BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-217O03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 135,094,309 - 135,272,811
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrhl3, 1700029M20Rik, Il28ra
Upstream geneSepn1, Man1c1, Ldlrap1, Tmem57, Rhd, Tmem50a, D4Wsu53e, Syf2, Runx3, Clic4, LOC676072, Srrm1, A330049M08Rik, LOC665287, Dscr1l2, Npal3, 4930555I21Rik
Downstream geneIl22ra1, LOC665334, Myom3, Fusip1, Pnrc2, Cnr2, Fuca1, Hmgcl, Gale, Lypla2, 1110049F12Rik, LOC669445, Tceb3, Rpl11, Id3, E2f2, Ddefl1, Tcea3, Zfp46, Hnrpr, Htr1d, LOC100042540, Luzp1, Aof2, LOC667080, LOC433770, 4930549C01Rik, BC029684, Ephb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-217O03.bB6Ng01-217O03.g
ACCGA034157GA034158
length1,083561
definitionB6Ng01-217O03.b B6Ng01-217O03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,271,734 - 135,272,811)(135,094,309 - 135,094,875)
sequence
gaattccagtctcctcctggttgcctgtagaagacggtctcctcctggct
gtctttggatcaaaatgtacaactctcggcacctccggtatcgtgtctgc
ctgtgtgtgctgccatagttcctgccatgatgataatggactaaacctct
gaacctgtaagccagcctcaatgaaatgttttcttttataagagttgctc
cttggtgctgtggcggtgtggttgattagggtgctgctttcaatcgtgtg
gcctttgggaaccccgcgtagccactgccgcctccttctgtcctcgccat
gttcctcactcggtccgagtacaggggtgtgaatactttttctcctgaag
gaagattatttcaagtggaatatgccattgaggctatcaagcttggttct
acagccattggcatccagagggtgtattctcagagggtgtatgtctagct
gtggagaagagaattacctccccactaatggagcctagcagcattgagaa
gattgtagagatcgatgctcatataggttgtgccatgagtaggctaattg
ctgatgctaaaactttaattgataaagccagagtggaggcacagaaccac
tggttcacctataatgagacaatgacagtcaagagtgtgacccaggctgt
gtccaatctggctctgcagtttggagaagaagatgcagatccaggtgcta
tgtctcgtccctttggagtagcattgttgtttggaggagttgatgagaaa
ggaccccaactgtttcacatggacccatctgggacctttgtacagtgtga
tgctcgagcaattggctctgcttctgaagggtgctcagagcttccttgca
agaagtttaccataagtctatgactcttaaggaggccatcaagtcctcgc
tcatcatcttcaagcaagtcatggaggagagctgatgcaaccaacatcga
gctagccacggtgcagcctggtcagaatttccacatgttcaacaaaggaa
gaactggaaggaaggtgatcaaggacatttaagaaggagccgtccttgaa
ccttctgtggggacactttcattctaatatgcc
accattgataccaaggctgggccgaggctggcctgtggttgggctgagga
cctaagctcacgtggtccatgtaacagttttcagagactcagaagaagtc
ctgggctgctcaggattctgtcccaaccctcagacggacggtaggctcat
ctaggagcagagagaggttccaacaccaagatcatgccaaacttgaatct
caaagttctcatttaattgatttggggcatgggattcagatactttcaca
tcacttgacaagattatctggcagaggtaacttgcaagaagagggatgaa
tcttggctcagagcgtgagggcgcggtccaccgcggtggggaccatgggg
tggtcaggagagctcagggtgtgttagcaggggtgagcacaagatggcta
agctaaggatgctaaggctggcaccagaagcagagaagcaaaccatggga
gggtaccatccacattcaggatgagtctttagttcatgcctcacaggctc
aaatctagacattgttattaagttctgtgagtgtgtgtgtgtgtatgtgt
gtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_135271734_135272811
seq2: B6Ng01-217O03.b_45_1127 (reverse)

seq1  GGCA-ATTAGAACTGAAAGTGT-CCCACAGAA-GTTCAAGGACGGCTCCT  47
      |||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GGCATATTAGAA-TGAAAGTGTCCCCACAGAAGGTTCAAGGACGGCTCCT  49

seq1  TCTTAAATGTCCTTGATCACCT--CCTCCAGTTCTTCCTTTG-TGAACAT  94
      ||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||||||
seq2  TCTTAAATGTCCTTGATCACCTTCCTTCCAGTTCTTCCTTTGTTGAACAT  99

seq1  GTGGAAATTCTGACCAGGCTGCACCGTGGCTAGCTCGATGTTGGTTGCAT  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGGAAATTCTGACCAGGCTGCACCGTGGCTAGCTCGATGTTGGTTGCA-  148

seq1  TCAGCTTCTCCTCCATGACTTGCTTGAGGATGATGAGCGAGGACTTGATG  194
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGC-TCTCCTCCATGACTTGCTTGAAGATGATGAGCGAGGACTTGATG  197

seq1  GCCTCCTTTAGAGTCATAGACTTATGGTAAACTTCTTGCAAGG-AGCTCT  243
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCCTCCTTAAGAGTCATAGACTTATGGTAAACTTCTTGCAAGGAAGCTCT  247

seq1  GAGCACCC-TCAGAAGCAGAGCCAATTGCTCGAGCATCACACTGTACAAA  292
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACCCTTCAGAAGCAGAGCCAATTGCTCGAGCATCACACTGTACAAA  297

seq1  GGTCCCAGATGGGTCCATGTGAAACAGTTGGGGTCCTTTCTCATCAACTC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCAGATGGGTCCATGTGAAACAGTTGGGGTCCTTTCTCATCAACTC  347

seq1  CTCCAAACAACAATGCTACTCCAAAGGGACGAGACATAGCACCTGGATCT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAACAACAATGCTACTCCAAAGGGACGAGACATAGCACCTGGATCT  397

seq1  GCATCTTCTTCTCCAAACTGCAGAGCCAGATTGGACACAGCCTGGGTCAC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTTCTTCTCCAAACTGCAGAGCCAGATTGGACACAGCCTGGGTCAC  447

seq1  ACTCTTGACTGTCATTGTCTCATTATAGGTGAACCAGTGGTTCTGTGCCT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTGACTGTCATTGTCTCATTATAGGTGAACCAGTGGTTCTGTGCCT  497

seq1  CCACTCTGGCTTTATCAATTAAAGTTTTAGCATCAGCAATTAGCCTACTC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTGGCTTTATCAATTAAAGTTTTAGCATCAGCAATTAGCCTACTC  547

seq1  ATGGCACAACCTATATGAGCATCGATCTCTACAATCTTCTCAATGCTGCT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCACAACCTATATGAGCATCGATCTCTACAATCTTCTCAATGCTGCT  597

seq1  AGGCTCCATTAGTGGGGAGGTAATTCTCTTCTCCACAGCTAGACATACAC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCCATTAGTGGGGAGGTAATTCTCTTCTCCACAGCTAGACATACAC  647

seq1  CCTCTGAGAATACACCCTCTGGATGCCAATGGCTGTAGAACCAAGCTTGA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGAGAATACACCCTCTGGATGCCAATGGCTGTAGAACCAAGCTTGA  697

seq1  TAGCCTCAATGGCATATTCCACTTGAAATAATCTTCCTTCAGGAGAAAAA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTCAATGGCATATTCCACTTGAAATAATCTTCCTTCAGGAGAAAAA  747

seq1  GTATTCACACCCCTGTACTCGGACCGAGTGAGGAACATGGCGAGGACAGA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCACACCCCTGTACTCGGACCGAGTGAGGAACATGGCGAGGACAGA  797

