BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226D20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 153,938,140 - 154,074,328
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrdm16, LOC100043342, LOC100042178, Actrt2
Upstream geneBC039966, A430005L14Rik, Dffb, BC046331, Lrrc47, 1190007F08Rik, Ccdc27, Trp73, Wdr8, 1200015A19Rik, Megf6, Arhgef16
Downstream geneB230396O12Rik, Mmel1, 2810405K02Rik, Tnfrsf14, Hes5, Pank4, LOC100043358, Plch2, Pex10, Rer1, Morn1, Ski, 2610002J02Rik, Prkcz, Gabrd, 2010015L04Rik, Tmem52, Gnb1, Nadk, A530082C11Rik, Cdc2l1, Mmp23, Mib2, B930041F14Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226D20.bB6Ng01-226D20.g
ACCGA040232GA040233
length1,1451,066
definitionB6Ng01-226D20.b B6Ng01-226D20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,073,193 - 154,074,328)(153,938,140 - 153,939,213)
sequence
gaattcaacctacacttccatatctgttcatcactgaagaaagtcaaggc
agagactcaaacagtgcagaaacctggaggctggagctgatgtagaggcc
agggaggaaagcttcttactggcttgctccccatagcttgctcagcctgg
tttcttatagaacccaggaccacctgctcaggggtagccacacccacaat
cagctgggccctctcccaccaatcactaaataggaaagtgctctacaagc
ttggctagcccgatcttatggagacattttctcagtccaggctctgcccc
ctttcagatgacttcagcttgtgtcaagttgatacaaaactatccagtgc
aaaggactcactatagaagccctccccacccccacccccacccccacatg
tgtgtgtgtatggatgcatgtgcacatatatgtctagtccaaagtttaac
attgtatgtcatccacttttttttggggcggaggacaggtctcttactgg
tcttataagtgttgattgtgatatgcctacctggctaacaagcccacaga
ccttccttctccacttcttcagtgcataccatcacacctgactttttaat
gttgttgctggagactgaactcaattcatggttcctgtaaggccagcgtt
ttgcccactgagccgctccctggcttccttgttgctggcttggagctgag
tcacagctgaaaatttctctctacctctgctgagtcaccgagtctcctga
aagtgccgctcagagtgcctgcatggagtgttatctcatccggctcactt
gtctggcaagttgtcatgaggattcagggcatgtgctgtgcctatagatg
tccaaccaccctagcaagatgtgccaagcccagagtaccagttgtggtta
ggggggtgtgggctccaaaaaccaggcccggtccacgaaaaagcaagaat
tttgttcctgtacacatattaaatactggagttcccagaaggaggagaaa
gggagtttatgggagcctctaccatccatggcattattgggacagtaagg
ccttggacttaggttcttgcaacttactcattggcctggcaggcccaatg
tgggtggtagatgcctggaaatgtccacgcaagtttcccttcctc
gaattccatgtgaagttaataactatccataggtgtgaataggatgcaat
ataagcagggcaaggtgcatgggagacggggaaaccctaaaacgcacagg
gagtaaagcgcttgccacttagaaacccgacacaccccaggggagctcac
gggagatcagctcacgggaatgcagaaagctgcgtcctgtccactcttag
cacagctcagcagtctcgagaacatgtcttctaaggtgatgctcacacct
tgatgatttgtgtgacccaggggcctgtctggggaccttcagaactgtag
ctgacccctaggtgacagagctgttcacgtgctggggcgatagggagcca
ggactcactcagacaaattagataattaaatggaacccaactagataaat
tgcactttgcaaatgagattatcaagaacctttgtgggcagcaatgacct
cagtgtctccgcagctgaaggcacactcaaccggggccagttttcatctg
gccagctgttgttggcctggagacccagggacacactacgcccatccttc
tcatgatgtctgtgtggtagactcgggagacaggaagtggggaaaggtgc
agcagactctgctgaccccagagacgaacacttgcctcagggacactaga
ggtcccattccccccaaggacaactgggaaatttctctacagattccagc
ccaggctactgcacagagtcctatcctacctgccagggtcataggagacc
caggcttggagagacacgcacaacacacagcatggccactctgcccctgc
agtattggaggcccccagctgataagaatatgcccacaagtcatgcttcc
agaccctgaatcgccacccctgaagtggcaccatggcagatcaaattggt
ggcaaatcaggagcaaaggtaagaggttcaaaggcacatgagccacacag
tgagagtgttccccaaaagaaaaccaaggccacctgtcaccccatgtaga
tgcagtctggaggccagcatgctagcccgagtctcacaacattcagcctc
actgtgtctacacagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_154073193_154074328
seq2: B6Ng01-226D20.b_47_1191 (reverse)

seq1  GAGGAAGGGAAACTTTGCTGTAGACATTCCCA-GCATCTACCACCCACCT  49
      ||||||||||||| |||| || |||||| ||| ||||||||||||||| |
seq2  GAGGAAGGGAAAC-TTGC-GTGGACATTTCCAGGCATCTACCACCCACAT  48

seq1  GTGGGCCTG-CAGGCCAGTGAGTAGGTTGCAGGAA-CTTAGTCCAAGGGC  97
       |||||||| ||||||| |||||| |||||| ||| || ||||||| |||
seq2  -TGGGCCTGCCAGGCCAATGAGTAAGTTGCAAGAACCTAAGTCCAA-GGC  96

seq1  CTTACTGTCCCCATAATGCCATGGAT-GTAGAGGCTCCCAT-AACT-CCT  144
      ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||
seq2  CTTACTGTCCCAATAATGCCATGGATGGTAGAGGCTCCCATAAACTCCCT  146

seq1  TTCTCCTCC-TCTGGG-ACTCC-GTATTTTATTTGTGTACAGGA--CAAA  189
      ||||||||| |||||| ||||| |||||| || |||||||||||   |||
seq2  TTCTCCTCCTTCTGGGAACTCCAGTATTTAATATGTGTACAGGAACAAAA  196

seq1  TTCTTGC-TTTTCGTGGA-CGGGCCTGGGTTTTTGGAGCCCACA-CCCCC  236
      ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  TTCTTGCTTTTTCGTGGACCGGGCCT-GGTTTTTGGAGCCCACACCCCCC  245

seq1  TAACCACAACTGGTACTCTGGGCTTGGCACATCTTGCTAGGGTGGTTGGA  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCACAACTGGTACTCTGGGCTTGGCACATCTTGCTAGGGTGGTTGGA  295

seq1  CATCTATAGGCACAGCACATGCCCTGAATCCTCATGACAACTTGCCAGAC  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTATAGGCACAGCACATGCCCTGAATCCTCATGACAACTTGCCAGAC  345

seq1  AAGTGAGCCGGATGAGATAACACTCCATGCAGGCACTCTGAGCGGCACTT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGCCGGATGAGATAACACTCCATGCAGGCACTCTGAGCGGCACTT  395

seq1  TCAGGAGACTCGGTGACTCAGCAGAGGTAGAGAGAAATTTTCAGCTGTGA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGACTCGGTGACTCAGCAGAGGTAGAGAGAAATTTTCAGCTGTGA  445

seq1  CTCAGCTCCAAGCCAGCAACAAGGAAGCCAGGGAGCGGCTCAGTGGGCAA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTCCAAGCCAGCAACAAGGAAGCCAGGGAGCGGCTCAGTGGGCAA  495

seq1  AACGCTGGCCTTACAGGAACCATGAATTGAGTTCAGTCTCCAGCAACAAC  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCTGGCCTTACAGGAACCATGAATTGAGTTCAGTCTCCAGCAACAAC  545

seq1  ATTAAAAAGTCAGGTGTGATGGTATGCACTGAAGAAGTGGAGAAGGAAGG  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAAGTCAGGTGTGATGGTATGCACTGAAGAAGTGGAGAAGGAAGG  595

seq1  TCTGTGGGCTTGTTAGCCAGGTAGGCATATCACAATCAACACTTATAAGA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGGCTTGTTAGCCAGGTAGGCATATCACAATCAACACTTATAAGA  645

seq1  CCAGTAAGAGACCTGTCCTCCGCCCCAAAAAAAAGTGGATGACATACAAT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAGAGACCTGTCCTCCGCCCCAAAAAAAAGTGGATGACATACAAT  695

seq1  GTTAAACTTTGGACTAGACATATATGTGCACATGCATCCATACACACACA  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAACTTTGGACTAGACATATATGTGCACATGCATCCATACACACACA  745

seq1  CATGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGAGGGCTTCTATAGTGAGTCCTTT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGAGGGCTTCTATAGTGAGTCCTTT  795

seq1  GCACTGGATAGTTTTGTATCAACTTGACACAAGCTGAAGTCATCTGAAAG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGATAGTTTTGTATCAACTTGACACAAGCTGAAGTCATCTGAAAG  845

seq1  GGGGCAGAGCCTGGACTGAGAAAATGTCTCCATAAGATCGGGCTAGCCAA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAGAGCCTGGACTGAGAAAATGTCTCCATAAGATCGGGCTAGCCAA  895

seq1  GCTTGTAGAGCACTTTCCTATTTAGTGATTGGTGGGAGAGGGCCCAGCTG  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTAGAGCACTTTCCTATTTAGTGATTGGTGGGAGAGGGCCCAGCTG  945

seq1  ATTGTGGGTGTGGCTACCCCTGAGCAGGTGGTCCTGGGTTCTATAAGAAA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGGGTGTGGCTACCCCTGAGCAGGTGGTCCTGGGTTCTATAAGAAA  995

seq1  CCAGGCTGAGCAAGCTATGGGGAGCAAGCCAGTAAGAAGCTTTCCTCCCT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTGAGCAAGCTATGGGGAGCAAGCCAGTAAGAAGCTTTCCTCCCT  1045

seq1  GGCCTCTACATCAGCTCCAGCCTCCAGGTTTCTGCACTGTTTGAGTCTCT  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTACATCAGCTCCAGCCTCCAGGTTTCTGCACTGTTTGAGTCTCT  1095

seq1  GCCTTGACTTTCTTCAGTGATGAACAGATATGGAAGTGTAGGTTGAATTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGACTTTCTTCAGTGATGAACAGATATGGAAGTGTAGGTTGAATTC  1145

seq1: chr4_153938140_153939213
seq2: B6Ng01-226D20.g_69_1134

seq1  GAATTCCATGTGAAGTTAATAACTATCCATAGGTGTGAATAGGATGCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGTGAAGTTAATAACTATCCATAGGTGTGAATAGGATGCAAT  50

seq1  ATAAGCAGGGCAAGGTGCATGGGAGACGGGGAAACCCTAAAACGCACAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCAGGGCAAGGTGCATGGGAGACGGGGAAACCCTAAAACGCACAGG  100

seq1  GAGTAAAGCGCTTGCCACTTAGAAACCCGACACACCCCAGGGGAGCTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAAGCGCTTGCCACTTAGAAACCCGACACACCCCAGGGGAGCTCAC  150

seq1  GGGAGATCAGCTCACGGGAATGCAGAAAGCTGCGTCCTGTCCACTCTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATCAGCTCACGGGAATGCAGAAAGCTGCGTCCTGTCCACTCTTAG  200

seq1  CACAGCTCAGCAGTCTCGAGAACATGTCTTCTAAGGTGATGCTCACACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTCAGCAGTCTCGAGAACATGTCTTCTAAGGTGATGCTCACACCT  250

seq1  TGATGATTTGTGTGACCCAGGGGCCTGTCTGGGGACCTTCAGAACTGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATTTGTGTGACCCAGGGGCCTGTCTGGGGACCTTCAGAACTGTAG  300

seq1  CTGACCCCTAGGTGACAGAGCTGTTCACGTGCTGGGGCGATAGGGAGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCCCTAGGTGACAGAGCTGTTCACGTGCTGGGGCGATAGGGAGCCA  350

seq1  GGACTCACTCAGACAAATTAGATAATTAAATGGAACCCAACTAGATAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCACTCAGACAAATTAGATAATTAAATGGAACCCAACTAGATAAAT  400

seq1  TGCACTTTGCAAATGAGATTATCAAGAACCTTTGTGGGCAGCAATGACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTTGCAAATGAGATTATCAAGAACCTTTGTGGGCAGCAATGACCT  450

seq1  CAGTGTCTCCGCAGCTGAAGGCACACTCAACCGGGGCCAGTTTTCATCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCTCCGCAGCTGAAGGCACACTCAACCGGGGCCAGTTTTCATCTG  500

seq1  GCCAGCTGTTGTTGGCCTGGAGACCCAGGGACACACTACGCCCATCCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTGTTGTTGGCCTGGAGACCCAGGGACACACTACGCCCATCCTTC  550

seq1  TCATGATGTCTGTGTGGTAGACTCGGGAGACAGGAAGTGGGGAAAGGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATGTCTGTGTGGTAGACTCGGGAGACAGGAAGTGGGGAAAGGTGC  600

seq1  AGCAGACTCTGCTGACCCCAGAGACGAACACTTGCCTCAGGGACACTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACTCTGCTGACCCCAGAGACGAACACTTGCCTCAGGGACACTAGA  650

seq1  GGTCCCATTCCCCCCAAGGACAACTGGGAAATTTCTCTACAGATTCCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCATTCCCCCCAAGGACAACTGGGAAATTTCTCTACAGATTCCAGC  700

seq1  CCAGGCTACTGCACAGAGTCCTATCCTACCTGCCAGGGTCATAGGAGACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTACTGCACAGAGTCCTATCCTACCTGCCAGGGTCATAGGAGACC  750

seq1  CAGGCTTGGAGAGACACGCACAACACACAGCATGGCCACTCTGCCCCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTGGAGAGACACGCACAACACACAGCATGGCCACTCTGCCCCTGC  800

seq1  AGTATTGGAGGCCCCCAGCTGATAAGAATATGCCCACAAGTCATGCTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTGGAGGCCCCCAGCTGATAAGAATATGCCCACAAGTCATGCTTCC  850

seq1  AGACCCTGAATCGCCACCCCTGAAGTGGGCACCATGGCAGAATCAAATTG  900
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  AGACCCTGAATCGCCACCCCTGAAGT-GGCACCATGGCAG-ATCAAATTG  898

seq1  GTGGCAAATCAGGAGGCAAAGGTAAGAGGTTCAAAGGCAACATGAGCCAC  950
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTGGCAAATCAGGA-GCAAAGGTAAGAGGTTCAAAGGC-ACATGAGCCAC  946

seq1  ACAGTGAGAGTGTCCCCCAAAAGAAAACCAAAGCCACCTGTCA-CCCATG  999
      ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  ACAGTGAGAGTGTTCCCCAAAAGAAAACCAAGGCCACCTGTCACCCCATG  996

seq1  TAGATGCAAGTCTGGGAGGGGCCAGCAGTGCCTAGCCCAGTGTCTCAC-A  1048
      ||||||| ||||||   | |||||||| || ||||||| | ||||||| |
seq2  TAGATGC-AGTCTG---GAGGCCAGCA-TG-CTAGCCC-GAGTCTCACAA  1039

seq1  CA-TCAG-CTCACTGTGTCTACCACAGC  1074
      || |||| ||||||||||||| ||||||
seq2  CATTCAGCCTCACTGTGTCTA-CACAGC  1066