BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226L23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 153,938,140 - 154,074,328
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrdm16, LOC100043342, LOC100042178, Actrt2
Upstream geneBC039966, A430005L14Rik, Dffb, BC046331, Lrrc47, 1190007F08Rik, Ccdc27, Trp73, Wdr8, 1200015A19Rik, Megf6, Arhgef16
Downstream geneB230396O12Rik, Mmel1, 2810405K02Rik, Tnfrsf14, Hes5, Pank4, LOC100043358, Plch2, Pex10, Rer1, Morn1, Ski, 2610002J02Rik, Prkcz, Gabrd, 2010015L04Rik, Tmem52, Gnb1, Nadk, A530082C11Rik, Cdc2l1, Mmp23, Mib2, B930041F14Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226L23.bB6Ng01-226L23.g
ACCGA040598GA040599
length9181,177
definitionB6Ng01-226L23.b B6Ng01-226L23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,073,409 - 154,074,328)(153,938,140 - 153,939,320)
sequence
gaattcaacctacacttccatatctgttcatcactgaagaaagtcaaggc
agagactcaaacagtgcagaaacctggaggctggagctgatgtagaggcc
agggaggaaagcttcttactggcttgctccccatagcttgctcagcctgg
tttcttatagaacccaggaccacctgctcaggggtagccacacccacaat
cagctgggccctctcccaccaatcactaaataggaaagtgctctacaagc
ttggctagcccgatcttatggagacattttctcagtccaggctctgcccc
ctttcagatgacttcagcttgtgtcaagttgatacaaaactatccagtgc
aaaggactcactatagaagccctccccacccccacccccacccccacatg
tgtgtgtgtatggatgcatgtgcacatatatgtctagtccaaagtttaac
attgtatgtcatccacttttttttggggcggaggacaggtctcttactgg
tcttataagtgttgattgtgatatgcctacctggctaacaagcccacaga
ccttccttctccacttcttcagtgcataccatcacacctgactttttaat
gttgttgctggagactgaactcaattcatggttcctgtaaggccagcgtt
ttgcccactgagccgctccctggcttccttgttgctggcttggagctgag
tcacagctgaaaatttctctctacctctgctgagtcaccgagtctcctga
aatgccgctcagagtgcctgcatggagtgttatctcatccggctcacttg
tcaggcaagttgtcatgaggattcacggcatgtgctgtgcctatagatgt
cctaccaccctagcaaaatgtgccaagcccagagtaccatttgtggttag
ggggtgtggactcaaaaa
gaattccatgtgaagttaataactatccataggtgtgaataggatgcaat
ataagcagggcaaggtgcatgggagacggggaaaccctaaaacgcacagg
gagtaaagcgcttgccacttagaaacccgacacaccccaggggagctcac
gggagatcagctcacgggaatgcagaaagctgcgtcctgtccactcttag
cacagctcagcagtctcgagaacatgtcttctaaggtgatgctcacacct
tgatgatttgtgtgacccaggggcctgtctggggaccttcagaactgtag
ctgacccctaggtgacagagctgttcacgtgctggggcgatagggagcca
ggactcactcagacaaattagataattaaatggaacccaactagataaat
tgcactttgcaaatgagattatcaagaacctttgtgggcagcaatgacct
cagtgtctccgcagctgaaggcacactcaaccggggccagttttcatctg
gccagctgttgttggcctggagacccagggacacactacgcccatccttc
tcatgatgtctgtgtggtagactcgggagacaggaagtggggaaaggtgc
agcagactctgctgaccccagagacgaacacttgcctcagggacactaga
ggtcccattccccccaaggacaactgggaaatttctctacagattccagc
ccaggctactgcacagagtcctatcctacctgccagggtcataggagacc
caggcttggagagacacgcacaacacacagcatggccactctgcccctgc
agtattggaggcccccagctgataagaatatgcccacaagtcatgcttcc
agaccctgaatcgccacccctgaagtgggcaccatggcagaatcaaattg
gtggcaaatcaggaggcaaggtaagaggtcaaggcaacatgagccacaca
gtgagagtgtcccccaaagaaaatcaaagccacctgtcaccatgtagatg
cagtctgggaggggcaagcagtgcctagccagtgtctcacacatcagctc
actgtgtctaccacagcacacttcactatgcactctaagaaattcttctt
atgtgccatcttggaattcagcctcagtggtaggggagccagtgttcctt
cacagggttgtattatctctccccaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_154073409_154074328
seq2: B6Ng01-226L23.b_44_961 (reverse)

seq1  TTTTTGGAGCCCACACCCCCTAACCACAACTGGTACTCTGGGCTTGGCAC  50
       |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  -TTTTTGAGTCCACACCCCCTAACCACAAATGGTACTCTGGGCTTGGCAC  49

seq1  ATCTTGCTAGGGTGGTTGGACATCTATAGGCACAGCACATGCCCTGAATC  100
      || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATTTTGCTAGGGTGGTAGGACATCTATAGGCACAGCACATGCCGTGAATC  99

seq1  CTCATGACAACTTGCCAGACAAGTGAGCCGGATGAGATAACACTCCATGC  150
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGACAACTTGCCTGACAAGTGAGCCGGATGAGATAACACTCCATGC  149

seq1  AGGCACTCTGAGCGGCACTTTCAGGAGACTCGGTGACTCAGCAGAGGTAG  200
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACTCTGAGCGGCA-TTTCAGGAGACTCGGTGACTCAGCAGAGGTAG  198

seq1  AGAGAAATTTTCAGCTGTGACTCAGCTCCAAGCCAGCAACAAGGAAGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAATTTTCAGCTGTGACTCAGCTCCAAGCCAGCAACAAGGAAGCCA  248

seq1  GGGAGCGGCTCAGTGGGCAAAACGCTGGCCTTACAGGAACCATGAATTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCGGCTCAGTGGGCAAAACGCTGGCCTTACAGGAACCATGAATTGA  298

seq1  GTTCAGTCTCCAGCAACAACATTAAAAAGTCAGGTGTGATGGTATGCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTCTCCAGCAACAACATTAAAAAGTCAGGTGTGATGGTATGCACT  348

seq1  GAAGAAGTGGAGAAGGAAGGTCTGTGGGCTTGTTAGCCAGGTAGGCATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGTGGAGAAGGAAGGTCTGTGGGCTTGTTAGCCAGGTAGGCATAT  398

seq1  CACAATCAACACTTATAAGACCAGTAAGAGACCTGTCCTCCGCCCCAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATCAACACTTATAAGACCAGTAAGAGACCTGTCCTCCGCCCCAAAA  448

seq1  AAAAGTGGATGACATACAATGTTAAACTTTGGACTAGACATATATGTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGGATGACATACAATGTTAAACTTTGGACTAGACATATATGTGCA  498

seq1  CATGCATCCATACACACACACATGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATCCATACACACACACATGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGAGG  548

seq1  GCTTCTATAGTGAGTCCTTTGCACTGGATAGTTTTGTATCAACTTGACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTATAGTGAGTCCTTTGCACTGGATAGTTTTGTATCAACTTGACAC  598

seq1  AAGCTGAAGTCATCTGAAAGGGGGCAGAGCCTGGACTGAGAAAATGTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGAAGTCATCTGAAAGGGGGCAGAGCCTGGACTGAGAAAATGTCTC  648

seq1  CATAAGATCGGGCTAGCCAAGCTTGTAGAGCACTTTCCTATTTAGTGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGATCGGGCTAGCCAAGCTTGTAGAGCACTTTCCTATTTAGTGATT  698

seq1  GGTGGGAGAGGGCCCAGCTGATTGTGGGTGTGGCTACCCCTGAGCAGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGAGAGGGCCCAGCTGATTGTGGGTGTGGCTACCCCTGAGCAGGTG  748

seq1  GTCCTGGGTTCTATAAGAAACCAGGCTGAGCAAGCTATGGGGAGCAAGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGGGTTCTATAAGAAACCAGGCTGAGCAAGCTATGGGGAGCAAGCC  798

seq1  AGTAAGAAGCTTTCCTCCCTGGCCTCTACATCAGCTCCAGCCTCCAGGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGAAGCTTTCCTCCCTGGCCTCTACATCAGCTCCAGCCTCCAGGTT  848

seq1  TCTGCACTGTTTGAGTCTCTGCCTTGACTTTCTTCAGTGATGAACAGATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCACTGTTTGAGTCTCTGCCTTGACTTTCTTCAGTGATGAACAGATA  898

seq1  TGGAAGTGTAGGTTGAATTC  920
      ||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTGTAGGTTGAATTC  918

seq1: chr4_153938140_153939320
seq2: B6Ng01-226L23.g_65_1241

seq1  GAATTCCATGTGAAGTTAATAACTATCCATAGGTGTGAATAGGATGCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGTGAAGTTAATAACTATCCATAGGTGTGAATAGGATGCAAT  50

seq1  ATAAGCAGGGCAAGGTGCATGGGAGACGGGGAAACCCTAAAACGCACAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCAGGGCAAGGTGCATGGGAGACGGGGAAACCCTAAAACGCACAGG  100

seq1  GAGTAAAGCGCTTGCCACTTAGAAACCCGACACACCCCAGGGGAGCTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAAGCGCTTGCCACTTAGAAACCCGACACACCCCAGGGGAGCTCAC  150

seq1  GGGAGATCAGCTCACGGGAATGCAGAAAGCTGCGTCCTGTCCACTCTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATCAGCTCACGGGAATGCAGAAAGCTGCGTCCTGTCCACTCTTAG  200

seq1  CACAGCTCAGCAGTCTCGAGAACATGTCTTCTAAGGTGATGCTCACACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTCAGCAGTCTCGAGAACATGTCTTCTAAGGTGATGCTCACACCT  250

seq1  TGATGATTTGTGTGACCCAGGGGCCTGTCTGGGGACCTTCAGAACTGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATTTGTGTGACCCAGGGGCCTGTCTGGGGACCTTCAGAACTGTAG  300

seq1  CTGACCCCTAGGTGACAGAGCTGTTCACGTGCTGGGGCGATAGGGAGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCCCTAGGTGACAGAGCTGTTCACGTGCTGGGGCGATAGGGAGCCA  350

seq1  GGACTCACTCAGACAAATTAGATAATTAAATGGAACCCAACTAGATAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCACTCAGACAAATTAGATAATTAAATGGAACCCAACTAGATAAAT  400

seq1  TGCACTTTGCAAATGAGATTATCAAGAACCTTTGTGGGCAGCAATGACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTTGCAAATGAGATTATCAAGAACCTTTGTGGGCAGCAATGACCT  450

seq1  CAGTGTCTCCGCAGCTGAAGGCACACTCAACCGGGGCCAGTTTTCATCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCTCCGCAGCTGAAGGCACACTCAACCGGGGCCAGTTTTCATCTG  500

seq1  GCCAGCTGTTGTTGGCCTGGAGACCCAGGGACACACTACGCCCATCCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTGTTGTTGGCCTGGAGACCCAGGGACACACTACGCCCATCCTTC  550

seq1  TCATGATGTCTGTGTGGTAGACTCGGGAGACAGGAAGTGGGGAAAGGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATGTCTGTGTGGTAGACTCGGGAGACAGGAAGTGGGGAAAGGTGC  600

seq1  AGCAGACTCTGCTGACCCCAGAGACGAACACTTGCCTCAGGGACACTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACTCTGCTGACCCCAGAGACGAACACTTGCCTCAGGGACACTAGA  650

seq1  GGTCCCATTCCCCCCAAGGACAACTGGGAAATTTCTCTACAGATTCCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCATTCCCCCCAAGGACAACTGGGAAATTTCTCTACAGATTCCAGC  700

seq1  CCAGGCTACTGCACAGAGTCCTATCCTACCTGCCAGGGTCATAGGAGACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTACTGCACAGAGTCCTATCCTACCTGCCAGGGTCATAGGAGACC  750

seq1  CAGGCTTGGAGAGACACGCACAACACACAGCATGGCCACTCTGCCCCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTGGAGAGACACGCACAACACACAGCATGGCCACTCTGCCCCTGC  800

seq1  AGTATTGGAGGCCCCCAGCTGATAAGAATATGCCCACAAGTCATGCTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTGGAGGCCCCCAGCTGATAAGAATATGCCCACAAGTCATGCTTCC  850

seq1  AGACCCTGAATCGCCACCCCTGAAGTGGGCACCATGGCAGAATCAAATTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTGAATCGCCACCCCTGAAGTGGGCACCATGGCAGAATCAAATTG  900

seq1  GTGGCAAATCAGGAGGCAAAGGTAAGAGGTTCAAAGGCAACATGAGCCAC  950
      ||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  GTGGCAAATCAGGAGGC-AAGGTAAGAGGT--CAAGGCAACATGAGCCAC  947

seq1  ACAGTGAGAGTGTCCCCCAAAAGAAAACCAAAGCCACCTGTCACCCATGT  1000
      |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  ACAGTGAGAGTGTCCCCC-AAAGAAAATCAAAGCCACCTGTCA-CCATGT  995

seq1  AGATGCAAGTCTGGGAGGGGCCAGCAGTGCCTAGCCCAGTGTCTCACACA  1050
      |||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGATGC-AGTCTGGGAGGGGCAAGCAGTGCCTAG-CCAGTGTCTCACACA  1043

seq1  TCAGCTCACTGTGTCTACCACAGCACAC-TCACTATGGCACTCTAGGAGA  1099
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || |
seq2  TCAGCTCACTGTGTCTACCACAGCACACTTCACTAT-GCACTCTAAGAAA  1092

seq1  TTCTTCTTATGTGGCATCTTGGGATTTCAGCTCCTGTGGGTAGGGAGAGC  1149
      ||||||||||||| |||||| ||| ||||||  | || ||||||| ||||
seq2  TTCTTCTTATGTGCCATCTT-GGAATTCAGCCTCAGT-GGTAGGG-GAGC  1139

seq1  AGGTGTTC--TCACAGTG-TGGGTTA---CTCCCCAAG  1181
        ||||||  |||||| | ||  |||   |||||||||
seq2  CAGTGTTCCTTCACAGGGTTGTATTATCTCTCCCCAAG  1177