BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237M13
Chromosome4 (Build37)
Map Location 57,154,667 - 57,250,412
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEpb4.1l4b
Upstream geneActl7b, Actl7a, Ikbkap, BC026590, Ctnnal1, D730040F13Rik, 6430704M03Rik
Downstream genePtpn3, LOC100041460, 1700042G15Rik, LOC100041342, LOC619973, LOC667049, Palm2, LOC100041513, Akap2, D630039A03Rik, Txn1, Txndc8, Svep1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237M13.bB6Ng01-237M13.g
ACCGA048650GA048651
length1,182853
definitionB6Ng01-237M13.b B6Ng01-237M13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,249,225 - 57,250,412)(57,154,667 - 57,155,514)
sequence
gaattcagcaaggggactggggactcttctgctccattagatctgtcctg
ttacatagggattttgccacacacaagtcatcagtttcttattgatacca
tcttttagtatactgttaattttgaccaaatacacatacatacatacata
tatatacaatttttttaaaagctttatttagtttatgtatatgagtgcac
tgtagctgtaccgatggttgtgagccttcatgtgattgttaggaattgaa
tttttaggacctctgctctccagtcaaccccactcactcagtccctgctt
gccctagcccaaagatttatttattattatacataagtacgctgtagctg
tctgtcttcagactcaccagaagagggcgtcagatctcattatgggtggt
tgtgagccaccatgtggttgctgggatttgaactcaggatcttcagatga
acagtcagtgctctttcctgctgagccatctcaccagctccatatattat
ttttctaattttgactcttaaattgttctttttatttcacatgtatgtat
gtatgtgcaggtggtatggaggaaaacacatgtaggccaaggataatttc
tggaagtcagttttcttctgtcctgtgggactcggggattgaattcaagt
cattagacttggtggcaagcaccaagctaagccatctccccagcccttat
cccttctgatcatttggcagtcaaggaaaccacggccagcccagccctgg
agatacatctgtaggtctgtgtgttgggccctctgataggttctgtgaaa
gacgaatctgttcattattttccagggacagtggcacagttccaaatttc
tattaatagcccctgacatgtgctttagggatctgccacattaagccttg
ctgccagcttccctaactttaatttgacagccttaatcagtggtcatgtg
gcttctgatataactgactcggggaataggtctcctggtgatgctatagt
gactttgatcagaggtgatgccgcagtcgaatactgttaaacttagaacc
gaatttcaactggtatttatttggttctgtttgtttcatcagctggtctt
gggcatagggaaatacatggaatgtttagacactcagagcatgttgtaat
gaaatgcagaacctgttactgctaccgacttc
gaattcctaccacccagttacagactgtccggaggcctaaacactccgga
caatctgtaactcatctaaagctcaattactgcggtgtcttcagtcatgc
ccaaagattcccgaaggcaccgtctgccgcagcgcagtgggcgcccgtta
gtgcagcgtttgataggatctgactggccccttcggccaaaaaggctctt
ttggcggctggactccctgtcggagacactggcgctggcctagcttgcca
ctggaactgggcccgggtgcaaccacctgtgggtgtgtgaaccggacgca
ggccctggtgctgccaccccgggatgccctgaacgaaccacgcaaactgc
cgggtgtgggagagagtgggtaggccagtccagaggggaccggggccaac
tcccagcacgccaaggcttatctctccgttcaaagcggacctggcctgag
ttggctcccaagtcgctccactccctgcgaggttgtgagccagggagcac
tttgggataggctccctatgggggccatccacggggaatcgggagaaggc
agagcggcaaaactgttccctaagcctcttcccaaacttggggcacctgc
tgagcagcaggcaaggatttcttctccaccaaggcctgatacccaaagcg
ggataccccggaacagccctgcgtcgcttgaaaaattctactcaatccag
cagccgaaggccaacattggcagggaatgccagccacctgcgccaagggg
aggggacgtatggacgtgtgcatggggatagcatgggggtaggagtgagg
cacaaaaatccctaggtggtcgcccaaagaagggcgccgcaacccctgcg
gtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_57249225_57250412
seq2: B6Ng01-237M13.b_50_1231 (reverse)

seq1  GAAGTCTGGTTAGCAGTAACA-GTTCTGGCATTTTCTAATTTTACACCAT  49
      ||||||  | ||||||||||| ||||| ||||||       ||||| |||
seq2  GAAGTC--GGTAGCAGTAACAGGTTCT-GCATTT-----CATTACAACAT  42

seq1  GCTCTGA-TGTCTTAAACATTCCATGTATTTCCTTATGCCCCAAGACCAG  98
      ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  GCTCTGAGTGTC-TAAACATTCCATGTATTTCCCTATG-CCCAAGACCAG  90

seq1  CTGATGAAAACAACAGAA-CAAATAAATA-CAG-TGAAATTCCGGTTCT-  144
      |||||||||  ||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||| 
seq2  CTGATGAAACAAACAGAACCAAATAAATACCAGTTGAAATT-CGGTTCTA  139

seq1  AGTTT-ACAGTA-TCGACTGCGGCCTTCACTCTGATCAAAGTTCACTATA  192
      ||||| |||||| ||||||||||| |   |||||||||||| ||||||||
seq2  AGTTTAACAGTATTCGACTGCGGCATCACCTCTGATCAAAG-TCACTATA  188

seq1  GCATCACCAGGAGACCTATTCCCCCGAGGTCAGTTATATCAGAAGCCACA  242
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCACCAGGAGACCTATT-CCCCGA-GTCAGTTATATCAGAAGCCACA  236

seq1  TGACCACTGATTAAGGCTGTCAAATTAAAGTTAGGGAAGCTGGCAGCAAG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCACTGATTAAGGCTGTCAAATTAAAGTTAGGGAAGCTGGCAGCAAG  286

seq1  GCTTAATGTGGCAGATCCCTAAAGCACATGTCAGGGGCTATTAATAGAAA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAATGTGGCAGATCCCTAAAGCACATGTCAGGGGCTATTAATAGAAA  336

seq1  TTTGGAACTGTGCCACTGTCCCTGGAAAATAATGAACAGATTCGTCTTTC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAACTGTGCCACTGTCCCTGGAAAATAATGAACAGATTCGTCTTTC  386

seq1  ACAGAACCTATCAGAGGGCCCAACACACAGACCTACAGATGTATCTCCAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAACCTATCAGAGGGCCCAACACACAGACCTACAGATGTATCTCCAG  436

seq1  GGCTGGGCTGGCCGTGGTTTCCTTGACTGCCAAATGATCAGAAGGGATAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGCTGGCCGTGGTTTCCTTGACTGCCAAATGATCAGAAGGGATAA  486

seq1  GGGCTGGGGAGATGGCTTAGCTTGGTGCTTGCCACCAAGTCTAATGACTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGGGAGATGGCTTAGCTTGGTGCTTGCCACCAAGTCTAATGACTT  536

seq1  GAATTCAATCCCCGAGTCCCACAGGACAGAAGAAAACTGACTTCCAGAAA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCCCCGAGTCCCACAGGACAGAAGAAAACTGACTTCCAGAAA  586

seq1  TTATCCTTGGCCTACATGTGTTTTCCTCCATACCACCTGCACATACATAC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCTTGGCCTACATGTGTTTTCCTCCATACCACCTGCACATACATAC  636

seq1  ATACATGTGAAATAAAAAGAACAATTTAAGAGTCAAAATTAGAAAAATAA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTGAAATAAAAAGAACAATTTAAGAGTCAAAATTAGAAAAATAA  686

seq1  TATATGGAGCTGGTGAGATGGCTCAGCAGGAAAGAGCACTGACTGTTCAT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGGAGCTGGTGAGATGGCTCAGCAGGAAAGAGCACTGACTGTTCAT  736

seq1  CTGAAGATCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGATCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCA  786

seq1  CCCATAATGAGATCTGACGCCCTCTTCTGGTGAGTCTGAAGACAGACAGC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAATGAGATCTGACGCCCTCTTCTGGTGAGTCTGAAGACAGACAGC  836

seq1  TACAGCGTACTTATGTATAATAATAAATAAATCTTTGGGCTAGGGCAAGC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCGTACTTATGTATAATAATAAATAAATCTTTGGGCTAGGGCAAGC  886

seq1  AGGGACTGAGTGAGTGGGGTTGACTGGAGAGCAGAGGTCCTAAAAATTCA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTGAGTGAGTGGGGTTGACTGGAGAGCAGAGGTCCTAAAAATTCA  936

seq1  ATTCCTAACAATCACATGAAGGCTCACAACCATCGGTACAGCTACAGTGC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTAACAATCACATGAAGGCTCACAACCATCGGTACAGCTACAGTGC  986

seq1  ACTCATATACATAAACTAAATAAAGCTTTTAAAAAAATTGTATATATATG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATATACATAAACTAAATAAAGCTTTTAAAAAAATTGTATATATATG  1036

seq1  TATGTATGTATGTGTATTTGGTCAAAATTAACAGTATACTAAAAGATGGT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTATGTGTATTTGGTCAAAATTAACAGTATACTAAAAGATGGT  1086

seq1  ATCAATAAGAAACTGATGACTTGTGTGTGGCAAAATCCCTATGTAACAGG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATAAGAAACTGATGACTTGTGTGTGGCAAAATCCCTATGTAACAGG  1136

seq1  ACAGATCTAATGGAGCAGAAGAGTCCCCAGTCCCCTTGCTGAATTC  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATCTAATGGAGCAGAAGAGTCCCCAGTCCCCTTGCTGAATTC  1182

seq1: chr4_57154667_57155514
seq2: B6Ng01-237M13.g_68_920

seq1  GAATTCCTACCACCCAGTTACAGACTGTCCGGAGGCCTAAACACTCCGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACCACCCAGTTACAGACTGTCCGGAGGCCTAAACACTCCGGA  50

seq1  CAATCTGTAACTCATCTAAAGCTCAATTACTGCGGTGTCTTCAGTCATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTGTAACTCATCTAAAGCTCAATTACTGCGGTGTCTTCAGTCATGC  100

seq1  CCAAAGATTCCCGAAGGCACCGTCTGCCGCAGCGCAGTGGGCGCCCGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGATTCCCGAAGGCACCGTCTGCCGCAGCGCAGTGGGCGCCCGTTA  150

seq1  GTGCAGCGTTTGATAGGATCTGACTGGCCCCTTCGGCCAAAAAGGCTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGCGTTTGATAGGATCTGACTGGCCCCTTCGGCCAAAAAGGCTCTT  200

seq1  TTGGCGGCTGGACTCCCTGTCGGAGACACTGGCGCTGGCCTAGCTTGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCGGCTGGACTCCCTGTCGGAGACACTGGCGCTGGCCTAGCTTGCCA  250

seq1  CTGGAACTGGGCCCGGGTGCAACCACCTGTGGGTGTGTGAACCGGACGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAACTGGGCCCGGGTGCAACCACCTGTGGGTGTGTGAACCGGACGCA  300

seq1  GGCCCTGGTGCTGCCACCCCGGGATGCCCTGAACGAACCACGCAAACTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTGGTGCTGCCACCCCGGGATGCCCTGAACGAACCACGCAAACTGC  350

seq1  CGGGTGTGGGAGAGAGTGGGTAGGCCAGTCCAGAGGGGACCGGGGCCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTGTGGGAGAGAGTGGGTAGGCCAGTCCAGAGGGGACCGGGGCCAAC  400

seq1  TCCCAGCACGCCAAGGCTTATCTCTCCGTTCAAAGCGGACCTGGCCTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCACGCCAAGGCTTATCTCTCCGTTCAAAGCGGACCTGGCCTGAG  450

seq1  TTGGCTCCCAAGTCGCTCCACTCCCTGCGAGGTTGTGAGCCAGGGAGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTCCCAAGTCGCTCCACTCCCTGCGAGGTTGTGAGCCAGGGAGCAC  500

seq1  TTTGGGATAGGCTCCCTATGGGGGCCATCCACGGGGAATCGGGAGAAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGATAGGCTCCCTATGGGGGCCATCCACGGGGAATCGGGAGAAGGC  550

seq1  AGAGCGGCAAAACTGTTCCCTAAGCCTCTTCCCAAACTTGGGGCACCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGGCAAAACTGTTCCCTAAGCCTCTTCCCAAACTTGGGGCACCTGC  600

seq1  TGAGCAGCAGGCAAGGATTTCTTCTCCACCAAGGCCTGATACCCAAAGCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGCAGGCAAGGATTTCTTCTCCACCAAGGCCTGATACCCAAAGCG  650

seq1  GGATACCCCGGAACAGCCCTGCGTCGCTTGAAAAATTCTACTCAATCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACCCCGGAACAGCCCTGCGTCGCTTGAAAAATTCTACTCAATCCAG  700

seq1  CAGCCGAAGGCCAACATTGGCAGGGAATGCCAGCCACCTGCGCCAAGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCGAAGGCCAACATTGGCAGGGAATGCCAGCCACCTGCGCCAAGGGG  750

seq1  AGGGGACGTAGGGACGTGTGCAT-GGGATAGCAT-GGGGTAGGAGTGAGG  798
      |||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGGGGACGTATGGACGTGTGCATGGGGATAGCATGGGGGTAGGAGTGAGG  800

seq1  CACAAAAAT-CCTAGGTGGTCG-CCAAAGAAGGGCGCCGCAA-CCCTGCG  845
      ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CACAAAAATCCCTAGGTGGTCGCCCAAAGAAGGGCGCCGCAACCCCTGCG  850

seq1  GTT  848
      |||
seq2  GTT  853