BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-224E22
Chromosome4 (Build37)
Map Location 43,276,926 - 43,390,863
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUnc13b, 4930417M19Rik
Upstream geneLOC100039374, LOC100039930, LOC100038993, LOC100039939, Ccl19-ps3, Ccl21c, LOC100039323, LOC665845, LOC100039973, LOC100039986, 4933409K07Rik, LOC100039344, LOC100039995, EG623054, Ccl19-ps2, LOC100039331, LOC100039131, LOC100040035, LOC100040048, Il11ra2, LOC665962, LOC545614, 1700008B15Rik, Ccl19, Ccl21b, LOC100039205, LOC433698, BC049635, N28178, Dnajb5, 1700022I11Rik, Vcp, Fancg, Pigo, Stoml2, B230312A22Rik
Downstream geneRusc2, 4833436C18Rik, Tesk1, Cd72, Sit1, Rmrp, LOC622404, E130306D19Rik, Car9, Tpm2, Tln1, Creb3, Gba2, 1110029E03Rik, LOC100039672, LOC100040179, Npr2, Spag8, Hint2, Serf2-ps, 4930412F15Rik, Olfr70, Olfr71, LOC100039781, 5430416O09Rik, A630077J23Rik, GA_x5J8B7W5BNN-892919-892147, Olfr159, Olfr29-ps1, Olfr156, LOC100040268, Olfr155, Reck, Glipr2, Ccin, Clta, Gne, LOC100040313, OTTMUSG00000007209, Rnf38, Melk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-224E22.bB6Ng01-224E22.g
ACCGA038803GA038804
length1,1151,162
definitionB6Ng01-224E22.b B6Ng01-224E22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,389,736 - 43,390,863)(43,276,926 - 43,278,076)
sequence
gaattccatgaaatttctagttatttttaggtagcaatcgatgtttgtca
ctttagcttccattttagtaattaaggtgatttaatgaaactgagatctg
tttggtttttagagagagggtcgaccgcacatacctcagattgctcttga
actcattatacagctaagaatggcctttaacttctcatcttcctgccttt
gcttcctaagtcttggtattatgggtgtacaacacagcctggattaattt
ttatatttatttcttttattattgtgatgtataagtgttttacttatatg
tatgtccttgtgctactgtgcatgcctaatggtgttagatgtcatgagcc
accatgtgggtactgggaatcaaactcaggtcctttgcaagagcagcaag
cgctcttaccacttagccagccctttaatttttaaaatttacaaagcatg
ctttgccttgttcctgagctctgctggattgcaggtgctcatggctggtg
ggaagacacagtggagctcagtggatgcttatgctgacccaattttctct
tctcccagttggccaaccctcatctctccagagactgagcaggacaatag
ggagctgaggagaagaaaattcttacctgatgtatgctgtcacaaagtgc
ttttagactccagcaagtatctacacttagcttttcctcaaggggtctgg
gttagagagaggaggagagatcgccatgacagggaagaagaaagaccaga
cttaaaggcccgccagtgtccccaattgtgtttgggtggcagaggtgaaa
taatgattctgaaagatgttatctcagagcacaggcagggcccagccacg
ggggctggagagtggttaagagctcttccagaggtcctgagttcaattcc
cagcaaccacatggtggctcacaaccattgtaatgagatctgattgccct
ctctgggtgtctgaagacagctacagtggtacttacatataatataaatc
tttcgggccagagcgaacagaacctgattcgagattgggggaaacaaaga
aagaaggaaaagaagaaaaaagaaatgcccacttggaagcaaggcaggtg
aattctgagtcgagg
gaattcactgtcacttgagcagcaggactggtttgtctggcttcagtgag
aacaaggcttggaaactgaacaagataccttctgcagaggcactgagcta
attcctttgctcagaatggctgtcataagtcaaagcaggttcacatggtg
ctttggagcccttagcagaatatttctttggaatccaggcaccaggggtc
ttatctgcccagagtactgccagcttcctactcctgtaagcagggagtga
tgcttagaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaatc
ttatatgtatagacttgaaggccaactaaggatccaaagatattttcttg
agtagtccctgaacaaagccaaaaataatggaaaatggtctagaaagaat
tgttctcacctatggtcacaaccttccggctgtcgtccttgcagaaaaca
tctagtctttggccttcctcttttctttgtgatcagctgctgttccccac
ggattggccaagcataaaggaggagcttggactatgattcctctgtatgc
attggatggaggggacctgagggcttgctggaaggtcagaaacaaaccct
ttcagcaggtcagatgagcttcctggacccttgctcagaaacgtgacttg
atctttggatttcctgatagtagcctgaaattgctaaggactctacattg
tccacaatgcgccagtcaacacacgaaacaaaccaagcatctttgctgtt
tttaattattatatgtgccattattatgggaaattatagggtagacttta
ataaattatcttatagcagcttttggagtctggaattctgtgaatatgtg
aaaactataaaaatgtcatgtttaatcatagcttttagactaataacccc
ttggttacacaaccctatcccaactccagttattgggctaatggtggaac
ctaagtgtcctgaatgactacggaacccacagtccactaggctgagacac
cagtctcataaacagtcttgttaacctagaacaatcagcttcctacatag
atgtagaagagaagggagctgacttgtgccacagagaagttaggtccacg
ccttccttccatcctaggatccactgaaggtgatcagcctgggcgtggta
acgtgccatctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_43389736_43390863
seq2: B6Ng01-224E22.b_46_1160 (reverse)

seq1  CCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGGGGCATTTCT  50
      ||||| |||||| ||| ||||||||| || || |||||| ||||||||||
seq2  CCTCG-ACTCAG-AATTCACCTGCCT-TG-CTTCCAAGT-GGGCATTTCT  45

seq1  TTTTTTTCTTTCTTTTTTCCTTTCTTTCTTTTTTTTCCCCCATTCTCG-A  99
      ||      |||||| ||| | ||||||| ||| ||||||||| ||||| |
seq2  TT------TTTCTTCTTTTCCTTCTTTC-TTTGTTTCCCCCAATCTCGAA  88

seq1  TCAGGCTCTGTTCGCTCTGGCCC-AAAGATTTATTATTATATGTAAGTA-  147
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  TCAGGTTCTGTTCGCTCTGGCCCGAAAGATTTA-TATTATATGTAAGTAC  137

seq1  CACTGTAGCTGTCTTCAGACACCCCAGAAGAGGGC-ATCAGATCTCATTA  196
      ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  CACTGTAGCTGTCTTCAGACA-CCCAG-AGAGGGCAATCAGATCTCATTA  185

seq1  CAAATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCT  246
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-AATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCT  234

seq1  CTGGAAGAGCTCTTAACCACTCTCCAGCCCCCGTGGCTGGGCCCTGCCTG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGAGCTCTTAACCACTCTCCAGCCCCCGTGGCTGGGCCCTGCCTG  284

seq1  TGCTCCTGAGATAACATCTTTCAGAATCATTATTTCACCTCTGCCACCCA  346
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCT-CTGAGATAACATCTTTCAGAATCATTATTTCACCTCTGCCACCCA  333

seq1  AACACAATTGGGGACACTGGCGGGCCTTTAAGTCTGGTCTTTCTTCTTCC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAATTGGGGACACTGGCGGGCCTTTAAGTCTGGTCTTTCTTCTTCC  383

seq1  CTGTCATGGCGATCTCTCCTCCTCTCTCTAACCCAGACCCCTTGAGGAAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATGGCGATCTCTCCTCCTCTCTCTAACCCAGACCCCTTGAGGAAA  433

seq1  AGCTAAGTGTAGATACTTGCTGGAGTCTAAAAGCACTTTGTGACAGCATA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGTGTAGATACTTGCTGGAGTCTAAAAGCACTTTGTGACAGCATA  483

seq1  CATCAGGTAAGAATTTTCTTCTCCTCAGCTCCCTATTGTCCTGCTCAGTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGGTAAGAATTTTCTTCTCCTCAGCTCCCTATTGTCCTGCTCAGTC  533

seq1  TCTGGAGAGATGAGGGTTGGCCAACTGGGAGAAGAGAAAATTGGGTCAGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGAGATGAGGGTTGGCCAACTGGGAGAAGAGAAAATTGGGTCAGC  583

seq1  ATAAGCATCCACTGAGCTCCACTGTGTCTTCCCACCAGCCATGAGCACCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCATCCACTGAGCTCCACTGTGTCTTCCCACCAGCCATGAGCACCT  633

seq1  GCAATCCAGCAGAGCTCAGGAACAAGGCAAAGCATGCTTTGTAAATTTTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCCAGCAGAGCTCAGGAACAAGGCAAAGCATGCTTTGTAAATTTTA  683

seq1  AAAATTAAAGGGCTGGCTAAGTGGTAAGAGCGCTTGCTGCTCTTGCAAAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAAAGGGCTGGCTAAGTGGTAAGAGCGCTTGCTGCTCTTGCAAAG  733

seq1  GACCTGAGTTTGATTCCCAGTACCCACATGGTGGCTCATGACATCTAACA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGAGTTTGATTCCCAGTACCCACATGGTGGCTCATGACATCTAACA  783

seq1  CCATTAGGCATGCACAGTAGCACAAGGACATACATATAAGTAAAACACTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTAGGCATGCACAGTAGCACAAGGACATACATATAAGTAAAACACTT  833

seq1  ATACATCACAATAATAAAAGAAATAAATATAAAAATTAATCCAGGCTGTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCACAATAATAAAAGAAATAAATATAAAAATTAATCCAGGCTGTG  883

seq1  TTGTACACCCATAATACCAAGACTTAGGAAGCAAAGGCAGGAAGATGAGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACACCCATAATACCAAGACTTAGGAAGCAAAGGCAGGAAGATGAGA  933

seq1  AGTTAAAGGCCATTCTTAGCTGTATAATGAGTTCAAGAGCAATCTGAGGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAGGCCATTCTTAGCTGTATAATGAGTTCAAGAGCAATCTGAGGT  983

seq1  ATGTGCGGTCGACCCTCTCTCTAAAAACCAAACAGATCTCAGTTTCATTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCGGTCGACCCTCTCTCTAAAAACCAAACAGATCTCAGTTTCATTA  1033

seq1  AATCACCTTAATTACTAAAATGGAAGCTAAAGTGACAAACATCGATTGCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACCTTAATTACTAAAATGGAAGCTAAAGTGACAAACATCGATTGCT  1083

seq1  ACCTAAAAATAACTAGAAATTTCATGGAATTC  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAAAATAACTAGAAATTTCATGGAATTC  1115

seq1: chr4_43276926_43278076
seq2: B6Ng01-224E22.g_68_1229

seq1  GAATTCACTGTCACTTGAGCAGCAGGACTGGTTTGTCTGGCTTCAGTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTCACTTGAGCAGCAGGACTGGTTTGTCTGGCTTCAGTGAG  50

seq1  AACAAGGCTTGGAAACTGAACAAGATACCTTCTGCAGAGGCACTGAGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGGCTTGGAAACTGAACAAGATACCTTCTGCAGAGGCACTGAGCTA  100

seq1  ATTCCTTTGCTCAGAATGGCTGTCATAAGTCAAAGCAGGTTCACATGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTTGCTCAGAATGGCTGTCATAAGTCAAAGCAGGTTCACATGGTG  150

seq1  CTTTGGAGCCCTTAGCAGAATATTTCTTTGGAATCCAGGCACCAGGGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGAGCCCTTAGCAGAATATTTCTTTGGAATCCAGGCACCAGGGGTC  200

seq1  TTATCTGCCCAGAGTACTGCCAGCTTCCTACTCCTGTAAGCAGGGAGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGCCCAGAGTACTGCCAGCTTCCTACTCCTGTAAGCAGGGAGTGA  250

seq1  TGCTTAGAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAATC  300

seq1  TTATATGTATAGACTTGAAGGCCAACTAAGGATCCAAAGATATTTTCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGTATAGACTTGAAGGCCAACTAAGGATCCAAAGATATTTTCTTG  350

seq1  AGTAGTCCCTGAACAAAGCCAAAAATAATGGAAAATGGTCTAGAAAGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTCCCTGAACAAAGCCAAAAATAATGGAAAATGGTCTAGAAAGAAT  400

seq1  TGTTCTCACCTATGGTCACAACCTTCCGGCTGTCGTCCTTGCAGAAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCACCTATGGTCACAACCTTCCGGCTGTCGTCCTTGCAGAAAACA  450

seq1  TCTAGTCTTTGGCCTTCCTCTTTTCTTTGTGATCAGCTGCTGTTCCCCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTCTTTGGCCTTCCTCTTTTCTTTGTGATCAGCTGCTGTTCCCCAC  500

seq1  GGATTGGCCAAGCATAAAGGAGGAGCTTGGACTATGATTCCTCTGTATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGGCCAAGCATAAAGGAGGAGCTTGGACTATGATTCCTCTGTATGC  550

seq1  ATTGGATGGAGGGGACCTGAGGGCTTGCTGGAAGGTCAGAAACAAACCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGATGGAGGGGACCTGAGGGCTTGCTGGAAGGTCAGAAACAAACCCT  600

seq1  TTCAGCAGGTCAGATGAGCTTCCTGGACCCTTGCTCAGAAACGTGACTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCAGGTCAGATGAGCTTCCTGGACCCTTGCTCAGAAACGTGACTTG  650

seq1  ATCTTTGGATTTCCTGATAGTAGCCTGAAATTGCTAAGGACTCTACATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGGATTTCCTGATAGTAGCCTGAAATTGCTAAGGACTCTACATTG  700

seq1  TCCACAATGCGCCAGTCAACACACGAAACAAACCAAGCATCTTTGCTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAATGCGCCAGTCAACACACGAAACAAACCAAGCATCTTTGCTGTT  750

seq1  TTTAATTATTATATGTGCCATTATTATGGGAAATTATAGGGTAGACTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTATTATATGTGCCATTATTATGGGAAATTATAGGGTAGACTTTA  800

seq1  ATAAATTATCTTATAGCAGCTTTTGGAGTCTGGAATTCTGTGAATATGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTATCTTATAGCAGCTTTTGGAGTCTGGAATTCTGTGAATATGTG  850

seq1  AAAACTATAAAAATGTCATGTTTAATCATAGCTTTTAGACTAATAACCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTATAAAAATGTCATGTTTAATCATAGCTTTTAGACTAATAACCCC  900

seq1  -TGGTTACAC-ACCCTATCCCAACTCCAGTTATT-GGCTAATGGTGGAAC  947
       ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTGGTTACACAACCCTATCCCAACTCCAGTTATTGGGCTAATGGTGGAAC  950

seq1  CTAAGTGTCCTGAATGACTACGGAACCCACAGT-CACTAGGCTGAGACAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  CTAAGTGTCCTGAATGACTACGGAACCCACAGTCCACTAGGCTGAGAC-A  999

seq1  CCAGTCTCATAAACAGTCTTGTT-ACCTAGAAC-ATCAGCTTCCTACATA  1044
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  CCAGTCTCATAAACAGTCTTGTTAACCTAGAACAATCAGCTTCCTACAT-  1048

seq1  AGATGTAGAAGAGAA-GGAGCTGACATGTGCCACAGAGAAGT--AGTCCA  1091
      ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||   |||||
seq2  AGATGTAGAAGAGAAGGGAGCTGACTTGTGCCACAGAGAAGTTAGGTCCA  1098

seq1  CG-CTTCC-TCCAT-CTAGGAT-CACTGAGGTGGATCACAGCCTGGGC-T  1136
      || ||||| ||||| ||||||| |||||| |  |||  |||||||||| |
seq2  CGCCTTCCTTCCATCCTAGGATCCACTGAAGGTGAT--CAGCCTGGGCGT  1146

seq1  GTGAACGTG-CATCTG  1151
      |  |||||| ||||||
seq2  GGTAACGTGCCATCTG  1162