BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-215J07
Chromosome4 (Build37)
Map Location 8,541,939 - 8,690,839
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666752, LOC666760, Chd7
Upstream geneCar8, LOC100039494, LOC100039505, LOC100039478, Rab2
Downstream geneLOC666782, LOC100039584, 4933402J24Rik, Asph
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-215J07.bB6Ng01-215J07.g
ACCGA032501GA032502
length1,1421,102
definitionB6Ng01-215J07.b B6Ng01-215J07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,689,695 - 8,690,839)(8,541,939 - 8,543,052)
sequence
gaattcctagttcacttttatctcatttttattgaaaataatacttataa
tggccaggcagtggtgccacatgcacaccgttatccccagcactagggag
gcagaggcaggttcatctctaaattcaaggccaacctgctctaggacagc
cagggctacatagagactctgtttcaaaaaaggacaaacacacacacaca
cacacacaaatttaaaaatgtatagtgcataaagacattaagaaatatat
tcagtatatttaaactgtagcacataaagtttgaatatgataaagaaaag
gctttctccctggatagaatcattatctttgatggagctgtattgtctcc
tgacaaacacaacactagactccaggcccaattctaattcaagcccacca
tgtgtgcaaaagcttgtacaagcccacaagttatgcaaaagctgcgtcca
aaaatgaaatctcactttttgaaaatgtgagctgccttcatggagacttt
gaacttagctactacgctacgctgcaaagttttcacacttctcctgtttt
aaagcatgtgaagttacttcttaagggaaagaaaaacatgaaaaagatct
acagtcagacagctttcactgaattcccagctatcccttcactgtgctta
gaaagaaagccattcaccgcacagagttgaccgtcatcccaggcttctgg
ggacacacggaagacactagaagaccggagtggatcatgggacttgagac
ttaagcacacactgcacagtgaagactctgtactactgaactacatacag
cagtgcgttgacccacatccggctcagtgagttaacctgttggatacaag
gatcccagcaaaactccctagcaatatgaaacaggatgccaacttagcct
gccacgtggggttctacgctctaagaggagttgctttcatctcgagtgaa
accaggaaactctagaccgcaaatggtatgttatatgcattgtttcttaa
aattcagtgaagaaacatacatccctattagtgccctaaaatcatgaatt
tccatttgccttataaaaatttctggccgggtgtggtggcaacacgcctt
atcccagcacttcgggagcagaggcagcggattgaatttctg

gaattcacattgtggagcacagtgactaaccacaaagccagcctgcaccg
tctccttgcagctggatacactgagggctgtcgagtttgaggtatgatcc
ttcccttccaatctttctcccgagcagacggtgctgtgtgcggaagcacc
catcttcactttgtcttgctaattaatattgcttaagtgttcactaagga
ccataaccagtgatggctctgccaaaggctgcagccaggatcctgcttat
tcctcagatctttcctaaggaaatgtgcgatgatggaggagcgtgagctt
gtatcccaggaccaacccatgcaggagggatggactggtcaggtagaatg
cattttagaccttaaaggcagagagcattatgctagctatgtaatatccc
tttgctacagcttccctctccctggcttgtatctggcatcctatctcttg
tctcttcacaccttacacgtgtttctacatccagttctttccttctttgg
ggcaccactcactgtgggttagggtccatcttaatgaccacattttaact
taattgccataaaagtcctgtctccagatacagtcaccctcaggaaccaa
tgatgagcatggagttttgtctggacctggccaagcctgggcccacagca
aatgtggctactacgggtggcagcctctaaaggaaaatcaagtgctacac
ttgtccagagcccagctgggtgaaggtggggctggggaaagatgacatat
ggcatgagctgggagctagagtgagaccctgaaagagcacttcttattta
caagctgttgatggaatcgggctgcagagtagcacccttcctagtcttac
acattttccacttgatcaggctcagccaataactcagccctttgttgctg
gagtctctggatgtaacaaggtggcatcgtcctaggcagaaagaccagga
aatccttggcctgtactgtctcttgctatttgtggtcttctttctctctc
ttcttccaccttttttctagcctttcacccctaatactagataagagaga
acatgaatgaggagaaagaagaaattcctgaatatgtcagggtgcaaagg
ag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_8689695_8690839
seq2: B6Ng01-215J07.b_47_1188 (reverse)

seq1  CAGAAA-TCAATCCGCTTGCCTCTGCCTCCCG-AGTGCTGGGATTAAAGG  48
      |||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||  ||||
seq2  CAGAAATTCAATCCGC-TGCCTCTG-CTCCCGAAGTGCTGGGAT--AAGG  46

seq1  CGTG-TGCCACCACACCCGGCCAGATATTTTTTATAAGGCAAATGGAAAT  97
      |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTTGCCACCACACCCGGCCAGA-AATTTTTATAAGGCAAATGGAAAT  95

seq1  TCATGATTTTAGGGGCACT-ATAGGGATGTATGTTTCTTCACTGAATTTT  146
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATTTTA-GGGCACTAATAGGGATGTATGTTTCTTCACTGAATTTT  144

seq1  AAGAAACAATGCATATAACATACCATTTGCGGTCTAGAGTTTTCCTGGTT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAGAAACAATGCATATAACATACCATTTGCGGTCTAGAG-TTTCCTGGTT  193

seq1  TCACTCGAGATGAAAGCAACTCCTCTTAGAGCGTAGAACCCCACGTGGCA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCGAGATGAAAGCAACTCCTCTTAGAGCGTAGAACCCCACGTGGCA  243

seq1  GGCTAAGTTGGCATCCTGTTTCATATTGCTAGGGAGTTTTGCTGGGATCC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAGTTGGCATCCTGTTTCATATTGCTAGGGAGTTTTGCTGGGATCC  293

seq1  TTGTATCCAACAGGTTAACTCACTGAGCCGGATGTGGGTCAACGCACTGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATCCAACAGGTTAACTCACTGAGCCGGATGTGGGTCAACGCACTGC  343

seq1  TGTATGTAGTTCAGTAGTACAGAGTCTTCACTGTGCAGTGTGTGCTTAAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTAGTTCAGTAGTACAGAGTCTTCACTGTGCAGTGTGTGCTTAAG  393

seq1  TCTCAAGTCCCATGATCCACTCCGGTCTTCTAGTGTCTTCCGTGTGTCCC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGTCCCATGATCCACTCCGGTCTTCTAGTGTCTTCCGTGTGTCCC  443

seq1  CAGAAGCCTGGGATGACGGTCAACTCTGTGCGGTGAATGGCTTTCTTTCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCCTGGGATGACGGTCAACTCTGTGCGGTGAATGGCTTTCTTTCT  493

seq1  AAGCACAGTGAAGGGATAGCTGGGAATTCAGTGAAAGCTGTCTGACTGTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACAGTGAAGGGATAGCTGGGAATTCAGTGAAAGCTGTCTGACTGTA  543

seq1  GATCTTTTTCATGTTTTTCTTTCCCTTAAGAAGTAACTTCACATGCTTTA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTTTTCATGTTTTTCTTTCCCTTAAGAAGTAACTTCACATGCTTTA  593

seq1  AAACAGGAGAAGTGTGAAAACTTTGCAGCGTAGCGTAGTAGCTAAGTTCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGAGAAGTGTGAAAACTTTGCAGCGTAGCGTAGTAGCTAAGTTCA  643

seq1  AAGTCTCCATGAAGGCAGCTCACATTTTCAAAAAGTGAGATTTCATTTTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTCCATGAAGGCAGCTCACATTTTCAAAAAGTGAGATTTCATTTTT  693

seq1  GGACGCAGCTTTTGCATAACTTGTGGGCTTGTACAAGCTTTTGCACACAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGCAGCTTTTGCATAACTTGTGGGCTTGTACAAGCTTTTGCACACAT  743

seq1  GGTGGGCTTGAATTAGAATTGGGCCTGGAGTCTAGTGTTGTGTTTGTCAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGCTTGAATTAGAATTGGGCCTGGAGTCTAGTGTTGTGTTTGTCAG  793

seq1  GAGACAATACAGCTCCATCAAAGATAATGATTCTATCCAGGGAGAAAGCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAATACAGCTCCATCAAAGATAATGATTCTATCCAGGGAGAAAGCC  843

seq1  TTTTCTTTATCATATTCAAACTTTATGTGCTACAGTTTAAATATACTGAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTATCATATTCAAACTTTATGTGCTACAGTTTAAATATACTGAA  893

seq1  TATATTTCTTAATGTCTTTATGCACTATACATTTTTAAATTTGTGTGTGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTCTTAATGTCTTTATGCACTATACATTTTTAAATTTGTGTGTGT  943

seq1  GTGTGTGTGTGTTTGTCCTTTTTTGAAACAGAGTCTCTATGTAGCCCTGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTTTGTCCTTTTTTGAAACAGAGTCTCTATGTAGCCCTGG  993

seq1  CTGTCCTAGAGCAGGTTGGCCTTGAATTTAGAGATGAACCTGCCTCTGCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTAGAGCAGGTTGGCCTTGAATTTAGAGATGAACCTGCCTCTGCC  1043

seq1  TCCCTAGTGCTGGGGATAACGGTGTGCATGTGGCACCACTGCCTGGCCAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGTGCTGGGGATAACGGTGTGCATGTGGCACCACTGCCTGGCCAT  1093

seq1  TATAAGTATTATTTTCAATAAAAATGAGATAAAAGTGAACTAGGAATTC  1145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGTATTATTTTCAATAAAAATGAGATAAAAGTGAACTAGGAATTC  1142


seq1: chr4_8541939_8543052
seq2: B6Ng01-215J07.g_67_1168

seq1  GAATTCACATTGTGGAGCACAGTGACTAACCACAAAGCCAGCCTGCACCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATTGTGGAGCACAGTGACTAACCACAAAGCCAGCCTGCACCG  50

seq1  TCTCCTTGCAGCTGGATACACTGAGGGCTGTCGAGTTTGAGGTATGATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTGCAGCTGGATACACTGAGGGCTGTCGAGTTTGAGGTATGATCC  100

seq1  TTCCCTTCCAATCTTTCTCCCGAGCAGACGGTGCTGTGTGCGGAAGCACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTCCAATCTTTCTCCCGAGCAGACGGTGCTGTGTGCGGAAGCACC  150

seq1  CATCTTCACTTTGTCTTGCTAATTAATATTGCTTAAGTGTTCACTAAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCACTTTGTCTTGCTAATTAATATTGCTTAAGTGTTCACTAAGGA  200

seq1  CCATAACCAGTGATGGCTCTGCCAAAGGCTGCAGCCAGGATCCTGCTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAACCAGTGATGGCTCTGCCAAAGGCTGCAGCCAGGATCCTGCTTAT  250

seq1  TCCTCAGATCTTTCCTAAGGAAATGTGCGATGATGGAGGAGCGTGAGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGATCTTTCCTAAGGAAATGTGCGATGATGGAGGAGCGTGAGCTT  300

seq1  GTATCCCAGGACCAACCCATGCAGGAGGGATGGACTGGTCAGGTAGAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCCAGGACCAACCCATGCAGGAGGGATGGACTGGTCAGGTAGAATG  350

seq1  CATTTTAGACCTTAAAGGCAGAGAGCATTATGCTAGCTATGTAATATCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTAGACCTTAAAGGCAGAGAGCATTATGCTAGCTATGTAATATCCC  400

seq1  TTTGCTACAGCTTCCCTCTCCCTGGCTTGTATCTGGCATCCTATCTCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTACAGCTTCCCTCTCCCTGGCTTGTATCTGGCATCCTATCTCTTG  450

seq1  TCTCTTCACACCTTACACGTGTTTCTACATCCAGTTCTTTCCTTCTTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCACACCTTACACGTGTTTCTACATCCAGTTCTTTCCTTCTTTGG  500

seq1  GGCACCACTCACTGTGGGTTAGGGTCCATCTTAATGACCACATTTTAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCACTCACTGTGGGTTAGGGTCCATCTTAATGACCACATTTTAACT  550

seq1  TAATTGCCATAAAAGTCCTGTCTCCAGATACAGTCACCCTCAGGAACCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGCCATAAAAGTCCTGTCTCCAGATACAGTCACCCTCAGGAACCAA  600

seq1  TGATGAGCATGGAGTTTTGTCTGGACCTGGCCAAGCCTGGGCCCACAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGCATGGAGTTTTGTCTGGACCTGGCCAAGCCTGGGCCCACAGCA  650

seq1  AATGTGGCTACTACGGGTGGCAGCCTCTAAAGGAAAATCAAGTGCTACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGGCTACTACGGGTGGCAGCCTCTAAAGGAAAATCAAGTGCTACAC  700

seq1  TTGTCCAGAGCCCAGCTGGGTGAAGGTGGGGCTGGGGAAAGATGACATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCAGAGCCCAGCTGGGTGAAGGTGGGGCTGGGGAAAGATGACATAT  750

seq1  GGCATGAGCTGGGAGCTAGAGTGAGACCCTGAAAGAGCACTTCTTATTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGAGCTGGGAGCTAGAGTGAGACCCTGAAAGAGCACTTCTTATTTA  800

seq1  CAAGCTGTTGATGGAATCGGGCTGCAGAGTAGCACCCTTCCTAGTCTTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGTTGATGGAATCGGGCTGCAGAGTAGCACCCTTCCTAGTCTTAC  850

seq1  ACA-TTTCCACTTGATCAAGGCTCAGCCAATAACTCAGGCCCTTTGTTGC  899
      ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACATTTTCCACTTGATC-AGGCTCAGCCAATAACTCA-GCCCTTTGTTGC  898

seq1  TGGAGTCTCTGGATGTTACAA-GTGGCATCGTCCTTAGGCAGAAAGACCA  948
      |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGGAGTCTCTGGATGTAACAAGGTGGCATCGTCC-TAGGCAGAAAGACCA  947

seq1  GGAAATCCTTGGCCTGTACTGTCTCTGGCTATTTTGTGGGTTCTTCTTTC  998
      |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  |||||||||
seq2  GGAAATCCTTGGCCTGTACTGTCTCTTGCTA-TTTGTGG--TCTTCTTTC  994

seq1  TTCCTCTCTTC-TCCACCCTTTTTCTAGCCTTTCAACCCCTAATACTAGA  1047
      |  |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  T--CTCTCTTCTTCCACCTTTTTTCTAGCCTTTC-ACCCCTAATACTAGA  1041

seq1  TAAGAGAGAAAAAGGATAGAGGAGAAAGGAAAGATATCCCTGAATAATGT  1097
      |||||||||| | | || ||||||||||  |||| || ||||||| ||||
seq2  TAAGAGAGAACATGAAT-GAGGAGAAAG--AAGAAATTCCTGAAT-ATGT  1087

seq1  CAGGGGTGGGAAAGGAG  1114
      |||||   | |||||||
seq2  CAGGG--TGCAAAGGAG  1102


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |