BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-208L17
Chromosome4 (Build37)
Map Location 35,251,815 - 35,367,764
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039220, LOC665361, LOC665367, 2700059D21Rik, Orc3l, Rars2, Slc35a1, 1700003M02Rik, Gm136, 1810030N24Rik, Zfp292, Cga, Mobkl2b, Ifnk, 3110043O21Rik, LOC620559
Downstream geneLOC621227, Lingo2
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-208L17.bB6Ng01-208L17.g
ACCGA027532GA027533
length1,1481,173
definitionB6Ng01-208L17.b B6Ng01-208L17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,251,815 - 35,252,951)(35,366,598 - 35,367,764)
sequence
gaattcattttctacccaggtggtaaagtgacttaaagtgattaaagttc
ttgtttgctatacaaagagctgtgttttatgtactaaatccagctttata
agtaaatactctgtgttgtactttatttatggctgtagtttgtggcgata
aagtgtgaggaaaatttttctttaacaattttaattcgaaagacagtcat
gtggggtgtacatgcctgtatgagcttttgagtcttccgttcgattacag
caagaggaaaagctctggaggacagaacagaaaccacgggcttcggatgc
catcctaaagccctgtgttagtcttccatggtaattccctgtcactggag
acaggggggaaagcatggaaagctggagcctgagctaaaattgtgttttc
ccaaaggatatatataaagaaaagaggaaaccttgcagggagcggctgct
caaaactgaagtagattctaaatggagcctaggacacaccgcctgagccc
ttgtaattacaagcgaatttgtcactcagtatggcgagaattcatttcca
gaggaaaacacagtccatttgttaatgatttggattgttgtcattagcac
agttctaaaatacaagtcaccattcataagatcaattttaggtatctgta
ggaataaaaacgttctatacctgtcaagttactttgacagtcaggagata
tgaagaagtctggtcctttaaatatcaactaaaaagattacaacattctg
actttatttctacttggatgaatcccatgaagctggatggttctcactat
gaagcaactctcatgcaattgcattcatgctgggaaatgattttattgca
taagaaaatgaatgagccagaaccagtgagctgtgtctgtgcataggtta
taatttgcagactgtgatgtcaaagtagggttgagagctgtgaacaacag
ttggcaattgctctgttggaaaagtcttgttggcagtgggacatcatgtc
acacacattctttctttctacacaattatgcatgtgtaagtacactcttt
gcgcgcacacacacacagatacaccacacacatcagacacacacaccgca
taacacaagtcatgttttaaggattatgaagtaccttgtcaccacaaa

gaattcacttgacagcccagactggcacaaacaccatgtcccccggggtg
ggccttaaactcttgataatgcttgtacagctccatagagcactggtata
gcaaatgtgcatcgaaggcccagggctgccagttccactcccttcagaag
cagtagattttaaaaaattcattcagtggatttaaaaaattcagcctacc
aagttctagagttttaagggtgaccacacccagctataagatctctaatt
ttttgcccatggctccagaatgtctcacttgcagctttaggagtgtgcaa
taggcccagaggaagcacttgggctttctttccagtcctcagagaaactg
ctcctttctccctgtgagtcaagctggcagctagtgagtcagagaaggac
agctagagttatcgatctgcttgcatcaggcacagctggaaaaactggcc
ttccactgacctaaactcctgcaaagattgtctttgaaatatggcatctt
agtacacactctgagacagatcaggaaccaaacccttcttggagtatcgg
ggcaaggactaagcactgttaaacacagccaaccactgtggaatgctact
atgaacgttatgaaagctatgttatctcaagcatgctttgatatttttcc
atgaactgataaagctgttgagagcagaacattgattgatatgcctagca
tcctcaagcagggaccacccaggaaaaaaagcaaagtccaattgcaaaaa
gcacaaggcacaagggcattgtgaccacgtctggggaagacatagatgga
cctaataagaggcttttgctgggtggtcttttcttgtcaaattataatcc
ttaccatggataaagtgggctgttctggtagcacaaggcaatgtcatcag
tggcaatacacagcagcaatgttagccacagaagtcaccaagatctggtg
agaatacctctgaaagcagagccatttagagttaacaaaggttcttcaga
aatatagagaatgtgagagactgtagcccaacagattgtttggaaaagtt
ctggcatagaagccagagtcagattcctaaagtctaggatcttatgcaga
atagatagataggcttggtgctataagttcacctgacgtcacatctagag
tagttattgcctcttgaacctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_35251815_35252951
seq2: B6Ng01-208L17.b_47_1194

seq1  GAATTCATTTTCTACCCAGGTGGTAAAGTGACTTAAAGTGATTAAAGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTCTACCCAGGTGGTAAAGTGACTTAAAGTGATTAAAGTTC  50

seq1  TTGTTTGCTATACAAAGAGCTGTGTTTTATGTACTAAATCCAGCTTTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGCTATACAAAGAGCTGTGTTTTATGTACTAAATCCAGCTTTATA  100

seq1  AGTAAATACTCTGTGTTGTACTTTATTTATGGCTGTAGTTTGTGGCGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATACTCTGTGTTGTACTTTATTTATGGCTGTAGTTTGTGGCGATA  150

seq1  AAGTGTGAGGAAAATTTTTCTTTAACAATTTTAATTCGAAAGACAGTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGAGGAAAATTTTTCTTTAACAATTTTAATTCGAAAGACAGTCAT  200

seq1  GTGGGGTGTACATGCCTGTATGAGCTTTTGAGTCTTCCGTTCGATTACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGTGTACATGCCTGTATGAGCTTTTGAGTCTTCCGTTCGATTACAG  250

seq1  CAAGAGGAAAAGCTCTGGAGGACAGAACAGAAACCACGGGCTTCGGATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGAAAAGCTCTGGAGGACAGAACAGAAACCACGGGCTTCGGATGC  300

seq1  CATCCTAAAGCCCTGTGTTAGTCTTCCATGGTAATTCCCTGTCACTGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTAAAGCCCTGTGTTAGTCTTCCATGGTAATTCCCTGTCACTGGAG  350

seq1  ACAGGGGGGAAAGCATGGAAAGCTGGAGCCTGAGCTAAAATTGTGTTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGGGGAAAGCATGGAAAGCTGGAGCCTGAGCTAAAATTGTGTTTTC  400

seq1  CCAAAGGATATATATAAAGAAAAGAGGAAACCTTGCAGGGAGCGGCTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGGATATATATAAAGAAAAGAGGAAACCTTGCAGGGAGCGGCTGCT  450

seq1  CAAAACTGAAGTAGATTCTAAATGGAGCCTAGGACACACCGCCTGAGCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTGAAGTAGATTCTAAATGGAGCCTAGGACACACCGCCTGAGCCC  500

seq1  TTGTAATTACAAGCGAATTTGTCACTCAGTATGGCGAGAATTCATTTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATTACAAGCGAATTTGTCACTCAGTATGGCGAGAATTCATTTCCA  550

seq1  GAGGAAAACACAGTCCATTTGTTAATGATTTGGATTGTTGTCATTAGCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAAACACAGTCCATTTGTTAATGATTTGGATTGTTGTCATTAGCAC  600

seq1  AGTTCTAAAATACAAGTCACCATTCATAAGATCAATTTTAGGTATCTGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTAAAATACAAGTCACCATTCATAAGATCAATTTTAGGTATCTGTA  650

seq1  GGAATAAAAACGTTCTATACCTGTCAAGTTACTTTGACAGTCAGGAGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAAAAACGTTCTATACCTGTCAAGTTACTTTGACAGTCAGGAGATA  700

seq1  TGAAGAAGTCTGGTCCTTTAAATATCAACTAAAAAGATTACAACATTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAGTCTGGTCCTTTAAATATCAACTAAAAAGATTACAACATTCTG  750

seq1  ACTTTATTTCTACTTGGATGAATCCCATGAAGCTGGATGGTTCTCACTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATTTCTACTTGGATGAATCCCATGAAGCTGGATGGTTCTCACTAT  800

seq1  GAAGCAACTCTCATGCAATTGCATTCATGCTGGGAAATGATTTTATTGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAACTCTCATGCAATTGCATTCATGCTGGGAAATGATTTTATTGCA  850

seq1  TAAGAAAATGAATGAGCCAGAACCAGTGAGCTGTGTCTGTGCATAGGTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAATGAATGAGCCAGAACCAGTGAGCTGTGTCTGTGCATAGGTTA  900

seq1  TAATTTGCAGACTGTGATGTCAAAGTAGGGTTGAGAGCTGTG-ACAACAG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAATTTGCAGACTGTGATGTCAAAGTAGGGTTGAGAGCTGTGAACAACAG  950

seq1  TTGGCAATTGCTCTGTTGGAAAAGTCT--GTGGCAGTGGGACATCATGTC  997
      |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAATTGCTCTGTTGGAAAAGTCTTGTTGGCAGTGGGACATCATGTC  1000

seq1  ACACACATTCTT--CTTCTACCACATTATGCATGTGTAAGTACACTCTTT  1045
      ||||||||||||   ||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATTCTTTCTTTCTACACAATTATGCATGTGTAAGTACACTCTTT  1050

seq1  GCGCGCACACACACACAGATACA-CACACACA-CAGACACACACA-CGCA  1092
      ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||
seq2  GCGCGCACACACACACAGATACACCACACACATCAGACACACACACCGCA  1100

seq1  TACACA-AAGTCATGTTT--AAGATTATGGAGTACC-TGTCACCACAAA  1137
      || ||| |||||||||||  | ||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  TA-ACACAAGTCATGTTTTAAGGATTATGAAGTACCTTGTCACCACAAA  1148


seq1: chr4_35366598_35367764
seq2: B6Ng01-208L17.g_65_1237 (reverse)

seq1  CCAGGT--CAGAGGCA--TACTACTCTAGATATTGACTGTCA-GTG-ACT  44
      ||||||   |||||||   ||||||||||||  |||| |||| ||| |||
seq2  CCAGGTTCAAGAGGCAATAACTACTCTAGAT-GTGAC-GTCAGGTGAACT  48

seq1  TATAGCACCA--GCTATCTATCTA-TCTGCATTAGGATTCCTAGACCTTA  91
      ||||||||||   ||||||||||| ||||||| ||   |||||||| |||
seq2  TATAGCACCAAGCCTATCTATCTATTCTGCATAAG--ATCCTAGACTTTA  96

seq1  GGAATCCTGACTCTTGGCTCTTATGCCCAGAACTTTTCCAA--CATCTG-  138
      ||||| ||||||| |||||  |||| |||||||||||||||   ||||| 
seq2  GGAAT-CTGACTC-TGGCTTCTATG-CCAGAACTTTTCCAAACAATCTGT  143

seq1  TGGGCTACAGTCTCTCACATTCTCTATATTTCTGAAG-ACCTTTGTTAAC  187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGGCTACAGTCTCTCACATTCTCTATATTTCTGAAGAACCTTTGTTAAC  193

seq1  TCTAATTGGCTCTGCTTTCAGAGGTATTCTCACCAGATCTTGGTGACTTC  237
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATGGCTCTGCTTTCAGAGGTATTCTCACCAGATCTTGGTGACTTC  243

seq1  TGTGGCTAACATTGCTGCTGTGTATTGCCACTGATGACATTGCCTTGTGC  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTAACATTGCTGCTGTGTATTGCCACTGATGACATTGCCTTGTGC  293

seq1  TACCAGAACAGCCCACTTTATCCATGGTAAGGATTATAATTTGACAAGAA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGAACAGCCCACTTTATCCATGGTAAGGATTATAATTTGACAAGAA  343

seq1  AAGACCACCCAGCAAAAGCCTCTTATTAGGTCCATCTATGTCTTCCCCAG  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCACCCAGCAAAAGCCTCTTATTAGGTCCATCTATGTCTTCCCCAG  393

seq1  ACGTGGTCACAATGCCCTTGTGCCTTGTGCTTTTTGCAATTGGACTTTGC  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGGTCACAATGCCCTTGTGCCTTGTGCTTTTTGCAATTGGACTTTGC  443

seq1  TTTTTTTCCTGGGTGGTCCCTGCTTGAGGATGCTAGGCATATCAATCAAT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCCTGGGTGGTCCCTGCTTGAGGATGCTAGGCATATCAATCAAT  493

seq1  GTTCTGCTCTCAACAGCTTTATCAGTTCATGGAAAAATATCAAAGCATGC  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCTCTCAACAGCTTTATCAGTTCATGGAAAAATATCAAAGCATGC  543

seq1  TTGAGATAACATAGCTTTCATAACGTTCATAGTAGCATTCCACAGTGGTT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGATAACATAGCTTTCATAACGTTCATAGTAGCATTCCACAGTGGTT  593

seq1  GGCTGTGTTTAACAGTGCTTAGTCCTTGCCCCGATACTCCAAGAAGGGTT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGTTTAACAGTGCTTAGTCCTTGCCCCGATACTCCAAGAAGGGTT  643

seq1  TGGTTCCTGATCTGTCTCAGAGTGTGTACTAAGATGCCATATTTCAAAGA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCCTGATCTGTCTCAGAGTGTGTACTAAGATGCCATATTTCAAAGA  693

seq1  CAATCTTTGCAGGAGTTTAGGTCAGTGGAAGGCCAGTTTTTCCAGCTGTG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTTGCAGGAGTTTAGGTCAGTGGAAGGCCAGTTTTTCCAGCTGTG  743

seq1  CCTGATGCAAGCAGATCGATAACTCTAGCTGTCCTTCTCTGACTCACTAG  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGCAAGCAGATCGATAACTCTAGCTGTCCTTCTCTGACTCACTAG  793

seq1  CTGCCAGCTTGACTCACAGGGAGAAAGGAGCAGTTTCTCTGAGGACTGGA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGCTTGACTCACAGGGAGAAAGGAGCAGTTTCTCTGAGGACTGGA  843

seq1  AAGAAAGCCCAAGTGCTTCCTCTGGGCCTATTGCACACTCCTAAAGCTGC  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGCCCAAGTGCTTCCTCTGGGCCTATTGCACACTCCTAAAGCTGC  893

seq1  AAGTGAGACATTCTGGAGCCATGGGCAAAAAATTAGAGATCTTATAGCTG  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGACATTCTGGAGCCATGGGCAAAAAATTAGAGATCTTATAGCTG  943

seq1  GGTGTGGTCACCCTTAAAACTCTAGAACTTGGTAGGCTGAATTTTTTAAA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGGTCACCCTTAAAACTCTAGAACTTGGTAGGCTGAATTTTTTAAA  993

seq1  TCCACTGAATGAATTTTTTAAAATCTACTGCTTCTGAAGGGAGTGGAACT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGAATGAATTTTTTAAAATCTACTGCTTCTGAAGGGAGTGGAACT  1043

seq1  GGCAGCCCTGGGCCTTCGATGCACATTTGCTATACCAGTGCTCTATGGAG  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCCCTGGGCCTTCGATGCACATTTGCTATACCAGTGCTCTATGGAG  1093

seq1  CTGTACAAGCATTATCAAGAGTTTAAGGCCCACCCCGGGGGACATGGTGT  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACAAGCATTATCAAGAGTTTAAGGCCCACCCCGGGGGACATGGTGT  1143

seq1  TTGTGCCAGTCTGGGCTGTCAAGTGAATTC  1167
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCCAGTCTGGGCTGTCAAGTGAATTC  1173


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |