BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-229M24
Chromosome4 (Build37)
Map Location 136,341,914 - 136,464,052
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEphb2, C1qb, C1qc, C1qa
Upstream geneMyom3, Fusip1, Pnrc2, Cnr2, Fuca1, Hmgcl, Gale, Lypla2, 1110049F12Rik, LOC669445, Tceb3, Rpl11, Id3, E2f2, Ddefl1, Tcea3, Zfp46, Hnrpr, Htr1d, LOC100042540, Luzp1, Aof2, LOC667080, LOC433770, 4930549C01Rik, BC029684
Downstream geneEpha8, Zbtb40, Wnt4, Cdc42, LOC665533, LOC242711, Ela3, 1700013G24Rik, Hspg2, Ldlrad2, Usp48, Rap1gap, Akp2, Ece1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-229M24.bB6Ng01-229M24.g
ACCGA042844GA042845
length1,1221,085
definitionB6Ng01-229M24.b B6Ng01-229M24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,341,914 - 136,343,031)(136,462,974 - 136,464,052)
sequence
gaattcagggatttgtgtctactaggcaaacgctctaccgaccgagctgc
atccctgagctgcatccctagtaaccagatacaaaggtcttttttaggat
gtttttgacgcacagttggttggattcacagatgtagagttgatagataa
cgggaagttgactatgtaattcaaagaccttactttgtgccaaccactga
gctgaactgtcactggcgctcaaaaaacgtcctgagatggtatcctgtgc
ctgcccacccagcaacacccacctgtctatcattctgttcatccagtaac
ctactacccatttgcctgcccacccgctttgcccgcccacccgctcctgt
agccttatccatggggggcatccactcccacagccccagcctccttgcct
cctacaaaacaaagcttcagagaggttatgaaactcacctaacatcacac
agctagaaagccacagagcccggaggcgtaccaataactttcccctccct
gctcgttgatcccctccccgattcacatcatatctaactgtcctgcccca
cgcaggcttaatcgcgtaagtcgcctcaaatcctctggatgcgaggggag
tgtaaattaaagatcaatatgacacagaccactgcgaagcccagccaggc
ctgtgaggctgaagtcaattagccagcctgctgcagggcctgccggggct
gcgtctatttgcctaattggccctgttccccccccccccccagtgaaggg
caattaactcaaacttcagaacccggagcaccccttggcttctgggcaag
gtgtcgggcatttagccacgccgggatttgctattcatccattcaccagt
tgacccccacacacggatccatctgtctctccgaccatctgatcctttgc
agtcaacaaagtacccaacttccacccaccacccgcacacacacatccat
ttgcattccctgcccaccccaccccacccattcactcattcagcaaagct
cccacccaattcccacacctcactcattgaccacccaatcaggcaggccg
tttatgacacattcttgcctatcctgacgttcacgcccgcccaacccttc
tcactccattcaaccttcccca
gaattccagggtgatcctcatgcctggctgtgaaccttttaataccactg
agctctgtatctaaaatgattcagtgatcattcttagctgctgagtcatc
tctcaagcccacactttgtttttcagacaaagtctcccactgggatctgg
gactcacttagttgactctgctggctggccagtgagcctgagagggaggg
ccacctatctgtgtcctctagcatggggattaagcacacactactgtgcc
aggtttttttccatgtgtgctgagaattgagctcatacttgctacctccc
caggatctaccctctatctagctgtttttgaggcagggtcttactctgtt
gcccaggctagcctggaattcactttataacccagactaacctcagtctc
aatgtcatagcagtccacctgtctcagcctcttgggagtgtaagtgtgag
ccagcacacctggcctctcggcacacattagcccatcgggtcttcacagt
gatgctatgaggaagtgctgttattattctattttgcagatgagaagacc
gtggctttaggagataatatgccggtgtcatggttacatagagggaagca
aaacaccgaaaacgggtgtctgtggctaccaagaagtgggtctctgcggc
cacctccaccctccttcctgaacaagcttccaagacacctgccctggagt
gatgtcacataagtctctgatgtccagtcttcttgttccagcaaccattt
ctgtgtctgtctctctcaggtgagcccttttgaggtagcagtcatatttt
atttgagaattcacagggcacggatggctaggctgcaggggaataggcta
agtcaagtcaggaccctggacagctcaatcgtaccagggaggtaccggtg
ccccctgcagttctatgagaacatgaccattgaccgcgctgaaagtaaaa
aggacggtggtgatcagataccacccctgtaccttatcagccaggtaaac
tgagtccaccactaggaccagtgttcctccagtgacttagtcatgccaat
tcccacctgccatccacacccttgcaaagcccacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_136341914_136343031
seq2: B6Ng01-229M24.b_49_1170

seq1  GAATTCAGGGATTTGTGTCTACTAGGCAAACGCTCTACCGACCGAGCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGATTTGTGTCTACTAGGCAAACGCTCTACCGACCGAGCTGC  50

seq1  ATCCCTGAGCTGCATCCCTAGTAACCAGATACAAAGGTCTTTTTTAGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGAGCTGCATCCCTAGTAACCAGATACAAAGGTCTTTTTTAGGAT  100

seq1  GTTTTTGACGCACAGTTGGTTGGATTCACAGATGTAGAGTTGATAGATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGACGCACAGTTGGTTGGATTCACAGATGTAGAGTTGATAGATAA  150

seq1  CGGGAAGTTGACTATGTAATTCAAAGACCTTACTTTGTGCCAACCACTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAAGTTGACTATGTAATTCAAAGACCTTACTTTGTGCCAACCACTGA  200

seq1  GCTGAACTGTCACTGGCGCTCAAAAAACGTCCTGAGATGGTATCCTGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAACTGTCACTGGCGCTCAAAAAACGTCCTGAGATGGTATCCTGTGC  250

seq1  CTGCCCACCCAGCAACACCCACCTGTCTATCATTCTGTTCATCCAGTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCACCCAGCAACACCCACCTGTCTATCATTCTGTTCATCCAGTAAC  300

seq1  CTACTACCCATTTGCCTGCCCACCCGCTTTGCCCGCCCACCCGCTCCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTACCCATTTGCCTGCCCACCCGCTTTGCCCGCCCACCCGCTCCTGT  350

seq1  AGCCTTATCCATGGGGGGCATCCACTCCCACAGCCCCAGCCTCCTTGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTATCCATGGGGGGCATCCACTCCCACAGCCCCAGCCTCCTTGCCT  400

seq1  CCTACAAAACAAAGCTTCAGAGAGGTTATGAAACTCACCTAACATCACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAAAACAAAGCTTCAGAGAGGTTATGAAACTCACCTAACATCACAC  450

seq1  AGCTAGAAAGCCACAGAGCCCGGAGGCGTACCAATAACTTTCCCCTCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGAAAGCCACAGAGCCCGGAGGCGTACCAATAACTTTCCCCTCCCT  500

seq1  GCTCGTTGATCCCCTCCCCGATTCACATCATATCTAACTGTCCTGCCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGTTGATCCCCTCCCCGATTCACATCATATCTAACTGTCCTGCCCCA  550

seq1  CGCAGGCTTAATCGCGTAAGTCGCCTCAAATCCTCTGGATGCGAGGGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGGCTTAATCGCGTAAGTCGCCTCAAATCCTCTGGATGCGAGGGGAG  600

seq1  TGTAAATTAAAGATCAATATGACACAGACCACTGCGAAGCCCAGCCAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATTAAAGATCAATATGACACAGACCACTGCGAAGCCCAGCCAGGC  650

seq1  CTGTGAGGCTGAAGTCAATTAGCCAGCCTGCTGCAGGGCCTGCCGGGGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGGCTGAAGTCAATTAGCCAGCCTGCTGCAGGGCCTGCCGGGGCT  700

seq1  GCGTCTATTTGCCTAATTGGCCCTGTTCCCCCCCCCCCCCCAGTGAAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTCTATTTGCCTAATTGGCCCTGTTCCCCCCCCCCCCCCAGTGAAGGG  750

seq1  CAATTAACTCAAACTTCAGAACCCGGAGCACCCCTTGGCTTCTGGGCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAACTCAAACTTCAGAACCCGGAGCACCCCTTGGCTTCTGGGCAAG  800

seq1  GTGTCGGGCATTTAGCCACGCCGGGATTTGCTATTCATCCATTCACCAG-  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGTCGGGCATTTAGCCACGCCGGGATTTGCTATTCATCCATTCACCAGT  850

seq1  TGACCCCCACACACGGATCCATCTGTCTCTCCGACCATCTGATCC-TTGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGACCCCCACACACGGATCCATCTGTCTCTCCGACCATCTGATCCTTTGC  900

seq1  AGTCAACAAAGTACCCAAACTTCCACCCACCACCCGCACACACACATCCA  948
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAACAAAGTACCC-AACTTCCACCCACCACCCGCACACACACATCCA  949

seq1  TTTGCA-TGCCTGCCCACCC--ACCCACCCATTCACTCATCCAGCAAAGC  995
      |||||| | |||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTTGCATTCCCTGCCCACCCCACCCCACCCATTCACTCATTCAGCAAAGC  999

seq1  TCCCACCC-ATTCCCACA-CTCACTCATTGAACCACCCAATCCAGGCA-G  1042
      |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| |
seq2  TCCCACCCAATTCCCACACCTCACTCATTG-ACCACCCAAT-CAGGCAGG  1047

seq1  CCGTTTATGGACACATTCT--GCTATCCTGACGTTCAACGCCCCGCCCCA  1090
      |||||||| ||||||||||   |||||||||||||| ||| ||||||| |
seq2  CCGTTTAT-GACACATTCTTGCCTATCCTGACGTTC-ACG-CCCGCCCAA  1094

seq1  ACCCTCTCACTCCATTCACACCTCCCCA  1118
       || ||||||||||||||  | ||||||
seq2  CCCTTCTCACTCCATTCAACCTTCCCCA  1122

seq1: chr4_136462974_136464052
seq2: B6Ng01-229M24.g_67_1151 (reverse)

seq1  GGTGGGCTTTGCA--GGTGT-GAT-GCAGGTGGAAATTGCCATGACTAAG  46
      |||||||||||||  ||||| ||| |||||||| ||||| ||||||||||
seq2  GGTGGGCTTTGCAAGGGTGTGGATGGCAGGTGGGAATTGGCATGACTAAG  50

seq1  TCACT-GAGGAACACTGTTCTTAGTG--TGACTCAGTTTACCCTGGCTGA  93
      ||||| ||||||||||| || |||||   ||||||||||| |||||||||
seq2  TCACTGGAGGAACACTGGTCCTAGTGGTGGACTCAGTTTA-CCTGGCTGA  99

seq1  TAAGGTACA-GGGTGGTATCTTGATCACCACCGTCCTTTTTACTTTCAGC  142
      ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTACAGGGGTGGTATC-TGATCACCACCGTCCTTTTTACTTTCAGC  148

seq1  GCGGTCAATGGTCATGTTCTCATAGAACCTGCAGGGGGCACC-GTACCTC  191
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  GCGGTCAATGGTCATGTTCTCATAGAA-CTGCAGGGGGCACCGGTACCTC  197

seq1  CCTGGTACGATTGAGCTGTCCAGGGTCCTGACTTGACTTAGCCTATTCCC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTACGATTGAGCTGTCCAGGGTCCTGACTTGACTTAGCCTATTCCC  247

seq1  CTGCAGCCTAGCCATCCGTGCCCTGTGAATTCTCAAATAAAATATGACTG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCCTAGCCATCCGTGCCCTGTGAATTCTCAAATAAAATATGACTG  297

seq1  CTACCTCAAAAGGGCTCACCTGAGAGAGACAGACACAGAAATGGTTGCTG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTCAAAAGGGCTCACCTGAGAGAGACAGACACAGAAATGGTTGCTG  347

seq1  GAACAAGAAGACTGGACATCAGAGACTTATGTGACATCACTCCAGGGCAG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAGAAGACTGGACATCAGAGACTTATGTGACATCACTCCAGGGCAG  397

seq1  GTGTCTTGGAAGCTTGTTCAGGAAGGAGGGTGGAGGTGGCCGCAGAGACC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTGGAAGCTTGTTCAGGAAGGAGGGTGGAGGTGGCCGCAGAGACC  447

seq1  CACTTCTTGGTAGCCACAGACACCCGTTTTCGGTGTTTTGCTTCCCTCTA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTTGGTAGCCACAGACACCCGTTTTCGGTGTTTTGCTTCCCTCTA  497

seq1  TGTAACCATGACACCGGCATATTATCTCCTAAAGCCACGGTCTTCTCATC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACCATGACACCGGCATATTATCTCCTAAAGCCACGGTCTTCTCATC  547

seq1  TGCAAAATAGAATAATAACAGCACTTCCTCATAGCATCACTGTGAAGACC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAATAGAATAATAACAGCACTTCCTCATAGCATCACTGTGAAGACC  597

seq1  CGATGGGCTAATGTGTGCCGAGAGGCCAGGTGTGCTGGCTCACACTTACA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGGGCTAATGTGTGCCGAGAGGCCAGGTGTGCTGGCTCACACTTACA  647

seq1  CTCCCAAGAGGCTGAGACAGGTGGACTGCTATGACATTGAGACTGAGGTT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAAGAGGCTGAGACAGGTGGACTGCTATGACATTGAGACTGAGGTT  697

seq1  AGTCTGGGTTATAAAGTGAATTCCAGGCTAGCCTGGGCAACAGAGTAAGA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGGGTTATAAAGTGAATTCCAGGCTAGCCTGGGCAACAGAGTAAGA  747

seq1  CCCTGCCTCAAAAACAGCTAGATAGAGGGTAGATCCTGGGGAGGTAGCAA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCCTCAAAAACAGCTAGATAGAGGGTAGATCCTGGGGAGGTAGCAA  797

seq1  GTATGAGCTCAATTCTCAGCACACATGGAAAAAAACCTGGCACAGTAGTG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAGCTCAATTCTCAGCACACATGGAAAAAAACCTGGCACAGTAGTG  847

seq1  TGTGCTTAATCCCCATGCTAGAGGACACAGATAGGTGGCCCTCCCTCTCA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTAATCCCCATGCTAGAGGACACAGATAGGTGGCCCTCCCTCTCA  897

seq1  GGCTCACTGGCCAGCCAGCAGAGTCAACTAAGTGAGTCCCAGATCCCAGT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACTGGCCAGCCAGCAGAGTCAACTAAGTGAGTCCCAGATCCCAGT  947

seq1  GGGAGACTTTGTCTGAAAAACAAAGTGTGGGCTTGAGAGATGACTCAGCA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACTTTGTCTGAAAAACAAAGTGTGGGCTTGAGAGATGACTCAGCA  997

seq1  GCTAAGAATGATCACTGAATCATTTTAGATACAGAGCTCAGTGGTATTAA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGAATGATCACTGAATCATTTTAGATACAGAGCTCAGTGGTATTAA  1047

seq1  AAGGTTCACAGCCAGGCATGAGGATCACCCTGGAATTC  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTCACAGCCAGGCATGAGGATCACCCTGGAATTC  1085