BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213M08
Chromosome4 (Build37)
Map Location 93,823,757 - 93,894,793
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC384125, Tusc1
Downstream gene5830433M19Rik, Plaa, LOC667250, Lrrc19, Ift74, Tek, 4930579C15Rik, LOC100039252, Mysm1, LOC100039265, LOC665029, Jun
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213M08.bB6Ng01-213M08.g
ACCGA031202GA031203
length1,132877
definitionB6Ng01-213M08.b B6Ng01-213M08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,893,648 - 93,894,793)(93,823,757 - 93,824,633)
sequence
gaattcaataagatgtgaagaagggtgcggcatgtaaagttagagacatt
ctcatatgcattaggacctggtccatgggagggtgggtccgtagcgcatc
tgtctcctttggctacgtcagcctctgtctctacctctggatgtatgagt
ttatgtctcctcatgttggctaagaacaagtttgaattagaaattgctta
ctacttaagaaatacttaaatttgtttatatttttcattgtcttattttt
gtgtgggcacacatgtgccaccacacatgtgcaaaggtcagcaggcaact
tactggacttggccctccccttccactctgtaagtcctggcagtgaattc
aggtcattaggtttggtggcaagtccctctaccttgagtcatctcactga
accaaaataatccattttactaaaatttgatgatgatgatgatgatggcg
acgatgtctgtgctggtgccacagtccagcggacaaaggtcagaggtcag
aggtcagaggataattttgtgaaattggttctctttcaccttcatatatg
ttctggagactcaacacaggttaccacacttttggggcaattgcctttat
tcactgagctatcctactgtccccatttactatggtttttgtttgtttgt
tttgtttgtttttgagattcttcaaggtttgtggttattctcatggatgg
atgcttgcatcatgtctgactttcacttatcatagctactgtcaatggtc
tgcaaagcagtaggatttgtttttactaaatgctccttctaacactctct
atttgcaccaagtagcaaaccaggtgctagatgttcctccaaaaatgcat
gatgttagatagcaaggatggggacagggtcaacacagagctggcctttt
agtgcctagaggtgagcctggatctgacatgcaattggaatgcccagacc
aacataaccatgtgaaacactgggttcataatacctgatggtctctggtc
tattattttgccacctgcctcaaaattgaaacttaagctagcttatatat
gtatttaggagcccatcccaagtgcccagctagtgtttcctctgatgact
ctactctactgaacctggttcttcaccccccc

gaattcactcaatgctttagcctcacaaccctgaaccctaataaagccat
ggtaagcaagtaagacactaagttctcctcctgacagcaggcaaggccac
agcatacaatgcttgagatgatgcttaagtagacaacagggtgggttttg
tcgtttgctgttgctgttccacatgtagaggggggaggggggaacataat
gatcaaagcagtgggaaactatgggctccctggggagagatgcagtacaa
gcttctcatgcagcctgtgaacattagaactgtctttattcacttctgcc
agagtccaaattccctacaggaagatatcaaaagactcaatagtcactta
attttcatctaaactgaaattctgtgagcccttctggggaacaaggcttc
atatgggcacaagaaagggatgccatatcaccccagtgatattcagtaaa
gggctgagaggattggacactcttatcaggatttggtttgtgtattaagt
ttttcccaagcccctgaatcttctagaactcagctgcccagtgtatgaag
aagtgtgagttcaaatctaatcaagaagagtcctaaaattggactcttgt
attttgcagcctcagaatgaacatctgtagtctaaataatatgaatctat
tttacctttttactttcaataaccttaacatcatacaggcacatgggcat
aacacaggctacccacttccctactctctaagagccttcagaaacctcat
ctgatgtaaaagatgactaattgacttataattcctgaagcagtaaccca
aagatgctttcttgactttacccatgatgtaatagtccctcacaggttga
ttggttggcctaaacaagaagtctcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_93893648_93894793
seq2: B6Ng01-213M08.b_44_1175 (reverse)

seq1  GGGGGGGTGGAAGACACAGGGTCAGTAGAGTAGAAGTCATCAGAGGAAAC  50
      |||||||| |||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGT-GAAGAACCAGGTTCAGTAGAGTAG-AGTCATCAGAGGAAAC  48

seq1  ACTAGCCTGGGGGCACCTTGGGGAATGGGGGCTCCCTAAATACATATATA  100
      ||||||    ||||| ||||||  ||  ||||| ||||||||||||||||
seq2  ACTAGC---TGGGCA-CTTGGG--AT--GGGCT-CCTAAATACATATATA  89

seq1  GGCTAGCCTTTTAGTTTCAATTTTGGAGGCAGGTGGCAAAATAATAGACC  150
       ||||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGC--TTAAGTTTCAATTTT-GAGGCAGGTGGCAAAATAATAGACC  136

seq1  AGAGACCATCAGGTATTATGAA-CCAGTGTTTTCACATGGTTATGTTGGT  199
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACCATCAGGTATTATGAACCCAGTG-TTTCACATGGTTATGTTGGT  185

seq1  CTGGGCATTCCAATTGCATGTCAGATCCAGGCTCACCTCTAGGCACTAAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCATTCCAATTGCATGTCAGATCCAGGCTCACCTCTAGGCACTAAA  235

seq1  AGGCCAGCTCTGTGTTGACCCTGTCCCCATCCTTGCTATCTAACATCATG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGCTCTGTGTTGACCCTGTCCCCATCCTTGCTATCTAACATCATG  285

seq1  CATTTTTGGAGGAACATCTAGCACCTGGTTTGCTACTTGGTGCAAATAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTGGAGGAACATCTAGCACCTGGTTTGCTACTTGGTGCAAATAGA  335

seq1  GAGTGTTAGAAGGAGCATTTAGTAAAAACAAATCCTACTGCTTTGCAGAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTTAGAAGGAGCATTTAGTAAAAACAAATCCTACTGCTTTGCAGAC  385

seq1  CATTGACAGTAGCTATGATAAGTGAAAGTCAGACATGATGCAAGCATCCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGACAGTAGCTATGATAAGTGAAAGTCAGACATGATGCAAGCATCCA  435

seq1  TCCATGAGAATAACCACAAACCTTGAAGAATCTCAAAAACAAACAAAACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGAGAATAACCACAAACCTTGAAGAATCTCAAAAACAAACAAAACA  485

seq1  AACAAACAAAAACCATAGTAAATGGGGACAGTAGGATAGCTCAGTGAATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAAAACCATAGTAAATGGGGACAGTAGGATAGCTCAGTGAATA  535

seq1  AAGGCAATTGCCCCAAAAGTGTGGTAACCTGTGTTGAGTCTCCAGAACAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAATTGCCCCAAAAGTGTGGTAACCTGTGTTGAGTCTCCAGAACAT  585

seq1  ATATGAAGGTGAAAGAGAACCAATTTCACAAAATTATCCTCTGACCTCTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAAGGTGAAAGAGAACCAATTTCACAAAATTATCCTCTGACCTCTG  635

seq1  ACCTCTGACCTTTGTCCGCTGGACTGTGGCACCAGCACAGACATCGTCGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGACCTTTGTCCGCTGGACTGTGGCACCAGCACAGACATCGTCGC  685

seq1  CATCATCATCATCATCATCAAATTTTAGTAAAATGGATTATTTTGGTTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATCATCATCATCATCAAATTTTAGTAAAATGGATTATTTTGGTTCA  735

seq1  GTGAGATGACTCAAGGTAGAGGGACTTGCCACCAAACCTAATGACCTGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGATGACTCAAGGTAGAGGGACTTGCCACCAAACCTAATGACCTGAA  785

seq1  TTCACTGCCAGGACTTACAGAGTGGAAGGGGAGGGCCAAGTCCAGTAAGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGCCAGGACTTACAGAGTGGAAGGGGAGGGCCAAGTCCAGTAAGT  835

seq1  TGCCTGCTGACCTTTGCACATGTGTGGTGGCACATGTGTGCCCACACAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCTGACCTTTGCACATGTGTGGTGGCACATGTGTGCCCACACAAA  885

seq1  AATAAGACAATGAAAAATATAAACAAATTTAAGTATTTCTTAAGTAGTAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGACAATGAAAAATATAAACAAATTTAAGTATTTCTTAAGTAGTAA  935

seq1  GCAATTTCTAATTCAAACTTGTTCTTAGCCAACATGAGGAGACATAAACT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTCTAATTCAAACTTGTTCTTAGCCAACATGAGGAGACATAAACT  985

seq1  CATACATCCAGAGGTAGAGACAGAGGCTGACGTAGCCAAAGGAGACAGAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATCCAGAGGTAGAGACAGAGGCTGACGTAGCCAAAGGAGACAGAT  1035

seq1  GCGCTACGGACCCACCCTCCCATGGACCAGGTCCTAATGCATATGAGAAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTACGGACCCACCCTCCCATGGACCAGGTCCTAATGCATATGAGAAT  1085

seq1  GTCTCTAACTTTACATGCCGCACCCTTCTTCACATCTTATTGAATTC  1146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTAACTTTACATGCCGCACCCTTCTTCACATCTTATTGAATTC  1132


seq1: chr4_93823757_93824633
seq2: B6Ng01-213M08.g_68_944

seq1  GAATTCACTCAATGCTTTAGCCTCACAACCCTGAACCCTAATAAAGCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCAATGCTTTAGCCTCACAACCCTGAACCCTAATAAAGCCAT  50

seq1  GGTAAGCAAGTAAGACACTAAGTTCTCCTCCTGACAGCAGGCAAGGCCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGCAAGTAAGACACTAAGTTCTCCTCCTGACAGCAGGCAAGGCCAC  100

seq1  AGCATACAATGCTTGAGATGATGCTTAAGTAGACAACAGGGTGGGTTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATACAATGCTTGAGATGATGCTTAAGTAGACAACAGGGTGGGTTTTG  150

seq1  TCGTTTGCTGTTGCTGTTCCACATGTAGAGGGGGGAGGGGGGAACATAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTTGCTGTTGCTGTTCCACATGTAGAGGGGGGAGGGGGGAACATAAT  200

seq1  GATCAAAGCAGTGGGAAACTATGGGCTCCCTGGGGAGAGATGCAGTACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAAGCAGTGGGAAACTATGGGCTCCCTGGGGAGAGATGCAGTACAA  250

seq1  GCTTCTCATGCAGCCTGTGAACATTAGAACTGTCTTTATTCACTTCTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTCATGCAGCCTGTGAACATTAGAACTGTCTTTATTCACTTCTGCC  300

seq1  AGAGTCCAAATTCCCTACAGGAAGATATCAAAAGACTCAATAGTCACTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCAAATTCCCTACAGGAAGATATCAAAAGACTCAATAGTCACTTA  350

seq1  ATTTTCATCTAAACTGAAATTCTGTGAGCCCTTCTGGGGAACAAGGCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCATCTAAACTGAAATTCTGTGAGCCCTTCTGGGGAACAAGGCTTC  400

seq1  ATATGGGCACAAGAAAGGGATGCCATATCACCCCAGTGATATTCAGTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGGCACAAGAAAGGGATGCCATATCACCCCAGTGATATTCAGTAAA  450

seq1  GGGCTGAGAGGATTGGACACTCTTATCAGGATTTGGTTTGTGTATTAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGAGAGGATTGGACACTCTTATCAGGATTTGGTTTGTGTATTAAGT  500

seq1  TTTTCCCAAGCCCCTGAATCTTCTAGAACTCAGCTGCCCAGTGTATGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCAAGCCCCTGAATCTTCTAGAACTCAGCTGCCCAGTGTATGAAG  550

seq1  AAGTGTGAGTTCAAATCTAATCAAGAAGAGTCCTAAAATTGGACTCTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGAGTTCAAATCTAATCAAGAAGAGTCCTAAAATTGGACTCTTGT  600

seq1  ATTTTGCAGCCTCAGAATGAACATCTGTAGTCTAAATAATATGAATCTA-  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATTTTGCAGCCTCAGAATGAACATCTGTAGTCTAAATAATATGAATCTAT  650

seq1  TTTACCTTTTTAC-TTCAATAACCTTAACATCATACAGGCACATGGGCAT  698
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCTTTTTACTTTCAATAACCTTAACATCATACAGGCACATGGGCAT  700

seq1  AACACAGGCTA-CCACTTCCCTACTCTCTAAGAGCCTTCAGAAACCTCAT  747
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGGCTACCCACTTCCCTACTCTCTAAGAGCCTTCAGAAACCTCAT  750

seq1  CTGATGTAAAAGATGACTAAGTGACTTATAAATCCTGAAGCAGGTAACCC  797
      |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  CTGATGTAAAAGATGACTAATTGACTTATAATTCCTGAAGCA-GTAACCC  799

seq1  AAAGATGC-TTCTTGACTTTACCCATGAGGTAATAGTCCCTCACAGGTTG  846
      |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGCTTTCTTGACTTTACCCATGATGTAATAGTCCCTCACAGGTTG  849

seq1  ATTGGCTGGCCTAAACAAAGGAAAGTCTCTA  877
      ||||| ||||||||||||    |||||||||
seq2  ATTGGTTGGCCTAAACAA---GAAGTCTCTA  877


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |