BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240G05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 85,759,367 - 85,871,171
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneD530005L17Rik, LOC100040303, Sh3gl2, A930009N24, LOC668052
Downstream geneAdamtsl1, 4930500O09Rik, Rraga, 6230416J20Rik, LOC100040388, Adfp, EG624685, Dennd4c, Rps6, Asah3l, Slc24a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240G05.bB6Ng01-240G05.g
ACCGA050572GA050573
length1,134527
definitionB6Ng01-240G05.b B6Ng01-240G05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,759,367 - 85,760,505)(85,870,639 - 85,871,171)
sequence
gaattcaaggtcctagattggtcagagtagagatgagcactcagtaaaca
ggtaaacactcagcagctaagggggctggtcttatagagatgatgatggc
caggcttgaagacttgcagagatactgagaaacattgaagtgcagacatt
gtatgtgactgaaggtctcaacagagatgacagagtaaaaccactggaac
gttctctgtcgggtcttaaatgcccaaagagaacacacagaaaagcaggc
atgaccctggggagtaagcataatgatttgatggaaatctttgtgtagct
aaagcctcgtttctacttaggatagaagatgtcagatcatacactgtcca
tcatcatcacctatactttcctcctcacatacaaatgtcattcaattgtt
ggctcgttaaaacaaatggagactgattctacattcttttaatggaactg
acagcatctgttaaagttatggtatgaaaaaagttggaaatatggatgtc
tcacccttgtaaaaagctaggtttacaaccaaaacctcttgaaatggtat
gaaaagatgtcttggtggaaatgtacataaatttattgtttttttttatc
tagtcctctattcttggtagtaataactttgataacagggttggtgtttg
tttgtatatttcattttttaaaaaataaaaaacatgctgtgactcaattc
ccttatcttccttcttgtcttttgagtgtgtaggctagcagaaatagcct
gagctgtattctataggtgaactgtcagcatgttgagtagcagactgtct
gccctgtccttaaaaacacttcagtaattttcataacttcctcagtattg
ttttgagcactttcatgggccaatgcaggccgactctcacctcaaatcat
tttcaattacagtactatatgaacccaatttttacagcttggagactcaa
accgatactgattgttttatgagcatgtagtcaaatattgaaggattttt
cttctggatttgggctggtggcagaacacattgcccattaaataaataaa
taataataaataaataaataaataaattaatctccttaagaacagctcct
ttccatacctcaaccctttctatttttccacttg

acctttttcatgtcctcgttcccatcataacatctccttcaattctcatt
ttaaagtagagacaagcacttaaaataaagataaggccgacatgatgtgt
atctttggtggtctagcagttgctcatggagacaggccagccaaagtgta
tgttctgtttttcttcattcaggactgctcagtccttgttatcattagct
ctgccgtcccacaaaccctaaatcctcacgcatcacgtgcttatcctcaa
gagtatttgaaaagcttcagtttgacaccttagaatgttggtgcagggag
ctgaacacatctggcatatgtaattttgacctctttatactaataagaat
ttttttaaaatgttgtggactaagctcttcttcctataattgcaacatct
cagagtttctgattcagcttaaggacttctcacactaaaagagaatggaa
aggctcatagctgacagcaccttaaaaatggagttgggggaaggcgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_85759367_85760505
seq2: B6Ng01-240G05.b_43_1176

seq1  GAATTCAAGGTCCTAGATTGGTCAGAGTAGAGATGAGCACTCAGTAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGTCCTAGATTGGTCAGAGTAGAGATGAGCACTCAGTAAACA  50

seq1  GGTAAACACTCAGCAGCTAAGGGGGCTGGTCTTATAGAGATGATGATGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAACACTCAGCAGCTAAGGGGGCTGGTCTTATAGAGATGATGATGGC  100

seq1  CAGGCTTGAAGACTTGCAGAGATACTGAGAAACATTGAAGTGCAGACATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTGAAGACTTGCAGAGATACTGAGAAACATTGAAGTGCAGACATT  150

seq1  GTATGTGACTGAAGGTCTCAACAGAGATGACAGAGTAAAACCACTGGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGACTGAAGGTCTCAACAGAGATGACAGAGTAAAACCACTGGAAC  200

seq1  GTTCTCTGTCGGGTCTTAAATGCCCAAAGAGAACACACAGAAAAGCAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTGTCGGGTCTTAAATGCCCAAAGAGAACACACAGAAAAGCAGGC  250

seq1  ATGACCCTGGGGAGTAAGCATAATGATTTGATGGAAATCTTTGTGTAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCCTGGGGAGTAAGCATAATGATTTGATGGAAATCTTTGTGTAGCT  300

seq1  AAAGCCTCGTTTCTACTTAGGATAGAAGATGTCAGATCATACACTGTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTCGTTTCTACTTAGGATAGAAGATGTCAGATCATACACTGTCCA  350

seq1  TCATCATCACCTATACTTTCCTCCTCACATACAAATGTCATTCAATTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATCACCTATACTTTCCTCCTCACATACAAATGTCATTCAATTGTT  400

seq1  GGCTCGTTAAAACAAATGGAGACTGATTCTACATTCTTTTAATGGAACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCGTTAAAACAAATGGAGACTGATTCTACATTCTTTTAATGGAACTG  450

seq1  ACAGCATCTGTTAAAGTTATGGTATGAAAAAAGTTGGAAATATGGATGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATCTGTTAAAGTTATGGTATGAAAAAAGTTGGAAATATGGATGTC  500

seq1  TCACCCTTGTAAAAAGCTAGGTTTACAACCAAAACCTCTTGAAATGGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCTTGTAAAAAGCTAGGTTTACAACCAAAACCTCTTGAAATGGTAT  550

seq1  GAAAAGATGTCTTGGTGGAAATGTACATAAATTTATTGTTTTTTTTTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGATGTCTTGGTGGAAATGTACATAAATTTATTGTTTTTTTTTATC  600

seq1  TAGTCCTCTATTCTTGGTAGTAATAACTTTGATAACAGGGTTGGTGTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCTCTATTCTTGGTAGTAATAACTTTGATAACAGGGTTGGTGTTTG  650

seq1  TTTGTATATTTCATTTTTTAAAAAATAAAAAACATGCTGTGACTCAATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATATTTCATTTTTTAAAAAATAAAAAACATGCTGTGACTCAATTC  700

seq1  CCTTATCTTCCTTCTTGTCTTTTGAGTGTGTAGGCTAGCAGAAATAGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATCTTCCTTCTTGTCTTTTGAGTGTGTAGGCTAGCAGAAATAGCCT  750

seq1  GAGCTGTATTCTATAGGTGAACTGTCAGCATGTTGAGTAGCAGACTGTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTATTCTATAGGTGAACTGTCAGCATGTTGAGTAGCAGACTGTCT  800

seq1  GCCCTGTCCTTAAAAACACTTCAGTAATTTTCATAACTTCCTCAGTATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTCCTTAAAAACACTTCAGTAATTTTCATAACTTCCTCAGTATTG  850

seq1  TTTTGAGCACTTTCATGGGCCAATGCAGGCCGACTCTCACCTCAAATCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGCACTTTCATGGGCCAATGCAGGCCGACTCTCACCTCAAATCAT  900

seq1  TTTCAATTACAGTACTATATGAACCCAATTTTTACAGCTTGGAGACTCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATTACAGTACTATATGAACCCAATTTTTACAGCTTGGAGACTCAA  950

seq1  ACCGATACTGATTGTTTTATGAGCATGTAGTCAAATAATTGAAGGATTTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACCGATACTGATTGTTTTATGAGCATGTAGTCAAAT-ATTGAAGGATTTT  999

seq1  TCTTCCTGGATTTTGGCT-GTGGCAGAAACAACATTGCCATTAAATAAAA  1049
      |||| |||||||| |||| |||||||||   ||||||||     || |||
seq2  TCTT-CTGGATTTGGGCTGGTGGCAGAA--CACATTGCC----CATTAAA  1042

seq1  TAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATCTCC-TAAG  1098
      |||||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  TAAATAAATAA--TAATAAATAAATAAATAAATAAATTAATCTCCTTAAG  1090

seq1  ACCAGCTCTTTTCCATA-CTCA--CACTTCTATTTTTCAACTTG  1139
      | |||||| |||||||| ||||  |  ||||||||||| |||||
seq2  AACAGCTCCTTTCCATACCTCAACCCTTTCTATTTTTCCACTTG  1134


seq1: chr4_85870639_85871171
seq2: B6Ng01-240G05.g_64_596 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACGCCTTCCCCCAACTCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACGCCTTCCCCCAACTCCAT  50

seq1  TTTTAAGGTGCTGTCAGCTATGAGCCTTTCCATTCTCTTTTAGTGTGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGGTGCTGTCAGCTATGAGCCTTTCCATTCTCTTTTAGTGTGAGA  100

seq1  AGTCCTTAAGCTGAATCAGAAACTCTGAGATGTTGCAATTATAGGAAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTAAGCTGAATCAGAAACTCTGAGATGTTGCAATTATAGGAAGAA  150

seq1  GAGCTTAGTCCACAACATTTTAAAAAAATTCTTATTAGTATAAAGAGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTAGTCCACAACATTTTAAAAAAATTCTTATTAGTATAAAGAGGTC  200

seq1  AAAATTACATATGCCAGATGTGTTCAGCTCCCTGCACCAACATTCTAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTACATATGCCAGATGTGTTCAGCTCCCTGCACCAACATTCTAAGG  250

seq1  TGTCAAACTGAAGCTTTTCAAATACTCTTGAGGATAAGCACGTGATGCGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAACTGAAGCTTTTCAAATACTCTTGAGGATAAGCACGTGATGCGT  300

seq1  GAGGATTTAGGGTTTGTGGGACGGCAGAGCTAATGATAACAAGGACTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATTTAGGGTTTGTGGGACGGCAGAGCTAATGATAACAAGGACTGAG  350

seq1  CAGTCCTGAATGAAGAAAAACAGAACATACACTTTGGCTGGCCTGTCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTGAATGAAGAAAAACAGAACATACACTTTGGCTGGCCTGTCTCC  400

seq1  ATGAGCAACTGCTAGACCACCAAAGATACACATCATGTCGGCCTTATCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCAACTGCTAGACCACCAAAGATACACATCATGTCGGCCTTATCTT  450

seq1  TATTTTAAGTGCTTGTCTCTACTTTAAAATGAGAATTGAAGGAGATGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAAGTGCTTGTCTCTACTTTAAAATGAGAATTGAAGGAGATGTTA  500

seq1  TGATGGGAACGAGGACATGAAAAAGGTGAATTC  533
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGAACGAGGACATGAAAAAGGTGAATTC  533


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |