BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-229B11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 45,236,774 - 45,367,666
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFrmpd1, Rg9mtd3, Exosc3, LOC666325, Wdr32
Upstream geneMelk, Pax5, 5730488B01Rik, LOC545618, Zcchc7, D4Wsu132e, Grhpr, Zbtb5, 1700055D18Rik, Polr1e, Fbxo10, 1110019J04Rik
Downstream geneMcart1, Shb, LOC100040140, LOC100040557, Gm829, LOC100040567, LOC100040580, Aldh1b1, Igfbpl1, 1300002K09Rik, Tdrd7, Tmod1, BC057893, AU014645, Xpa, LOC624430, LOC666379, LOC666389, Foxe1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-229B11.bB6Ng01-229B11.g
ACCGA042332GA042333
length1,0501,161
definitionB6Ng01-229B11.b B6Ng01-229B11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,236,774 - 45,237,831)(45,366,497 - 45,367,666)
sequence
gaattctacatctcgatccacaggtggcggaaggagactgtgtattacac
tggatgtagcttgagcattgaagatctcaaagccacccccacagtgacac
attccttcaataaggtcacacctactctgacaagaccacacctccaataa
tgccactgcctatgggccatgcattcaaacaaatgagtctgtggggccat
acgtattcaaaccaccactggtataatgatagatttactgaataaattgc
aatcagagaaaatatactacaaacccatttgaactgatagcatcaatact
tgtaaatgatatacaatgatgttcatggaactgtaagggggacacgaata
aaacctcattttagtttaacaaataagtacatgtgtaaaaaaaaggatga
taaataaaactaacactggagaatagaaatattagatgattttactttca
ttgttctttctactgctttactctaagcccatattatttcagcctaaaaa
aaatgagtaaaattaattttaaatttaaaaagaaaaccgtctaggagaca
tgggcatcctaccttccctagaaacacactccttaagctcttcttgttcc
ctctgctgttttcctacattgtttctgaacctagttttcctttttgagac
agtctagtcaaggccttgaaccctctatgtgatgtgagaatggccttcct
accctcctgagagttagggttacaggcgtgacttcctcgctcagttatgt
ggtgctgaaggtgaaacttggcactgcatgccaggccactctgtacccac
tgagccattatctcagccaatgagaaatattcttttattgctattacata
acttattagttgtggtaactaaccatcatggtaaatgagattgactcttc
tatactctgagtttccttcactatatcttcctgtgtcgtattttatcttg
gaaatcgcttcagtgttacatgattataagatataatatatccaggctgg
ctaaatgtgagctatgctttactttgtatgtgtgaacacatgttgtgcag

gaattcactctgtagaccagcagagacctcagattcttaacctcttaagt
tacttgtgcttctaaataaacttcaaaatccattttcctagccaacaaat
cggaaggagtaggctcaagtttgtaggcatggtgctgtggcagcacactg
agagcagcacatgagagctgacattgataaagaattcaaacaggttagtc
aaaggtcattttgagtggggcaaaccaacttgacacaagtctattctttt
tgagatataaaaaattttaattgtaaaatattagaaatagagacaattag
aacaaatataatgaacacctgtgatacccaccacccagctttatcaaatt
ttaacattttgttatctttcagagttgcctgaaaatacaaacatatttga
agtatatcgtgagtccctccccacaccccttcccctccctccctctctct
ccagagggaaccactatccaaaatttgtcattccccatgcacgtgtttaa
taccataaagtaataatatgtatatcaccatttttcatacggtttgtatc
caatttactctgaaaatatttagcaagcacccatcatgtacaaggcacag
ttccaggtgctaggagaaaacagagcaaatgcatggcttcatcaagctta
tgtttataaagtttaaatgtttatataaatggtatcacaccatacagccc
attctacagtttgcctttctgtctcatcctcacacttctgggatattttt
ggctcatttaactgatatatagtattccattgagactaagatttatcttt
cctcttaggagttctgggacattcaagttctccttttcgttactccaatg
ctgtagtgaaccttttccttcttccgcgtctaattcatgtggttatggat
taaatttttaattgcaatggtctttaattttaccaggcattgctgactgt
ttgaaaacagtgttaactatagactcatcaagtctacctcaggtctactt
ctcatgctgcacgcttgtacttcctcactgacactgatggactcgatcag
tgcccatgtgacttctgtagaagattaactatgttccaaggtcattccga
acctgactgtatgtctcgtcgaccttatctgccaattgttggagtttctt
tgagaacaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_45236774_45237831
seq2: B6Ng01-229B11.b_42_1091

seq1  GAATTCTACATCTCGATCCACAGGTGGCGGAAGGAGACTGTGTATTACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACATCTCGATCCACAGGTGGCGGAAGGAGACTGTGTATTACAC  50

seq1  TGGATGTAGCTTGAGCATTGAAGATCTCAAAGCCACCCCCACAGTGACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTAGCTTGAGCATTGAAGATCTCAAAGCCACCCCCACAGTGACAC  100

seq1  ATTCCTTCAATAAGGTCACACCTACTCTGACAAGACCACACCTCCAATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTCAATAAGGTCACACCTACTCTGACAAGACCACACCTCCAATAA  150

seq1  TGCCACTGCCTATGGGCCATGCATTCAAACAAATGAGTCTGTGGGGCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACTGCCTATGGGCCATGCATTCAAACAAATGAGTCTGTGGGGCCAT  200

seq1  ACGTATTCAAACCACCACTGGTATAATGATAGATTTACTGAATAAATTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTATTCAAACCACCACTGGTATAATGATAGATTTACTGAATAAATTGC  250

seq1  AATCAGAGAAAATATACTACAAACCCATTTGAACTGATAGCATCAATACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGAGAAAATATACTACAAACCCATTTGAACTGATAGCATCAATACT  300

seq1  TGTAAATGATATACAATGATGTTCATGGAACTGTAAGGGGGACACGAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATGATATACAATGATGTTCATGGAACTGTAAGGGGGACACGAATA  350

seq1  AAACCTCATTTTAGTTTAACAAATAAGTACATGTGTAAAAAAAAGGATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTCATTTTAGTTTAACAAATAAGTACATGTGTAAAAAAAAGGATGA  400

seq1  TAAATAAAACTAACACTGGAGAATAGAAATATTAGATGATTTTACTTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAAACTAACACTGGAGAATAGAAATATTAGATGATTTTACTTTCA  450

seq1  TTGTTCTTTCTACTGCTTTACTCTAAGCCCATATTATTTCAGCCTAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTTTCTACTGCTTTACTCTAAGCCCATATTATTTCAGCCTAAAAA  500

seq1  AAATGAGTAAAATTAATTTTAAATTTAAAAAGAAAACCGTCTAGGAGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGTAAAATTAATTTTAAATTTAAAAAGAAAACCGTCTAGGAGACA  550

seq1  TGGGCATCCTACCTTCCCTAGAAACACACTCCTTAAGCTCTTCTTGTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATCCTACCTTCCCTAGAAACACACTCCTTAAGCTCTTCTTGTTCC  600

seq1  CTCTGCTGTTTTCCTACATTGTTTCTGAACCTAGTTTTCCTTTTTGAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTGTTTTCCTACATTGTTTCTGAACCTAGTTTTCCTTTTTGAGAC  650

seq1  AGTCTAGTCAAGGCCTTGAACCCTCTATGTGATGTGAGAATGGCCTTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAGTCAAGGCCTTGAACCCTCTATGTGATGTGAGAATGGCCTTCCT  700

seq1  ACCCTCCTGAGAGTTAGGGTTACAGGCGTGACTTCCTCGCTCAGTTATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCCTGAGAGTTAGGGTTACAGGCGTGACTTCCTCGCTCAGTTATGT  750

seq1  GGTGCTGAAGGTGAAACTTGGCACTGCATGCCAGGCCACTCTGTACCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGAAGGTGAAACTTGGCACTGCATGCCAGGCCACTCTGTACCCAC  800

seq1  TGAGCCATTATCTCAGCCAATGAGAAATATTCTTTTATTGCTATTACATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCATTATCTCAGCCAATGAGAAATATTCTTTTATTGCTATTACATA  850

seq1  ACTTATTAGTTGTGGTAACTAACCATCATGGTAAATGAGGATTGACTCTT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACTTATTAGTTGTGGTAACTAACCATCATGGTAAATGA-GATTGACTCTT  899

seq1  CTATACTCTGAGTTTCCTTCACTATATCTTCCTGTGTCGTATTTTTATCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTATACTCTGAGTTTCCTTCACTATATCTTCCTGTGTCGTA-TTTTATCT  948

seq1  TGGGAAATCGCTTCAGTGTTTACATGATTATAAAGATATAAATATTATCC  1000
      | |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| |||||
seq2  T-GGAAATCGCTTCAGTG-TTACATGATTAT-AAGATAT-AATA-TATCC  993

seq1  AGGGCTGGCTAAATTGTGAGCTATGCTTTACTTTGTATGTGTGAACACAT  1050
      | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GGCTGGCTAAA-TGTGAGCTATGCTTTACTTTGTATGTGTGAACACAT  1041

seq1  G-TGTGCAG  1058
      | |||||||
seq2  GTTGTGCAG  1050

seq1: chr4_45366497_45367666
seq2: B6Ng01-229B11.g_66_1226 (reverse)

seq1  TTTTGTTCT---AGAAACTCCAACAATGTGGGAAGATAGAGGCTGAGAGG  47
      |||||||||   ||||||||||||||  | || |||||  | |   || |
seq2  TTTTGTTCTCAAAGAAACTCCAACAA--TTGGCAGATAAGGTC---GACG  45

seq1  AGACATTTCCAGTCAGGACCAGAAGGACCTT-GAATAT-GTTAACCCTTC  95
      |||||  | ||||||||  | ||| |||||| ||| || |||||  ||||
seq2  AGACA--TACAGTCAGGTTCGGAATGACCTTGGAACATAGTTAA-TCTTC  92

seq1  TAACAGAAG-CACATGGGCACTGAACGAGCCCATCAGTTGTCAGTGAGGA  144
      | ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||
seq2  T-ACAGAAGTCACATGGGCACTGATCGAGTCCATCAG-TGTCAGTGAGGA  140

seq1  AGTACAAGCGTGGGCAGCACTGAGAAGTAGACCCTGAGGTAGAC-TGATG  193
      |||||||||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| 
seq2  AGTACAAGCGT--GCAGCA-TGAGAAGTAGA-CCTGAGGTAGACTTGAT-  185

seq1  GAGTCTAATAGGTAACACTGTTTTCAAACAGTCCAGCAATGCCTGGTAAA  243
      |||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGTCT-ATAGTTAACACTGTTTTCAAACAGT-CAGCAATGCCTGGTAAA  233

seq1  ATTAAAGACCATTGCAATTAAAAATTTAATCCATAACCACATGAATTAGA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGACCATTGCAATTAAAAATTTAATCCATAACCACATGAATTAGA  283

seq1  CGCGGAAGAAGG-AAAGGTTCACTACAGCATTGGAGTAACGAAAAGGAGA  342
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCGGAAGAAGGAAAAGGTTCACTACAGCATTGGAGTAACGAAAAGGAGA  333

seq1  ACTTGAATGTCCCAGAACTCCTAAGAGGAAAGATAAATCTTAGTCTCAAT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAATGTCCCAGAACTCCTAAGAGGAAAGATAAATCTTAGTCTCAAT  383

seq1  GGAATACTATATATCAGTTAAATGAGCCAAAAATATCCCAGAAGTGTGAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATACTATATATCAGTTAAATGAGCCAAAAATATCCCAGAAGTGTGAG  433

seq1  GATGAGACAGAAAGGCAAACTGTAGAATGGGCTGTATGGTGTGATACCAT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGACAGAAAGGCAAACTGTAGAATGGGCTGTATGGTGTGATACCAT  483

seq1  TTATATAAACATTTAAACTTTATAAACATAAGCTTGATGAAGCCATGCAT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATAAACATTTAAACTTTATAAACATAAGCTTGATGAAGCCATGCAT  533

seq1  TTGCTCTGTTTTCTCCTAGCACCTGGAACTGTGCCTTGTACATGATGGGT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTGTTTTCTCCTAGCACCTGGAACTGTGCCTTGTACATGATGGGT  583

seq1  GCTTGCTAAATATTTTCAGAGTAAATTGGATACAAACCGTATGAAAAATG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTAAATATTTTCAGAGTAAATTGGATACAAACCGTATGAAAAATG  633

seq1  GTGATATACATATTATTACTTTATGGTATTAAACACGTGCATGGGGAATG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATATACATATTATTACTTTATGGTATTAAACACGTGCATGGGGAATG  683

seq1  ACAAATTTTGGATAGTGGTTCCCTCTGGAGAGAGAGGGAGGGAGGGGAAG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTTTGGATAGTGGTTCCCTCTGGAGAGAGAGGGAGGGAGGGGAAG  733

seq1  GGGTGTGGGGAGGGACTCACGATATACTTCAAATATGTTTGTATTTTCAG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGGGGAGGGACTCACGATATACTTCAAATATGTTTGTATTTTCAG  783

seq1  GCAACTCTGAAAGATAACAAAATGTTAAAATTTGATAAAGCTGGGTGGTG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTCTGAAAGATAACAAAATGTTAAAATTTGATAAAGCTGGGTGGTG  833

seq1  GGTATCACAGGTGTTCATTATATTTGTTCTAATTGTCTCTATTTCTAATA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCACAGGTGTTCATTATATTTGTTCTAATTGTCTCTATTTCTAATA  883

seq1  TTTTACAATTAAAATTTTTTATATCTCAAAAAGAATAGACTTGTGTCAAG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACAATTAAAATTTTTTATATCTCAAAAAGAATAGACTTGTGTCAAG  933

seq1  TTGGTTTGCCCCACTCAAAATGACCTTTGACTAACCTGTTTGAATTCTTT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTGCCCCACTCAAAATGACCTTTGACTAACCTGTTTGAATTCTTT  983

seq1  ATCAATGTCAGCTCTCATGTGCTGCTCTCAGTGTGCTGCCACAGCACCAT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGTCAGCTCTCATGTGCTGCTCTCAGTGTGCTGCCACAGCACCAT  1033

seq1  GCCTACAAACTTGAGCCTACTCCTTCCGATTTGTTGGCTAGGAAAATGGA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACAAACTTGAGCCTACTCCTTCCGATTTGTTGGCTAGGAAAATGGA  1083

seq1  TTTTGAAGTTTATTTAGAAGCACAAGTAACTTAAGAGGTTAAGAATCTGA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAGTTTATTTAGAAGCACAAGTAACTTAAGAGGTTAAGAATCTGA  1133

seq1  GGTCTCTGCTGGTCTACAGAGTGAATTC  1170
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTGCTGGTCTACAGAGTGAATTC  1161