BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218G08
Chromosome4 (Build37)
Map Location 5,346,347 - 5,474,564
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039297, LOC622019, Impad1, LOC100039338
Downstream gene1700012H17Rik, LOC669309, 3110003A22Rik, Cyp7a1, Sdcbp, Nsmaf, LOC100039397, LOC100039414
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218G08.bB6Ng01-218G08.g
ACCGA034536GA034537
length6251,184
definitionB6Ng01-218G08.b B6Ng01-218G08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,346,347 - 5,346,971)(5,473,376 - 5,474,564)
sequence
gaattcttgaagtggaaattttatatatatatatatatatatatatatat
atatatatagagagagagagagagagagagagagagagagagagacagag
acagagacagagacaaatagagagtgacagagacagacagacagtgacag
agacagagatagacacagagacagacagacagacagtgacagagacagag
atagacacagagacagacagacagacagacagtgaaagagacaaatagag
agaggcagagacagagaaatggatgaaaattaccaaaaagtggagagtac
atacagaatgcaattaaaatgcaaaattagactggaaaggaagttagaaa
gaggatagtgctgaaaaatatgtaaaagacacaaagtcttattcttttcc
aaaaaaacccacaaaagacacaaggtcacatgctcaggatatgctgtatc
tccaagcaggataattaatcatccccaggcatatcacagtaaatctgctt
caaagcaaacgtgaaaaagtaaaagtggttgtaaagatacaagctctcat
atctttaaagggactctgcaagttgtgtgtgtgtgcgtgtatggatttgt
gtgaatgtgtgtgtgtgtgtgtgtg

gaattccaaggaaaagtccaaagtaagaaaccatacttcttagtgagata
cataaagtatagggactacatggaatgagggaatttcctttttagttcaa
agcatttgacatacatacttcatcctcacaactgcccacatttaacatgt
gggctgtgtctaatgccctcctcctgaagaataaagtgtggaaatggaaa
ccagagcttatggaaaggtagaaaagtgacaagcacctactcagtgttca
agttcaatatcttcactgaaagatcaagttggtagaaaaaccctccaaat
ttctaatttttattttagaactgttacggtaagataagcctggtgtggtg
gctcgtgcctgtaattctaactctcagtatgctgaggaagacggggttag
cctgggctacagacaaacaaacaataatgaaatggggaactttccataaa
gctcacaagaagagttggaaattgagaaagtgtcacagccacaggacacc
taaggaaagaaaccagcgaagtactgtatagggacctggaggtgatgtag
ccctaaggacagctgagataagtgtgggtttagttaacaacaatatataa
gcatttcttttttaaaagaaatgtaccacattaatatgttggcaatggtg
gaagctggatgtgagctatatgacaattgtgtaacatttttgttattttt
ctataatttcaaaattgtattaaaataaaaacattattttaaaaatgaat
ataattcaaatttataagaccaactcatatattttattaagcttagatat
tcttcctgttttgtgtgttttgttaacctaattgctaaactacaaaaatt
gaaatagaacagaactccttatttattactaaagactgtgtctgatggaa
tattctgactctgcaaaatggtaagaacattttaacagaaaggcttgcct
ctacagaagtattctacaaaaaaacaaaagacaaaggtaccatgcacttt
ccatgctactgctgttaaacatgttgtcctgaaatatctcacttactata
tccagtgtgagaatctagtataataaaggatgctcagtatataactcagt
aagttaatgccattaatttggctaatttccctatacccatggggttcaac
ttgacaaattgcatgtttaccaaattacgagctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_5346347_5346971
seq2: B6Ng01-218G08.b_42_666

seq1  GAATTCTTGAAGTGGAAATTTTATATATATATATATATATATATATATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAAGTGGAAATTTTATATATATATATATATATATATATATAT  50

seq1  ATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAG  100

seq1  ACAGAGACAGAGACAAATAGAGAGTGACAGAGACAGACAGACAGTGACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACAGAGACAAATAGAGAGTGACAGAGACAGACAGACAGTGACAG  150

seq1  AGACAGAGATAGACACAGAGACAGACAGACAGACAGTGACAGAGACAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAGATAGACACAGAGACAGACAGACAGACAGTGACAGAGACAGAG  200

seq1  ATAGACACAGAGACAGACAGACAGACAGACAGTGAAAGAGACAAATAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACACAGAGACAGACAGACAGACAGACAGTGAAAGAGACAAATAGAG  250

seq1  AGAGGCAGAGACAGAGAAATGGATGAAAATTACCAAAAAGTGGAGAGTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAGAGACAGAGAAATGGATGAAAATTACCAAAAAGTGGAGAGTAC  300

seq1  ATACAGAATGCAATTAAAATGCAAAATTAGACTGGAAAGGAAGTTAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAATGCAATTAAAATGCAAAATTAGACTGGAAAGGAAGTTAGAAA  350

seq1  GAGGATAGTGCTGAAAAATATGTAAAAGACACAAAGTCTTATTCTTTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATAGTGCTGAAAAATATGTAAAAGACACAAAGTCTTATTCTTTTCC  400

seq1  AAAAAAACCCACAAAAGACACAAGGTCACATGCTCAGGATATGCTGTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACCCACAAAAGACACAAGGTCACATGCTCAGGATATGCTGTATC  450

seq1  TCCAAGCAGGATAATTAATCATCCCCAGGCATATCACAGTAAATCTGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCAGGATAATTAATCATCCCCAGGCATATCACAGTAAATCTGCTT  500

seq1  CAAAGCAAACGTGAAAAAGTAAAAGTGGTTGTAAAGATACAAGCTCTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAAACGTGAAAAAGTAAAAGTGGTTGTAAAGATACAAGCTCTCAT  550

seq1  ATCTTTAAAGGGACTCTGCAAGTTGTGTGTGTGTGCGTGTATGGATTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTAAAGGGACTCTGCAAGTTGTGTGTGTGTGCGTGTATGGATTTGT  600

seq1  GTGAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  625
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  625


seq1: chr4_5473376_5474564
seq2: B6Ng01-218G08.g_65_1248 (reverse)

seq1  GAGCTCTGATATTTGTAAACATGCATTTTGTCAGGTTGAAACCCCATAGG  50
      ||||||  |  || ||||||||||| ||||||| |||| |||||||| ||
seq2  GAGCTCGTAATTTGGTAAACATGCAATTTGTCAAGTTG-AACCCCATGGG  49

seq1  TATAGGGAAATAAGCCAAAATAATGTGCATTTACTTACTGAG-TATATAC  99
      ||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||
seq2  TATAGGGAAATTAGCCAAATTAATG-GCATTAACTTACTGAGTTATATAC  98

seq1  TGAGCATTCTTTA-TATACTTAGAATTCTCACACTGGATTATAGTAAGTG  148
      ||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGAGCATCCTTTATTATAC-TAG-ATTCTCACACTGGA-TATAGTAAGTG  145

seq1  AGATATTTTCAGGAACAACATGTTTAACAGCAGTAGCATGGAAAGTGCAT  198
      ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATA-TTTCAGG-ACAACATGTTTAACAGCAGTAGCATGGAAAGTGCAT  193

seq1  GGTACTTTTGTCTTTTG-TTTTTTGTAGAATACTTCTGTAGGGGCAAGCC  247
      ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGTACCTTTGTCTTTTGTTTTTTTGTAGAATACTTCTGTAGAGGCAAGCC  243

seq1  -TTCTGTTTAAAATGTTCTTACCATTTTGCAGAAGTCAGAATATTCCATC  296
       ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTCTG-TTAAAATGTTCTTACCATTTTGCAG-AGTCAGAATATTCCATC  291

seq1  AGACACAGTCTTTAGTAATAAATAAGGAGTTCTGTTCTATTTCAATTTTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACAGTCTTTAGTAATAAATAAGGAGTTCTGTTCTATTTCAATTTTT  341

seq1  GTAGTTTAGCAATTAGGTTAACAAAACACACAAAACAGGAAGAATATCTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTTAGCAATTAGGTTAACAAAACACACAAAACAGGAAGAATATCTA  391

seq1  AGCTTAATAAAATATATGAGTTGGTCTTATAAATTTGAATTATATTCATT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAATAAAATATATGAGTTGGTCTTATAAATTTGAATTATATTCATT  441

seq1  TTTAAAATAATGTTTTTATTTTAATACAATTTTGAAATTATAGAAAAATA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATAATGTTTTTATTTTAATACAATTTTGAAATTATAGAAAAATA  491

seq1  ACAAAAATGTTACACAATTGTCATATAGCTCACATCCAGCTTCCACCATT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAATGTTACACAATTGTCATATAGCTCACATCCAGCTTCCACCATT  541

seq1  GCCAACATATTAATGTGGTACATTTCTTTTAAAAAAGAAATGCTTATATA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACATATTAATGTGGTACATTTCTTTTAAAAAAGAAATGCTTATATA  591

seq1  TTGTTGTTAACTAAACCCACACTTATCTCAGCTGTCCTTAGGGCTACATC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTTAACTAAACCCACACTTATCTCAGCTGTCCTTAGGGCTACATC  641

seq1  ACCTCCAGGTCCCTATACAGTACTTCGCTGGTTTCTTTCCTTAGGTGTCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCAGGTCCCTATACAGTACTTCGCTGGTTTCTTTCCTTAGGTGTCC  691

seq1  TGTGGCTGTGACACTTTCTCAATTTCCAACTCTTCTTGTGAGCTTTATGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTGTGACACTTTCTCAATTTCCAACTCTTCTTGTGAGCTTTATGG  741

seq1  AAAGTTCCCCATTTCATTATTGTTTGTTTGTCTGTAGCCCAGGCTAACCC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTCCCCATTTCATTATTGTTTGTTTGTCTGTAGCCCAGGCTAACCC  791

seq1  CGTCTTCCTCAGCATACTGAGAGTTAGAATTACAGGCACGAGCCACCACA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTTCCTCAGCATACTGAGAGTTAGAATTACAGGCACGAGCCACCACA  841

seq1  CCAGGCTTATCTTACCGTAACAGTTCTAAAATAAAAATTAGAAATTTGGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTTATCTTACCGTAACAGTTCTAAAATAAAAATTAGAAATTTGGA  891

seq1  GGGTTTTTCTACCAACTTGATCTTTCAGTGAAGATATTGAACTTGAACAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTTCTACCAACTTGATCTTTCAGTGAAGATATTGAACTTGAACAC  941

seq1  TGAGTAGGTGCTTGTCACTTTTCTACCTTTCCATAAGCTCTGGTTTCCAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAGGTGCTTGTCACTTTTCTACCTTTCCATAAGCTCTGGTTTCCAT  991

seq1  TTCCACACTTTATTCTTCAGGAGGAGGGCATTAGACACAGCCCACATGTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACACTTTATTCTTCAGGAGGAGGGCATTAGACACAGCCCACATGTT  1041

seq1  AAATGTGGGCAGTTGTGAGGATGAAGTATGTATGTCAAATGCTTTGAACT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGGGCAGTTGTGAGGATGAAGTATGTATGTCAAATGCTTTGAACT  1091

seq1  AAAAAGGAAATTCCCTCATTCCATGTAGTCCCTATACTTTATGTATCTCA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGGAAATTCCCTCATTCCATGTAGTCCCTATACTTTATGTATCTCA  1141

seq1  CTAAGAAGTATGGTTTCTTACTTTGGACTTTTCCTTGGAATTC  1189
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAAGTATGGTTTCTTACTTTGGACTTTTCCTTGGAATTC  1184


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |