BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238G22
Chromosome4 (Build37)
Map Location 94,498,124 - 94,664,506
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTek, 4930579C15Rik, LOC100039252, Mysm1
Upstream gene5830433M19Rik, Plaa, LOC667250, Lrrc19, Ift74
Downstream geneLOC100039265, LOC665029, Jun, LOC100042411, 2310009E04Rik, Hook1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238G22.bB6Ng01-238G22.g
ACCGA049129GA049130
length1,1091,116
definitionB6Ng01-238G22.b B6Ng01-238G22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,498,124 - 94,499,222)(94,663,412 - 94,664,506)
sequence
gaattcacaatatagctcaccctgacctctgtcataattcttatgcttca
gcctctggagtactgatttacatgtatgagtaatgcctcgtagaatattt
atcgatttattggtggtattcagtggccttgcattgtgtaaatagaggag
ttatcaatttgtgcagactcctcgatggtaacctggcttccagctctctg
ccactcagtgccctcctttgaaatagtagagtgacctttataacattctc
ctcttgtcctttgagttgttcagtgtgtttagtcaccttgctactatctc
ctgatgagtgttttatacttgcaagttcttgtgtgttctgtagcaagtca
caactgtttaggtgtcctcgtcacttagaccaattcccaagacaaccact
tagggaggaaaggtgtgctctggttcatggtttcagatggtttgatccat
ggtccttcagctctgtctgtgtgggcaggacatactggtggagggggctt
gtagcaaagggatcttcttctctttatggtagacatgaagagcaggatag
aggaaaggaccaggtaccaaaacaaccactaagtacccacatccaataag
ttaatcatctccctaagttttgcttctctagaatgtcttaaagatgaacc
gccctctaagagccaagtcttcagtatatgagttcttcaggggacagttt
gtatccaaactatactagcttccaaacacagaagccttgaactctaagtc
ccaaagctcttattgctctagccccttatgacagaagttcattgcccagg
cttaaagtaccaatgcctagcagctaagttacagctcttgggctttggtt
gtttggtccctagatgctttatcttaatggctctcttgggcctttctgat
gctggggtttgtagtccttgcaagcatgactctcaccccacccaacccct
accccgctccttagatcctctttcatttgtacagttccaggattcctgct
atctcacactttctttattacttccactatctgttcttacactgcatggt
agaacttctgacctccattttctctgtaaacttctcctaaatttgccttc
tagggttac
gaattctcatgttaaagacaggactgaattcccagaggccacttcagaac
ttgtttcattcaaggacccccctccctctgttccagtttctgtacgttct
ataagaccatcttcatggctgaactgttcaatctcggcgatcggagctta
gaagaaccgcaaagactatgtactctgtactctctgtactggtatatatt
gtcaacttgatacaaaccaggccatttgggaagagtgcacttcaagtgag
aaattgctagcatcagtttggcttttggggaaattttcttgattaatgat
tgctaagggagagcccagttcgctataggtggtgccacctctggaaacat
gttcccaggtggtataagaaagcaggctgagcaagccaggaagcagtgtt
cctctgtggcctctggttcagctcccacccccaggttcctgccgtgagat
cctgtcttggcttcactcaaggtactgtatcctgggatatgtaagccaaa
tagactctttcctctgagctcagatataaaaagtacctgtgccctgcacc
aactcctggccaagctttttccacttctatcaccttcagtttcttctgta
gcatttcatccttccaaaagactcctgacattctgcgtagtgaaactgag
gcctagcaagcacaaaaacactggtcccccttatgtgtggtttcagctgc
cagcagtcaactgaatttctgatatacagaattcaaaactagacaattca
cggtttttttcttttttgggaaacttttctattagatattttctttattt
atatttcaaatgttatcccctttcctggtttcccctccaaaaacccccta
tcccctctgtggaaagctgtgcaacaatgggccattacaagatggcgctg
gcttcctcagtgcctaactagtaagcaagcaatgtgcgcagtgctgagta
aattcgtgccaagtcactgcccatctcggacgtagagtgggggttgatga
gctgagccactaatcaaggagcttgacacgtcacaacggagggttattta
agcaagctcctttttccggttcgggtcttttcctgaagtaaagcaaataa
agccttttcctagaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_94498124_94499222
seq2: B6Ng01-238G22.b_45_1153

seq1  GAATTCACAATATAGCTCACCCTGACCTCTGTCATAATTCTTATGCTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAATATAGCTCACCCTGACCTCTGTCATAATTCTTATGCTTCA  50

seq1  GCCTCTGGAGTACTGATTTACATGTATGAGTAATGCCTCGTAGAATATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGGAGTACTGATTTACATGTATGAGTAATGCCTCGTAGAATATTT  100

seq1  ATCGATTTATTGGTGGTATTCAGTGGCCTTGCATTGTGTAAATAGAGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGATTTATTGGTGGTATTCAGTGGCCTTGCATTGTGTAAATAGAGGAG  150

seq1  TTATCAATTTGTGCAGACTCCTCGATGGTAACCTGGCTTCCAGCTCTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAATTTGTGCAGACTCCTCGATGGTAACCTGGCTTCCAGCTCTCTG  200

seq1  CCACTCAGTGCCCTCCTTTGAAATAGTAGAGTGACCTTTATAACATTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCAGTGCCCTCCTTTGAAATAGTAGAGTGACCTTTATAACATTCTC  250

seq1  CTCTTGTCCTTTGAGTTGTTCAGTGTGTTTAGTCACCTTGCTACTATCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTCCTTTGAGTTGTTCAGTGTGTTTAGTCACCTTGCTACTATCTC  300

seq1  CTGATGAGTGTTTTATACTTGCAAGTTCTTGTGTGTTCTGTAGCAAGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGAGTGTTTTATACTTGCAAGTTCTTGTGTGTTCTGTAGCAAGTCA  350

seq1  CAACTGTTTAGGTGTCCTCGTCACTTAGACCAATTCCCAAGACAACCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTTTAGGTGTCCTCGTCACTTAGACCAATTCCCAAGACAACCACT  400

seq1  TAGGGAGGAAAGGTGTGCTCTGGTTCATGGTTTCAGATGGTTTGATCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGGAAAGGTGTGCTCTGGTTCATGGTTTCAGATGGTTTGATCCAT  450

seq1  GGTCCTTCAGCTCTGTCTGTGTGGGCAGGACATACTGGTGGAGGGGGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTCAGCTCTGTCTGTGTGGGCAGGACATACTGGTGGAGGGGGCTT  500

seq1  GTAGCAAAGGGATCTTCTTCTCTTTATGGTAGACATGAAGAGCAGGATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAAAGGGATCTTCTTCTCTTTATGGTAGACATGAAGAGCAGGATAG  550

seq1  AGGAAAGGACCAGGTACCAAAACAACCACTAAGTACCCACATCCAATAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGGACCAGGTACCAAAACAACCACTAAGTACCCACATCCAATAAG  600

seq1  TTAATCATCTCCCTAAGTTTTGCTTCTCTAGAATGTCTTAAAGATGAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCATCTCCCTAAGTTTTGCTTCTCTAGAATGTCTTAAAGATGAACC  650

seq1  GCCCTCTAAGAGCCAAGTCTTCAGTATATGAGTTCTTCAGGGGACAGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTAAGAGCCAAGTCTTCAGTATATGAGTTCTTCAGGGGACAGTTT  700

seq1  GTATCCAAACTATACTAGCTTCCAAACACAGAAGCCTTGAACTCTAAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCAAACTATACTAGCTTCCAAACACAGAAGCCTTGAACTCTAAGTC  750

seq1  CCAAAGCTCTTATTGCTCTAGCCCCTTATGACAGAAGTTCATTGCCCAGG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCAAAGCTCTTATTGCTCTAGCCCCTTATGACAGAAGTTCATTGCCCA-G  799

seq1  GCTTAAAGTACCAATGCCTAGCAGCTAAGTTACAGCTCTTGGGCTTTGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAAGTACCAATGCCTAGCAGCTAAGTTACAGCTCTTGGGCTTTGGT  849

seq1  TGTTTGGTCCCTAGATGCTTTATCTTAATGGCTCTCTTGGGCCTTTCTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGTCCCTAGATGCTTTATCTTAATGGCTCTCTTGGGCCTTTCTGA  899

seq1  TGCTGGGGTTTGTAGTCCTTGCAAGCATGACTCTCACCCCACCCCACCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
seq2  TGCTGGGGTTTGTAGTCCTTGCAAGCATGACTCTCACCCCA-CCCAACCC  948

seq1  CTACCCCGCTCCTTAGATCCTCTTTCATTTGTACAGTCCCAGGATTCCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTACCCCGCTCCTTAGATCCTCTTTCATTTGTACAGTTCCAGGATTCCTG  998

seq1  CTATCTCACACTTTC-TTAATACTTCCACTATCTGT--CTACACTGCAT-  1046
      ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||   |||||||||| 
seq2  CTATCTCACACTTTCTTTATTACTTCCACTATCTGTTCTTACACTGCATG  1048

seq1  GTAGA--CTCTGACCTCCA-TTTCTCTGTAAAC-TCT-CTAA--TTG-CT  1088
      |||||   ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||  ||| ||
seq2  GTAGAACTTCTGACCTCCATTTTCTCTGTAAACTTCTCCTAAATTTGCCT  1098

seq1  TCTAGGGTTAC  1099
      |||||||||||
seq2  TCTAGGGTTAC  1109

seq1: chr4_94663412_94664506
seq2: B6Ng01-238G22.g_83_1183 (reverse)

seq1  CTTCTAGGGCAAAGCTTTA-TTGC-TTACTTCTCAGGAAGA-CCCCGAAC  47
      ||||||||  || |||||| |||| |||||  ||||||| |  |||||| 
seq2  CTTCTAGGAAAAGGCTTTATTTGCTTTACT--TCAGGAAAAGACCCGAA-  47

seq1  CCGGAAAAAGGAGC-TGCTTAAATACCCCTCCG-TGTGACGTGTC-AGCT  94
      |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||
seq2  CCGGAAAAAGGAGCTTGCTTAAATAACCCTCCGTTGTGACGTGTCAAGCT  97

seq1  CC-TGATTAGTTGCTC-GCTCATCA--CCCCACTCCTACGTCCCGAGATG  140
      || |||||||| |||| ||||||||  ||||||| |||||| ||||||||
seq2  CCTTGATTAGTGGCTCAGCTCATCAACCCCCACT-CTACGT-CCGAGATG  145

seq1  GGCAGTGACTTGGCACGAATTTACTCCAGCACCTGCGCACATTGCTTGCT  190
      ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTGACTTGGCACGAATTTACT-CAGCA-CTGCGCACATTGCTTGCT  193

seq1  TACTAGTTAGGCACTGAGGAAGCCAGCGCCATCTTGTAATGG-CCATTG-  238
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  TACTAGTTAGGCACTGAGGAAGCCAGCGCCATCTTGTAATGGCCCATTGT  243

seq1  TGCACAGCTTTCCACAGAGGGGATAGGGGGTTTTTGGAGGGGAAACCAGG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGCTTTCCACAGAGGGGATAGGGGGTTTTTGGAGGGGAAACCAGG  293

seq1  AAAGGGGATAACATTTGAAATATAAATAAAGAAAATATCTAATAGAAAAG  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGATAACATTTGAAATATAAATAAAGAAAATATCTAATAGAAAAG  343

seq1  TTTCCCAAAAAAG-AAAAAACCGTGAATTGTCTAGTTTTGAATTCTGTAT  387
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAAAAAAGAAAAAAACCGTGAATTGTCTAGTTTTGAATTCTGTAT  393

seq1  ATCAGAAATTCAGTTGACTGCTGGCAGCTGAAACCACACATAAGGGGGAC  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAATTCAGTTGACTGCTGGCAGCTGAAACCACACATAAGGGGGAC  443

seq1  CAGTGTTTTTGTGCTTGCTAGGCCTCAGTTTCACTACGCAGAATGTCAGG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTTTTGTGCTTGCTAGGCCTCAGTTTCACTACGCAGAATGTCAGG  493

seq1  AGTCTTTTGGAAGGATGAAATGCTACAGAAGAAACTGAAGGTGATAGAAG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTTGGAAGGATGAAATGCTACAGAAGAAACTGAAGGTGATAGAAG  543

seq1  TGGAAAAAGCTTGGCCAGGAGTTGGTGCAGGGCACAGGTACTTTTTATAT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAAAGCTTGGCCAGGAGTTGGTGCAGGGCACAGGTACTTTTTATAT  593

seq1  CTGAGCTCAGAGGAAAGAGTCTATTTGGCTTACATATCCCAGGATACAGT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTCAGAGGAAAGAGTCTATTTGGCTTACATATCCCAGGATACAGT  643

seq1  ACCTTGAGTGAAGCCAAGACAGGATCTCACGGCAGGAACCTGGGGGTGGG  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGAGTGAAGCCAAGACAGGATCTCACGGCAGGAACCTGGGGGTGGG  693

seq1  AGCTGAACCAGAGGCCACAGAGGAACACTGCTTCCTGGCTTGCTCAGCCT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAACCAGAGGCCACAGAGGAACACTGCTTCCTGGCTTGCTCAGCCT  743

seq1  GCTTTCTTATACCACCTGGGAACATGTTTCCAGAGGTGGCACCACCTATA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTTATACCACCTGGGAACATGTTTCCAGAGGTGGCACCACCTATA  793

seq1  GCGAACTGGGCTCTCCCTTAGCAATCATTAATCAAGAAAATTTCCCCAAA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAACTGGGCTCTCCCTTAGCAATCATTAATCAAGAAAATTTCCCCAAA  843

seq1  AGCCAAACTGATGCTAGCAATTTCTCACTTGAAGTGCACTCTTCCCAAAT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAACTGATGCTAGCAATTTCTCACTTGAAGTGCACTCTTCCCAAAT  893

seq1  GGCCTGGTTTGTATCAAGTTGACAATATATACCAGTACAGAGAGTACAGA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGTTTGTATCAAGTTGACAATATATACCAGTACAGAGAGTACAGA  943

seq1  GTACATAGTCTTTGCGGTTCTTCTAAGCTCCGATCGCCGAGATTGAACAG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATAGTCTTTGCGGTTCTTCTAAGCTCCGATCGCCGAGATTGAACAG  993

seq1  TTCAGCCATGAAGATGGTCTTATAGAACGTACAGAAACTGGAACAGAGGG  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCCATGAAGATGGTCTTATAGAACGTACAGAAACTGGAACAGAGGG  1043

seq1  AGGGGGGTCCTTGAATGAAACAAGTTCTGAAGTGGCCTCTGGGAATTCAG  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGGTCCTTGAATGAAACAAGTTCTGAAGTGGCCTCTGGGAATTCAG  1093

seq1  TCCTGTCT  1095
      ||||||||
seq2  TCCTGTCT  1101