BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227I19
Chromosome4 (Build37)
Map Location 31,414,263 - 31,707,653
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC619906, LOC100040864, LOC100040891
Downstream geneMap3k7, LOC665218, LOC665228, LOC665232, Bach2, Gja10, Casp8ap2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227I19.bB6Ng01-227I19.g
ACCGA041193GA041194
length1,1331,124
definitionB6Ng01-227I19.b B6Ng01-227I19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,414,263 - 31,415,405)(31,706,514 - 31,707,653)
sequence
gaattccagtcttcatttttcaggaagaatgctataatgtatgagcccaa
atgcaaaagcagatgatattcatttcaaatgaaaatgcaaatgaggtaaa
ctcacttattaaaatagactcccagatcagactagaaaagcaagtctcac
ttaaatgctctatgcaggaacgatactgaaagtaaagtgattcagaaata
tgtcagaactaataagtaaatccactaactggctttagccaagcagaaat
gaacagagagtgggacacagggacagaatgagacagagcagatacatcac
aaaatatctagtcaagaaaataactgaaacacaaacaaaacaggactaat
tacacagaatgctgtcagacacaagattctgatcacttgcattcagtaaa
tgaatttgaaaaagataaaatatttgatttcctggaaagagagagaacct
gtcatagcttattatacatcaaaagcatttctagagctcaacatacagtc
tgttagagcaagcactggggcccctaaagaaaacctggctgggagaacgg
actgcctggcttgggtggagcctgtcatttcatttaaatgagtcatgagc
tgtggatccacctaaagccatgctagagacacagacaaaatagtccttta
acaagatagtgtacctttctttcccagaatcctcactctgagcactgcag
attatacgtcacattcagctttctaagtaagacagcctgcttttctgatt
atgcagaaataatttttcatactgtatgtatataataaagcaaaaataat
atgtaactaagaaaaatatataagaaaacaacagcgtgatatatcaactc
ctctcagttactctataaatttaacacaacttcaaaaattgtagagctat
ttcttttacaaccagcaaaataaagaaaaaaatgttaggtaaaaccttcc
actgaaaattctttaagacacagcattttaaaataatctaggcctagagc
tgtagagatggcccagattaaatgcactggctgctcttcagagacccgag
tttaattcccagcacccacataagctcacactgtctgtaaccctcctcca
gaaccctcacacctccagcagaacataaatgca
gaattcaaggaccatgacttcacttaaggatattccaaggatgcttttgc
tcagaagttgtagcatagtttgaaagtctttctcttttctattccctaga
agtgcataaagtccatctaattaatcatcttacaccatctcccttattat
aaaatgaacatgataaatgataataattgctcacagtcttataataattc
ttaagattcggtcagatctagaaagctcagaaatctatctgcaggctcag
acttatttctcttctttcttgccctgggagagaatgaccaacagtgtatt
tttttaggatgcagataaatccggtcccctgcttacatgggtcaagtaat
aagttctgggtaccatacagtttgtgttacagttcattatcttaaaaagt
cacaattactacgagtacagattgagttcttcaatacctacttaaagtaa
attagttatagaattagttttaaaatagattatttggtgcctcgggcttt
aattaaatggcatacagggcctggttcaacagtgaaataaaatgggagct
ttgcagtgggagcgagtgggaaggaagtaggtcttcatgacagatggagc
ctgcagcagggcaaggcctgtgtcatggcgggtccatggccgtgtgagag
aataatacttcaaacatctgtgaatgttatgctgtgacctgtgacttaag
agttatcaaaacttaagatttttggatgcaggggaagacaaaggtagggg
gctccagtcctcacaggcttttcagagtgtgggtctgggagatacattgc
ggtctgaatgaggaatgcagacattctgatcgccttttgcttcagctctt
tctactccacggcaccttttcactgcttccaaagctttctctctcattgg
caaggtcagtgctctcttactagcttagaatgcaactgggaaagtgtcca
tctatgtgaaagacatcaagagcttcaagcccaggactttgacgtatttg
tgtcaagaaaaatgcatcatgaaaacaaagtctctttcttgcagtgacat
caacttgacctgcatgtgtgggctctttcctatctaggatttttttttct
tttttaatacatggaaccttgata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_31414263_31415405
seq2: B6Ng01-227I19.b_48_1180

seq1  GAATTCCAGTCTTCATTTTTCAGGAAGAATGCTATAATGTATGAGCCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTCTTCATTTTTCAGGAAGAATGCTATAATGTATGAGCCCAA  50

seq1  ATGCAAAAGCAGATGATATTCATTTCAAATGAAAATGCAAATGAGGTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAAAGCAGATGATATTCATTTCAAATGAAAATGCAAATGAGGTAAA  100

seq1  CTCACTTATTAAAATAGACTCCCAGATCAGACTAGAAAAGCAAGTCTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTATTAAAATAGACTCCCAGATCAGACTAGAAAAGCAAGTCTCAC  150

seq1  TTAAATGCTCTATGCAGGAACGATACTGAAAGTAAAGTGATTCAGAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGCTCTATGCAGGAACGATACTGAAAGTAAAGTGATTCAGAAATA  200

seq1  TGTCAGAACTAATAAGTAAATCCACTAACTGGCTTTAGCCAAGCAGAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGAACTAATAAGTAAATCCACTAACTGGCTTTAGCCAAGCAGAAAT  250

seq1  GAACAGAGAGTGGGACACAGGGACAGAATGAGACAGAGCAGATACATCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGAGAGTGGGACACAGGGACAGAATGAGACAGAGCAGATACATCAC  300

seq1  AAAATATCTAGTCAAGAAAATAACTGAAACACAAACAAAACAGGACTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATCTAGTCAAGAAAATAACTGAAACACAAACAAAACAGGACTAAT  350

seq1  TACACAGAATGCTGTCAGACACAAGATTCTGATCACTTGCATTCAGTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGAATGCTGTCAGACACAAGATTCTGATCACTTGCATTCAGTAAA  400

seq1  TGAATTTGAAAAAGATAAAATATTTGATTTCCTGGAAAGAGAGAGAACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTGAAAAAGATAAAATATTTGATTTCCTGGAAAGAGAGAGAACCT  450

seq1  GTCATAGCTTATTATACATCAAAAGCATTTCTAGAGCTCAACATACAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAGCTTATTATACATCAAAAGCATTTCTAGAGCTCAACATACAGTC  500

seq1  TGTTAGAGCAAGCACTGGGGCCCCTAAAGAAAACCTGGCTGGGAGAACGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGAGCAAGCACTGGGGCCCCTAAAGAAAACCTGGCTGGGAGAACGG  550

seq1  ACTGCCTGGCTTGGGTGGAGCCTGTCATTTCATTTAAATGAGTCATGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTGGCTTGGGTGGAGCCTGTCATTTCATTTAAATGAGTCATGAGC  600

seq1  TGTGGATCCACCTAAAGCCATGCTAGAGACACAGACAAAATAGTCCTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATCCACCTAAAGCCATGCTAGAGACACAGACAAAATAGTCCTTTA  650

seq1  ACAAGATAGTGTACCTTTCTTTCCCAGAATCCTCACTCTGAGCACTGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATAGTGTACCTTTCTTTCCCAGAATCCTCACTCTGAGCACTGCAG  700

seq1  ATTATACGTCACATTCAGCTTTCTAAGTAAGACAGCCTGCTTTTCTGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATACGTCACATTCAGCTTTCTAAGTAAGACAGCCTGCTTTTCTGATT  750

seq1  ATGCAGAAATAATTTTTCATACTGTATGTATATAATAAAGCAAAAATAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGAAATAATTTTTCATACTGTATGTATATAATAAAGCAAAAATAAT  800

seq1  ATGTAACTAAGAAAAATATATAAGAAAACAACAGCGTGATATATCAACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACTAAGAAAAATATATAAGAAAACAACAGCGTGATATATCAACTC  850

seq1  CTCTCAGGTTACTCTATAAATTTAACACAACTTCAAAAAATTGTAGAGCT  900
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTCTCA-GTTACTCTATAAATTTAACACAACTTC-AAAAATTGTAGAGCT  898

seq1  ATTTCTTTTACAACCAGCAAAATAAAAGAAAAAAATGTTAGGTAAAACCT  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTTACAACCAGCAAAAT-AAAGAAAAAAATGTTAGGTAAAACCT  947

seq1  TCCACTGAAAATTCTTTAAGACAACAGCATTTTAAAAATAATCTAGGCCT  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCCACTGAAAATTCTTTAAGAC-ACAGCATTTT-AAAATAATCTAGGCCT  995

seq1  AGAGCTGTAGAGATGGCCCAGGATTAAATGCACTGGCTGCTCTTCCAGAG  1050
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  AGAGCTGTAGAGATGGCCCA-GATTAAATGCACTGGCTGCTCTT-CAGA-  1042

seq1  GACCCGAGTTTAATTCCCAGCA-CCACATGGAAGCTCACAACTGTCTGTA  1099
      |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||
seq2  GACCCGAGTTTAATTCCCAGCACCCACAT--AAGCTCAC-ACTGTCTGTA  1089

seq1  ACCC-CCTCCAGAGGCCCCAACACCTCCAGGCAG-ACATAAATGCA  1143
      |||| ||||||||  |||  ||||||||| |||| |||||||||||
seq2  ACCCTCCTCCAGA-ACCCTCACACCTCCA-GCAGAACATAAATGCA  1133

seq1: chr4_31706514_31707653
seq2: B6Ng01-227I19.g_68_1191 (reverse)

seq1  TATCAAGGTTCCCATGTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACACCT  50
      |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||           |||
seq2  TATCAAGGTT-CCATGTATTAAAAAAGAAAAAAAAA----------TCCT  39

seq1  AAGAATAAGAAAAGACCCCACCACCATGCAGGTCAAGGTTGATGTCACTG  100
       |||   || ||||| |||||   |||||||||||| |||||||||||||
seq2  -AGA--TAGGAAAGAGCCCAC--ACATGCAGGTCAA-GTTGATGTCACTG  83

seq1  CA--GAAGAGACTTTGTTTTCATGATGCCATTTTTCTTGACACAAAATAC  148
      ||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  CAAGAAAGAGACTTTGTTTTCATGATG-CATTTTTCTTGACAC-AAATAC  131

seq1  GTCAAAGTCCTGGGCTTGAAGCTCTTGATGTCTTTCACATAGATGGACCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTCAAAGTCCTGGGCTTGAAGCTCTTGATGTCTTTCACATAGATGGA-CA  180

seq1  CTTT-CCAGTTGCATTCTAAGCTAGTAAGAGAGCACTGACCTTGCCAATG  247
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCAGTTGCATTCTAAGCTAGTAAGAGAGCACTGACCTTGCCAATG  230

seq1  AGAGAGAAAGCTTTGGAAGCAGTG-AAAGGTGCCGTGGAGTAGAAAGAGC  296
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAAAGCTTTGGAAGCAGTGAAAAGGTGCCGTGGAGTAGAAAGAGC  280

seq1  TGAAGCAAAAGGCGATCAGAATGTCTGCATTCCTCATTCAGACCGCAATG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCAAAAGGCGATCAGAATGTCTGCATTCCTCATTCAGACCGCAATG  330

seq1  TATCTCCCAGACCCACACTCTGAAAAGCCTGTGAGGACTGGAGCCCCCTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCCCAGACCCACACTCTGAAAAGCCTGTGAGGACTGGAGCCCCCTA  380

seq1  CCTTTGTCTTCCCCTGCATCCAAAAATCTTAAGTTTTGATAACTCTTAAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTCTTCCCCTGCATCCAAAAATCTTAAGTTTTGATAACTCTTAAG  430

seq1  TCACAGGTCACAGCATAACATTCACAGATGTTTGAAGTATTATTCTCTCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGTCACAGCATAACATTCACAGATGTTTGAAGTATTATTCTCTCA  480

seq1  CACGGCCATGGACCCGCCATGACACAGGCCTTGCCCTGCTGCAGGCTCCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGCCATGGACCCGCCATGACACAGGCCTTGCCCTGCTGCAGGCTCCA  530

seq1  TCTGTCATGAAGACCTACTTCCTTCCCACTCGCTCCCACTGCAAAGCTCC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCATGAAGACCTACTTCCTTCCCACTCGCTCCCACTGCAAAGCTCC  580

seq1  CATTTTATTTCACTGTTGAACCAGGCCCTGTATGCCATTTAATTAAAGCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTATTTCACTGTTGAACCAGGCCCTGTATGCCATTTAATTAAAGCC  630

seq1  CGAGGCACCAAATAATCTATTTTAAAACTAATTCTATAACTAATTTACTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGCACCAAATAATCTATTTTAAAACTAATTCTATAACTAATTTACTT  680

seq1  TAAGTAGGTATTGAAGAACTCAATCTGTACTCGTAGTAATTGTGACTTTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGGTATTGAAGAACTCAATCTGTACTCGTAGTAATTGTGACTTTT  730

seq1  TAAGATAATGAACTGTAACACAAACTGTATGGTACCCAGAACTTATTACT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATAATGAACTGTAACACAAACTGTATGGTACCCAGAACTTATTACT  780

seq1  TGACCCATGTAAGCAGGGGACCGGATTTATCTGCATCCTAAAAAAATACA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCATGTAAGCAGGGGACCGGATTTATCTGCATCCTAAAAAAATACA  830

seq1  CTGTTGGTCATTCTCTCCCAGGGCAAGAAAGAAGAGAAATAAGTCTGAGC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGTCATTCTCTCCCAGGGCAAGAAAGAAGAGAAATAAGTCTGAGC  880

seq1  CTGCAGATAGATTTCTGAGCTTTCTAGATCTGACCGAATCTTAAGAATTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGATAGATTTCTGAGCTTTCTAGATCTGACCGAATCTTAAGAATTA  930

seq1  TTATAAGACTGTGAGCAATTATTATCATTTATCATGTTCATTTTATAATA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGACTGTGAGCAATTATTATCATTTATCATGTTCATTTTATAATA  980

seq1  AGGGAGATGGTGTAAGATGATTAATTAGATGGACTTTATGCACTTCTAGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGATGGTGTAAGATGATTAATTAGATGGACTTTATGCACTTCTAGG  1030

seq1  GAATAGAAAAGAGAAAGACTTTCAAACTATGCTACAACTTCTGAGCAAAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGAAAAGAGAAAGACTTTCAAACTATGCTACAACTTCTGAGCAAAA  1080

seq1  GCATCCTTGGAATATCCTTAAGTGAAGTCATGGTCCTTGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCTTGGAATATCCTTAAGTGAAGTCATGGTCCTTGAATTC  1124