seq1  AGGAGGCGGCAGTGGCTACGCGGGGTTCCCAAAGGCCACACGATTGAAAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGCGGCAGTGGCTACGCGGGGTTCCCAAAGGCCACACGATTGAAAG  847

seq1  CAGCACCCTAATCAACCACACCGCCACAGCACCAAGGAGCAACTCTTATA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACCCTAATCAACCACACCGCCACAGCACCAAGGAGCAACTCTTATA  897

seq1  AAAGAAAACATTTCATTGAGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTTAGTCCA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAACATTTCATTGAGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTTAGTCCA  947

seq1  TTATCATCATGGCAGGAACTATGGCAGCACACACAGGCAGACACGATACC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCATCATGGCAGGAACTATGGCAGCACACACAGGCAGACACGATACC  997

seq1  GGAGGTGCCGAGAGTTGTACATTTTGATCCAAAGACAGCCAGGAGGAGAC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGCCGAGAGTTGTACATTTTGATCCAAAGACAGCCAGGAGGAGAC  1047

seq1  CATCTTCTACAGGCAACCAGGAGGAGACTGGAATTC  1078
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTTCTACAGGCAACCAGGAGGAGACTGGAATTC  1083

seq1: chr4_135094309_135094875
seq2: B6Ng01-217O03.g_70_636

seq1  GAATTCACCATTGATACCAAGGCTGGGCCGAGGCTGGCCTGTGGTTGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCATTGATACCAAGGCTGGGCCGAGGCTGGCCTGTGGTTGGGC  50

seq1  TGAGGACCTAAGCTCACGTGGTCCATGTAACAGTTTTCAGAGACTCAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGACCTAAGCTCACGTGGTCCATGTAACAGTTTTCAGAGACTCAGAA  100

seq1  GAAGTCCTGGGCTGCTCAGGATTCTGTCCCAACCCTCAGACGGACGGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCCTGGGCTGCTCAGGATTCTGTCCCAACCCTCAGACGGACGGTAG  150

seq1  GCTCATCTAGGAGCAGAGAGAGGTTCCAACACCAAGATCATGCCAAACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATCTAGGAGCAGAGAGAGGTTCCAACACCAAGATCATGCCAAACTT  200

seq1  GAATCTCAAAGTTCTCATTTAATTGATTTGGGGCATGGGATTCAGATACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTCAAAGTTCTCATTTAATTGATTTGGGGCATGGGATTCAGATACT  250

seq1  TTCACATCACTTGACAAGATTATCTGGCAGAGGTAACTTGCAAGAAGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATCACTTGACAAGATTATCTGGCAGAGGTAACTTGCAAGAAGAGG  300

seq1  GATGAATCTTGGCTCAGAGCGTGAGGGCGCGGTCCACCGCGGTGGGGACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATCTTGGCTCAGAGCGTGAGGGCGCGGTCCACCGCGGTGGGGACC  350

seq1  ATGGGGTGGTCAGGAGAGCTCAGGGTGTGTTAGCAGGGGTGAGCACAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGTGGTCAGGAGAGCTCAGGGTGTGTTAGCAGGGGTGAGCACAAGA  400

seq1  TGGCTAAGCTAAGGATGCTAAGGCTGGCACCAGAAGCAGAGAAGCAAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAAGCTAAGGATGCTAAGGCTGGCACCAGAAGCAGAGAAGCAAACC  450

seq1  ATGGGAGGGTACCATCCACATTCAGGATGAGTCTTTAGTTCATGCCTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGGGTACCATCCACATTCAGGATGAGTCTTTAGTTCATGCCTCAC  500

seq1  AGGCTCAAATCTAGACATTGTTATTAAGTTCTGTGAGTGTGTGTGTGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAAATCTAGACATTGTTATTAAGTTCTGTGAGTGTGTGTGTGTGT  550

seq1  ATGTGTGTGTGTGTGTG  567
      |||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGTGTGTGTG  567