BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232L20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 95,067,071 - 95,198,792
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene5830433M19Rik, Plaa, LOC667250, Lrrc19, Ift74, Tek, 4930579C15Rik, LOC100039252, Mysm1, LOC100039265, LOC665029, Jun, LOC100042411
Downstream gene2310009E04Rik, Hook1, Cyp2j13, LOC242546, LOC546837, Cyp2j11, LOC665095, Cyp2j6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232L20.bB6Ng01-232L20.g
ACCGA044996GA044997
length1,2051,090
definitionB6Ng01-232L20.b B6Ng01-232L20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,197,593 - 95,198,792)(95,067,071 - 95,068,154)
sequence
gaattccttctttcaccatctaggcaagaaaaagcattgatcccagcttt
tgaaatcacatatgagaatgccacattgagagagattagaagattgctag
taggtattgacagagattagaagattgctagtaggtagtagccaatgtct
agcacagcacacttagaaagaaaatgaggtttatttcattcactgtattg
aaggctgactgtgaagtgactcagtgaaggcaggggaggggctacctctc
tatcattattagctcatggtgaatagctgtggaggcactaaatgcaggaa
caagtagattatatcttaacacaggaagccaaagaaggtagtggccatgt
ttgccctttttatgaagcactttgcaaaaaccatgaagagttagattttt
agtcaacttctagttaatttttgtgcatggtattatcagtacttcttctg
tttataacaagttaattttctatgcagcacagattaaataccttatcttt
taaaccttttattttctgtgcactatttattaagtatcttaccttctttc
tgctgaatttcagtgctagaatgttgttctacatacagtgaccaattact
gtaatctgtattctgttaattgctttgtttttctagcttagcccaaatgt
actgtttaaactattataatggcagctgaagaggtagcctgtggttaaga
gtactagttgctcttgatgagggcctgagttcaaatcctgtcagctatgt
aggacgtgtcacagtggtctataactcaagctccagggcacccaacagcc
tcttctgacctcctgggtcattcccattcacatgtacataccccacccca
acgcagatacataatatatacacaaagcagacacacacacatatatacat
acacatatacatatatacacataaaaataataaatctgacattactataa
ctttataatagtttaaagtctgataatgccatctaacttgtcctccttaa
agaattactttaatacacactttttatatccaataatacaagtactaaat
taatttggtgtacattttcaaaataatttgttatctataaagtttattca
caattggagtcaatgtacaaaagaaaatttctgtctcatgaggctgacgt
ggaaactgcacttatcaatctgaagtgcaatgaagtttaagtctcctttt
acacc
gaattcctctaatgaccacaggttgccattttccttctgtaccttgacca
ttagcatcagactcttgactgcaacacatttgacccttggttgcaaaagt
cataggttctattcagtcctcagaccctgctttcagagtgtttccttcac
ttctgcacacagactcattaagaacactcaggtgttaggccccttaggtc
ttcctttgaagtttacttagtgtctttcccctatgttttcttttttattc
tcttttccttctgtttctttttctttttgtccccagtttttgtctgcatc
attcttgactttgctttgccccagtctgacggagtatcttctgtgtgaga
tgatgtctacgtctacaacattcaagcatgctaaatcattttctcaagtc
cttgcggttcaatactcattgtctattgtctttgcacaagtcagttttac
ttcatttcaaattcagggagcacccactctgggccaaacttcgggaatac
aaaattgtgaaccattcagcccctgtttcagggatgtttgaattctagag
aagtcgaaagccaacaaagaaaggatgctgtggtcccctaggcaagtcag
aaagaataaagccagcatgctctgggggacagagaagctcctctattctt
agctcgtgaggatcagggtctctctgtgtcccttcccttaaatccatctg
ttgaaatcctaccaccaaagtgtcacagacggggttatagagaggtgaat
atgtcatgaggaccctccctatttgaattgaatcaaatccatggaagtcg
agaacaagagacattccttacccttttaccttatgagatcatagcagacg
acagccattattgaggaagtaagctttaccaccaagtctgcaggctttgg
actttcccagcccatagaactatgacacacagggtgttcatgctttataa
accatccagtttatggcattttgtcctagtgatttgaattgaccggaaca
ccagtgggtaaactagtcagctaacaaatctgtgtgtttgcttcttcagc
tgttagtacagaacaagctggcctaggccacagttggtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_95197593_95198792
seq2: B6Ng01-232L20.b_48_1252 (reverse)

seq1  GGTGTAAA--GAGACT--AACTTCA-TGCACCTCAGAATTGATAAGGTGC  45
      ||||||||  ||||||  ||||||| ||||| |||| |||||||| ||||
seq2  GGTGTAAAAGGAGACTTAAACTTCATTGCACTTCAG-ATTGATAA-GTGC  48

seq1  AG-TTCCACGGGCAGCCTCAAGGAGGACAGAA--TTTCTTTTGTACA-TG  91
      || |||||| | |||||||| |   |||||||  ||||||||||||| ||
seq2  AGTTTCCAC-GTCAGCCTCATG--AGACAGAAATTTTCTTTTGTACATTG  95

seq1  ACT-CAAATGTG-ATAAACTTTATAGAT-ACACATTATTTTTTAAAATTG  138
      ||| ||| |||| ||||||||||||||| ||| ||||  |||| ||| ||
seq2  ACTCCAATTGTGAATAAACTTTATAGATAACAAATTA--TTTTGAAAATG  143

seq1  TACAACAAATT-ATTTAGTTACTTGTATTATTGGATATAAAAAGTGTGTA  187
      |||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCAAATTAATTTAG-TACTTGTATTATTGGATATAAAAAGTGTGTA  192

seq1  TTAAAGTAA-TCCTTAAGGAGAACAAAGTTAGATGGCATTATCAGACTTT  236
      ||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTAATTCTTTAAGGAGGAC-AAGTTAGATGGCATTATCAGACTTT  241

seq1  AAACTATTATAAAGTTATAGTAATGTCAGATTTATTATTTTTATGTGTAT  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATTATAAAGTTATAGTAATGTCAGATTTATTATTTTTATGTGTAT  291

seq1  ATATGTATATGTGTATGTATATATGTGTGTGTGTCTGCTTTGTGTATATA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATATGTGTATGTATATATGTGTGTGTGTCTGCTTTGTGTATATA  341

seq1  TTATGTATCTGCGTTGGGGTGGGGTATGTACATGTGAATGGGAATGACCC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTATCTGCGTTGGGGTGGGGTATGTACATGTGAATGGGAATGACCC  391

seq1  AGGAGGTCAGAAGAGGCTGTTGGGTGCCCTGGAGCTTGAGTTATAGACCA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTCAGAAGAGGCTGTTGGGTGCCCTGGAGCTTGAGTTATAGACCA  441

seq1  CTGTGACACGTCCTACATAGCTGACAGGATTTGAACTCAGGCCCTCATCA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACACGTCCTACATAGCTGACAGGATTTGAACTCAGGCCCTCATCA  491

seq1  AGAGCAACTAGTACTCTTAACCACAGGCTACCTCTTCAGCTGCCATTATA  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAACTAGTACTCTTAACCACAGGCTACCTCTTCAGCTGCCATTATA  541

seq1  ATAGTTTAAACAGTACATTTGGGCTAAGCTAGAAAAACAAAGCAATTAAC  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTAAACAGTACATTTGGGCTAAGCTAGAAAAACAAAGCAATTAAC  591

seq1  AGAATACAGATTACAGTAATTGGTCACTGTATGTAGAACAACATTCTAGC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACAGATTACAGTAATTGGTCACTGTATGTAGAACAACATTCTAGC  641

seq1  ACTGAAATTCAGCAGAAAGAAGGTAAGATACTTAATAAATAGTGCACAGA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAATTCAGCAGAAAGAAGGTAAGATACTTAATAAATAGTGCACAGA  691

seq1  AAATAAAAGGTTTAAAAGATAAGGTATTTAATCTGTGCTGCATAGAAAAT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAAGGTTTAAAAGATAAGGTATTTAATCTGTGCTGCATAGAAAAT  741

seq1  TAACTTGTTATAAACAGAAGAAGTACTGATAATACCATGCACAAAAATTA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTGTTATAAACAGAAGAAGTACTGATAATACCATGCACAAAAATTA  791

seq1  ACTAGAAGTTGACTAAAAATCTAACTCTTCATGGTTTTTGCAAAGTGCTT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAAGTTGACTAAAAATCTAACTCTTCATGGTTTTTGCAAAGTGCTT  841

seq1  CATAAAAAGGGCAAACATGGCCACTACCTTCTTTGGCTTCCTGTGTTAAG  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAAAGGGCAAACATGGCCACTACCTTCTTTGGCTTCCTGTGTTAAG  891

seq1  ATATAATCTACTTGTTCCTGCATTTAGTGCCTCCACAGCTATTCACCATG  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATCTACTTGTTCCTGCATTTAGTGCCTCCACAGCTATTCACCATG  941

seq1  AGCTAATAATGATAGAGAGGTAGCCCCTCCCCTGCCTTCACTGAGTCACT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAATAATGATAGAGAGGTAGCCCCTCCCCTGCCTTCACTGAGTCACT  991

seq1  TCACAGTCAGCCTTCAATACAGTGAATGAAATAAACCTCATTTTCTTTCT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTCAGCCTTCAATACAGTGAATGAAATAAACCTCATTTTCTTTCT  1041

seq1  AAGTGTGCTGTGCTAGACATTGGCTACTACCTACTAGCAATCTTCTAATC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGCTGTGCTAGACATTGGCTACTACCTACTAGCAATCTTCTAATC  1091

seq1  TCTGTCAATACCTACTAGCAATCTTCTAATCTCTCTCAATGTGGCATTCT  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCAATACCTACTAGCAATCTTCTAATCTCTCTCAATGTGGCATTCT  1141

seq1  CATATGTGATTTCAAAAGCTGGGATCAATGCTTTTTCTTGCCTAGATGGT  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTGATTTCAAAAGCTGGGATCAATGCTTTTTCTTGCCTAGATGGT  1191

seq1  GAAAGAAGGAATTC  1200
      ||||||||||||||
seq2  GAAAGAAGGAATTC  1205

seq1: chr4_95067071_95068154
seq2: B6Ng01-232L20.g_68_1157

seq1  GAATTCCTCTAATGACCACAGGTTGCCATTTTCCTTCTGTACCTTGACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTAATGACCACAGGTTGCCATTTTCCTTCTGTACCTTGACCA  50

seq1  TTAGCATCAGACTCTTGACTGCAACACATTTGACCCTTGGTTGCAAAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATCAGACTCTTGACTGCAACACATTTGACCCTTGGTTGCAAAAGT  100

seq1  CATAGGTTCTATTCAGTCCTCAGACCCTGCTTTCAGAGTGTTTCCTTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGTTCTATTCAGTCCTCAGACCCTGCTTTCAGAGTGTTTCCTTCAC  150

seq1  TTCTGCACACAGACTCATTAAGAACACTCAGGTGTTAGGCCCCTTAGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCACACAGACTCATTAAGAACACTCAGGTGTTAGGCCCCTTAGGTC  200

seq1  TTCCTTTGAAGTTTACTTAGTGTCTTTCCCCTATGTTTTCTTTTTTATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTGAAGTTTACTTAGTGTCTTTCCCCTATGTTTTCTTTTTTATTC  250

seq1  TCTTTTCCTTCTGTTTCTTTTTCTTTTTGTCCCCAGTTTTTGTCTGCATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCCTTCTGTTTCTTTTTCTTTTTGTCCCCAGTTTTTGTCTGCATC  300

seq1  ATTCTTGACTTTGCTTTGCCCCAGTCTGACGGAGTATCTTCTGTGTGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGACTTTGCTTTGCCCCAGTCTGACGGAGTATCTTCTGTGTGAGA  350

seq1  TGATGTCTACGTCTACAACATTCAAGCATGCTAAATCATTTTCTCAAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCTACGTCTACAACATTCAAGCATGCTAAATCATTTTCTCAAGTC  400

seq1  CTTGCGGTTCAATACTCATTGTCTATTGTCTTTGCACAAGTCAGTTTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTTGCGGTTCAATACTCATTGTCTATTGTCTTTGCACAAGTCAGTTTTAC  450

seq1  TTCATTTCAAATTCAGGGAGCACCCACTCTGGGCCAAACTTCGGGAATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTCAAATTCAGGGAGCACCCACTCTGGGCCAAACTTCGGGAATAC  500

seq1  AAAATTGTGAACCATTCAGCCCCTGTTTCAGGGATGTTTGAATTCTAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGTGAACCATTCAGCCCCTGTTTCAGGGATGTTTGAATTCTAGAG  550

seq1  AAGTCGAAAGCCAACAAAGAAAGGATGCTGTGGTCCCCTAGGCAAGTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCGAAAGCCAACAAAGAAAGGATGCTGTGGTCCCCTAGGCAAGTCAG  600

seq1  AAAGAATAAAGCCAGCATGCTCTGGGGGACAGAGAAGCTCCTCTATTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATAAAGCCAGCATGCTCTGGGGGACAGAGAAGCTCCTCTATTCTT  650

seq1  AGCTCGTGAGGATCAGGGTCTCTCTGTGTCCCTTCCCTTAAATCCATCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCGTGAGGATCAGGGTCTCTCTGTGTCCCTTCCCTTAAATCCATCTG  700

seq1  TTGAAATCCTACCACCAAAGTGTCACAGACGGGGTTATAGAGAGGTGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATCCTACCACCAAAGTGTCACAGACGGGGTTATAGAGAGGTGAAT  750

seq1  ATGTCATGAGGACCCTCCCTATTTGAATTGAATC-AATCCATGGAAGTCG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGTCATGAGGACCCTCCCTATTTGAATTGAATCAAATCCATGGAAGTCG  800

seq1  AGAACAAGAGACATTCCTTACCCTTTTACCTTATGAGATCATAGCAGACG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAGAGACATTCCTTACCCTTTTACCTTATGAGATCATAGCAGACG  850

seq1  ACAGCCATTATTGAGGAAGTAAGCTTTACCACCAAGTCTGCAGGCTTTGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCATTATTGAGGAAGTAAGCTTTACCACCAAGTCTGCAGGCTTTGG  900

seq1  AC-TTCCCAGCCCATAGAACTATGACACACA-GGTGTTCATGCTTTATAA  947
      || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCCAGCCCATAGAACTATGACACACAGGGTGTTCATGCTTTATAA  950

seq1  ACCATCCAGTTTATGGCATTTTGTCCTAGTGATTTGAATTGACCGGAACA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCCAGTTTATGGCATTTTGTCCTAGTGATTTGAATTGACCGGAACA  1000

seq1  CCAGT-GGTAAACTAGGTCAGCTAACAAATCTGTGTGTTTGCTTCTTCAG  1046
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGGTAAACTA-GTCAGCTAACAAATCTGTGTGTTTGCTTCTTCAG  1049

seq1  CTGTTAAGTACAGA--CAGCTGG-CTAGGCAACAG-TGGTGC  1084
      ||||| ||||||||   |||||| |||||| |||| ||||||
seq2  CTGTT-AGTACAGAACAAGCTGGCCTAGGCCACAGTTGGTGC  1090