BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-208H01
Chromosome4 (Build37)
Map Location 17,005,305 - 17,154,347
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRipk2, LOC667150, LOC383994, LOC100040154, LOC667212
Downstream geneLOC100040173, Mmp16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-208H01.bB6Ng01-208H01.g
ACCGA027322GA027323
length9701,065
definitionB6Ng01-208H01.b B6Ng01-208H01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,005,305 - 17,006,236)(17,153,283 - 17,154,347)
sequence
gaattccctatctacaagatatgctggtgcaaaggggcctaagaacttat
gagactggtctaatctgaggcctacaacatgagaagcccatgccctacag
tgcctatgtggctgagatcaggaagctgaatggctcagaaacctagaata
gaaccaaacacaactgaaaggaaaaagtcaatgaaatgattcccaggagg
attcttctgtactcagaagatcagtgcttagaccagttctcatcagagaa
gcttcctttattagctgaagaaagcagatacagagaacaatagccaaatc
ttaggcaaagttccgagaactctacagaagtagagaatggaaggattgta
agagccagtgatgttgaggacacaaggagaattttacactttcaatagct
aaagtttggtgagatggctaaacaggtatatgatctaagtggttcaaaga
cctccacataaaaccagagacattgaaatttgtagaggagaaagtaggga
aaagtaatgggcacagtggaaaaaaattcctaaacagaacagcaatggct
tgtgctgtaagatcaagaatcaacaaacgggacctcataaaattgcaacg
cttctgtaaggcaaatgatactgtcaataagacaaaaaggtcaccaacag
attgggaaaggatttttaccaatcctaaatctaataggagactaatatct
aatatatacaaagacctcaagaagctggattccagaaattcaaataacct
cattaaaaatagggtacagaacttaacaaagaattctcaactgaggaata
ccaagtggctgagaagcacttgaaaaaaatgttcaacatgcttaattatc
agggaaatgcaaatcaaaacaaccttgagattccacctcacaccagtcag
aatggctaagataaaataattcagtgacaacagatgctggtgaggatgtg
ggaaaaagaggaatgctcct

gaattccttccacaaaagcctcaatgttctcatttttagtaggatgtgtt
taaatctgttaatggttgtgcagtgtcgctattagtttttttaaaccaca
tttaaacaaacacaccaatatatctattataagaatatgttatcttatat
ataaaatgatctaaatatgtgtcaaagaaaagtattttatcaatatcaga
aacactttgcaggttttattttttgaactgacttacttatttgaataaca
ttaatgaattagaatttgttgttagcatagtgtgatatactaattaatga
tatgctatagtatgatatactaatttcatatttctttgtgatgttacatt
gaactaaatgattagtaaattatgatgcaaataagtgagttttaaggtgg
ggtttgtaaagtagtgacagtggtatgactatgtaacagatttatagtac
cagctatatttttgtatttagtttctttgagaagatatacattatttatg
agttggctgaagatgactacaaggattagtaatgagatatgaaaactttc
atctcagagtgtctatctaaacatgtgatgtggttcttatgcctgagtgt
ctgttttactactcattatgggatatgctaaataacatgaatttaaagaa
ctgagttgtaacctgcaaccaaatttcatctactttgaaaacatgctctt
aatgtatgtttggaaaccattgataagcttttcaaggacatcatcaccag
attacatctgcatagtctgtcttcttacagggttctgtagctcaagtttg
atggtctactctactgacttttgttgttgctgttattgtttgttttgaga
tgggttctctctgtataactctgattttcctagaattcataatgtagatc
agacaggcaagatgttctgtctgggttatgcctccttagtgctgggatta
agtaaagggcaggatattctaccatgcctggtttagagggttctctgcct
tatgtgttatactcttagcttgattaattttgtgggacactatagtgtat
gagggtatatctctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_17005305_17006236
seq2: B6Ng01-208H01.b_46_976

seq1  GAATTCCCTATCTACAAGATATGCTGGTGCAAAGGGGCCTAAGAACTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTATCTACAAGATATGCTGGTGCAAAGGGGCCTAAGAACTTAT  50

seq1  GAGACTGGTCTAATCTGAGGCCTACAACATGAGAAGCCCATGCCCTACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGGTCTAATCTGAGGCCTACAACATGAGAAGCCCATGCCCTACAG  100

seq1  TGCCTATGTGGCTGAGATCAGGAAGCTGAATGGCTCAGAAACCTAGAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTATGTGGCTGAGATCAGGAAGCTGAATGGCTCAGAAACCTAGAATA  150

seq1  GAACCAAACACAACTGAAAGGAAAAAGTCAATGAAATGATTCCCAGGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAAACACAACTGAAAGGAAAAAGTCAATGAAATGATTCCCAGGAGG  200

seq1  ATTCTTCTGTACTCAGAAGATCAGTGCTTAGACCAGTTCTCATCAGAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCTGTACTCAGAAGATCAGTGCTTAGACCAGTTCTCATCAGAGAA  250

seq1  GCTTCCTTTATTAGCTGAAGAAAGCAGATACAGAGAACAATAGCCAAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTTTATTAGCTGAAGAAAGCAGATACAGAGAACAATAGCCAAATC  300

seq1  TTAGGCAAAGTTCCGAGAACTCTACAGAAGTAGAGAATGGAAGGATTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCAAAGTTCCGAGAACTCTACAGAAGTAGAGAATGGAAGGATTGTA  350

seq1  AGAGCCAGTGATGTTGAGGACACAAGGAGAATTTTACACTTTCAATAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCAGTGATGTTGAGGACACAAGGAGAATTTTACACTTTCAATAGCT  400

seq1  AAAGTTTGGTGAGATGGCTAAACAGGTATATGATCTAAGTGGTTCAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTGGTGAGATGGCTAAACAGGTATATGATCTAAGTGGTTCAAAGA  450

seq1  CCTCCACATAAAACCAGAGACATTGAAATTTGTAGAGGAGAAAGTAGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCACATAAAACCAGAGACATTGAAATTTGTAGAGGAGAAAGTAGGGA  500

seq1  AAAGTAATGGGCACAGTGGAAAAAAATTCCTAAACAGAACAGCAATGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAATGGGCACAGTGGAAAAAAATTCCTAAACAGAACAGCAATGGCT  550

seq1  TGTGCTGTAAGATCAAGAATCAACAAACGGGACCTCATAAAATTGCAACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGTAAGATCAAGAATCAACAAACGGGACCTCATAAAATTGCAACG  600

seq1  CTTCTGTAAGGCAAATGATACTGTCAATAAGACAAAAAGGTCACCAACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTAAGGCAAATGATACTGTCAATAAGACAAAAAGGTCACCAACAG  650

seq1  ATTGGGAAAGGATTTTTACCAATCCTAAATCTAATAGGAGACTAATATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGAAAGGATTTTTACCAATCCTAAATCTAATAGGAGACTAATATCT  700

seq1  AATATATACAAAGACCTCAAGAAGCTGGATTCCAGAAATTCAAATAACCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATACAAAGACCTCAAGAAGCTGGATTCCAGAAATTCAAATAACCT  750

seq1  CATTAAAAATAGGGTACAGAACTTAACAAAGAATTCTCAACTGAGGAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAAATAGGGTACAGAACTTAACAAAGAATTCTCAACTGAGGAATA  800

seq1  CCAAGTGGCTGAGAAGCACTTGAAAAAAATGTTCAACATGCTTAATTATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTGGCTGAGAAGCACTTGAAAAAAATGTTCAACATGCTTAATTATC  850

seq1  AGGGAAATGCAAATCAAAACAACCTTGAGATTCCACCTCACACCAGTCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAATGCAAATCAAAACAACCTTGAGATTCCACCTCACACCAGTCAG  900

seq1  AATGGCTAAGATAAAATAATTCAGGTGACAAC  932
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AATGGCTAAGATAAAATAATTCA-GTGACAAC  931


seq1: chr4_17153283_17154347
seq2: B6Ng01-208H01.g_64_1128 (reverse)

seq1  CAGAGATATACCCTCATACACTAATAGTGGTCCCACAAAATAATCCAAGC  50
      |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |  |||||
seq2  CAGAGATATACCCTCATACACT-ATAGT-GTCCCACAAAATTAATCAAGC  48

seq1  TAAGAGTTATAACACAT-AGGCAGAGAA-CCTCTAAACCAGGCATGGTAG  98
      |||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAG-TATAACACATAAGGCAGAGAACCCTCTAAACCAGGCATGGTAG  97

seq1  AATATCCTGCCCTTTACTTAATCCCAGCACTAAGGAGGCATAA-CCAGAC  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AATATCCTGCCCTTTACTTAATCCCAGCACTAAGGAGGCATAACCCAGAC  147

seq1  AGAACATCTTGCCTGTCTGATCTACATTATGAATTCTAGGAAAATCAGAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATCTTGCCTGTCTGATCTACATTATGAATTCTAGGAAAATCAGAG  197

seq1  TTATACAGAGAGAACCCATCTCAAAACAAACAATAACAGCAACAACAAAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACAGAGAGAACCCATCTCAAAACAAACAATAACAGCAACAACAAAA  247

seq1  GTCAGTAGAGTAGACCATCAAACTTGAGCTACAGAACCCTGTAAGAAGAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTAGAGTAGACCATCAAACTTGAGCTACAGAACCCTGTAAGAAGAC  297

seq1  AGACTATGCAGATGTAATCTGGTGATGATGTCCTTGAAAAGCTTATCAAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTATGCAGATGTAATCTGGTGATGATGTCCTTGAAAAGCTTATCAAT  347

seq1  GGTTTCCAAACATACATTAAGAGCATGTTTTCAAAGTAGATGAAATTTGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCAAACATACATTAAGAGCATGTTTTCAAAGTAGATGAAATTTGG  397

seq1  TTGCAGGTTACAACTCAGTTCTTTAAATTCATGTTATTTAGCATATCCCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGGTTACAACTCAGTTCTTTAAATTCATGTTATTTAGCATATCCCA  447

seq1  TAATGAGTAGTAAAACAGACACTCAGGCATAAGAACCACATCACATGTTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAGTAGTAAAACAGACACTCAGGCATAAGAACCACATCACATGTTT  497

seq1  AGATAGACACTCTGAGATGAAAGTTTTCATATCTCATTACTAATCCTTGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGACACTCTGAGATGAAAGTTTTCATATCTCATTACTAATCCTTGT  547

seq1  AGTCATCTTCAGCCAACTCATAAATAATGTATATCTTCTCAAAGAAACTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATCTTCAGCCAACTCATAAATAATGTATATCTTCTCAAAGAAACTA  597

seq1  AATACAAAAATATAGCTGGTACTATAAATCTGTTACATAGTCATACCACT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAAAAATATAGCTGGTACTATAAATCTGTTACATAGTCATACCACT  647

seq1  GTCACTACTTTACAAACCCCACCTTAAAACTCACTTATTTGCATCATAAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTACTTTACAAACCCCACCTTAAAACTCACTTATTTGCATCATAAT  697

seq1  TTACTAATCATTTAGTTCAATGTAACATCACAAAGAAATATGAAATTAGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAATCATTTAGTTCAATGTAACATCACAAAGAAATATGAAATTAGT  747

seq1  ATATCATACTATAGCATATCATTAATTAGTATATCACACTATGCTAACAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATACTATAGCATATCATTAATTAGTATATCACACTATGCTAACAA  797

seq1  CAAATTCTAATTCATTAATGTTATTCAAATAAGTAAGTCAGTTCAAAAAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTCTAATTCATTAATGTTATTCAAATAAGTAAGTCAGTTCAAAAAA  847

seq1  TAAAACCTGCAAAGTGTTTCTGATATTGATAAAATACTTTTCTTTGACAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCTGCAAAGTGTTTCTGATATTGATAAAATACTTTTCTTTGACAC  897

seq1  ATATTTAGATCATTTTATATATAAGATAACATATTCTTATAATAGATATA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAGATCATTTTATATATAAGATAACATATTCTTATAATAGATATA  947

seq1  TTGGTGTGTTTGTTTAAATGTGGTTTAAAAAAACTAATAGCGACACTGCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTGTTTGTTTAAATGTGGTTTAAAAAAACTAATAGCGACACTGCA  997

seq1  CAACCATTAACAGATTTAAACACATCCTACTAAAAATGAGAACATTGAGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCATTAACAGATTTAAACACATCCTACTAAAAATGAGAACATTGAGG  1047

seq1  CTTTTGTGGAAGGAATTC  1065
      ||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTGGAAGGAATTC  1065


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |