BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214H21
Chromosome4 (Build37)
Map Location 104,141,588 - 104,308,903
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDab1
Upstream geneLOC665451, LOC100039940, EG665460, LOC622315
Downstream geneC8b, C8a, 1700024P16Rik, Prkaa2, LOC100039513, Ppap2b, LOC433742, LOC665518, LOC434381
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214H21.bB6Ng01-214H21.g
ACCGA031725GA031726
length8591,063
definitionB6Ng01-214H21.b B6Ng01-214H21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,141,588 - 104,142,444)(104,307,851 - 104,308,903)
sequence
gaattcctagcaggaggaggtcttggatgcctcctgggaactaaaactaa
attaatcctgtggtccccatagtgcgggactttgtttgctccctgaaatg
agtagctcagcttctacttcttctaaggtgacctccccgctaatcttccc
acccctgggctgacacagctcccgccaggtccctgctgtactgccctggg
cctcttcctagagctggtcttatagacagagtctgcatcattgagctgag
actcttgaaggagtgcaaatgcctctcttttacttgattcatttgggtag
tttcttgctttgtcccaattgaagattcaaacccaggtcccaggtccagg
tagctgggactagatgtgggtaaaagggcttcaggaagcagggtggcact
aacaaattgacaagtttcagaattagaggctggacatcagtggaggccat
tattcttcccatcactgtttgccctctggtgccaaagactgatagtcatt
ctacatgcaaaaaacatccatggcatctcagtgtctctatggtctcatcc
atctgaaatatcgtatttcctccgaacctcatgagctccaaagtccacat
tttcattatctaactcattcccatcgtgtcccagaaattagagcgtgaac
cctttggagggacatttttctgcctcttaccagtgctcccctctctgtga
tgaatatgttatggaaagcacaccatgtctgccaatagccttatgtgctg
tgtattctgagtcatttcagttttcagtgaccagatcaagtttcagggtt
taaagtaacatattctatggcgcacttctttgatctgtgagagagagggg
aggggggtt

gaattcaataatggcatctacattatgtgatgattaggagaattggaaag
ggcatatacaacccagtgtgaagcacaaaatgaataaagcttgtaaagtg
gatggctgccattatcctgcccacactctaatgcccagcccaattctgca
gccccatctcctaggctcataacagacatcaatcagaaacaaatgatatg
atgacactcctaaatgcaaaagtacctgtagccagcacagagcctatagc
tatttctcagccaagactctatggcttaataccagtaagccttgagcttg
tcaggtattaagtcacacctaactttaaagtcattttggggatcatgaag
tacttctatgtagtcagcacaggctaggaacttggaagcaatgggcatgt
ttccaatacagtgcaaagagagtgagccacacttaagaggagcccaagac
aatataactttgtattacaagagaaaggtttgtatctactctgatatggt
agccactggcactactcagcacttaaaacatacctggtatggctcagaca
ccaagttcacatattttatttcatttcgagtcattcagatttaaggttaa
ataaccacatgtggctggcggctactatataggatgggattgcattcaga
aaggaaagctgttcagtgggggaaggttgaagaggaagaggaagaggaag
agtcatgtgggctccaggacttccttgagctgagaccataaacatgagaa
ggctgtgacttgtagaaaacctggcctctgtttgggaatgagggcctttc
aatgcttctcaaagaactaggcagatggtgagaaagtcgtcttaagcttg
attggatgctttcacagagctccgagtaccaagctcatgatgggacattc
catctgaccgggaggcgaatgaactgcagttgctcttgctctccttcata
cttcaagtccaggtttcctacacacctcgcactggagatctaacgaattg
caacaccttcttgacagtggtgctgctgcttggctagcctcgccgattcc
cactcagggacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_104141588_104142444
seq2: B6Ng01-214H21.b_49_906

seq1  GAATTCCTAGCAGGAGGAGGTCTTGGATGCCTCCTGGGAACTAAAACTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGCAGGAGGAGGTCTTGGATGCCTCCTGGGAACTAAAACTAA  50

seq1  ATTAATCCTGTGGTCCCCATAGTGCGGGACTTTGTTTGCTCCCTGAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATCCTGTGGTCCCCATAGTGCGGGACTTTGTTTGCTCCCTGAAATG  100

seq1  AGTAGCTCAGCTTCTACTTCTTCTAAGGTGACCTCCCCGCTAATCTTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTCAGCTTCTACTTCTTCTAAGGTGACCTCCCCGCTAATCTTCCC  150

seq1  ACCCCTGGGCTGACACAGCTCCCGCCAGGTCCCTGCTGTACTGCCCTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTGGGCTGACACAGCTCCCGCCAGGTCCCTGCTGTACTGCCCTGGG  200

seq1  CCTCTTCCTAGAGCTGGTCTTATAGACAGAGTCTGCATCATTGAGCTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCCTAGAGCTGGTCTTATAGACAGAGTCTGCATCATTGAGCTGAG  250

seq1  ACTCTTGAAGGAGTGCAAATGCCTCTCTTTTACTTGATTCATTTGGGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTGAAGGAGTGCAAATGCCTCTCTTTTACTTGATTCATTTGGGTAG  300

seq1  TTTCTTGCTTTGTCCCAATTGAAGATTCAAACCCAGGTCCCAGGTCCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGCTTTGTCCCAATTGAAGATTCAAACCCAGGTCCCAGGTCCAGG  350

seq1  TAGCTGGGACTAGATGTGGGTAAAAGGGCTTCAGGAAGCAGGGTGGCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGGACTAGATGTGGGTAAAAGGGCTTCAGGAAGCAGGGTGGCACT  400

seq1  AACAAATTGACAAGTTTCAGAATTAGAGGCTGGACATCAGTGGAGGCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATTGACAAGTTTCAGAATTAGAGGCTGGACATCAGTGGAGGCCAT  450

seq1  TATTCTTCCCATCACTGTTTGCCCTCTGGTGCCAAAGACTGATAGTCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTCCCATCACTGTTTGCCCTCTGGTGCCAAAGACTGATAGTCATT  500

seq1  CTACATGCAAAAAACATCCATGGCATCTCAGTGTCTCTATGGTCTCATCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATGCAAAAAACATCCATGGCATCTCAGTGTCTCTATGGTCTCATCC  550

seq1  ATCTGAAATATCGTATTTCCTCCGAACCTCATGAGCTCCAAAGTCCACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAATATCGTATTTCCTCCGAACCTCATGAGCTCCAAAGTCCACAT  600

seq1  TTTCATTATCTAACTCATTCCCATCGTGTCCCAGAAATTAGAGCGTGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTATCTAACTCATTCCCATCGTGTCCCAGAAATTAGAGCGTGAAC  650

seq1  CCTTTGGAGGGACATTTTTCTGCCTCTTACCAGTGCTCCCCTCTCTGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGAGGGACATTTTTCTGCCTCTTACCAGTGCTCCCCTCTCTGTGA  700

seq1  TGAATATGTTATGGAAAGCACACCATGTCTGCCAATAGCCTTATGTGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATGTTATGGAAAGCACACCATGTCTGCCAATAGCCTTATGTGCTG  750

seq1  TGTATTCTGAGTCATTTCAGTTTTCAGTGACCAGATCAAGTTTCAGGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCTGAGTCATTTCAGTTTTCAGTGACCAGATCAAGTTTCAGGGTT  800

seq1  TAAAGTAACATATTCTATGGCGCACTTC-TTGATCTGTGAGAGAGAGGGG  849
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTAACATATTCTATGGCGCACTTCTTTGATCTGTGAGAGAGAGGGG  850

seq1  AGGGGGGT  857
      ||||||||
seq2  AGGGGGGT  858


seq1: chr4_104307851_104308903
seq2: B6Ng01-214H21.g_69_1131 (reverse)

seq1  TTGT-CCTGA-TGGGAATCTGCTGAGCTCGGCAAGCAGCAGCCACACTTG  48
      |||| ||||| |||||||| ||   ||| | |||||||||||  ||| ||
seq2  TTGTCCCTGAGTGGGAATCGGCGAGGCTAGCCAAGCAGCAGCACCAC-TG  49

seq1  TCAAGAGTGTGTTTGCAATTCGTTAGATCT-CAGTGCGA-GTGTGTAGG-  95
      ||||||  ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| 
seq2  TCAAGAAGGTG-TTGCAATTCGTTAGATCTCCAGTGCGAGGTGTGTAGGA  98

seq1  AACCTGGACTTGAGTTATGGAGGAG-GCAAGAGCAACTGCAG-TCATTCG  143
      |||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  AACCTGGACTTGAAGTATGAAGGAGAGCAAGAGCAACTGCAGTTCATTCG  148

seq1  CCTCCCGGTCAGATGG-ATGT-CCATCATGAGCTTGGTACTCGGAGCTCT  191
      |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCGGTCAGATGGAATGTCCCATCATGAGCTTGGTACTCGGAGCTCT  198

seq1  GTG-AAGCATCCAATC-AGCTTAAGACGACTTTCTCACCATCTGCCTAGT  239
      ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGCATCCAATCAAGCTTAAGACGACTTTCTCACCATCTGCCTAGT  248

seq1  TCTTTGAGAAGCATTG-AAGGCCCTCATTCCCAAACAGAGGCCAGGTTTT  288
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAGAAGCATTGAAAGGCCCTCATTCCCAAACAGAGGCCAGGTTTT  298

seq1  CTACAAGTCACAGCCTTCTCATGTTTATGGTCTCAGCTCAAGGAAGTCCT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAGTCACAGCCTTCTCATGTTTATGGTCTCAGCTCAAGGAAGTCCT  348

seq1  GGAGCCCACATGACTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCAACCTTCCCCCAC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCCACATGACTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCAACCTTCCCCCAC  398

seq1  TGAACAGCTTTCCTTTCTGAATGCAATCCCATCCTATATAGTAGCCGCCA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGCTTTCCTTTCTGAATGCAATCCCATCCTATATAGTAGCCGCCA  448

seq1  GCCACATGTGGTTATTTAACCTTAAATCTGAATGACTCGAAATGAAATAA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACATGTGGTTATTTAACCTTAAATCTGAATGACTCGAAATGAAATAA  498

seq1  AATATGTGAACTTGGTGTCTGAGCCATACCAGGTATGTTTTAAGTGCTGA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTGAACTTGGTGTCTGAGCCATACCAGGTATGTTTTAAGTGCTGA  548

seq1  GTAGTGCCAGTGGCTACCATATCAGAGTAGATACAAACCTTTCTCTTGTA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGCCAGTGGCTACCATATCAGAGTAGATACAAACCTTTCTCTTGTA  598

seq1  ATACAAAGTTATATTGTCTTGGGCTCCTCTTAAGTGTGGCTCACTCTCTT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAAGTTATATTGTCTTGGGCTCCTCTTAAGTGTGGCTCACTCTCTT  648

seq1  TGCACTGTATTGGAAACATGCCCATTGCTTCCAAGTTCCTAGCCTGTGCT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTGTATTGGAAACATGCCCATTGCTTCCAAGTTCCTAGCCTGTGCT  698

seq1  GACTACATAGAAGTACTTCATGATCCCCAAAATGACTTTAAAGTTAGGTG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACATAGAAGTACTTCATGATCCCCAAAATGACTTTAAAGTTAGGTG  748

seq1  TGACTTAATACCTGACAAGCTCAAGGCTTACTGGTATTAAGCCATAGAGT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTAATACCTGACAAGCTCAAGGCTTACTGGTATTAAGCCATAGAGT  798

seq1  CTTGGCTGAGAAATAGCTATAGGCTCTGTGCTGGCTACAGGTACTTTTGC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTGAGAAATAGCTATAGGCTCTGTGCTGGCTACAGGTACTTTTGC  848

seq1  ATTTAGGAGTGTCATCATATCATTTGTTTCTGATTGATGTCTGTTATGAG  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGGAGTGTCATCATATCATTTGTTTCTGATTGATGTCTGTTATGAG  898

seq1  CCTAGGAGATGGGGCTGCAGAATTGGGCTGGGCATTAGAGTGTGGGCAGG  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGAGATGGGGCTGCAGAATTGGGCTGGGCATTAGAGTGTGGGCAGG  948

seq1  ATAATGGCAGCCATCCACTTTACAAGCTTTATTCATTTTGTGCTTCACAC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGCAGCCATCCACTTTACAAGCTTTATTCATTTTGTGCTTCACAC  998

seq1  TGGGTTGTATATGCCCTTTCCAATTCTCCTAATCATCACATAATGTAGAT  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTGTATATGCCCTTTCCAATTCTCCTAATCATCACATAATGTAGAT  1048

seq1  GCCATTATTGAATTC  1053
      |||||||||||||||
seq2  GCCATTATTGAATTC  1063


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |