BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-208G19
Chromosome4 (Build37)
Map Location 134,570,560 - 134,752,424
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRunx3
Upstream geneLin28, Aim1l, Cd52, Ubxd5, Sh3bgrl3, Ccdc21, EG665186, Catsper4, Cnksr1, Zfp593, Grrp1, Pdik1l, Trim63, Slc30a2, Extl1, LOC434166, Pafah2, Stmn1, Paqr7, 2610002D18Rik, 2410166I05Rik, Sepn1, Man1c1, Ldlrap1, Tmem57, Rhd, Tmem50a, D4Wsu53e, Syf2
Downstream geneClic4, LOC676072, Srrm1, A330049M08Rik, LOC665287, Dscr1l2, Npal3, 4930555I21Rik, Grhl3, 1700029M20Rik, Il28ra, Il22ra1, LOC665334, Myom3, Fusip1, Pnrc2, Cnr2, Fuca1, Hmgcl, Gale, Lypla2, 1110049F12Rik, LOC669445, Tceb3, Rpl11, Id3, E2f2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-208G19.bB6Ng01-208G19.g
ACCGA027310GA027311
length761481
definitionB6Ng01-208G19.b B6Ng01-208G19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(134,570,560 - 134,571,315)(134,751,937 - 134,752,424)
sequence
gaattctacaaacaggagaggagctgcatcagcccccatattggtgtgag
ttcttttatatgggagtgtgtgtgtgtatgtttgtgtgtgtaagatcatg
tgtgtccaagtctgatgcttcaggctgccctcactgccctggttcaaggc
tgaccctgtcgctccttgatacaaccctgcaagcttctgaactccgtgta
cctctgaaggaagatggtggcaattgctgcttcacaggagtgtggtgagg
agtcggaggctgtaggcaggaaacagccccatgcctgcactgtgacggac
agccatcagctgtcatctgtggatgctcctgccaagctgtgaggctcacc
tgccaggtgtctggctgcagagagctctgcgaccgtcaggggacactcaa
ccacttttttccacaagcatgtgtcattttccacccacactgtcctgtgg
agagatggatgtggagccagagagctgggatggtgtgggaggctgcacat
ggtggagatctggagggcttctgggctgaggtagaccgacgacagtttgc
gaagttccctttggatacctgtcacaaggaagacaggtgcagggggcaga
acagggaggaactgtcacccttgtcatggggcttattcttcaggtgctct
ggccatcccttgtccagaatggggtcccccaccctgagggcttctgccca
ccacctttcttccttcttccagcccctctaagagcaggggccctcccaaa
tcctggatctt
ccagagaaataagtcatactcagaaagacaagtgccacgtgattctctca
aatgctcatcctagacttaaaattacatgtgaatgtgtgtgcacatatat
gtgcatgtgtttacatggaactagaaaggggaccatgggaagaggagaaa
gaggtcttaagggagggatggaacagagcttataggaacgagaagagagg
actgtctgggggaaggaagggagccagccagagggtgcagagcaacgggg
agggctgtgggggaggggacagactgagaacaaacacatgtataacaaac
atatgtgtgaagacgttctaacccattactctgtatgttaatctaaactt
taaaacacccctgggtccactcccattcttccaactagcagtgactccat
tgaccagcttggaagatgattcaactgaccgctgtgacctatggtatagg
atgcgaatggattacccactatcctcctggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_134570560_134571315
seq2: B6Ng01-208G19.b_47_807

seq1  GAATTCTACAAACAGGAGAGGAGCTGCATCAGCCCCCATATTGGTGTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACAAACAGGAGAGGAGCTGCATCAGCCCCCATATTGGTGTGAG  50

seq1  TTCTTTTATATGGGAGTGTGTGTGTGTATGTTTGTGTGTGTAAGATCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTATATGGGAGTGTGTGTGTGTATGTTTGTGTGTGTAAGATCATG  100

seq1  TGTGTCCAAGTCTGATGCTTCAGGCTGCCCTCACTGCCCTGGTTCAAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCAAGTCTGATGCTTCAGGCTGCCCTCACTGCCCTGGTTCAAGGC  150

seq1  TGACCCTGTCGCTCCTTGATACAACCCTGCAAGCTTCTGAACTCCGTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCTGTCGCTCCTTGATACAACCCTGCAAGCTTCTGAACTCCGTGTA  200

seq1  CCTCTGAAGGAAGATGGTGGCAATTGCTGCTTCACAGGAGTGTGGTGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGAAGGAAGATGGTGGCAATTGCTGCTTCACAGGAGTGTGGTGAGG  250

seq1  AGTCGGAGGCTGTAGGCAGGAAACAGCCCCATGCCTGCACTGTGACGGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGGAGGCTGTAGGCAGGAAACAGCCCCATGCCTGCACTGTGACGGAC  300

seq1  AGCCATCAGCTGTCATCTGTGGATGCTCCTGCCAAGCTGTGAGGCTCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATCAGCTGTCATCTGTGGATGCTCCTGCCAAGCTGTGAGGCTCACC  350

seq1  TGCCAGGTGTCTGGCTGCAGAGAGCTCTGCGACCGTCAGGGGACACTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGTGTCTGGCTGCAGAGAGCTCTGCGACCGTCAGGGGACACTCAA  400

seq1  CCACATCTTTCCACAAGCATGTGTCATTTTCCACCCACACTGTCCTGTGG  450
      |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTTTTCCACAAGCATGTGTCATTTTCCACCCACACTGTCCTGTGG  450

seq1  AGAGATGGATGTGGAGCCAGAGAGCTGGGATGGTGTGGGAGGCTGCACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGGATGTGGAGCCAGAGAGCTGGGATGGTGTGGGAGGCTGCACAT  500

seq1  GGTGGAGATCTGGAGGGCTTCTGGGCTGAGGTAGACCGACGACAGTTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAGATCTGGAGGGCTTCTGGGCTGAGGTAGACCGACGACAGTTTGC  550

seq1  GAAGTTCCCTTTGGATACCTGTCACAAGGAAGACAGGTGCAGGGGGCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTCCCTTTGGATACCTGTCACAAGGAAGACAGGTGCAGGGGGCAGA  600

seq1  ACAGGGAGGAACTGTCACCC-TGTCATGGGGCTTATTCTTCAGGTGCTCT  649
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGAGGAACTGTCACCCTTGTCATGGGGCTTATTCTTCAGGTGCTCT  650

seq1  GGCCATCCCTTGTCCAGAATGGGGT-CCCCACCCTGAGGGCTTCTGCCCA  698
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCCCTTGTCCAGAATGGGGTCCCCCACCCTGAGGGCTTCTGCCCA  700

seq1  CCACC-TTCTCCCTTCTTCCAGCCCCTCT-AGAGCAGGGG-CCTCCCAAA  745
      ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  CCACCTTTCTTCCTTCTTCCAGCCCCTCTAAGAGCAGGGGCCCTCCCAAA  750

seq1  CCCTGGATCTT  756
       ||||||||||
seq2  TCCTGGATCTT  761

seq1: chr4_134751937_134752424
seq2: B6Ng01-208G19.g_66_552 (reverse)

seq1  ACCAGGAGGATAGTGGGTAACTCCATTCACATCCAATGCCATAGGTCACA  50
      |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||
seq2  ACCAGGAGGATAGTGGGTAA-TCCATTCGCATCCTATACCATAGGTCACA  49

seq1  GCGGTCAGTTGAATCATCTTCCAAGCTGGTCACTGGAGTCACTGCTTGTT  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  GCGGTCAGTTGAATCATCTTCCAAGCTGGTCAATGGAGTCACTGCTAGTT  99

seq1  GGAAGACTGGGAGTGGACCCAGGGGTGTTTTAAAGTTTAGATTAACATAC  150
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAATGGGAGTGGACCCAGGGGTGTTTTAAAGTTTAGATTAACATAC  149

seq1  AGAGTAATGGGTTAGAACGTCTTCACACATATGTTTGTTATACATGTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAATGGGTTAGAACGTCTTCACACATATGTTTGTTATACATGTGTT  199

seq1  TGTTCTCCGTCTGTCCCCTCCCCCACAGCCCTCCCCGTTGCTCTGCACCC  250
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCAGTCTGTCCCCTCCCCCACAGCCCTCCCCGTTGCTCTGCACCC  249

seq1  TCTGGCTGGCTCCCTTCCTTCCCCCAGACAGTCCTCTCTTCTCGTTCCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTGGCTCCCTTCCTTCCCCCAGACAGTCCTCTCTTCTCGTTCCTA  299

seq1  TAAGCTCTGTTCCATCCCTCCCTTAAGACCTCTTTCTCCTCTTCCCATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTCTGTTCCATCCCTCCCTTAAGACCTCTTTCTCCTCTTCCCATGG  349

seq1  TCCCCTTTCTAGTTCCATGTAAACACATGCACATATATGTGCACACACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTTCTAGTTCCATGTAAACACATGCACATATATGTGCACACACAT  399

seq1  TCACATGTAATTTTAAGTCTAGGATGAGCATTTGAGAGAATCACGTGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGTAATTTTAAGTCTAGGATGAGCATTTGAGAGAATCACGTGGCA  449

seq1  CTTGTCTTTCTGAGTATGACTTATTTCTCTGGGAATTC  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTTTCTGAGTATGACTTATTTCTCTGGGAATTC  487