BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-210B20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 78,524,456 - 78,674,696
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039974, LOC100039996
Downstream geneLOC100040026, LOC100040036, LOC667922
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-210B20.bB6Ng01-210B20.g
ACCGA028541GA028542
length1,0851,116
definitionB6Ng01-210B20.b B6Ng01-210B20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,673,673 - 78,674,696)(78,524,456 - 78,525,573)
sequence
gaattcatgaggttcttaagcaaatggatggaaccagaaaatatcaccct
gagtgccaaacaaatcctcttcgagtacagatgctactattatttcaggt
gcttatttcctctcatgtctaagcaatagtgtactggtaggtgtcctagg
taagtttagtatttgtgatatgaaacccaacaaccaaaagaacttgaaga
ggaaatgacttatttggcttataattccatattgaagtctagcatcaaag
gaaattagggcaagaattcaaacagggcagaaacctagactcaggagatg
agcagaagctatgcttttactgactgaatcctaatggcctgctcagccta
cttctttataaatcaaaggcacacagatgagggatggcactatccaccgt
ggtctgagtcctttcacgtaaagcactatttaaggaactgcactacaggc
tttctacagccccattttatggaggaattttctccattaagggtcagtat
tcactgactcctctagtttgtgttgcttacataaaactagacagcatagc
aagcctagcttattttggtagtttgaagatattcttaagaccctagactc
cttctctgtggtctttggtagctacctttcatactcagtcacataattat
tgtagtgactgactatagccattggcttcttattctcataggaagaagga
atgaaatgtaaagggatgattgcttccaaagataaccatggctgagagtt
tggcgatatatacgatagagtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaag
aaaaatcctcagtacttcatactaattctcgtcacccttgatcaaactag
cttatcgtacttcttacaagagtcataattgcttagctacagataaagac
ttctggaaaatgataagcaggggctagagagatgggctcagtggttaaga
gccactggctgctcttccagaggtcctggagttcaatttcccagcaacca
catgggtggctccacaaccatctgtaaagggatctgatgcccccttctgg
gtatttctgaagacagcacagctataggtgtacta

gaattcttatagtaaagctataaaactgggcaaataaaaagatggccatc
atcttaacatggcctcagtgggagaagatgagcctaacccttgatagact
tgaggctccagggagtggggaggccttgcaaggtttttggggaacatcct
cttagagacaaagaaaggaggactggcatgaggaactgtgggaaagcaaa
cctggaaggggttaatgactggatgtaaaaagtaaaagttataaaaatgt
taaatatgaaaatatcaaagaactaaaaaaatgaaacaagctacatgtta
atatctgacataatgttaatatcattaaaatcaaaaaagtaaatgaaatt
taatttattaaattatctgtatatataattagatataaattaactatctc
aaaatataattgatccaaagacaatttataaaatttataagacgtatatt
gttaaacagtaatactaggacaaatagatgagatgattaattatatagaa
gagtttgtttcataattaaacagggagagacacagagatgagagagagag
agagagagagagagagagagagagagagagagagagagctgtctttgatg
aaaatggaaagatacactaaaatatagctataaagggtaagttcagtaat
ttgtctacaaaacagaatagtagtaatagcctctctctttgggcctatta
cctgtctcaccacaaatgtttaggttaataaaagtccccattacatgttt
catcttgtaaaggaaagtggtggttgctgtcatgattttttgatgcaggt
atcaaaccagtggtaatgtctagccaaactggtcaataatgaaactcgag
ggttcacagctgagtgatacacacacacacacacacacacacaaatcatg
tagtcaggatataatgctgtttgcatgtataagcataatgtcatttatat
gtatatgatttcagtcactatactactttcacagatcatttgctcagtca
tgatcattgtattttcttatccatatagatagaacaggaaataagtaaat
gcccttcacctccacaaataataataaacaaggtatagaatactagtcac
ctgtaagaatgaaatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_78673673_78674696
seq2: B6Ng01-210B20.b_96_1128 (reverse)

seq1  TAGTACA-CTATAGCTGTTGCTGTCTTCAGAAATA-CCAGAAGGGGGCAT  48
      ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TAGTACACCTATAGCTG-TGCTGTCTTCAGAAATACCCAGAAGGGGGCAT  49

seq1  CAGATCCCTTTACAGATGGTTGT-GAGCCA-CCATGTGGTTGCTGGG-AA  95
      ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||
seq2  CAGATCCCTTTACAGATGGTTGTGGAGCCACCCATGTGGTTGCTGGGAAA  99

seq1  TTGAACT-CAGGACCTCTGGAAGAGCAGCCAGT-GCTCTTAACCACTGAG  143
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTGAACTCCAGGACCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGGCTCTTAACCACTGAG  149

seq1  -CCATCTCTCTAGCCCCTGCTTATCATTTTCCAGAAGTCTTTATCTGTAG  192
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTCTCTAGCCCCTGCTTATCATTTTCCAGAAGTCTTTATCTGTAG  199

seq1  CTAAGCAATTATGACTCTTGTAAGAAGTACGATAAGCTAGTTTGATCAAG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCAATTATGACTCTTGTAAGAAGTACGATAAGCTAGTTTGATCAAG  249

seq1  GGTGACGAGAATTAGTATGAAGTACTGAGGATTTTTC--TTTTTTTTTTT  290
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  GGTGACGAGAATTAGTATGAAGTACTGAGGATTTTTCTTTTTTTTTTTTT  299

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTACTCTATCGTATATATCGCCAAACTCTCAGCCATG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTTACTCTATCGTATATATCGCCAAACTCTCAGCCATG  349

seq1  GTTATCTTTGGAAGCAATCATCCCTTTACATTTCATTCCTTCTTCCTATG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCTTTGGAAGCAATCATCCCTTTACATTTCATTCCTTCTTCCTATG  399

seq1  AGAATAAGAAGCCAATGGCTATAGTCAGTCACTACAATAATTATGTGACT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAAGAAGCCAATGGCTATAGTCAGTCACTACAATAATTATGTGACT  449

seq1  GAGTATGAAAGGTAGCTACCAAAGACCACAGAGAAGGAGTCTAGGGTCTT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATGAAAGGTAGCTACCAAAGACCACAGAGAAGGAGTCTAGGGTCTT  499

seq1  AAGAATATCTTCAAACTACCAAAATAAGCTAGGCTTGCTATGCTGTCTAG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATATCTTCAAACTACCAAAATAAGCTAGGCTTGCTATGCTGTCTAG  549

seq1  TTTTATGTAAGCAACACAAACTAGAGGAGTCAGTGAATACTGACCCTTAA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTAAGCAACACAAACTAGAGGAGTCAGTGAATACTGACCCTTAA  599

seq1  TGGAGAAAATTCCTCCATAAAATGGGGCTGTAGAAAGCCTGTAGTGCAGT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAAATTCCTCCATAAAATGGGGCTGTAGAAAGCCTGTAGTGCAGT  649

seq1  TCCTTAAATAGTGCTTTACGTGAAAGGACTCAGACCACGGTGGATAGTGC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAAATAGTGCTTTACGTGAAAGGACTCAGACCACGGTGGATAGTGC  699

seq1  CATCCCTCATCTGTGTGCCTTTGATTTATAAAGAAGTAGGCTGAGCAGGC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTCATCTGTGTGCCTTTGATTTATAAAGAAGTAGGCTGAGCAGGC  749

seq1  CATTAGGATTCAGTCAGTAAAAGCATAGCTTCTGCTCATCTCCTGAGTCT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGGATTCAGTCAGTAAAAGCATAGCTTCTGCTCATCTCCTGAGTCT  799

seq1  AGGTTTCTGCCCTGTTTGAATTCTTGCCCTAATTTCCTTTGATGCTAGAC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCTGCCCTGTTTGAATTCTTGCCCTAATTTCCTTTGATGCTAGAC  849

seq1  TTCAATATGGAATTATAAGCCAAATAAGTCATTTCCTCTTCAAGTTCTTT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATATGGAATTATAAGCCAAATAAGTCATTTCCTCTTCAAGTTCTTT  899

seq1  TGGTTGTTGGGTTTCATATCACAAATACTAAACTTACCTAGGACACCTAC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTTGGGTTTCATATCACAAATACTAAACTTACCTAGGACACCTAC  949

seq1  CAGTACACTATTGCTTAGACATGAGAGGAAATAAGCACCTGAAATAATAG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACACTATTGCTTAGACATGAGAGGAAATAAGCACCTGAAATAATAG  999

seq1  TAGCATCTGTACTCGAAGAGGATTTGTTTGGCAC  1024
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATCTGTACTCGAAGAGGATTTGTTTGGCAC  1033


seq1: chr4_78524456_78525573
seq2: B6Ng01-210B20.g_65_1180

seq1  GAATTCTTATAGTAAAGCTATAAAACTGGGCAAATAAAAAGATGGCCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATAGTAAAGCTATAAAACTGGGCAAATAAAAAGATGGCCATC  50

seq1  ATCTTAACATGGCCTCAGTGGGAGAAGATGAGCCTAACCCTTGATAGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAACATGGCCTCAGTGGGAGAAGATGAGCCTAACCCTTGATAGACT  100

seq1  TGAGGCTCCAGGGAGTGGGGAGGCCTTGCAAGGTTTTTGGGGAACATCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCTCCAGGGAGTGGGGAGGCCTTGCAAGGTTTTTGGGGAACATCCT  150

seq1  CTTAGAGACAAAGAAAGGAGGACTGGCATGAGGAACTGTGGGAAAGCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGACAAAGAAAGGAGGACTGGCATGAGGAACTGTGGGAAAGCAAA  200

seq1  CCTGGAAGGGGTTAATGACTGGATGTAAAAAGTAAAAGTTATAAAAATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAAGGGGTTAATGACTGGATGTAAAAAGTAAAAGTTATAAAAATGT  250

seq1  TAAATATGAAAATATCAAAGAACTAAAAAAATGAAACAAGCTACATGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATGAAAATATCAAAGAACTAAAAAAATGAAACAAGCTACATGTTA  300

seq1  ATATCTGACATAATGTTAATATCATTAAAATCAAAAAAGTAAATGAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGACATAATGTTAATATCATTAAAATCAAAAAAGTAAATGAAATT  350

seq1  TAATTTATTAAATTATCTGTATATATAATTAGATATAAATTAACTATCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTATTAAATTATCTGTATATATAATTAGATATAAATTAACTATCTC  400

seq1  AAAATATAATTGATCCAAAGACAATTTATAAAATTTATAAGACGTATATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATAATTGATCCAAAGACAATTTATAAAATTTATAAGACGTATATT  450

seq1  GTTAAACAGTAATACTAGGACAAATAGATGAGATGATTAATTATATAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAACAGTAATACTAGGACAAATAGATGAGATGATTAATTATATAGAA  500

seq1  GAGTTTGTTTCATAATTAAACAGGGAGAGACACAGAGATGAGAGAGAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGTTTCATAATTAAACAGGGAGAGACACAGAGATGAGAGAGAGAG  550

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTGTCTTTGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTGTCTTTGATG  600

seq1  AAAATGGAAAGATACACTAAAATATAGCTATAAAGGGTAAGTTCAGTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGAAAGATACACTAAAATATAGCTATAAAGGGTAAGTTCAGTAAT  650

seq1  TTGTCTACAAAACAGAATAGTAGTAATAGCCTCTCTCTTTGGGCCTATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTACAAAACAGAATAGTAGTAATAGCCTCTCTCTTTGGGCCTATTA  700

seq1  CCTGTCTCACCACAAATGTTTAGGTTAATAAAAGTCCCCATTACATGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCACCACAAATGTTTAGGTTAATAAAAGTCCCCATTACATGTTT  750

seq1  CATCTTGTAAAGGAAAGTGGTGGTTGCTGTCATGATTTTTTGATGCAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTGTAAAGGAAAGTGGTGGTTGCTGTCATGATTTTTTGATGCAGGT  800

seq1  ATCAAACCAGTGGTAATGTCTAGCCAAACTGGTCAATAATGAAACTCGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACCAGTGGTAATGTCTAGCCAAACTGGTCAATAATGAAACTCGAG  850

seq1  GGTTCACAGCTGAGTGATACACACACACACACACACACACACAAATCATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCACAGCTGAGTGATACACACACACACACACACACACACAAATCATG  900

seq1  TAGTCAGGATATAATGCTGTTTGCATGTATAAGCATAATGTCATTTATAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAGGATATAATGCTGTTTGCATGTATAAGCATAATGTCATTTATAT  950

seq1  GTATATGATTCCAGTCACTATACTAC-TTCACAGATCATTTGCTCAGTCA  999
      |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGATTTCAGTCACTATACTACTTTCACAGATCATTTGCTCAGTCA  1000

seq1  TGATCATTGTATTT--CTATCCAATATAGATAGAAACAGAAATAAGTAAA  1047
      ||||||||||||||   ||||| ||||||||||||   ||||||||||||
seq2  TGATCATTGTATTTTCTTATCC-ATATAGATAGAACAGGAAATAAGTAAA  1049

seq1  TGCCCTTCAACT-CACAAATAAATAATAAAAACAAAGTATAGAATACTAG  1096
      ||||||||| || ||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||
seq2  TGCCCTTCACCTCCACAAAT-AATAAT--AAACAAGGTATAGAATACTAG  1096

seq1  TCACCTGTAAAGAAATGAAATC  1118
      ||||||||||   |||||||||
seq2  TCACCTGTAA--GAATGAAATC  1116


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |