BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232C24
Chromosome4 (Build37)
Map Location 71,537,326 - 71,675,054
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039565, LOC100039979, LOC667638, EG667649
Downstream geneTle1, Aldoa-ps2, EG384113
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232C24.bB6Ng01-232C24.g
ACCGA044587GA044588
length1,1471,102
definitionB6Ng01-232C24.b B6Ng01-232C24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,673,895 - 71,675,054)(71,537,326 - 71,538,425)
sequence
gaattcacagatttctggaagactgatttccagggaggggccctgaatat
tctccagacttttccctataaaactgtcttattctggactggaatgctaa
atgccacctttggaaagccacttttgtaaatttttactccattatgttgc
aattttaacatcccatacatttggcacttaaggcattttaaaatggtcct
tggtttatttttgtctcaattttagggctttctgccagcctccaacgtct
gctgtgtagctgacccaaaatagtctcaaaggctcagattcaacttgata
tctagattttctccagagctctgtaaatgctcatagccttgaagagtttc
cccaaagggctgttagatgcacaggacacatcgtgcctttgtttcttgag
agaagaagaacaggtctcttataggtgactacaaatcgaagatgcctctg
ccgtgtgatgcttttcatatgcaacaaaaagttctagatgtacagaaaca
tggttgacatttggtgggttctatatatcacctgctcagctatgctgcca
agagtccctctaaatccccatcaactgtttcctttccactgctactagct
aatggtagctatcaccctctgatcatttatgtcaacatctttactatcaa
aatcttataaaatttcttattaaaagtttgcaactgaggctcttttcata
caagagaggttatagtttacagccatgatgggatttttggagtagttttc
aagactccgagtgcctatgagtgtgagaatttcaacttttaggaaatatt
aattacaatggcaggtgcccagtgtgaagtgggtcaaggtgcaagtgcaa
tttaatgcacatagcaaggaacatggatgtgaacgaggcagttagaggga
agaaactggcaggaggaacagatcatgacatttgacaggaggaccatgaa
aatcagaagtttgaggagagacttgtgcagctcgagtacattgaaatata
gtggcaagttgctcagcactgatggtgggaaatctctttgaaagtgcgat
cagctttgtgttacagaaatcttttcttgctgtgcaattttgttagcaag
acaaatgaccttggttatgactgcttaatttctaagaaaagtctgca

gaattctcatggacataactcagggatggtatagacaaaatgacaaatga
taggtacatctgagtacagccagtagaggttcacatacagataattgatg
tacatgctttattaaaaatctattacttacccacatctatttattcattt
gttatttctgtggatgcttgaagtgtataggcatacattatctagtatga
gatttatacaataattctataaatcacactggtagatattatcttaattt
aatttataaagaaacaattcccagtggttgactggattgtcaaataatat
tgattaatgcaaattgttttccactgatttctctatatctacatctagct
ctaagttaaaagaacatatgtatgtatggtatatttccttgtaagcaatt
taatttgccccaaatgaattttactatgtctctaaaccctttatacttat
ttaaccacttttcacaagtaaactgaaccacctttacctttttttttttt
aaactgttctgttttctcatattcatggtgctgtgtcacatagggacaac
tttacacaatatactttgggctgtctttcctatccctaactatcttccct
cttttttgccctttcctctccctataatccactatgttcctatagacaat
ttcagttctgttttcatgccacaagtacacatatggttttatgtatttat
tcaaagtctagaactaacaaagaagagaaaatgtgaaatttatgttccaa
aaaactgactcgatgtgcttaacatatcagtaactagtcatgtgtagttt
cctacaaactacataaattttgtgcttttttatggctgaaagatcttcta
ctgtgtctgcataccacattgtcttgattcatccctctgttgggtttcac
aatttggctatagtgaatattgctatagtaaatattgacacacaaatatc
actatgatgtcctgatttggatttctacagatagatacccaggaagtagc
aaggttggatcaaatgattgtctactttagtttttgattgctgcagtggg
tagaagtaggtgacattcctcacagcaatggagttccttttgctaatcct
ct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_71673895_71675054
seq2: B6Ng01-232C24.b_44_1190 (reverse)

seq1  TGCAGACTTTTCTCTAGAAATATTATGCAGTCATTAACAAAGTCCATTTT  50
      ||||||||||||| |||||  |||| |||||||| | ||| |||   |||
seq2  TGCAGACTTTTCT-TAGAA--ATTAAGCAGTCATAACCAAGGTC--ATTT  45

seq1  GTCCTTGCTACAAAATTTGCCACAAGGCAAG-AAAGATTTTCCTGTTACA  99
      || |||||||  ||| ||| ||||  ||||| ||||||||  |||| |||
seq2  GT-CTTGCTAACAAAATTG-CACA--GCAAGAAAAGATTT--CTGTAACA  89

seq1  CAAAGCTGATCGCACTTTC-AAGAGATTTTCCCACCATCAGTGCTGAGCA  148
      ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTGATCGCACTTTCAAAGAGA-TTTCCCACCATCAGTGCTGAGCA  138

seq1  ACTTGCCACTAATATTTCAATGTACTCGAGCTGCACAAGTCTCTCCTCAA  198
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCCACT-ATATTTCAATGTACTCGAGCTGCACAAGTCTCTCCTCAA  187

seq1  ACTTTCTGATTTTCATGGTCCTCCTTGTCAAATGTCATGATCTGTTCCTC  248
      || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-TTCTGATTTTCATGGTCCTCC-TGTCAAATGTCATGATCTGTTCCTC  235

seq1  CTGCCAGTTTCTTCCCTCTAACTGCCTCGTTCACATCCATGTTCCTTGCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGTTTCTTCCCTCTAACTGCCTCGTTCACATCCATGTTCCTTGCT  285

seq1  ATGTGCATTAAATTGCACTTGCACCTTGACCCACTTCACACTGGGCACCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCATTAAATTGCACTTGCACCTTGACCCACTTCACACTGGGCACCT  335

seq1  GCCATTGTAATTAATATTTCCTAAAAGTTGAAATTCTCACACTCATAGGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTGTAATTAATATTTCCTAAAAGTTGAAATTCTCACACTCATAGGC  385

seq1  ACTCGGAGTCTTGAAAACTACTCCAAAAATCCCATCATGGCTGTAAACTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGGAGTCTTGAAAACTACTCCAAAAATCCCATCATGGCTGTAAACTA  435

seq1  TAACCTCTCTTGTATGAAAAGAGCCTCAGTTGCAAACTTTTAATAAGAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTCTCTTGTATGAAAAGAGCCTCAGTTGCAAACTTTTAATAAGAAA  485

seq1  TTTTATAAGATTTTGATAGTAAAGATGTTGACATAAATGATCAGAGGGTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAAGATTTTGATAGTAAAGATGTTGACATAAATGATCAGAGGGTG  535

seq1  ATAGCTACCATTAGCTAGTAGCAGTGGAAAGGAAACAGTTGATGGGGATT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTACCATTAGCTAGTAGCAGTGGAAAGGAAACAGTTGATGGGGATT  585

seq1  TAGAGGGACTCTTGGCAGCATAGCTGAGCAGGTGATATATAGAACCCACC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGGACTCTTGGCAGCATAGCTGAGCAGGTGATATATAGAACCCACC  635

seq1  AAATGTCAACCATGTTTCTGTACATCTAGAACTTTTTGTTGCATATGAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCAACCATGTTTCTGTACATCTAGAACTTTTTGTTGCATATGAAA  685

seq1  AGCATCACACGGCAGAGGCATCTTCGATTTGTAGTCACCTATAAGAGACC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCACACGGCAGAGGCATCTTCGATTTGTAGTCACCTATAAGAGACC  735

seq1  TGTTCTTCTTCTCTCAAGAAACAAAGGCACGATGTGTCCTGTGCATCTAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTCTTCTCTCAAGAAACAAAGGCACGATGTGTCCTGTGCATCTAA  785

seq1  CAGCCCTTTGGGGAAACTCTTCAAGGCTATGAGCATTTACAGAGCTCTGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTTTGGGGAAACTCTTCAAGGCTATGAGCATTTACAGAGCTCTGG  835

seq1  AGAAAATCTAGATATCAAGTTGAATCTGAGCCTTTGAGACTATTTTGGGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATCTAGATATCAAGTTGAATCTGAGCCTTTGAGACTATTTTGGGT  885

seq1  CAGCTACACAGCAGACGTTGGAGGCTGGCAGAAAGCCCTAAAATTGAGAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACACAGCAGACGTTGGAGGCTGGCAGAAAGCCCTAAAATTGAGAC  935

seq1  AAAAATAAACCAAGGACCATTTTAAAATGCCTTAAGTGCCAAATGTATGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAACCAAGGACCATTTTAAAATGCCTTAAGTGCCAAATGTATGG  985

seq1  GATGTTAAAATTGCAACATAATGGAGTAAAAATTTACAAAAGTGGCTTTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTAAAATTGCAACATAATGGAGTAAAAATTTACAAAAGTGGCTTTC  1035

seq1  CAAAGGTGGCATTTAGCATTCCAGTCCAGAATAAGACAGTTTTATAGGGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTGGCATTTAGCATTCCAGTCCAGAATAAGACAGTTTTATAGGGA  1085

seq1  AAAGTCTGGAGAATATTCAGGGCCCCTCCCTGGAAATCAGTCTTCCAGAA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTGGAGAATATTCAGGGCCCCTCCCTGGAAATCAGTCTTCCAGAA  1135

seq1  ATCTGTGAATTC  1160
      ||||||||||||
seq2  ATCTGTGAATTC  1147


seq1: chr4_71537326_71538425
seq2: B6Ng01-232C24.g_67_1168

seq1  GAATTCTCATGGACATAACTCAGGGATGGTATAGACAAAATGACAAATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATGGACATAACTCAGGGATGGTATAGACAAAATGACAAATGA  50

seq1  TAGGTACATCTGAGTACAGCCAGTAGAGGTTCACATACAGATAATTGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTACATCTGAGTACAGCCAGTAGAGGTTCACATACAGATAATTGATG  100

seq1  TACATGCTTTATTAAAAATCTATTACTTACCCACATCTATTTATTCATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCTTTATTAAAAATCTATTACTTACCCACATCTATTTATTCATTT  150

seq1  GTTATTTCTGTGGATGCTTGAAGTGTATAGGCATACATTATCTAGTATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTCTGTGGATGCTTGAAGTGTATAGGCATACATTATCTAGTATGA  200

seq1  GATTTATACAATAATTCTATAAATCACACTGGTAGATATTATCTTAATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATACAATAATTCTATAAATCACACTGGTAGATATTATCTTAATTT  250

seq1  AATTTATAAAGAAACAATTCCCAGTGGTTGACTGGATTGTCAAATAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATAAAGAAACAATTCCCAGTGGTTGACTGGATTGTCAAATAATAT  300

seq1  TGATTAATGCAAATTGTTTTCCACTGATTTCTCTATATCTACATCTAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAATGCAAATTGTTTTCCACTGATTTCTCTATATCTACATCTAGCT  350

seq1  CTAAGTTAAAAGAACATATGTATGTATGGTATATTTCCTTGTAAGCAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTTAAAAGAACATATGTATGTATGGTATATTTCCTTGTAAGCAATT  400

seq1  TAATTTGCCCCAAATGAATTTTACTATGTCTCTAAACCCTTTATACTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGCCCCAAATGAATTTTACTATGTCTCTAAACCCTTTATACTTAT  450

seq1  TTAACCACTTTTCACAAGTAAACTGAACCACCTTTACCTTTTTTTTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCACTTTTCACAAGTAAACTGAACCACCTTTACCTTTTTTTTTTTT  500

seq1  AAACTGTTCTGTTTTCTCATATTCATGGTGCTGTGTCACATAGGGACAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTTCTGTTTTCTCATATTCATGGTGCTGTGTCACATAGGGACAAC  550

seq1  TTTACACAATATACTTTGGGCTGTCTTTCCTATCCCTAACTATCTTCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACAATATACTTTGGGCTGTCTTTCCTATCCCTAACTATCTTCCCT  600

seq1  CTTTTTTGCCCTTTCCTCTCCCTATAATCCACTATGTTCCTATAGACAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTGCCCTTTCCTCTCCCTATAATCCACTATGTTCCTATAGACAAT  650

seq1  TTCAGTTCTGTTTTCATGCCACAAGTACACATATGGTTTTATGTATTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTCTGTTTTCATGCCACAAGTACACATATGGTTTTATGTATTTAT  700

seq1  TCAAAGTCTAGAACTAACAAAGAAGAGAAAATGTGAAATTTATGTTCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGTCTAGAACTAACAAAGAAGAGAAAATGTGAAATTTATGTTCCAA  750

seq1  AAAACTGACTCGATGTGCTTAACATATCAGTAACTAGTCATGTGTAGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGACTCGATGTGCTTAACATATCAGTAACTAGTCATGTGTAGTTT  800

seq1  CCTACAAACTACATAAATTTTGTGCTTTTTTATGGCTGAAAGATCTTCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAAACTACATAAATTTTGTGCTTTTTTATGGCTGAAAGATCTTCTA  850

seq1  CTGTGTCTGCATACCACATTGTCTTGATTCATCCCTCTGTT-GGTTTCAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTGTGTCTGCATACCACATTGTCTTGATTCATCCCTCTGTTGGGTTTCAC  900

seq1  AATTTGGCTATAGTGAATATTGCTATAGTAAATATTGACACACAAATATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGGCTATAGTGAATATTGCTATAGTAAATATTGACACACAAATATC  950

seq1  ACTATGATGTCCTGATTTGGATTTCTACAGATAAGATACCCAGG-AGTAG  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  ACTATGATGTCCTGATTTGGATTTCTACAGAT-AGATACCCAGGAAGTAG  999

seq1  CAAGGTTGGATCAAATGATTGTCTACTTTAGTTTTTGATTGCTGCAGTGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTGGATCAAATGATTGTCTACTTTAGTTTTTGATTGCTGCAGTGG  1049

seq1  GTAG-AGTAGTTGACATT-CTCACCAGCA--TGAGTTCCTTTTGCCTACA  1094
      |||| ||||| ||||||| |||| |||||   |||||||||||| ||| |
seq2  GTAGAAGTAGGTGACATTCCTCA-CAGCAATGGAGTTCCTTTTG-CTA-A  1096

seq1  TCCTCT  1100
      ||||||
seq2  TCCTCT  1102


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |