATTAT  1159