BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-222A13
Chromosome4 (Build37)
Map Location 27,269,927 - 27,398,316
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneManea, Bhmt-ps1, LOC665079, Gng2-ps1
Downstream geneLOC100040691, Tpm3-rs2, LOC100040842, LOC100040735, LOC230044
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222A13.bB6Ng01-222A13.g
ACCGA037167GA037168
length1,1081,150
definitionB6Ng01-222A13.b B6Ng01-222A13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,397,205 - 27,398,316)(27,269,927 - 27,271,083)
sequence
gaattcacttttctcactaaattacaaggtctaaactgctcccaaatatc
tttggcttatcatttttagttgtaaatgtcctataggccctaatacatgc
tgattaactgtcaaggaagcaaaaacaaagttagagttacctattatgta
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aatattcttttttcccagtgatgggcattgtaagaagtcagcatctattg
atgtgaattgtatttccctcagaacaagccttacctttctacatgcatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_27397205_27398316
seq2: B6Ng01-222A13.b_47_1154 (reverse)

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      |||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      |||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
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      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTGTGCTTTCTTGTTTAAAAAAATCATACATGTAAATAATATACTTCTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GAAAAGTGAATTC  1112
      |||||||||||||
seq2  GAAAAGTGAATTC  1108


seq1: chr4_27269927_27271083
seq2: B6Ng01-222A13.g_64_1213

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      ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCACTGGTCTGAATTATTGTATCTTTACTTGGAAAATTTACTTTAT  350

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGAATTATATTTATTTTATTTATTGAAAGATTGCTCTTTTGTTAGA  400

seq1  ATTGGTGTACTATGTGTCAGTGATGTGGCTTATTTTGATAATAAATTTAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTGTACTATGTGTCAGTGATGTGGCTTATTTTGATAATAAATTTAG  450

seq1  CTCTTGTTATGCTGATGTTTATATTTTCCACAAAATATAGCAAAATCTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTTATGCTGATGTTTATATTTTCCACAAAATATAGCAAAATCTAT  500

seq1  TGACAGTGTACTCAAGGAAAATTATAGAAAAATATTAATATTTAAAATGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TATTTAGTGAATATAAAACTTTTGTTCAGTTAATTTACATATGATTTTTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGTGAATATAAAACTTTTGTTCAGTTAATTTACATATGATTTTTA  600

seq1  GAATAAAACAGAGATAACAGTAACATTTTGACCATAAATAACTTTGTAAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AGTGATATTTCAGTAATGAAAGCGCTGGAAATTGTGCAGTTCGGGTAAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTTAATACAGAAAGCACATGAAAGAGGCTTTTAGACAAAGCATCTACTAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATACAGAAAGCACATGAAAGAGGCTTTTAGACAAAGCATCTACTAC  750

seq1  TCAAGGTCTCTAGATAACAAGCTGCTATAGCTGTGGTTTTCATATCATAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTCTCTAGATAACAAGCTGCTATAGCTGTGGTTTTCATATCATAG  800

seq1  AAGCTAGGTACATATCTATCCATCTACTGAATTACTGATCACTTTTTATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAGGTACATATCTATCCATCTACTGAATTACTGATCACTTTTTATA  850

seq1  TAAGTGATGCTGAATATTTGTTTACTATAAATATATTATAAATATTTATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGATGCTGAATATTTGTTTACTATAAATATATTATAAATATTTATT  900

seq1  TATTATATCTCCATCATCATAACTTACATTTTTATATTTGGCATCTTTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATATCTCCATCATCATAACTTACATTTTTATATTTGGCATCTTTCT  950

seq1  GATATTTCATGTATAGTCTTTACATTATTGTACCTTTTGGTGAAAGCTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTCATGTATAGTCTTTACATTATTGTACCTTTTGGTGAAAGCTAT  1000

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      | ||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||||| |
seq2  G-TATTATTTCTCGATCTGA--CACTTTTGTTCAT--AGCAAATAAAT-A  1044

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      |||||||||| ||||||| || | |||||||||||   ||||||||||||
seq2  TGAACAAATATTCTTTTTTCCCA-GTGATGGGCATTGTAAGAAGTCAGCA  1093

seq1  TCTATTGATGTG-ATTGTATTTCCCCTCAGAACAAACCCTTACTTTCTAC  1147
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| || |  ||||||||
seq2  TCTATTGATGTGAATTGTATTT-CCCTCAGAACAAGCCTTACCTTTCTAC  1142

seq1  AATTGCATGA  1157
      |  |||||||
seq2  A--TGCATGA  1150


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