BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-225A02
Chromosome4 (Build37)
Map Location 46,976,464 - 47,148,328
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGabbr2, Anks6, LOC435781, Galnt12
Upstream geneTdrd7, Tmod1, BC057893, AU014645, Xpa, LOC624430, LOC666379, LOC666389, Foxe1, 5830415F09Rik, Hemgn, LOC100040643, Anp32b, Nans, Trim14, Coro2a, Tbc1d2
Downstream geneCol15a1, Tgfbr1, LOC666236, LOC666473, Alg2, Sec61b, LOC100040788, Nr4a3, Stx17
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-225A02.bB6Ng01-225A02.g
ACCGA039309GA039310
length1,1431,063
definitionB6Ng01-225A02.b B6Ng01-225A02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,147,198 - 47,148,328)(46,976,464 - 46,977,514)
sequence
gaattcacagaaatctacttgcctctgcctctggagtgctggcatcattc
agatggtcagccacgcaaaggaagctgtggtcaaggaaagactgttaggg
tctctgatccagcctcagcacacttgggcacgtggacctgaaagtcttca
atccccaccacagagatgcttgcacatccatgtctactgcagcaccattg
actgttggcaaaatatgaaaccaatctagattgccagccacagataaatg
tctaaagagattgtggtacatatagaggatggctttttactcagctgtga
agaagactggtgttttcatctgcaggaaaatgcaagaactgaagatcatc
aggtcaaacacaaaatcaaccagagtcggaaagacaaatgtttctctcat
gtagaatctagattatgtactctatctatctatctatctatctatctatc
tatctacctacctacctacctacctatctaccatttatccatcatctatg
catcagttattatctatcatctattatctatttatatataatctgtctat
tatctatctataatctatgtatgtatgtatactattatctatcatctatc
tataatctatgtatatatatgtatcttcctactatctataatctacctat
ctatctatccatctatcattctatatatctatgaatatcacataaaaata
gaaaggcactacttgggggcaagaaaaagaccagtggggcatgaaagaga
ataagggtacgtttttagttaagacatattctctctccccactaccccct
ctctcttctgcatttgaaatgctcacacacacatgtgcgagtgtgcgcgc
gcacgcacacacacacacacacacacacacacacacacactaagtgggat
ggctttagcttggtggctccttcaacaatgcaacaaaaaccaaaatgaag
cagaaaatgaaagtgaacagaaggctagaaggaatgcctccagtggtgct
gtcctctggacaacagagtgagtggcttcttgataaaaatgttttttgta
gtttctaaattttttgacaatgagccttaacgtttttttgcctctaatat
ttttttactttgtattttaaaaaaaatttgaagtaaattaaaa
gaattcccacaaggtgtaccatgtaaggacatgtgtgaccttctccttgt
tcagtttcatttctgttctgttgttagtgttaactgctagctgggggatc
ctgaggactggtgtctggtaggtggatgcatggaaatggaaaaggatcag
ttgtgggttaacaggaagttcttgaagccatgtccaacctaacaaatgac
ccagaaacactctgtgtgaccatctagtggacaggtagaaacattggata
agtaggacagttgacaaatagaagagaagagtcacctatgcagatgagat
cagaagagagactaggcaatagctctgtcagtagagtacttggtatgcaa
gcataagggtccgagttcagatccccataacccacataaaaagacagatg
tgctggtacatgcacatccataatcccagtccttgggcagcagagacaag
aggatccctgaggattgattagtagccaatctagttgaatcagaaagttc
cagattcagtgagaccctgtctcaaaaactaaagtggagagccattgaaa
acacccagtgttctctttctctgccacaacacacatacaggcatgcactt
atatatacacacacatacgtatgcactatcatacactgcataaacacaca
aatgaaaagctaaaaggtggcataacagttaaaagagtcaaattgtcaca
ccctaatatagtcccaggcagctccatgaacagagaggatctggagaaaa
atctaggtatgaacatcagggcactgaaggcacggagggcactacccata
gaggaggggtaggacagggggagtggctagaagaggaagccaagattctc
agcatgtgtgaccaggaaaagaatctggaaaactagggcacaaaccatgt
gctgtgggattgggtaatgtgctcagacttcacagtatagagccacatac
ctgaggatggggggaggggtgggttccatatgttcattccttctgcaggt
agttgggagcttggctaccagaaaggtggtcagaattctacaagccagca
aggtgcagttatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_47147198_47148328
seq2: B6Ng01-225A02.b_43_1185 (reverse)

seq1  TTTTTATTTACTTCCAA-TTTTTTTAAATAACAAAGTAAAAAATAATAAG  49
      |||| ||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||  || ||
seq2  TTTTAATTTACTTCAAATTTTTTTTAAAATACAAAGTAAAAAAATATTAG  50

seq1  AG--CAAAAAACGT--AAGCTCATTGTC-AAAAATTTAGAAACTAC-AAA  93
      ||   |||||||||  | |||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  AGGCAAAAAAACGTTAAGGCTCATTGTCAAAAAATTTAGAAACTACAAAA  100

seq1  AACA-TATTATCAAGAAGCCACTCACTCTG-TGTCCAGA-GACAGCACCA  140
      |||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  AACATTTTTATCAAGAAGCCACTCACTCTGTTGTCCAGAGGACAGCACCA  150

seq1  CTGGA-GCATTCCCTCTAGCCTTCTGTTCACTTTCATTTTCTGCTTCATT  189
      ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGCATTCCTTCTAGCCTTCTGTTCACTTTCATTTTCTGCTTCATT  200

seq1  TT-GTTTTTGTTGCATTGTTGAAGGAGCCACCAAGCTAAAGCCATTCCAC  238
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTGGTTTTTGTTGCATTGTTGAAGGAGCCACCAAGCTAAAGCCATCCCAC  250

seq1  TTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGCGCGCA  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGCGCGCA  300

seq1  CACTCGCACATGTGTGTGTGAGCATTTCAAATGCAGAAGAGAGAGGGGGT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCGCACATGTGTGTGTGAGCATTTCAAATGCAGAAGAGAGAGGGGGT  350

seq1  AGTGGGGAGAGAGAATATGTCTTAACTAAAAACGTACCCTTATTCTCTTT  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGGAGAGAGAATATGTCTTAACTAAAAACGTACCCTTATTCTCTTT  400

seq1  CATGCCCCACTGGTCTTTTTCTTGCCCCCAAGTAGTGCCTTTCTATTTTT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCCCACTGGTCTTTTTCTTGCCCCCAAGTAGTGCCTTTCTATTTTT  450

seq1  ATGTGATATTCATAGATATATAGAATGATAGATGGATAGATAGATAGGTA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATATTCATAGATATATAGAATGATAGATGGATAGATAGATAGGTA  500

seq1  GATTATAGATAGTAGGAAGATACATATATATACATAGATTATAGATAGAT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATAGATAGTAGGAAGATACATATATATACATAGATTATAGATAGAT  550

seq1  GATAGATAATAGTATACATACATACATAGATTATAGATAGATAATAGACA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAATAGTATACATACATACATAGATTATAGATAGATAATAGACA  600

seq1  GATTATATATAAATAGATAATAGATGATAGATAATAACTGATGCATAGAT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATATATAAATAGATAATAGATGATAGATAATAACTGATGCATAGAT  650

seq1  GATGGATAAATGGTAGATAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGATAGATAGAT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATAAATGGTAGATAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGATAGATAGAT  700

seq1  AGATAGATAGATAGATAGATAGAGTACATAATCTAGATTCTACATGAGAG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGATAGATAGAGTACATAATCTAGATTCTACATGAGAG  750

seq1  AAACATTTGTCTTTCCGACTCTGGTTGATTTTGTGTTTGACCTGATGATC  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTTGTCTTTCCGACTCTGGTTGATTTTGTGTTTGACCTGATGATC  800

seq1  TTCAGTTCTTGCATTTTCCTGCAGATGAAAACACCAGTCTTCTTCACAGC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTCTTGCATTTTCCTGCAGATGAAAACACCAGTCTTCTTCACAGC  850

seq1  TGAGTAAAAAGCCATCCTCTATATGTACCACAATCTCTTTAGACATTTAT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAAAAAGCCATCCTCTATATGTACCACAATCTCTTTAGACATTTAT  900

seq1  CTGTGGCTGGCAATCTAGATTGGTTTCATATTTTGCCAACAGTCAATGGT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCTGGCAATCTAGATTGGTTTCATATTTTGCCAACAGTCAATGGT  950

seq1  GCTGCAGTAGACATGGATGTGCAAGCATCTCTGTGGTGGGGATTGAAGAC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAGTAGACATGGATGTGCAAGCATCTCTGTGGTGGGGATTGAAGAC  1000

seq1  TTTCAGGTCCACGTGCCCAAGTGTGCTGAGGCTGGATCAGAGACCCTAAC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGTCCACGTGCCCAAGTGTGCTGAGGCTGGATCAGAGACCCTAAC  1050

seq1  AGTCTTTCCTTGACCACAGCTTCCTTTGCGTGGCTGACCATCTGAATGAT  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTCCTTGACCACAGCTTCCTTTGCGTGGCTGACCATCTGAATGAT  1100

seq1  GCCAGCACTCCAGAGGCAGAGGCAAGTAGATTTCTGTGAATTC  1131
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCACTCCAGAGGCAGAGGCAAGTAGATTTCTGTGAATTC  1143

seq1: chr4_46976464_46977514
seq2: B6Ng01-225A02.g_63_1125

seq1  GAATTCCCACAAGGTGTACCATGTAAGGACATGTGTGACCTTCTCCTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCACAAGGTGTACCATGTAAGGACATGTGTGACCTTCTCCTTGT  50

seq1  TCAGTTTCATTTCTGTTCTGTTGTTAGTGTTAACTGCTAGCTGGGGGATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTCATTTCTGTTCTGTTGTTAGTGTTAACTGCTAGCTGGGGGATC  100

seq1  CTGAGGACTGGTGTCTGGTAGGTGGATGCATGGAAATGGAAAAGGATCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGACTGGTGTCTGGTAGGTGGATGCATGGAAATGGAAAAGGATCAG  150

seq1  TTGTGGGTTAACAGGAAGTTCTTGAAGCCATGTCCAACCTAACAAATGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGGTTAACAGGAAGTTCTTGAAGCCATGTCCAACCTAACAAATGAC  200

seq1  CCAGAAACACTCTGTGTGACCATCTAGTGGACAGGTAGAAACATTGGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAACACTCTGTGTGACCATCTAGTGGACAGGTAGAAACATTGGATA  250

seq1  AGTAGGACAGTTGACAAATAGAAGAGAAGAGTCACCTATGCAGATGAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGACAGTTGACAAATAGAAGAGAAGAGTCACCTATGCAGATGAGAT  300

seq1  CAGAAGAGAGACTAGGCAATAGCTCTGTCAGTAGAGTACTTGGTATGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGAGACTAGGCAATAGCTCTGTCAGTAGAGTACTTGGTATGCAA  350

seq1  GCATAAGGGTCCGAGTTCAGATCCCCATAACCCACATAAAAAGACAGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGGGTCCGAGTTCAGATCCCCATAACCCACATAAAAAGACAGATG  400

seq1  TGCTGGTACATGCACATCCATAATCCCAGTCCTTGGGCAGCAGAGACAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGTACATGCACATCCATAATCCCAGTCCTTGGGCAGCAGAGACAAG  450

seq1  AGGATCCCTGAGGATTGATTAGTAGCCAATCTAGTTGAATCAGAAAGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCCCTGAGGATTGATTAGTAGCCAATCTAGTTGAATCAGAAAGTTC  500

seq1  CAGATTCAGTGAGACCCTGTCTCAAAAACTAAAGTGGAGAGCCATTGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTCAGTGAGACCCTGTCTCAAAAACTAAAGTGGAGAGCCATTGAAA  550

seq1  ACACCCAGTGTTCTCTTTCTCTGCCACAACACACATACAGGCATGCACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCAGTGTTCTCTTTCTCTGCCACAACACACATACAGGCATGCACTT  600

seq1  ATATATACACACACATACGTATGCACTATCATACACTGCATAAACACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATACACACACATACGTATGCACTATCATACACTGCATAAACACACA  650

seq1  AATGAAAAGCTAAAAGGTGGCATAACAGTTAAAAGAGTCAAATTGTCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAAGCTAAAAGGTGGCATAACAGTTAAAAGAGTCAAATTGTCACA  700

seq1  CCCTAATATAGTCCCAGGCAGCTCCATGAACAGAGAGGATCTGGAGAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAATATAGTCCCAGGCAGCTCCATGAACAGAGAGGATCTGGAGAAAA  750

seq1  ATCTAGGTATGAACATCAGGGCACTGAAGGCACGGAGGGCACTACCCATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGGTATGAACATCAGGGCACTGAAGGCACGGAGGGCACTACCCATA  800

seq1  GAGGAGGGGTAGGACA-GGGGAGTGGCTAGAAGA-GAAGCCAAGATTCTC  848
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GAGGAGGGGTAGGACAGGGGGAGTGGCTAGAAGAGGAAGCCAAGATTCTC  850

seq1  AGCATGTGTGACCAGGAAAAGAATCTGGAAAACTAGGGCACAAACCATGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTGTGACCAGGAAAAGAATCTGGAAAACTAGGGCACAAACCATGT  900

seq1  GCTGTGGGATTGGGTAATGTGCTCAGACTTCACAGTATAGAGCCACATAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGGATTGGGTAATGTGCTCAGACTTCACAGTATAGAGCCACATAC  950

seq1  CTGAGGATGGGG---AGGGTGGG-TCCAAATGTCCA-TCCTTCTGCAGGT  993
      ||||||||||||    ||||||| |||| |||| || |||||||||||||
seq2  CTGAGGATGGGGGGAGGGGTGGGTTCCATATGTTCATTCCTTCTGCAGGT  1000

seq1  AGTTGGGAGC-TGGCCACCAGGAAAGGGGTAAG-ATTCAACA--GCAGCA  1039
      |||||||||| |||| ||||| || | ||| || |||| |||   |||||
seq2  AGTTGGGAGCTTGGCTACCAGAAAGGTGGTCAGAATTCTACAAGCCAGCA  1050

seq1  A-GTGCAGTTATG  1051
      | |||||||||||
seq2  AGGTGCAGTTATG  1063