BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233I11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 70,586,064 - 70,716,497
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039888, LOC242497, LOC671064, Cdk5rap2, Megf9
Downstream geneLOC100039565, LOC100039979, LOC667638, EG667649
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233I11.bB6Ng01-233I11.g
ACCGA045562GA045563
length1,0881,178
definitionB6Ng01-233I11.b B6Ng01-233I11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,715,409 - 70,716,497)(70,586,064 - 70,587,259)
sequence
gaattcttgagaaacgttcactaatgggtgtgaaacacttaaagaaatgt
tcaacatccttaatcatcaggaaaatgcaaatcaaagcaactctgagatt
tcattttatgcctgccagaatggctaagatcaaaactcaagcaacaacac
atgctagcaagggaaacacaccctcatcggtggtgggagtgaaaactttt
actttgaaatcaatttgtgtaacaggaatgtcagggttgcctttatacat
tggggaccatgcagctgcagaagcacctcctgcacgaggacctggttgag
gactgtctgagaaagcaaggattgctagagtaaataacgcccgccaatca
ggtacttctgtttagaatagatattttcttaggaccaatggatttagaga
gtatcaactgaacttgcagcagtgctcagatgagcttgctgcagcatttc
tcacctgctcccctactctctgccgttgactctgcaccaacttgtcccca
acccccaagaccaggtagggtcaggcagagagctgtccagggcacaggct
atatctggcacccaacgtggttgatggactacttcattgtccttgttttg
tggctgcttgtgaacttccttttctgggagctagtttttgcctgatactg
caaggattgtgcttgtggtttggcctgatctactcttcttcttgtggtac
tactgctgtgccccctttggtagcttctttggtgagttggccccttagtg
ttttatgttgtgggccccacgaaaggtgagctcgtggacctcatttctgt
cttctttgtcttttctgtctatccatctggtaatctcgtttttgccttgg
tttggtttgagggtgagcatgcagtgagcatgagcaagcatgcagtgaat
gtgatgcaagcatgaggtaagtgtgcagtgagcttgtggccagtgattgt
tgaccttgcagtaatctttttatttttctttgtctttaagtgagcgtgct
gcgataatcatgccgttgaaatctttcctgtcttctttgtcttttcattc
atttcacctttcgggtcttggattcatcttgtacctga

gaattcaattgcattttcttacatacagtggtaactttgtgttaaattta
agagttaatattacctatttaaagaaaggaatgttgtcatcttctaaata
aataaaaaaaaaaccaagcatcaagtttctttgctttctttgactaacac
aaataatcttccctcagattctttgattatatgaaacattctttgcaatt
ccatgctcaattcacagtatagagttgagggagttaagggcatgaaatct
accctttggctgtgtggggtctgggcgcattgttatttaacagctacaga
gaggaagtattggttttctttaagagtgttacacttggtaggctgaccac
actctagggtcaactccatgtccaacagtatgtgggaattacaacttaca
tgtgataggttaaaaagagacctaggtaggtagggaactgcaggttgatc
ttgaaggagtcagaggagggacataaatatgatgaaaatacactgtatga
aactgtcagataatgaataaaaacattattttaaaaataaaaaattaggg
gtggagagatgtctcagtggttcagagcactgactgttcctccagagaat
ccaggttcagctcacagcatccacatggcagctcacaagcatctctaact
ccaaaatctgaaccctcacacagacatacatgcaggcaaaacactaatgg
aaataaaaataaataattaaaaaataaaaacaggcgtctgacatttaaag
tctagagccacatgaaatgaatgaatgtgttatatgtaaattgctttata
ttatttaaaacatatgcaatacaaaattattaaaacagtgttattgtgtc
acaaacttcccctacctgagcaaatatttatatgccaacaaaatatgtgg
cagagcccatgaaaatgcatagtttccaagtctatcataagttacccatt
atgcatatgcttatgaaatgtctgaaatatacaagattggacatcaactc
ctgcccctctatgtattgtattcatgcatgagtgtgtggataacatacct
tttaccagcatttttttaaactaaacctttgcctgttgatatttagatga
actggctggtcagcaggaactgtgtacttcatcagtatgttacagggtgg
tctcgacaggcctttatatggatcatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_70715409_70716497
seq2: B6Ng01-233I11.b_46_1133 (reverse)

seq1  TCAGGTACCAGGATGAATCC-AGA-CCGAAAGTGAAAATGAATGGAAAAG  48
      ||||||| || ||||||||| ||| |||||||   |||||||| ||||||
seq2  TCAGGTA-CAAGATGAATCCAAGACCCGAAAGGTGAAATGAAT-GAAAAG  48

seq1  ACAAAGAAGACAGAAAAGATTTCCACGGCATGATTATCGCAGCACGCTCA  98
      ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAAGACAGGAAAGATTTCAACGGCATGATTATCGCAGCACGCTCA  98

seq1  CTTAAAGACAAAGAAAAATAAAAAAGATTACTGCAAGGTCAACAATCACT  148
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAGACAAAGAAAAAT-AAAAAGATTACTGCAAGGTCAACAATCACT  147

seq1  GGCCACAAGCTCACTGCACACTTACCTCATGCTTGCATCACATTCACTGC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACAAGCTCACTGCACACTTACCTCATGCTTGCATCACATTCACTGC  197

seq1  ATGCTTGCCTCATGCTCACTGCATGCTCACCCTCAAACCAAACCAAGGCA  248
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTG-CTCATGCTCACTGCATGCTCACCCTCAAACCAAACCAAGGCA  246

seq1  AAAACGAGATTACCAGATGGATAGACAGAAAAGACAAAGAAGACAGAAAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACGAGATTACCAGATGGATAGACAGAAAAGACAAAGAAGACAGAAAT  296

seq1  GAGGTCCACGAGCTCACC-TTCGTGGGGCCCACAACATAAAACACTAAGG  347
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCCACGAGCTCACCTTTCGTGGGGCCCACAACATAAAACACTAAGG  346

seq1  GGCCAACTCACCAAAGAAGCTACCAAAGGGGGCACAGCAGTAGTACCACA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAACTCACCAAAGAAGCTACCAAAGGGGGCACAGCAGTAGTACCACA  396

seq1  AGAAGAAGAGTAGATCAGGCCAAACCACAAGCACAATCCTTGCAGTATCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAGAGTAGATCAGGCCAAACCACAAGCACAATCCTTGCAGTATCA  446

seq1  GGCAAAAACTAGCTCCCAGAAAAGGAAGTTCACAAGCAGCCACAAAACAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAAACTAGCTCCCAGAAAAGGAAGTTCACAAGCAGCCACAAAACAA  496

seq1  GGACAATGAAGTAGTCCATCAACCACGTTGGGTGCCAGATATAGCCTGTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAATGAAGTAGTCCATCAACCACGTTGGGTGCCAGATATAGCCTGTG  546

seq1  CCCTGGACAGCTCTCTGCCTGACCCTACCTGGTCTTGGGGGTTGGGGACA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGACAGCTCTCTGCCTGACCCTACCTGGTCTTGGGGGTTGGGGACA  596

seq1  AGTTGGTGCAGAGTCAACGGCAGAGAGTAGGGGAGCAGGTGAGAAATGCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGTGCAGAGTCAACGGCAGAGAGTAGGGGAGCAGGTGAGAAATGCT  646

seq1  GCAGCAAGCTCATCTGAGCACTGCTGCAAGTTCAGTTGATACTCTCTAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAAGCTCATCTGAGCACTGCTGCAAGTTCAGTTGATACTCTCTAAA  696

seq1  TCCATTGGTCCTAAGAAAATATCTATTCTAAACAGAAGTACCTGATTGGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTGGTCCTAAGAAAATATCTATTCTAAACAGAAGTACCTGATTGGC  746

seq1  GGGCGTTATTTACTCTAGCAATCCTTGCTTTCTCAGACAGTCCTCAACCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGTTATTTACTCTAGCAATCCTTGCTTTCTCAGACAGTCCTCAACCA  796

seq1  GGTCCTCGTGCAGGAGGTGCTTCTGCAGCTGCATGGTCCCCAATGTATAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTCGTGCAGGAGGTGCTTCTGCAGCTGCATGGTCCCCAATGTATAA  846

seq1  AGGCAACCCTGACATTCCTGTTACACAAATTGATTTCAAAGTAAAAGTTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAACCCTGACATTCCTGTTACACAAATTGATTTCAAAGTAAAAGTTT  896

seq1  TCACTCCCACCACCGATGAGGGTGTGTTTCCCTTGCTAGCATGTGTTGTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCCCACCACCGATGAGGGTGTGTTTCCCTTGCTAGCATGTGTTGTT  946

seq1  GCTTGAGTTTTGATCTTAGCCATTCTGGCAGGCATAAAATGAAATCTCAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAGTTTTGATCTTAGCCATTCTGGCAGGCATAAAATGAAATCTCAG  996

seq1  AGTTGCTTTGATTTGCATTTTCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTTTGATTTGCATTTTCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTCT  1046

seq1  TTAAGTGTTTCACACCCATTAGTGAACGTTTCTCAAGAATTC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTGTTTCACACCCATTAGTGAACGTTTCTCAAGAATTC  1088


seq1: chr4_70586064_70587259
seq2: B6Ng01-233I11.g_66_1243

seq1  GAATTCAATTGCATTTTCTTACATACAGTGGTAACTTTGTGTTAAATTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTGCATTTTCTTACATACAGTGGTAACTTTGTGTTAAATTTA  50

seq1  AGAGTTAATATTACCTATTTAAAGAAAGGAATGTTGTCATCTTCTAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTAATATTACCTATTTAAAGAAAGGAATGTTGTCATCTTCTAAATA  100

seq1  AATAAAAAAAAAACCAAGCATCAAGTTTCTTTGCTTTCTTTGACTAACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAAAAAAACCAAGCATCAAGTTTCTTTGCTTTCTTTGACTAACAC  150

seq1  AAATAATCTTCCCTCAGATTCTTTGATTATATGAAACATTCTTTGCAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATCTTCCCTCAGATTCTTTGATTATATGAAACATTCTTTGCAATT  200

seq1  CCATGCTCAATTCACAGTATAGAGTTGAGGGAGTTAAGGGCATGAAATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTCAATTCACAGTATAGAGTTGAGGGAGTTAAGGGCATGAAATCT  250

seq1  ACCCTTTGGCTGTGTGGGGTCTGGGCGCATTGTTATTTAACAGCTACAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTGGCTGTGTGGGGTCTGGGCGCATTGTTATTTAACAGCTACAGA  300

seq1  GAGGAAGTATTGGTTTTCTTTAAGAGTGTTACACTTGGTAGGCTGACCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGTATTGGTTTTCTTTAAGAGTGTTACACTTGGTAGGCTGACCAC  350

seq1  ACTCTAGGGTCAACTCCATGTCCAACAGTATGTGGGAATTACAACTTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAGGGTCAACTCCATGTCCAACAGTATGTGGGAATTACAACTTACA  400

seq1  TGTGATAGGTTAAAAAGAGACCTAGGTAGGTAGGGAACTGCAGGTTGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATAGGTTAAAAAGAGACCTAGGTAGGTAGGGAACTGCAGGTTGATC  450

seq1  TTGAAGGAGTCAGAGGAGGGACATAAATATGATGAAAATACACTGTATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGGAGTCAGAGGAGGGACATAAATATGATGAAAATACACTGTATGA  500

seq1  AACTGTCAGATAATGAATAAAAACATTATTTTAAAAATAAAAAATTAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCAGATAATGAATAAAAACATTATTTTAAAAATAAAAAATTAGGG  550

seq1  GTGGAGAGATGTCTCAGTGGTTCAGAGCACTGACTGTTCCTCCAGAGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGAGATGTCTCAGTGGTTCAGAGCACTGACTGTTCCTCCAGAGAAT  600

seq1  CCAGGTTCAGCTCACAGCATCCACATGGCAGCTCACAAGCATCTCTAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTTCAGCTCACAGCATCCACATGGCAGCTCACAAGCATCTCTAACT  650

seq1  CCAAAATCTGAACCCTCACACAGACATACATGCAGGCAAAACACTAATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATCTGAACCCTCACACAGACATACATGCAGGCAAAACACTAATGG  700

seq1  AAATAAAAATAAATAATTAAAAAATAAAAACAGGCGTCTGACATTTAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAAATAAATAATTAAAAAATAAAAACAGGCGTCTGACATTTAAAG  750

seq1  TCTAGAGCCACATGAAATGAATGAATGTGTTATATGTAAATTGCTTTATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAGCCACATGAAATGAATGAATGTGTTATATGTAAATTGCTTTATA  800

seq1  TTATTTAAAACATATGCAATACAAAATTATTAAAACAGTGTTATTGTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTAAAACATATGCAATACAAAATTATTAAAACAGTGTTATTGTGTC  850

seq1  ACAAACTTCCCCTACCTGAGCAAATATTTATATGCCAACAAAATATGTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTTCCCCTACCTGAGCAAATATTTATATGCCAACAAAATATGTGG  900

seq1  CAGAGCCCATGAAAATGCATAG-TTCCAAGTCTATCATAAGTTACCCATT  949
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCCATGAAAATGCATAGTTTCCAAGTCTATCATAAGTTACCCATT  950

seq1  ATGCATATGCTTATGAAATGTCTGAAATATACAAGAATTGGACATCAAAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  ATGCATATGCTTATGAAATGTCTGAAATATACAAG-ATTGGACATC-AAC  998

seq1  TCCCTGCCCCCTCTATGTA-TGTATTCATGCATGAGTGTGTGGATAACAT  1048
      | |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-CCTG-CCCCTCTATGTATTGTATTCATGCATGAGTGTGTGGATAACAT  1046

seq1  AACTTTTTACACAGCATTTTTTTAAACTAAACTTTGGCTTGTTTGGATAT  1098
       || |||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||  |||| 
seq2  -ACCTTTTAC-CAGCATTTTTTTAAACTAAACCTTTGCCTGTT--GATA-  1091

seq1  TTTAGATAGACTGGCTGGTCAGCAAGAAACTGTGAAACTTTTCCTTCCAA  1148
      |||||||  |||||||||||||| || |||||||  ||||   | ||  |
seq2  TTTAGATGAACTGGCTGGTCAGC-AGGAACTGTG-TACTT---CATC--A  1134

seq1  GTAGTGTTACAGGTGTGTGTTCTTCAGCAGG-CTTTATATGGGTCATGA  1196
      ||| |||||||||   ||| || ||  |||| |||||||||| ||||||
seq2  GTA-TGTTACAGG---GTGGTC-TCGACAGGCCTTTATATGGATCATGA  1178


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |