BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222I08
Chromosome4 (Build37)
Map Location 29,293,663 - 29,468,468
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC665141, LOC100040773, Epha7, LOC100040907, LOC100040811
Downstream geneLOC665185
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222I08.bB6Ng01-222I08.g
ACCGA037514GA037515
length1,1421,179
definitionB6Ng01-222I08.b B6Ng01-222I08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,293,663 - 29,294,818)(29,467,273 - 29,468,468)
sequence
gaattcttctaaaataatagtaagatttttttcctttctagaactccaga
gaagcccatatatccaacgaacaaatttatcaaacagtcatctcctcagg
actataaattactcagatggtcaaatccacttgcctataaacaaccattt
actcactaaaattcatgccttgtctccatatatcttccagccctaaaatg
ctttattaacctcttcaattcaatcctgtattgaaagatttgcagtaaat
caccagcaaaagagattctgagactgtgaaaatagccttaaacataaccc
aggagacaccaatccagtgtcaacatggtgtcaccctagtgcagtcagta
caaattcaggctttcctttctcaacaggtcatggtgtttttctccctgac
cccaaaattggaagagattttactttctatcagttacaagggactgaggt
ctactgtgagttctcttggagatgatgcccaggatctagccttggcccaa
gagtattataaagtagtttgtttgctccgtgatgtcctagtcactgttgc
accagagagcatgcattgcaagtccggtcatgatcgcagcttgcagaggt
catagctgtgactctttgatgattatttttctgcagtattatacataaca
ctttccaaccctgtttaaactggatgtaagcaaggtaacaggggtgtaaa
tttcaagagagcttgacttcttgatattcaatgattcagtgaaagagcct
tatattaaagttctaaagaataaatggtagaattggcaatagcctatgtt
atgtgagggtctaggaattttcagtagctaaacactctaaaatgtaaaag
aggtaaccagttcctggtattaaaatttttatttaatatgagctctgata
ttacatccatcagagttctatatgaaaataattctttatttcctatttgc
ttgggttggtatagtattgaaagtaagggcttttccatggttcataaaac
tatacagtaccccatttttttttacatatttgtttagataattattcata
tcatatttcgataggtgtaaattcagtataagacaaactatttactagtc
actgctttaaggcactatttaaggcccttgcctatagccagg

gaattcaaagggtatgtatgacattagatgaaatttataaaggaagcctg
aactttcacgaataaacaatttcagttgtccaatatgtctttccaagaaa
acatataataaaatggaaatagtattaataataataatagtaataataat
aataaattttaatataagcaaagaaaaacatatcatttatagttactgac
tcactttaaacatcatgtctacaattacatacaacttgatgggtattatt
tcttgaactctagtcaagtcatactacaaaaattaccttatggatatttc
acctgtttaacacttaataacaaattatattctgatttagcaactttcct
gagcatctgtttctatgtccaaaaacatatgctaatctctaagtagatct
tctgccaacatttgtattttaaaaataaacttgcatagtaaatagaaaag
cagccaatgtttcatacaataaacttgctaagtgtccagtaatctctgcc
tttattgtaaatggagtcatcttagttttcatgtgcccttaaacacaaga
gcagtctctgactactcttgccatgcagcacatagcttaatcttctggta
tttcattgatggctactttaagacctcctccatactctccaatcccaatg
ttcttttatagtaaagatgctcaattttccatggggtggatagctacacc
tctctatcccagttgtataattgtcattatataatgttcaataaacactc
aaatgccttctgcacctccagtctgacattttttaagttaatgttgaagg
aaacagaggtgctgctgctttatgaagctgaactcctactaggaatatag
agaagtaaagggtcattgaactggccaattgaaagcaaagcaagtgagta
aatactatgacaataaatggtcacagcatcataaaagtgactggagtcag
cttttctgagatctgaacaaaatcaacaccacccagagcacagactagag
tggtatagcaagaaaaaaaaattaccagagcttttatcttgaaagtatga
ggcaagtagtagaagggaacatgcagaacatgaagagtgttcaggggcat
ttttatttttctagagaactatcatttaagtggaactataatagccagat
ccagtaccaggcctagggtatggactagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_29293663_29294818
seq2: B6Ng01-222I08.b_43_1184

seq1  GAATTCTTCTAAAATAATAGTAAGATTTTTTTCCTTTCTAGAACTCCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTAAAATAATAGTAAGATTTTTTTCCTTTCTAGAACTCCAGA  50

seq1  GAAGCCCATATATCCAACGAACAAATTTATCAAACAGTCATCTCCTCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCCATATATCCAACGAACAAATTTATCAAACAGTCATCTCCTCAGG  100

seq1  ACTATAAATTACTCAGATGGTCAAATCCACTTGCCTATAAACAACCATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAAATTACTCAGATGGTCAAATCCACTTGCCTATAAACAACCATTT  150

seq1  ACTCACTAAAATTCATGCCTTGTCTCCATATATCTTCCAGCCCTAAAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTAAAATTCATGCCTTGTCTCCATATATCTTCCAGCCCTAAAATG  200

seq1  CTTTATTAACCTCTTCAATTCAATCCTGTATTGAAAGATTTGCAGTAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTAACCTCTTCAATTCAATCCTGTATTGAAAGATTTGCAGTAAAT  250

seq1  CACCAGCAAAAGAGATTCTGAGACTGTGAAAATAGCCTTAAACATAACCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCAAAAGAGATTCTGAGACTGTGAAAATAGCCTTAAACATAACCC  300

seq1  AGGAGACACCAATCCAGTGTCAACATGGTGTCACCCTAGTGCAGTCAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACACCAATCCAGTGTCAACATGGTGTCACCCTAGTGCAGTCAGTA  350

seq1  CAAATTCAGGCTTTCCTTTCTCAACAGGTCATGGTGTTTTTCTCCCTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTCAGGCTTTCCTTTCTCAACAGGTCATGGTGTTTTTCTCCCTGAC  400

seq1  CCCAAAATTGGAAGAGATTTTACTTTCTATCAGTTACAAGGGACTGAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAATTGGAAGAGATTTTACTTTCTATCAGTTACAAGGGACTGAGGT  450

seq1  CTACTGTGAGTTCTCTTGGAGATGATGCCCAGGATCTAGCCTTGGCCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTGAGTTCTCTTGGAGATGATGCCCAGGATCTAGCCTTGGCCCAA  500

seq1  GAGTATTATAAAGTAGTTTGTTTGCTCCGTGATGTCCTAGTCACTGTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATTATAAAGTAGTTTGTTTGCTCCGTGATGTCCTAGTCACTGTTGC  550

seq1  ACCAGAGAGCATGCATTGCAAGTCCGGTCATGATCGCAGCTTGCAGAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAGAGCATGCATTGCAAGTCCGGTCATGATCGCAGCTTGCAGAGGT  600

seq1  CATAGCTGTGACTCTTTGATGATTATTTTTCTGCAGTATTATACATAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTGTGACTCTTTGATGATTATTTTTCTGCAGTATTATACATAACA  650

seq1  CTTTCCAACCCTGTTTAAACTGGATGTAAGCAAGGTAACAGGGGTGTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCAACCCTGTTTAAACTGGATGTAAGCAAGGTAACAGGGGTGTAAA  700

seq1  TTTCAAGAGAGCTTGACTTCTTGATATTCAATGATTCAGTGAAAGAGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGAGAGCTTGACTTCTTGATATTCAATGATTCAGTGAAAGAGCCT  750

seq1  TATATTAAAGTTCTAAAGAATAAATGGTAGAATTGGCAATAGCCTATGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTAAAGTTCTAAAGAATAAATGGTAGAATTGGCAATAGCCTATGTT  800

seq1  ATGTGAGGGTCTAGGAATTTTCAGTAGCTAAACACTCTAAAATGTAAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGGGTCTAGGAATTTTCAGTAGCTAAACACTCTAAAATGTAAAAG  850

seq1  AGGTAACCAGTTCCTGGTATTAAAATTTTTATTTAATATGAGCTCTGATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAACCAGTTCCTGGTATTAAAATTTTTATTTAATATGAGCTCTGATA  900

seq1  TTACATCCATCAGAGTTCTATATGAAAATAATTCTTTATTT-CTATTTGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTACATCCATCAGAGTTCTATATGAAAATAATTCTTTATTTCCTATTTGC  950

seq1  TT-GGTTGGTATTAGTATTGAAAGTAAGGGCTTTTCCATGGTTCATAAAA  998
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTGGTA-TAGTATTGAAAGTAAGGGCTTTTCCATGGTTCATAAAA  999

seq1  CTATACAGTAACCCCATTTTTTTTACATATTTGTTTAAGATAAATTAATT  1048
      |||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||  | |||
seq2  CTATACAGTACCCCATTTTTTTTTACATATTTGTTT-AGATAA--TTATT  1046

seq1  CATATCATATTTTCGATAGTTGTAAATTTTCAGTTATAAGACAAAATTAT  1098
      ||||||||| ||||||||| ||||||  ||||| |||||||| ||| |||
seq2  CATATCATA-TTTCGATAGGTGTAAA--TTCAG-TATAAGAC-AAACTAT  1091

seq1  TTTAACTTAGTCACTTGTTTTAAGCACTATTTTTAAAGGCCCTTGCTTAT  1148
      ||  || ||||||||  ||| | |||||||||   ||||||||||| |||
seq2  TT--AC-TAGTCACTGCTTTAAGGCACTATTT---AAGGCCCTTGCCTAT  1135

seq1  AAGCCAGG  1156
       |||||||
seq2  -AGCCAGG  1142


seq1: chr4_29467273_29468468
seq2: B6Ng01-222I08.g_64_1242 (reverse)

seq1  CCTAGTCCATACCCTATGCTTGGTACTGAAAATCTTGCTATTATAGTCTC  50
      |||||||||||||||| || ||||||||   |||| |||||||||||  |
seq2  CCTAGTCCATACCCTAGGCCTGGTACTG--GATCTGGCTATTATAGTTCC  48

seq1  ACTAAAATGATTATGTTCTCTAGAAAA--TAAAATGCCCCTTGAACACTC  98
      ||| |||||||   |||||||||||||   |||||||||| |||||||||
seq2  ACTTAAATGAT--AGTTCTCTAGAAAAATAAAAATGCCCC-TGAACACTC  95

seq1  TTTCCATG-TCTGCATGTTCCCCTTTCTAACTACTTTGGCCCTCATTACT  147
      ||  |||| |||||||||||||  |||| |||||||    ||||| ||||
seq2  TT--CATGTTCTGCATGTTCCC--TTCT-ACTACTT---GCCTCA-TACT  136

seq1  TTCAAAGATTAAAAGCTCTGGTAATTTTTTTTTCTTTGCTTATACCACTC  197
      ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  TTC-AAGA-TAAAAGCTCTGGTAATTTTTTTTTC-TTGC-TATACCACTC  182

seq1  TAGTCTGTGCTCTTGGGTTGGTGTTGATTTTGTTCAGATCTCAGAAAAGC  247
      |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTGTGCTCT--GGGTGGTGTTGATTTTGTTCAGATCTCAGAAAAGC  230

seq1  TGACTCCAGTCACTTTTATGATGCTGTGACCATTTATTGTCATAGTATTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCAGTCACTTTTATGATGCTGTGACCATTTATTGTCATAGTATTT  280

seq1  ACTCACTTGCTTTGCTTTCAATTGGCCAGTTCAATGACCCTTTACTTCTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTTGCTTTGCTTTCAATTGGCCAGTTCAATGACCCTTTACTTCTC  330

seq1  TATATTCCTAGTAGGAGTTCAGCTTCATAAAGCAGCAGCACCTCTGTTTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTCCTAGTAGGAGTTCAGCTTCATAAAGCAGCAGCACCTCTGTTTC  380

seq1  CTTCAACATTAACTTAAAAAATGTCAGACTGGAGGTGCAGAAGGCATTTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAACATTAACTTAAAAAATGTCAGACTGGAGGTGCAGAAGGCATTTG  430

seq1  AGTGTTTATTGAACATTATATAATGACAATTATACAACTGGGATAGAGAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTATTGAACATTATATAATGACAATTATACAACTGGGATAGAGAG  480

seq1  GTGTAGCTATCCACCCCATGGAAAATTGAGCATCTTTACTATAAAAGAAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGCTATCCACCCCATGGAAAATTGAGCATCTTTACTATAAAAGAAC  530

seq1  ATTGGGATTGGAGAGTATGGAGGAGGTCTTAAAGTAGCCATCAATGAAAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGATTGGAGAGTATGGAGGAGGTCTTAAAGTAGCCATCAATGAAAT  580

seq1  ACCAGAAGATTAAGCTATGTGCTGCATGGCAAGAGTAGTCAGAGACTGCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAAGATTAAGCTATGTGCTGCATGGCAAGAGTAGTCAGAGACTGCT  630

seq1  CTTGTGTTTAAGGGCACATGAAAACTAAGATGACTCCATTTACAATAAAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGTTTAAGGGCACATGAAAACTAAGATGACTCCATTTACAATAAAG  680

seq1  GCAGAGATTACTGGACACTTAGCAAGTTTATTGTATGAAACATTGGCTGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGATTACTGGACACTTAGCAAGTTTATTGTATGAAACATTGGCTGC  730

seq1  TTTTCTATTTACTATGCAAGTTTATTTTTAAAATACAAATGTTGGCAGAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTATTTACTATGCAAGTTTATTTTTAAAATACAAATGTTGGCAGAA  780

seq1  GATCTACTTAGAGATTAGCATATGTTTTTGGACATAGAAACAGATGCTCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTACTTAGAGATTAGCATATGTTTTTGGACATAGAAACAGATGCTCA  830

seq1  GGAAAGTTGCTAAATCAGAATATAATTTGTTATTAAGTGTTAAACAGGTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTTGCTAAATCAGAATATAATTTGTTATTAAGTGTTAAACAGGTG  880

seq1  AAATATCCATAAGGTAATTTTTGTAGTATGACTTGACTAGAGTTCAAGAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCCATAAGGTAATTTTTGTAGTATGACTTGACTAGAGTTCAAGAA  930

seq1  ATAATACCCATCAAGTTGTATGTAATTGTAGACATGATGTTTAAAGTGAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATACCCATCAAGTTGTATGTAATTGTAGACATGATGTTTAAAGTGAG  980

seq1  TCAGTAACTATAAATGATATGTTTTTCTTTGCTTATATTAAAATTTATTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAACTATAAATGATATGTTTTTCTTTGCTTATATTAAAATTTATTA  1030

seq1  TTATTATTACTATTATTATTATTAATACTATTTCCATTTTATTATATGTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTACTATTATTATTATTAATACTATTTCCATTTTATTATATGTT  1080

seq1  TTCTTGGAAAGACATATTGGACAACTGAAATTGTTTATTCGTGAAAGTTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGAAAGACATATTGGACAACTGAAATTGTTTATTCGTGAAAGTTC  1130

seq1  AGGCTTCCTTTATAAATTTCATCTAATGTCATACATACCCTTTGAATTC  1196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCCTTTATAAATTTCATCTAATGTCATACATACCCTTTGAATTC  1179


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |