BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214I15
Chromosome4 (Build37)
Map Location 111,561,764 - 111,701,203
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc5a9, LOC639774, C130057D23Rik, LOC639781
Upstream geneLOC100040381, 2310026E23Rik, Spata6, LOC621612
Downstream gene9530098N22Rik, A430090E18Rik, A030013N09Rik, LOC665949, LOC630887, OTTMUSG00000008540, LOC100040581, A030001H23Rik, LOC433745, LOC545668
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214I15.bB6Ng01-214I15.g
ACCGA031761GA031762
length1,140565
definitionB6Ng01-214I15.b B6Ng01-214I15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,700,049 - 111,701,203)(111,561,764 - 111,562,334)
sequence
gaattctgcattggacttttggaatataactcaattgctatagagaatta
ccccatcttcattttctttatcttctttatatagctcctattacaactat
aaaattaaagactctgcaactcaattgtaggacaggtaattaaggaatca
actgatcttgcaatctaagccaccatgacccttctttagccaagtgcttt
accagtgacaagacattttgggaaaaggatatttgctagaagtttccata
tacttgatggcacttacctctttgtttcatatgtaaatacaccatgacta
atacaacagtcaccatagaagatgtcattattaataatccttttatccaa
ggagcatcccacttccacttacaaactggagaaacaaagttataatcact
actcatagtataaagtttcctatgtttgaaaagtatatcaaaaaagcagg
agctataatctgatgtcatatttctttggccattagaacatagcatgact
taggactaaagctcacagatctgatggtgacatgagggaggggcaaactg
tttataggatggaatgaatgctgggctgagactgacaagcccacagaaag
aagatcctctttacattgctgactcttgttaatcagtgtgagatgtaata
attctcattacaaagttaatacttcccctttgtaaatgatccatttaaca
ctttgtacacaacattagaaaaaagttaggtgctcattgcatgccaatga
taaacactcaaataatgggaaatttttacagtaaaactctatttagaacg
atttttattaaattaatttattttttcactccatatttcattccttgccc
cccatccactctccaactgctccacacacacaccctgtctccacatgaat
gcctccacactctaccccacctgacctctaaactccctggggcatccagt
ctcttctactgtaagtctctcaaaagctttggaaaaacatgtttaacttt
tatacctgaaaaaatgtgggacccacaggaaacatgtcttacatttaaag
atgttttctatttttacttttacacaatataagtttacagttcctctccg
tttctcccccgaatctttcatatgcacattccaccagatc
tcagttttgtattcttgaccttccccccatagtctgtctccatgctgaat
tctccaagcatagtggtcctttggaagcacaaatctaatcatccatgttt
ggataaaaatcccccagtacccagtgcccttctttgctcttagagaaaag
gctattcttctgcatggtgtttgaccatatcattcccacgaaaagctgtg
ctgatggtacattgtgtggtctttccttcctggtcaactgcaggtgtatt
gtcttcctggaatggtgtttcacatgctcttggtctctgaccaggtgttt
cttgtgactcagcagtacttcctttggataattctttctgacattttcca
ggcttggtcaatacctccttaaggctttcttggtcatcatgacttatact
cttggggagccgaggtatatttcctggataccacataaagcctggaatca
gggaattgccattcagcaattccaatatgtggaacacatagcaggtatct
agcatgtatcatagcaggtaggaaagcttgaggaactgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_111700049_111701203
seq2: B6Ng01-214I15.b_47_1186 (reverse)

seq1  GATCTGTGTGGGATGTGCAATATGGAAAGATTTGGGGGAGAAAAGGGAAG  50
      |||||| |||| |||||| |||| |||||||| |||||||||| |    |
seq2  GATCTG-GTGGAATGTGC-ATAT-GAAAGATTCGGGGGAGAAACG----G  43

seq1  AGAGAAACTGTAAACTTATATTGTGTAAAAAGTTAAAAAATAGAAAACAT  100
      |||| ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||
seq2  AGAGGAACTGTAAACTTATATTGTGT-AAAAGT--AAAAATAGAAAACAT  90

seq1  TCTTTTAAATGTAAGAACATGTTTCCTGTGTGTCCCACATTTTTTCAGGT  150
         |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  --CTTTAAATGTAAG-ACATGTTTCCTGTGGGTCCCACATTTTTTCAGGT  137

seq1  ATTAAAAGTTAAACATGTTTTTCCCAAAGCTTTTGAGAGACTTACAGTAG  200
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TAAAAGTTAAACATGTTTTT-CCAAAGCTTTTGAGAGACTTACAGTAG  185

seq1  AAGAGACTGGATGCCCCAGGGAGTTTAGAGGTCAGGTGGGGTAGAGTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACTGGATGCCCCAGGGAGTTTAGAGGTCAGGTGGGGTAGAGTGTG  235

seq1  GAGGCATTCATGTGGAGACAGGGTGTGTGTGTGGAGCAGTTGGAGAGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATTCATGTGGAGACAGGGTGTGTGTGTGGAGCAGTTGGAGAGTGG  285

seq1  ATGGGGGGCAAGGAATGAAATATGGAGTGAAAAAATAAATTAATTTAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGGGCAAGGAATGAAATATGGAGTGAAAAAATAAATTAATTTAATA  335

seq1  AAAATCGTTCTAAATAGAGTTTTACTGTAAAAATTTCCCATTATTTGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCGTTCTAAATAGAGTTTTACTGTAAAAATTTCCCATTATTTGAGT  385

seq1  GTTTATCATTGGCATGCAATGAGCACCTAACTTTTTTCTAATGTTGTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATCATTGGCATGCAATGAGCACCTAACTTTTTTCTAATGTTGTGTA  435

seq1  CAAAGTGTTAAATGGATCATTTACAAAGGGGAAGTATTAACTTTGTAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGTTAAATGGATCATTTACAAAGGGGAAGTATTAACTTTGTAATG  485

seq1  AGAATTATTACATCTCACACTGATTAACAAGAGTCAGCAATGTAAAGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTATTACATCTCACACTGATTAACAAGAGTCAGCAATGTAAAGAGG  535

seq1  ATCTTCTTTCTGTGGGCTTGTCAGTCTCAGCCCAGCATTCATTCCATCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTTTCTGTGGGCTTGTCAGTCTCAGCCCAGCATTCATTCCATCCT  585

seq1  ATAAACAGTTTGCCCCTCCCTCATGTCACCATCAGATCTGTGAGCTTTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACAGTTTGCCCCTCCCTCATGTCACCATCAGATCTGTGAGCTTTAG  635

seq1  TCCTAAGTCATGCTATGTTCTAATGGCCAAAGAAATATGACATCAGATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAGTCATGCTATGTTCTAATGGCCAAAGAAATATGACATCAGATTA  685

seq1  TAGCTCCTGCTTTTTTGATATACTTTTCAAACATAGGAAACTTTATACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCCTGCTTTTTTGATATACTTTTCAAACATAGGAAACTTTATACTA  735

seq1  TGAGTAGTGATTATAACTTTGTTTCTCCAGTTTGTAAGTGGAAGTGGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAGTGATTATAACTTTGTTTCTCCAGTTTGTAAGTGGAAGTGGGAT  785

seq1  GCTCCTTGGATAAAAGGATTATTAATAATGACATCTTCTATGGTGACTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTGGATAAAAGGATTATTAATAATGACATCTTCTATGGTGACTGT  835

seq1  TGTATTAGTCATGGTGTATTTACATATGAAACAAAGAGGTAAGTGCCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTAGTCATGGTGTATTTACATATGAAACAAAGAGGTAAGTGCCATC  885

seq1  AAGTATATGGAAACTTCTAGCAAATATCCTTTTCCCAAAATGTCTTGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATATGGAAACTTCTAGCAAATATCCTTTTCCCAAAATGTCTTGTCA  935

seq1  CTGGTAAAGCACTTGGCTAAAGAAGGGTCATGGTGGCTTAGATTGCAAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAAAGCACTTGGCTAAAGAAGGGTCATGGTGGCTTAGATTGCAAGA  985

seq1  TCAGTTGATTCCTTAATTACCTGTCCTACAATTGAGTTGCAGAGTCTTTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGATTCCTTAATTACCTGTCCTACAATTGAGTTGCAGAGTCTTTA  1035

seq1  ATTTTATAGTTGTAATAGGAGCTATATAAAGAAGATAAAGAAAATGAAGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATAGTTGTAATAGGAGCTATATAAAGAAGATAAAGAAAATGAAGA  1085

seq1  TGGGGTAATTCTCTATAGCAATTGAGTTATATTCCAAAAGTCCAATGCAG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTAATTCTCTATAGCAATTGAGTTATATTCCAAAAGTCCAATGCAG  1135

seq1  AATTC  1155
      |||||
seq2  AATTC  1140

seq1: chr4_111561764_111562334
seq2: B6Ng01-214I15.g_66_636

seq1  GAATTCTCAGTTTTGTATTCTTGACCTTCCCCCCATAGTCTGTCTCCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGTTTTGTATTCTTGACCTTCCCCCCATAGTCTGTCTCCATG  50

seq1  CTGAATTCTCCAAGCATAGTGGTCCTTTGGAAGCACAAATCTAATCATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATTCTCCAAGCATAGTGGTCCTTTGGAAGCACAAATCTAATCATCC  100

seq1  ATGTTTGGATAAAAATCCCCCAGTACCCAGTGCCCTTCTTTGCTCTTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGGATAAAAATCCCCCAGTACCCAGTGCCCTTCTTTGCTCTTAGA  150

seq1  GAAAAGGCTATTCTTCTGCATGGTGTTTGACCATATCATTCCCACGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGCTATTCTTCTGCATGGTGTTTGACCATATCATTCCCACGAAAA  200

seq1  GCTGTGCTGATGGTACATTGTGTGGTCTTTCCTTCCTGGTCAACTGCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGCTGATGGTACATTGTGTGGTCTTTCCTTCCTGGTCAACTGCAGG  250

seq1  TGTATTGTCTTCCTGGAATGGTGTTTCACATGCTCTTGGTCTCTGACCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTGTCTTCCTGGAATGGTGTTTCACATGCTCTTGGTCTCTGACCAG  300

seq1  GTGTTTCTTGTGACTCAGCAGTACTTCCTTTGGATAATTCTTTCTGACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCTTGTGACTCAGCAGTACTTCCTTTGGATAATTCTTTCTGACAT  350

seq1  TTTCCAGGCTTGGTCAATACCTCCTTAAGGCTTTCTTGGTCATCATGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGGCTTGGTCAATACCTCCTTAAGGCTTTCTTGGTCATCATGACT  400

seq1  TATACTCTTGGGGAGCCGAGGTATATTTCCTGGATACCACATAAAGCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTCTTGGGGAGCCGAGGTATATTTCCTGGATACCACATAAAGCCTG  450

seq1  GAATCAGGGAATTGCCATTCAGCAATTCCAATATGTGGAACACATAGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAGGGAATTGCCATTCAGCAATTCCAATATGTGGAACACATAGCAG  500

seq1  GTATCTAGCATGTATCATAGCAGGTAGGAAAGCTTGAGGAACTGTGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTAGCATGTATCATAGCAGGTAGGAAAGCTTGAGGAACTGTGTGTG  550

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  571
      |||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  571