BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238I05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 72,594,171 - 72,704,434
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667713
Upstream geneTle1, Aldoa-ps2, EG384113
Downstream geneLOC100039698, OTTMUSG00000001246, LOC100039726, LOC667722, LOC623115, OTTMUSG00000000281, OTTMUSG00000000280, OTTMUSG00000000282, OTTMUSG00000000283, Gm428, Rasef, LOC667768, LOC545637, LOC623272, OTTMUSG00000014862, OTTMUSG00000004010, 2310002L09Rik, Frmd3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238I05.bB6Ng01-238I05.g
ACCGA049187GA049188
length1,0921,141
definitionB6Ng01-238I05.b B6Ng01-238I05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,703,340 - 72,704,434)(72,594,171 - 72,595,301)
sequence
gaattcttcttctcagactggtacagattccattttatgaggtttcaata
tagtgacacttgcaaagtcacaagcccttcatttaaaaaaaaatagcatt
ttttcccttcaggttcctctttctggttggatctatgtgttcatttttgg
agaatgactcattgccaagatgttacctagctccagtctctgcttggttt
tgtattcactgcagaaagacatttaacaaaaggcacttttattccttggt
agctattatctcagttagccagtgcttacagatttcatttcagtgttgac
aataactgacttttcaagatgaggctgagtattttgacttgtaagtatca
tttaattgatacttaaatgataatttgacatcacagagctcaaggtggaa
gtataaaggaagttgtaattgtaacgaaggtgagaattctttcttacaaa
gcaaacttcacaagcattttcctggataaattcaggtcttcatatgtcac
cacagggtggcagtatctactgatgagataacattaaagtaacaaccaca
tgaatgcttaagtgagcattgctaaggaaatcatcatctcgatattcaga
ggagatctcaagtccataagctagtagttttgtctcatatgtaatataat
tttactctggagtggagcatagcttcccattgataccaaactacaacatt
cattccatatgaggcagttgaacttctagtactgaacttctagataacag
gattattgtacatgttaggcagatgtacatgctgtaaaggcttatttttc
ccccagtaaaatataaaatcatactttcagcaaggcttagaggaaataaa
gacatagaattagagaattaagaattctgcgtttaacaaacatcctgaaa
atattgacaatgttattgggcagattgataatgtatttctcacacagaat
ttctacttatgcttaaagagtgatgtcaaaaagaaactactgaatttaag
taagctcctaaaaacatgataactgtgacaggcaaggtttgtcagcgaat
aaaggcatttggcttgacaggttggacgaccttaaaattcag

gaattctctccacttcaaaagatccgtttcttttttgtggattgaatcag
aatgggtccagagacttagtagtcatttggtgaactgattagaaaaattt
aggagttgtggctttgttagagaagacatgtcaatgagcttgggctttga
gcctatgccaggccctgaaatattctctctcaccttctcccttctctctc
tctctctctctctctctctctgtctctctccctgctgcctaaagaactat
gtttagctctcagttactattctagaatgatgtgtgttaccatgcttctg
tcacactgcaccatgacaaaatggactaatttctgaaactgtaaatgaga
ctacaattaaacgttttgtttttataaaaattgtcatggtcattgtatct
cttcaaatcaatacaacagtgactaagacaatcctccaagaatgactcct
ctctgggaaagcatatagttattacatgattgcaactgggctataacaat
tcaagcatccatgcctttgagaatgtatgtgtaatgtacatttctaaaca
cccagaagactggtaatgatatatgtgtggacataagcaaagttttagct
ttattagcttttttattttaaaaaaattccattatttttaaaatatacaa
tttcctgttaatctaaaagaattactttgaagctgaatatgagcttattt
tagctatatggattataatttatttcactataatgaatcttgataagtat
gtatctgtgaaaatgtttttgccatagagtatattttgtgggaacacatt
atggcataaagccttctgattaggaatctatgtacatagaagagaaagta
ctactacatactatggtggattggaaaagaaagtggtgtcccatgggacc
catatattttgaagaagttcttgaatttgtggcaatgtttgggaaggtta
tggagaattttaggaaaatgagctttgctggaataatatctgtcactgtg
tgatggacttggatagtttataatattgccaggttgcaagttattttctt
atgcttaatcttgtatgaataagatggcaattatttaagcacccttgctc
tgttcaactctacttaatgaattttcacaaatatggcctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_72703340_72704434
seq2: B6Ng01-238I05.b_42_1133 (reverse)

seq1  CTGAATTTTAA-GTCGTCAAACTTGTCA--GCAAATGCCTTTATCTGCTG  47
      ||||||||||| |||||| ||| |||||   |||||||||||||  ||||
seq2  CTGAATTTTAAGGTCGTCCAACCTGTCAAGCCAAATGCCTTTATTCGCTG  50

seq1  ACAAACCTTGCCTGTCACAAGTTATCATGTTTTTAAGGAGCTTACTTAAA  97
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACAAACCTTGCCTGTCAC-AGTTATCATGTTTTT-AGGAGCTTACTTAAA  98

seq1  ATTCCAGTAGTTTCTTTTTTGACATCACTCTTTAAGCATAAGTAGAAATT  147
        | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  --TTCAGTAGTTTC-TTTTTGACATCACTCTTTAAGCATAAGTAGAAATT  145

seq1  CTGTGTGAGAAATACATTATCAATCTGCCCAATAACATTGTCAATATTTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGAGAAATACATTATCAATCTGCCCAATAACATTGTCAATATTTT  195

seq1  CCAGGATGTTTGTTAAACGCAGAATTCTTAATTCTCTAATTCTATGTCTT  247
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CAGGATGTTTGTTAAACGCAGAATTCTTAATTCTCTAATTCTATGTCTT  244

seq1  TATTTCCTCTAAGCCTTGCTGAAAGTATGATTTTATATTTTACTGGGGGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCCTCTAAGCCTTGCTGAAAGTATGATTTTATATTTTACTGGGGGA  294

seq1  AAAATAAGCCTTTACAGCATGTACATCTGCCTAACATGTACAATAATCCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGCCTTTACAGCATGTACATCTGCCTAACATGTACAATAATCCT  344

seq1  GTTATCTAGAAGTTCAGTACTAGAAGTTCAACTGCCTCATATGGAATGAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCTAGAAGTTCAGTACTAGAAGTTCAACTGCCTCATATGGAATGAA  394

seq1  TGTTGTAGTTTGGTATCAATGGGAAGCTATGCTCCACTCCAGAGTAAAAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTAGTTTGGTATCAATGGGAAGCTATGCTCCACTCCAGAGTAAAAT  444

seq1  TATATTACATATGAGACAAAACTACTAGCTTATGGACTTGAGATCTCCTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTACATATGAGACAAAACTACTAGCTTATGGACTTGAGATCTCCTC  494

seq1  TGAATATCGAGATGATGATTTCCTTAGCAATGCTCACTTAAGCATTCATG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATCGAGATGATGATTTCCTTAGCAATGCTCACTTAAGCATTCATG  544

seq1  TGGTTGTTACTTTAATGTTATCTCATCAGTAGATACTGCCACCCTGTGGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTTACTTTAATGTTATCTCATCAGTAGATACTGCCACCCTGTGGT  594

seq1  GACATATGAAGACCTGAATTTATCCAGGAAAATGCTTGTGAAGTTTGCTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATGAAGACCTGAATTTATCCAGGAAAATGCTTGTGAAGTTTGCTT  644

seq1  TGTAAGAAAGAATTCTCACCTTCGTTACAATTACAACTTCCTTTATACTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGAAAGAATTCTCACCTTCGTTACAATTACAACTTCCTTTATACTT  694

seq1  CCACCTTGAGCTCTGTGATGTCAAATTATCATTTAAGTATCAATTAAATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTGAGCTCTGTGATGTCAAATTATCATTTAAGTATCAATTAAATG  744

seq1  ATACTTACAAGTCAAAATACTCAGCCTCATCTTGAAAAGTCAGTTATTGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTACAAGTCAAAATACTCAGCCTCATCTTGAAAAGTCAGTTATTGT  794

seq1  CAACACTGAAATGAAATCTGTAAGCACTGGCTAACTGAGATAATAGCTAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACTGAAATGAAATCTGTAAGCACTGGCTAACTGAGATAATAGCTAC  844

seq1  CAAGGAATAAAAGTGCCTTTTGTTAAATGTCTTTCTGCAGTGAATACAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAATAAAAGTGCCTTTTGTTAAATGTCTTTCTGCAGTGAATACAAA  894

seq1  ACCAAGCAGAGACTGGAGCTAGGTAACATCTTGGCAATGAGTCATTCTCC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGCAGAGACTGGAGCTAGGTAACATCTTGGCAATGAGTCATTCTCC  944

seq1  AAAAATGAACACATAGATCCAACCAGAAAGAGGAACCTGAAGGGAAAAAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGAACACATAGATCCAACCAGAAAGAGGAACCTGAAGGGAAAAAA  994

seq1  TGCTATTTTTTTTTAAATGAAGGGCTTGTGACTTTGCAAGTGTCACTATA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTTTTTTTTAAATGAAGGGCTTGTGACTTTGCAAGTGTCACTATA  1044

seq1  TTGAAACCTCATAAAATGGAATCTGTACCAGTCTGAGAAGAAGAATTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAACCTCATAAAATGGAATCTGTACCAGTCTGAGAAGAAGAATTC  1092


seq1: chr4_72594171_72595301
seq2: B6Ng01-238I05.g_66_1206

seq1  GAATTCTCTCCACTTCAAAAGATCCGTTTCTTTTTTGTGGATTGAATCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCCACTTCAAAAGATCCGTTTCTTTTTTGTGGATTGAATCAG  50

seq1  AATGGGTCCAGAGACTTAGTAGTCATTTGGTGAACTGATTAGAAAAATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTCCAGAGACTTAGTAGTCATTTGGTGAACTGATTAGAAAAATTT  100

seq1  AGGAGTTGTGGCTTTGTTAGAGAAGACATGTCAATGAGCTTGGGCTTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTTGTGGCTTTGTTAGAGAAGACATGTCAATGAGCTTGGGCTTTGA  150

seq1  GCCTATGCCAGGCCCTGAAATATTCTCTCTCACCTTCTCCCTTCTCTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATGCCAGGCCCTGAAATATTCTCTCTCACCTTCTCCCTTCTCTCTC  200

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCTGCTGCCTAAAGAACTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCTGCTGCCTAAAGAACTAT  250

seq1  GTTTAGCTCTCAGTTACTATTCTAGAATGATGTGTGTTACCATGCTTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGCTCTCAGTTACTATTCTAGAATGATGTGTGTTACCATGCTTCTG  300

seq1  TCACACTGCACCATGACAAAATGGACTAATTTCTGAAACTGTAAATGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTGCACCATGACAAAATGGACTAATTTCTGAAACTGTAAATGAGA  350

seq1  CTACAATTAAACGTTTTGTTTTTATAAAAATTGTCATGGTCATTGTATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATTAAACGTTTTGTTTTTATAAAAATTGTCATGGTCATTGTATCT  400

seq1  CTTCAAATCAATACAACAGTGACTAAGACAATCCTCCAAGAATGACTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAATCAATACAACAGTGACTAAGACAATCCTCCAAGAATGACTCCT  450

seq1  CTCTGGGAAAGCATATAGTTATTACATGATTGCAACTGGGCTATAACAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGAAAGCATATAGTTATTACATGATTGCAACTGGGCTATAACAAT  500

seq1  TCAAGCATCCATGCCTTTGAGAATGTATGTGTAATGTACATTTCTAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCATCCATGCCTTTGAGAATGTATGTGTAATGTACATTTCTAAACA  550

seq1  CCCAGAAGACTGGTAATGATATATGTGTGGACATAAGCAAAGTTTTAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAAGACTGGTAATGATATATGTGTGGACATAAGCAAAGTTTTAGCT  600

seq1  TTATTAGCTTTTTTATTTTAAAAAAATTCCATTATTTTTAAAATATACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAGCTTTTTTATTTTAAAAAAATTCCATTATTTTTAAAATATACAA  650

seq1  TTTCCTGTTAATCTAAAAGAATTACTTTGAAGCTGAATATGAGCTTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGTTAATCTAAAAGAATTACTTTGAAGCTGAATATGAGCTTATTT  700

seq1  TAGCTATATGGATTATAATTTATTTCACTATAATGAATCTTGATAAGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATATGGATTATAATTTATTTCACTATAATGAATCTTGATAAGTAT  750

seq1  GTATCTGTGAAAATGTTTTTGCCATAGAGTATATTTTGTGGGAACACATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTGTGAAAATGTTTTTGCCATAGAGTATATTTTGTGGGAACACATT  800

seq1  ATGGCATAAAGCCTTCTGATTAGGAATCTATGTACATAGAAGAGAAAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCATAAAGCCTTCTGATTAGGAATCTATGTACATAGAAGAGAAAGTA  850

seq1  CTACTACATACTATGGTGGATTGGAAAAGAAAGTGGTGTCCCAT-GGACC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTACTACATACTATGGTGGATTGGAAAAGAAAGTGGTGTCCCATGGGACC  900

seq1  CATATA-TTTGAAGAAGTTCTTG-ATTTGTGGCAATGTTT-GGAAGGTTA  946
      |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  CATATATTTTGAAGAAGTTCTTGAATTTGTGGCAATGTTTGGGAAGGTTA  950

seq1  TGGAG-ATTTTAGGAAAATGAGCCTTGCTGG-ATAATATCTGTCACTGTG  994
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAATTTTAGGAAAATGAGCTTTGCTGGAATAATATCTGTCACTGTG  1000

seq1  TGATGGACTTTGATAGTTTATAATATTGCCAGGTTGCAAGTTATTTTC-T  1043
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGATGGACTTGGATAGTTTATAATATTGCCAGGTTGCAAGTTATTTTCTT  1050

seq1  ATGCTTATTC-TGTATGGATAAAGAT-GCCATTATTT-AGCACCC-TGCT  1089
      ||||||| || |||||| || ||||| || ||||||| ||||||| ||||
seq2  ATGCTTAATCTTGTATGAAT-AAGATGGCAATTATTTAAGCACCCTTGCT  1099

seq1  CTGTCAACCTCCTACT--ATGAATTTTTCACAATTATGGCCTCC  1131
      ||||  | || |||||  ||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  CTGTTCAACT-CTACTTAATGAA-TTTTCACAAATATGGCCTCC  1141


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |