BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213O11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 76,348,811 - 76,504,798
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667858, LOC667862
Upstream geneLOC100039884, LOC667845, Ptprd
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213O11.bB6Ng01-213O11.g
ACCGA031296GA031297
length1,2011,138
definitionB6Ng01-213O11.b B6Ng01-213O11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,503,580 - 76,504,798)(76,348,811 - 76,349,947)
sequence
gaattctatgaaatgcatgcatgagatttcattttgttttgctttctcag
acagaatcttactgggtagctaggctggacttgttgcagtgacctcctac
ctctgcctcccaagtgctaggattacaaacttcatcaccactttcttgat
gctgtggttacatatatcacatatactcaggaatgcctcagtgaaagtta
atgcacaccagtcttataaatgtgcattatcctcacttactcttgataaa
atatcttatcaatgagaaaatgtttcatagctggctcaagattgaaagga
attaattattggccttttgtgaaagatttatgttaagaaacacacatgtc
aggatgttagcaattttggcagtttagtcaggattagtttgagaactcag
aatggtagttccaaattgtaggtaatttaaagtaatcaaacctgtctgaa
acagccttcaaaggttggttaaacatcttataaaattcattagcaaatcc
atctggaccagggtcttctccagatgggaggcattcattactgttcttca
ttacttatcatttattataggtggagtttatttttggaggtttatgatag
ttctattcaataaataaactaagaaatcatttattactcatcgatatata
tttctataatgaccacataaaaacattagtggtatgtttttgacatatcc
caattaacatacatgatttatattacatgtgcatttaaaaatttttaaat
gtaaaaaattgtgactgtttttgaaaaaaaatgttacctctattgctatc
ttttagtgaaatgtaacttttctgaatatgtaagccttcataagcatcat
cttcatagggagaagcttaattctataaactggcattttaagatattcat
gctaaattatagtaaaagaaaatactcaaaagcatatgaataagtcatta
gaatatatgttcaatgaaaattcacaaatatttgtgaatcccttatttta
ttacaaggaagcatcgatttcttaataaatattatgaaaatacaatttat
cacctaggaaatgaaataaattaataataaaaggattgaattgtatatga
aaaaaaattgacacaagaaaattagcagccaatccgacgagcttaccatt
ctctccatgtctaaaagctcgacttggagtgaagagaaccctctcgatgt
g

gaattcattggaaaaacgactttcccatgtgagaatcactcatctgatga
ggcagtcgtttactgagcaagcatgccattccaggttaggggagaaaccc
tgagttaaatgttgccttgctgactgagttcagactatgttctaagcctt
aggtttaatgacatatgtcataaaaagaattaatcccttcatttaactag
acttcaggatgtaaaatatgtaacaaaaacctaacaaatatttaaaggca
agagtaaaaaaacaagagaataatcaaatatgagctgtttgtatttggat
gttttacactctgaagtcttttctgatatttcaactcaaacatgaaagag
atagagtcaaatgcacagtaatgaagagtaggccaggcagcatgggcagt
gagaatcatgggtaacatgttggacttcttgaatatagaaagagggttac
tgactatgcagctctgtgagtgagagaagagcaagtgatagtattgatag
cctagacaggtttagattaatcagcattatataagcccaaactgctacta
ggttttcattgtggggtcaatgaaaacttatagtggaatatgtaggaaca
atacaagagaaaagtttacttggatagtttcagcagctatatggatttca
aatgtttgtcagtcagcatgttccagagaggtacagcctagcatttagaa
gtgataaatatgcagctagagtcaagagctccggggtactggttagttca
taatgttgatccacctatagggttgcagatccctttagctccttgggtac
tttctctagctcctccattgggagccctgtgatccatccattagctgact
gtgagcatccacttctgtgtttgctaggccccggcatagtctcacaagag
acagctacatctgggtcttttcgataaaattttgctagtgtatgcaatgg
tgtcagcgtttggatgctgattatagggttgatccctggatatggcagtt
ctctacatggtccatcctttcatctcagctcaaacttttgttctctgtaa
ctccttacaagggtgttttgttcccactctacggagggcatagtgtcaac
tttcaatcttcatttttctggagttctcatgtggttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_76503580_76504798
seq2: B6Ng01-213O11.b_47_1247 (reverse)

seq1  CACATCAGAAGGGTTCTCTTTCTCACTCCATGTCTGAAGCTTTTTAAACA  50
      ||||||   ||||||||||   |||||||| |||   ||| ||||| |||
seq2  CACATCGAGAGGGTTCTCT---TCACTCCAAGTC--GAGC-TTTTAGACA  44

seq1  TGGAGGAATTGCTAAGCTCTTCTGATTTGGCTGCTAATTTTCTCTGTGTC  100
      |||||  | || ||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGGAGAGAATGGTAAGCTCGTCGGA-TTGGCTGCTAATTTTCT-TGTGTC  92

seq1  AATTTTTTTCTTCATTTTACAAATTTCAATTCCCTTTTTATTTTATTTTA  150
      ||||||||  |||| | |||||  ||||||   | ||||||    | |||
seq2  AATTTTTT--TTCA-TATACAA--TTCAAT---CCTTTTAT----TATTA  130

seq1  TTTTATTTCATTTCCTAAGTGATTAATTGTATTTTCATAATATTTATTTT  200
       |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||
seq2  ATTTATTTCATTTCCTAGGTGATAAATTGTATTTTCATAATATTTA--TT  178

seq1  AAG-AATCGATGC-TCCCTGTAATAAAATAA-GGATTCACAAATATTTGT  247
      ||| ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATCGATGCTTCCTTGTAATAAAATAAGGGATTCACAAATATTTGT  228

seq1  GAATTTTCATTGAACATATATTCTAATGACTTATTCATATGCTTTTGAGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTCATTGAACATATATTCTAATGACTTATTCATATGCTTTTGAGT  278

seq1  ATTTTCTTTTACTATAATTTAGCATGAATATCTTAAAATGCCAGTTTATA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTTTACTATAATTTAGCATGAATATCTTAAAATGCCAGTTTATA  328

seq1  GAATTAAGCTTCTCCCTATGAAGATGATGCTTATGAAGGCTTACATATTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAGCTTCTCCCTATGAAGATGATGCTTATGAAGGCTTACATATTC  378

seq1  AG-AAAGTTACATTTCACTAAAAGATAGCAATAGAGGTAACATTTTTTTT  446
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGTTACATTTCACTAAAAGATAGCAATAGAGGTAACATTTTTTTT  428

seq1  CAAAAACAGTCACAATTTTTTACATTTAAAAATTTTTAAATGCACATGTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACAGTCACAATTTTTTACATTTAAAAATTTTTAAATGCACATGTA  478

seq1  ATATAAATCATGTATGTTAATTGGGATATGTCAAAAACATACCACTAATG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAATCATGTATGTTAATTGGGATATGTCAAAAACATACCACTAATG  528

seq1  TTTTTATGTGGTCATTATAGAAATATATATCGATGAGTAATAAATGATTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATGTGGTCATTATAGAAATATATATCGATGAGTAATAAATGATTT  578

seq1  CTTAGTTTATTTATTGAATAGAACTATCATAAACCTCCAAAAATAAACTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTTATTTATTGAATAGAACTATCATAAACCTCCAAAAATAAACTC  628

seq1  CACCTATAATAAATGATAAGTAATGAAGAACAGTAATGAATGCCTCCCAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTATAATAAATGATAAGTAATGAAGAACAGTAATGAATGCCTCCCAT  678

seq1  CTGGAGAAGACCCTGGTCCAGATGGATTTGCTAATGAATTTTATAAGATG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGAAGACCCTGGTCCAGATGGATTTGCTAATGAATTTTATAAGATG  728

seq1  TTTAACCAACCTTTGAAGGCTGTTTCAGACAGGTTTGATTACTTTAAATT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACCAACCTTTGAAGGCTGTTTCAGACAGGTTTGATTACTTTAAATT  778

seq1  ACCTACAATTTGGAACTACCATTCTGAGTTCTCAAACTAATCCTGACTAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACAATTTGGAACTACCATTCTGAGTTCTCAAACTAATCCTGACTAA  828

seq1  ACTGCCAAAATTGCTAACATCCTGACATGTGTGTTTCTTAACATAAATCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCAAAATTGCTAACATCCTGACATGTGTGTTTCTTAACATAAATCT  878

seq1  TTCACAAAAGGCCAATAATTAATTCCTTTCAATCTTGAGCCAGCTATGAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAAAAGGCCAATAATTAATTCCTTTCAATCTTGAGCCAGCTATGAA  928

seq1  ACATTTTCTCATTGATAAGATATTTTATCAAGAGTAAGTGAGGATAATGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTCTCATTGATAAGATATTTTATCAAGAGTAAGTGAGGATAATGC  978

seq1  ACATTTATAAGACTGGTGTGCATTAACTTTCACTGAGGCATTCCTGAGTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTATAAGACTGGTGTGCATTAACTTTCACTGAGGCATTCCTGAGTA  1028

seq1  TATGTGATATATGTAACCACAGCATCAAGAAAGTGGTGATGAAGTTTGTA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGATATATGTAACCACAGCATCAAGAAAGTGGTGATGAAGTTTGTA  1078

seq1  ATCCTAGCACTTGGGAGGCAGAGGTAGGAGGTCACTGCAACAAGTCCAGC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAGCACTTGGGAGGCAGAGGTAGGAGGTCACTGCAACAAGTCCAGC  1128

seq1  CTAGCTACCCAGTAAGATTCTGTCTGAGAAAGCAAAACAAAATGAAATCT  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTACCCAGTAAGATTCTGTCTGAGAAAGCAAAACAAAATGAAATCT  1178

seq1  CATGCATGCATTTCATAGAATTC  1219
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATGCATTTCATAGAATTC  1201


seq1: chr4_76348811_76349947
seq2: B6Ng01-213O11.g_70_1207

seq1  GAATTCATTGGAAAAACGACTTTCCCATGTGAGAATCACTCATCTGATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGGAAAAACGACTTTCCCATGTGAGAATCACTCATCTGATGA  50

seq1  GGCAGTCGTTTACTGAGCAAGCATGCCATTCCAGGTTAGGGGAGAAACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCGTTTACTGAGCAAGCATGCCATTCCAGGTTAGGGGAGAAACCC  100

seq1  TGAGTTAAATGTTGCCTTGCTGACTGAGTTCAGACTATGTTCTAAGCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTAAATGTTGCCTTGCTGACTGAGTTCAGACTATGTTCTAAGCCTT  150

seq1  AGGTTTAATGACATATGTCATAAAAAGAATTAATCCCTTCATTTAACTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTAATGACATATGTCATAAAAAGAATTAATCCCTTCATTTAACTAG  200

seq1  ACTTCAGGATGTAAAATATGTAACAAAAACCTAACAAATATTTAAAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGGATGTAAAATATGTAACAAAAACCTAACAAATATTTAAAGGCA  250

seq1  AGAGTAAAAAAACAAGAGAATAATCAAATATGAGCTGTTTGTATTTGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAAAAAAACAAGAGAATAATCAAATATGAGCTGTTTGTATTTGGAT  300

seq1  GTTTTACACTCTGAAGTCTTTTCTGATATTTCAACTCAAACATGAAAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTACACTCTGAAGTCTTTTCTGATATTTCAACTCAAACATGAAAGAG  350

seq1  ATAGAGTCAAATGCACAGTAATGAAGAGTAGGCCAGGCAGCATGGGCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGTCAAATGCACAGTAATGAAGAGTAGGCCAGGCAGCATGGGCAGT  400

seq1  GAGAATCATGGGTAACATGTTGGACTTCTTGAATATAGAAAGAGGGTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATCATGGGTAACATGTTGGACTTCTTGAATATAGAAAGAGGGTTAC  450

seq1  TGACTATGCAGCTCTGTGAGTGAGAGAAGAGCAAGTGATAGTATTGATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATGCAGCTCTGTGAGTGAGAGAAGAGCAAGTGATAGTATTGATAG  500

seq1  CCTAGACAGGTTTAGATTAATCAGCATTATATAAGCCCAAACTGCTACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGACAGGTTTAGATTAATCAGCATTATATAAGCCCAAACTGCTACTA  550

seq1  GGTTTTCATTGTGGGGTCAATGAAAACTTATAGTGGAATATGTAGGAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCATTGTGGGGTCAATGAAAACTTATAGTGGAATATGTAGGAACA  600

seq1  ATACAAGAGAAAAGTTTACTTGGATAGTTTCAGCAGCTATATGGATTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAGAGAAAAGTTTACTTGGATAGTTTCAGCAGCTATATGGATTTCA  650

seq1  AATGTTTGTCAGTCAGCATGTTCCAGAGAGGTACAGCCTAGCATTTAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTGTCAGTCAGCATGTTCCAGAGAGGTACAGCCTAGCATTTAGAA  700

seq1  GTGATAAATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAAATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCA  750

seq1  TAATGTTGATCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTGATCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTAC  800

seq1  TTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATCCATTAGCTGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATCCATTAGCTGACT  850

seq1  GTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCACAAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCACAAGAG  900

seq1  ACAGCTACATCTGGGTCCTTTCGATAAAATCTTGCTAGTGTATGCAATGG  950
      ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTACATCTGGGTCTTTTCGATAAAATTTTGCTAGTGTATGCAATGG  950

seq1  TGTCAGCGTTTGGATGCTGATTATAGGGTGGATCCCTGGATATGGCAG-T  999
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  TGTCAGCGTTTGGATGCTGATTATAGGGTTGATCCCTGGATATGGCAGTT  1000

seq1  CTCTACATGGTCCATCCTTTCATCTCAGCTCCAAACTTTG-TCTCTGTAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||
seq2  CTCTACATGGTCCATCCTTTCATCTCAGCTCAAACTTTTGTTCTCTGTAA  1050

seq1  CTCCTTACAAGGGTGTTTTGTTCCCACTTCTAAGGAGGGGCATAGTGTCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| 
seq2  CTCCTTACAAGGGTGTTTTGTTCCCAC-TCTACGGA-GGGCATAGTGTCA  1098

seq1  ACACTTCAGTCTTCATTTTTCTTGAGTT-TCATGT-GTTTA  1137
      ||  |||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||
seq2  AC-TTTCAATCTTCATTTTTCTGGAGTTCTCATGTGGTTTA  1138


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |