BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-210F11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 153,632,845 - 153,723,999
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMegf6, Arhgef16, Prdm16
Upstream geneLOC100042089, Ajap1, BC039966, A430005L14Rik, Dffb, BC046331, Lrrc47, 1190007F08Rik, Ccdc27, Trp73, Wdr8, 1200015A19Rik
Downstream geneLOC100043342, LOC100042178, Actrt2, B230396O12Rik, Mmel1, 2810405K02Rik, Tnfrsf14, Hes5, Pank4, LOC100043358, Plch2, Pex10, Rer1, Morn1, Ski, 2610002J02Rik, Prkcz
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-210F11.bB6Ng01-210F11.g
ACCGA028703GA028704
length919792
definitionB6Ng01-210F11.b B6Ng01-210F11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(153,723,086 - 153,723,999)(153,632,845 - 153,633,636)
sequence
gaattccacttacccaaaggacccatagcacttccttccatagtttcatt
tcccccacccccaaaaagagatatggctaaggtaagccagtgaggccagg
ctgtctagcccctggcaaaaattggattatctgggtcagaagtactgtcc
acccagtcatccctaagcatacacatgtccgttccctgccacccagatat
gaccagtaagcatggtgtcacatgggtatcagtgcataggctcagctgtg
cctctgacacctggctctgcaggggacccggtgttaggattgccggatac
agcccaggactacgacgcttccatggaggagaggttccctcctcaaaact
ccatgttgttccgggcacagagaagcgaaccatgtcctgcagagacggaa
aacattctgtggttatggtgggagtctctctctggtgagaagtggggtcg
ggagcagcacgcccgcccctgccctgacgtaagtccctgctcagtgccgg
gtaccaggccagtccttatgaccttcccacacagttgcacatgcacacag
atgcaagcatacctcccacatacaagcattcataaacacaggtgcacata
ttcacacacaaatgcagatccctaatacatgcccattcacacacatgcaa
acatagacctgcatattcacagatgcatacatgtacacacaaacacctca
caaataatcatctgtgtctttcagatgtgtagaacacatacacacgtgca
cacatagcccacaaacagacatatacagaatcacacataggtgttcgtga
atgcatacatgcccagtttaatgcatatatatatatatattatatatata
cactccccacgcatatgctacatgttgtgttccaaatataaaaaacatgc
taacacattcacacatgtt
gaattcctagaatgttctggaaggggactcagctacagcggcatatggat
ctcacccctgctgatttgggctgacttgggtgggtgctgtagtaggcagg
ctccttatggctctgcgtctacagcttgccctccctgggcctttggaccg
ggctgttctgaggactgcctttgtgagcagtcacacacaagatcttgtaa
ctcgaaggatggcagctgctcctgcaaggccggcttccagggcgagcgct
gcgaggcgggtgagtctctggaagagagggaggtcccaaggccattgaga
acctcacttccatcatacaattgtgtcttacctctcactccgcagagtgc
gagccaggctcctttgggccaggctgcagaaaccgttgcacctgccggcc
aggtgtggcctgtgaccctgtgagtggcgagtgtcggacgcagtgtcctc
ctggctaccagggggaggactgtggccaaggtgggtgactgttctttggg
gatttggggattagggttccttgtactaaggagttgctagagtgtacaac
tggaagctgtcaatcgagagcctgggtgtaaatggcccctttacctacca
tcagctcagtggtagtgtggttcctggactgtcacagaggtgccccaaag
gagctggtctgcctgcctggttcagggtcagcatctctgtcgagctttgc
ctcactgaagctccttggaaagctctgtgctggagtctgggacaagatga
tgagaagggagccagaggtgggagttgcgaggaggacaggat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_153723086_153723999
seq2: B6Ng01-210F11.b_44_961 (reverse)

seq1  ACATGTGTG-ATGTGTTAGCATG-TTTTTATATTT-GAACAC-ACATGTA  46
      ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||
seq2  ACATGTGTGAATGTGTTAGCATGTTTTTTATATTTGGAACACAACATGTA  50

seq1  GCATATGTGTGTGTGTGTGTATATATAT-ATATATATATATATATGCATT  95
      ||||||| ||| | | |||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGCGTG-GGGAGTGTATATATATAATATATATATATATATGCATT  99

seq1  AAAACTGGGCATGTATGCATTCACGAACACCTATGTGTGATTCTGTATAT  145
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AAACTGGGCATGTATGCATTCACGAACACCTATGTGTGATTCTGTATAT  148

seq1  GTCTGTTTGTGGGCTATGTGTGCACGTGTGTATGTGTTCTACACATCTG-  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTCTGTTTGTGGGCTATGTGTGCACGTGTGTATGTGTTCTACACATCTGA  198

seq1  AAGACACAGATGATTATTTGTGAGGTGTTTGTGTGTACATGTATGCATCT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACAGATGATTATTTGTGAGGTGTTTGTGTGTACATGTATGCATCT  248

seq1  GTGAATATGCAGGTCTATGTTTGCATGTGTGTGAATGGGCATGTATTAGG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATATGCAGGTCTATGTTTGCATGTGTGTGAATGGGCATGTATTAGG  298

seq1  GATCTGCATTTGTGTGTGAATATGTGCACCTGTGTTTATGAATGCTTGTA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGCATTTGTGTGTGAATATGTGCACCTGTGTTTATGAATGCTTGTA  348

seq1  TGTGGGAGGTATGCTTGCATCTGTGTGCATGTGCAACTGTGTGGGAAGGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGAGGTATGCTTGCATCTGTGTGCATGTGCAACTGTGTGGGAAGGT  398

seq1  CATAAGGACTGGCCTGGTACCCGGCACTGAGCAGGGACTTACGTCAGGGC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGGACTGGCCTGGTACCCGGCACTGAGCAGGGACTTACGTCAGGGC  448

seq1  AGGGGCGGGCGTGCTGCTCCCGACCCCACTTCTCACCAGAGAGAGACTCC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCGGGCGTGCTGCTCCCGACCCCACTTCTCACCAGAGAGAGACTCC  498

seq1  CACCATAACCACAGAATGTTTTCCGTCTCTGCAGGACATGGTTCGCTTCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATAACCACAGAATGTTTTCCGTCTCTGCAGGACATGGTTCGCTTCT  548

seq1  CTGTGCCCGGAACAACATGGAGTTTTGAGGAGGGAACCTCTCCTCCATGG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCCGGAACAACATGGAGTTTTGAGGAGGGAACCTCTCCTCCATGG  598

seq1  AAGCGTCGTAGTCCTGGGCTGTATCCGGCAATCCTAACACCGGGTCCCCT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGTCGTAGTCCTGGGCTGTATCCGGCAATCCTAACACCGGGTCCCCT  648

seq1  GCAGAGCCAGGTGTCAGAGGCACAGCTGAGCCTATGCACTGATACCCATG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCCAGGTGTCAGAGGCACAGCTGAGCCTATGCACTGATACCCATG  698

seq1  TGACACCATGCTTACTGGTCATATCTGGGTGGCAGGGAACGGACATGTGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACCATGCTTACTGGTCATATCTGGGTGGCAGGGAACGGACATGTGT  748

seq1  ATGCTTAGGGATGACTGGGTGGACAGTACTTCTGACCCAGATAATCCAAT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTAGGGATGACTGGGTGGACAGTACTTCTGACCCAGATAATCCAAT  798

seq1  TTTTGCCAGGGGCTAGACAGCCTGGCCTCACTGGCTTACCTTAGCCATAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCAGGGGCTAGACAGCCTGGCCTCACTGGCTTACCTTAGCCATAT  848

seq1  CTCTTTTTGGGGGTGGGGGAAATGAAACTATGGAAGGAAGTGCTATGGGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTTGGGGGTGGGGGAAATGAAACTATGGAAGGAAGTGCTATGGGT  898

seq1  CCTTTGGGTAAGTGGAATTC  914
      ||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGGTAAGTGGAATTC  918

seq1: chr4_153632845_153633636
seq2: B6Ng01-210F11.g_65_856

seq1  GAATTCCTAGAATGTTCTGGAAGGGGACTCAGCTACAGCGGCATATGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGAATGTTCTGGAAGGGGACTCAGCTACAGCGGCATATGGAT  50

seq1  CTCACCCCTGCTGATTTGGGCTGACTTGGGTGGGTGCTGTAGTAGGCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCCTGCTGATTTGGGCTGACTTGGGTGGGTGCTGTAGTAGGCAGG  100

seq1  CTCCTTATGGCTCTGCGTCTACAGCTTGCCCTCCCTGGGCCTTTGGACCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTATGGCTCTGCGTCTACAGCTTGCCCTCCCTGGGCCTTTGGACCG  150

seq1  GGCTGTTCTGAGGACTGCCTTTGTGAGCAGTCACACACAAGATCTTGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTTCTGAGGACTGCCTTTGTGAGCAGTCACACACAAGATCTTGTAA  200

seq1  CTCGAAGGATGGCAGCTGCTCCTGCAAGGCCGGCTTCCAGGGCGAGCGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGAAGGATGGCAGCTGCTCCTGCAAGGCCGGCTTCCAGGGCGAGCGCT  250

seq1  GCGAGGCGGGTGAGTCTCTGGAAGAGAGGGAGGTCCCAAGGCCATTGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGGCGGGTGAGTCTCTGGAAGAGAGGGAGGTCCCAAGGCCATTGAGA  300

seq1  ACCTCACTTCCATCATACAATTGTGTCTTACCTCTCACTCCGCAGAGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCACTTCCATCATACAATTGTGTCTTACCTCTCACTCCGCAGAGTGC  350

seq1  GAGCCAGGCTCCTTTGGGCCAGGCTGCAGAAACCGTTGCACCTGCCGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGGCTCCTTTGGGCCAGGCTGCAGAAACCGTTGCACCTGCCGGCC  400

seq1  AGGTGTGGCCTGTGACCCTGTGAGTGGCGAGTGTCGGACGCAGTGTCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGGCCTGTGACCCTGTGAGTGGCGAGTGTCGGACGCAGTGTCCTC  450

seq1  CTGGCTACCAGGGGGAGGACTGTGGCCAAGGTGGGTGACTGTTCTTTGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTACCAGGGGGAGGACTGTGGCCAAGGTGGGTGACTGTTCTTTGGG  500

seq1  GATTTGGGGATTAGGGTTCCTTGTACTAAGGAGTTGCTAGAGTGTACAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGGGGATTAGGGTTCCTTGTACTAAGGAGTTGCTAGAGTGTACAAC  550

seq1  TGGAAGCTGTCAATCGAGAGCCTGGGTGTAAATGGCCCCTTTACCTACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCTGTCAATCGAGAGCCTGGGTGTAAATGGCCCCTTTACCTACCA  600

seq1  TCAGCTCAGTGGTAGTGTGGTTCCTGGACTGTCACAGAGGTG-CCCAAAG  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCAGCTCAGTGGTAGTGTGGTTCCTGGACTGTCACAGAGGTGCCCCAAAG  650

seq1  GAGCTGGTCTGCCTGCCTGGTTCAGGGTCAGCATCTCTGTCGAGCTTTGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGGTCTGCCTGCCTGGTTCAGGGTCAGCATCTCTGTCGAGCTTTGC  700

seq1  CTCACTGAAGCTCCTTGGAAAGCTCTGTGCTGGAGTCTGGGACAAGATGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGAAGCTCCTTGGAAAGCTCTGTGCTGGAGTCTGGGACAAGATGA  750

seq1  TGAGAAGGGAGCCAGAGGTGGGAGTTGGGAGGAGGAGCAGGAT  792
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  TGAGAAGGGAGCCAGAGGTGGGAGTTGCGAGGAGGA-CAGGAT  792