BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242P13
Chromosome4 (Build37)
Map Location 142,720,867 - 142,852,594
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrdm2, LOC666018, EG626575, LOC433776
Upstream geneEG665983, LOC546484, 6330411D24Rik
Downstream genePdpn, Lrrc38, LOC621961, Pramel1, 4732496O08Rik, Oog4, LOC666015, LOC626700, OTTMUSG00000010207, LOC100040854, LOC100040861, BC080695, LOC666049, LOC279185, LOC277668, LOC100040924, OTTMUSG00000010333, LOC277666, OTTMUSG00000010009, OTTMUSG00000010328, OTTMUSG00000010433, LOC195555, LOC194224, LOC626889, LOC329984, LOC626922, LOC626943, LOC100041127, LOC436146, Pramel4, LOC100041077, LOC100041144, Oog3, Oog2, C87977
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242P13.bB6Ng01-242P13.g
ACCGA052479GA052480
length1,1411,184
definitionB6Ng01-242P13.b B6Ng01-242P13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,720,867 - 142,722,019)(142,851,423 - 142,852,594)
sequence
gaattccaaatgtatatcaactcagcttgagaagtcaatataacaggcta
tcctagggccacatcactgtccctgagaaccatgtgtatatggggagaat
atggaataaggcagtaaggtcagctcagatctaaactgagaaacctaaca
ttataggagaagcactgagccccagggcctggcctgctcttcttccccat
tagaacctcaattgctagtctctctattgctgtaggcagagggctagagg
ggaatataaggcattttaaagatatatggtgattttattttaagcaacgt
ggaaaaaattttaaattcaaacactagcaaatggaagtattaacattaga
tatttagacatcattaactatgcttaagtcacaaactactaaacaagaga
gcactgaggttgctactggacttgtcgtcacccacttaaccctaaggagc
aatgcaggaccaggaaccaacacaggtggccttggaacactgcccaagat
gtaaattaagagaacttcatcttttcacacagggaactgggttcaagctc
cattcagaaattaaagaaatggtaccactttgtgagcactaagtctgaaa
tcattgtatttattcatcagtacagcatcaaagtagcaagggtatgccac
aagattatgccagtgccactctgctaaaaggacagacgtcctccaggcca
gctacagctctccagcagtcctcacctccccgagctctgggcttacctca
agtccttcagctcatgcctggcactgctgtcctctctcctgctttcactc
agtccgcagcagctgccagctgaaggcttcgggtgattgggcccccgctc
cgctctctagattttactatgaaccggtctgttcttttcttgctggccag
ggcagtcttgctttgtagaacagctttgctcttctgcacctttcacgtgc
aggcttcgggatgcttttgcttgagagctgagtagaatgactcttgggca
acagctttgggattttttgccctcaacatgagtatcttagccattcttac
ggactagatctcaagatgagagctgcttttttgactgactgagctgcaac
ttgacttcttgtctgaatctgaaggaaggagagcagcaggc
gaattcaagggcagagcaaactgtgccaactcctaaacttgtcctggtta
caaaccttaaaacaccctccctgctcaaagtttaatttgaatatacaatt
caaactatgaaacatgttgacgcttagagcagtggttcttaaccttctta
attctgcaaccctttaatacatttcctcatgttgtggtgaactccccctt
ccccccagaccacaaaattattttcatgggctacttcgtaattgtaattt
ttctactattatgaatcgtaatgtaaatatctgatatgcaggacatgtga
tatgagatccctgtgggggtcgcgacccacaggttgagaactgctgctcc
agagcgtcttggctttggattctgaatcatttgtccacatgtgggaagtc
tgtccatctgtgtgggtgtgcaggagcgcgtcctcacttttaatagtttg
ttgccttctgtgcttaaggtttttcctgacttttaatcccttaagaggca
gggaaaacaaagcagaccaggatcatagacagtaacatggcagtcacctg
cagcggtggctctggaggagccaagaagagcttccttgctgcctcccctc
ctctctgtcccctcctgtcctcagactcctgttgtctgttgcctggagcc
tgccctcactaggctgccaatggatcctgctaagggaagagtaagaagag
agaacatggtgtgtgtatagcacacttcctgtctgccgaatagaaatgcg
gtcacagttgaccttaggagaccacacctggcacaagtagacagtacgca
tggctgtatccctgcagtgtccatctctaggcttgtggccattgacactc
ctagctgcttgaacttgctgagatctgatttgcaggcgcctcagctctta
agcctctcgctctgctgccactcagtatccactccctcaaagttcctctc
caccgccactttcagataggcattcaaacacccttgcttgttcacagcca
cctgtcactactggtgcacttgtgcttttctggtgcactttacctggtgt
catattccttttccccagatggggcgttacactcccatattaatttttct
acgcccactacaaccaaatgcctacaattcagatagttaggcctggaaca
cagttccggaccacacatgtgtaatcagcagcgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_142720867_142722019
seq2: B6Ng01-242P13.b_46_1186

seq1  GAATTCCAAATGTATATCAACTCAGCTTGAGAAGTCAATATAACAGGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATGTATATCAACTCAGCTTGAGAAGTCAATATAACAGGCTA  50

seq1  TCCTAGGGCCACATCACTGTCCCTGAGAACCATGTGTATATGGGGAGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGGCCACATCACTGTCCCTGAGAACCATGTGTATATGGGGAGAAT  100

seq1  ATGGAATAAGGCAGTAAGGTCAGCTCAGATCTAAACTGAGAAACCTAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATAAGGCAGTAAGGTCAGCTCAGATCTAAACTGAGAAACCTAACA  150

seq1  TTATAGGAGAAGCACTGAGCCCCAGGGCCTGGCCTGCTCTTCTTCCCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGGAGAAGCACTGAGCCCCAGGGCCTGGCCTGCTCTTCTTCCCCAT  200

seq1  TAGAACCTCAATTGCTAGTCTCTCTATTGCTGTAGGCAGAGGGCTAGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCTCAATTGCTAGTCTCTCTATTGCTGTAGGCAGAGGGCTAGAGG  250

seq1  GGAATATAAGGCATTTTAAAGATATATGGTGATTTTATTTTAAGCAACGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATAAGGCATTTTAAAGATATATGGTGATTTTATTTTAAGCAACGT  300

seq1  GGAAAAAATTTTAAATTCAAACACTAGCAAATGGAAGTATTAACATTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAATTTTAAATTCAAACACTAGCAAATGGAAGTATTAACATTAGA  350

seq1  TATTTAGACATCATTAACTATGCTTAAGTCACAAACTACTAAACAAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGACATCATTAACTATGCTTAAGTCACAAACTACTAAACAAGAGA  400

seq1  GCACTGAGGTTGCTACTGGACTTGTCGTCACCCACTTAACCCTAAGGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGAGGTTGCTACTGGACTTGTCGTCACCCACTTAACCCTAAGGAGC  450

seq1  AATGCAGGACCAGGAACCAACACAGGTGGCCTTGGAACACTGCCCAAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAGGACCAGGAACCAACACAGGTGGCCTTGGAACACTGCCCAAGAT  500

seq1  GTAAATTAAGAGAACTTCATCTTTTCACACAGGGAACTGGGTTCAAGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTAAGAGAACTTCATCTTTTCACACAGGGAACTGGGTTCAAGCTC  550

seq1  CATTCAGAAATTAAAGAAATGGTACCACTTTGTGAGCACTAAGTCTGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGAAATTAAAGAAATGGTACCACTTTGTGAGCACTAAGTCTGAAA  600

seq1  TCATTGTATTTATTCATCAGTACAGCATCAAAGTAGCAAGGGTATGCCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTATTTATTCATCAGTACAGCATCAAAGTAGCAAGGGTATGCCAC  650

seq1  AAGATTATGCCAGTGCCACTCTGCTAAAAGGACAGACGTCCTCCAGGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTATGCCAGTGCCACTCTGCTAAAAGGACAGACGTCCTCCAGGCCA  700

seq1  GCTACAGCTCTCCAGCAGTCCTCACCTCCCCGAGCTCTGGGCTTACCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAGCTCTCCAGCAGTCCTCACCTCCCCGAGCTCTGGGCTTACCTCA  750

seq1  AGTCCTTCAGCTCATGCCTGGCACTGCTGTCCTCTCTCCTGCTTTCACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTCAGCTCATGCCTGGCACTGCTGTCCTCTCTCCTGCTTTCACTC  800

seq1  AGGTCCGCAGCAGCTGCCAGCTGAAGGCTTCGGGTGATTGGGCCCCCGCT  850
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GTCCGCAGCAGCTGCCAGCTGAAGGCTTCGGGTGATTGGGCCCCCGCT  849

seq1  CCGCTCTCTAGATTTTACTATGAACCGGTCTGTTCTTTTCTTGCTGGCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTCTCTAGATTTTACTATGAACCGGTCTGTTCTTTTCTTGCTGGCCA  899

seq1  GGGCAGTCTTGCTTTGTAGAACAGCTTTGCTCTTCTGCACC-TTCACGTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGGCAGTCTTGCTTTGTAGAACAGCTTTGCTCTTCTGCACCTTTCACGTG  949

seq1  CAGGCTTCGGGATGC-TTTGCTTGAGAGCTGAGTAGAATGACTCTT-GGC  997
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAGGCTTCGGGATGCTTTTGCTTGAGAGCTGAGTAGAATGACTCTTGGGC  999

seq1  AACAGCTTT-GGATTTTTTGCCCTCAACATGAGTAATCTTAGCCATTCTT  1046
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AACAGCTTTGGGATTTTTTGCCCTCAACATGAGT-ATCTTAGCCATTCTT  1048

seq1  ACGGGACTAGAATTCCTCAAGGATGAAGAGCTTGCTTTTTTGGACTTGAC  1096
      || ||||||||    ||||| |||| ||||| ||||||||| ||| ||||
seq2  AC-GGACTAGA---TCTCAA-GATG-AGAGC-TGCTTTTTT-GAC-TGAC  1089

seq1  TGAAGCTGCAAACTTGACATTCTGTCTGGATCTGAAGGATGAGGAGGGCA  1146
      || |||||| |||||||| |  |||||| ||||||||||  ||||| |||
seq2  TG-AGCTGC-AACTTGACTTCTTGTCTGAATCTGAAGGA--AGGAGAGCA  1135

seq1  GCGAGGC  1153
      || ||||
seq2  GC-AGGC  1141

seq1: chr4_142851423_142852594
seq2: B6Ng01-242P13.g_68_1251 (reverse)

seq1  GCGCTGCTGAATTCACATGTGTGGGCTCCGGAGCTGTTGTTTCAGG-CTA  49
      |||||||||| | |||||||||||  |||||| ||| |||| |||| |||
seq2  GCGCTGCTGATTACACATGTGTGG--TCCGGAACTG-TGTTCCAGGCCTA  47

seq1  CCTATCTGATGTGTAGCCTTTTTGTTGTAGTGGCTGTAG-AAAATTAATA  98
       ||||||||  ||||| | ||| ||||||||||  |||| ||||||||||
seq2  ACTATCTGAATTGTAGGCATTTGGTTGTAGTGGGCGTAGAAAAATTAATA  97

seq1  TGGGAGTGT-ACGCCCCATCTGGGGAAA--GGATATGACA-CAGGT-AAG  143
      ||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||| ||||| |||
seq2  TGGGAGTGTAACGCCCCATCTGGGGAAAAGGAATATGACACCAGGTAAAG  147

seq1  TGCA-CAGAAAGCCACAAGTGCA-CAGTAGTGACA-GTGGCTGTGAACAA  190
      |||| ||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGCACCAGAAAAGCACAAGTGCACCAGTAGTGACAGGTGGCTGTGAACAA  197

seq1  GC-AGGGTGTGTTGATGCCTTATCTGGAGGTGGCGGTGGAGAGG-ACTTT  238
      || ||||||| |  ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||
seq2  GCAAGGGTGTTTGAATGCC-TATCTGAAAGTGGCGGTGGAGAGGAACTTT  246

seq1  GAGGGAGT-GATACTGAGTGGCAGCAGAGCGAGAGGCTTAAGAGCTGAGG  287
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGTGGATACTGAGTGGCAGCAGAGCGAGAGGCTTAAGAGCTGAGG  296

seq1  CGCCTGC-AATCAGATCTCAGC-AGGTCAAGCAGCTAGGAGTGTCAATGG  335
      ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCTGCAAATCAGATCTCAGCAAGTTCAAGCAGCTAGGAGTGTCAATGG  346

seq1  CCACAAGCCTAGAGATGGACACTGCA-GGATACAGCCATGCGTACTGTCT  384
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGCCTAGAGATGGACACTGCAGGGATACAGCCATGCGTACTGTCT  396

seq1  ACTTGTGCCAGGTGTGGTCTCCTAAGGTCAACTGTGACCGCATTTCTATT  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTGCCAGGTGTGGTCTCCTAAGGTCAACTGTGACCGCATTTCTATT  446

seq1  CGGCAGACAGGAAGTGTGCTATACACACACCATGTTCTCTCTTCTTACTC  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCAGACAGGAAGTGTGCTATACACACACCATGTTCTCTCTTCTTACTC  496

seq1  TTCCCTTAGCAGGATCCATTGGCAGCCTAGTGAGGGCAGGCTCCAGGCAA  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTAGCAGGATCCATTGGCAGCCTAGTGAGGGCAGGCTCCAGGCAA  546

seq1  CAGACAACAGGAGTCTGAGGACAGGAGGGGACAGAGAGGAGGGGAGGCAG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAACAGGAGTCTGAGGACAGGAGGGGACAGAGAGGAGGGGAGGCAG  596

seq1  CAAGGAAGCTCTTCTTGGCTCCTCCAGAGCCACCGCTGCAGGTGACTGCC  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAAGCTCTTCTTGGCTCCTCCAGAGCCACCGCTGCAGGTGACTGCC  646

seq1  ATGTTACTGTCTATGATCCTGGTCTGCTTTGTTTTCCCTGCCTCTTAAGG  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACTGTCTATGATCCTGGTCTGCTTTGTTTTCCCTGCCTCTTAAGG  696

seq1  GATTAAAAGTCAGGAAAAACCTTAAGCACAGAAGGCAACAAACTATTAAA  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAAAGTCAGGAAAAACCTTAAGCACAGAAGGCAACAAACTATTAAA  746

seq1  AGTGAGGACGCGCTCCTGCACACCCACACAGATGGACAGACTTCCCACAT  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGACGCGCTCCTGCACACCCACACAGATGGACAGACTTCCCACAT  796

seq1  GTGGACAAATGATTCAGAATCCAAAGCCAAGACGCTCTGGAGCAGCAGTT  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACAAATGATTCAGAATCCAAAGCCAAGACGCTCTGGAGCAGCAGTT  846

seq1  CTCAACCTGTGGGTCGCGACCCCCACAGGGATCTCATATCACATGTCCTG  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACCTGTGGGTCGCGACCCCCACAGGGATCTCATATCACATGTCCTG  896

seq1  CATATCAGATATTTACATTACGATTCATAATAGTAGAAAAATTACAATTA  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCAGATATTTACATTACGATTCATAATAGTAGAAAAATTACAATTA  946

seq1  CGAAGTAGCCCATGAAAATAATTTTGTGGTCTGGGGGGAAGGGGGAGTTC  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGTAGCCCATGAAAATAATTTTGTGGTCTGGGGGGAAGGGGGAGTTC  996

seq1  ACCACAACATGAGGAAATGTATTAAAGGGTTGCAGAATTAAGAAGGTTAA  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAACATGAGGAAATGTATTAAAGGGTTGCAGAATTAAGAAGGTTAA  1046

seq1  GAACCACTGCTCTAAGCGTCAACATGTTTCATAGTTTGAATTGTATATTC  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACTGCTCTAAGCGTCAACATGTTTCATAGTTTGAATTGTATATTC  1096

seq1  AAATTAAACTTTGAGCAGGGAGGGTGTTTTAAGGTTTGTAACCAGGACAA  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAACTTTGAGCAGGGAGGGTGTTTTAAGGTTTGTAACCAGGACAA  1146

seq1  GTTTAGGAGTTGGCACAGTTTGCTCTGCCCTTGAATTC  1172
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGGAGTTGGCACAGTTTGCTCTGCCCTTGAATTC  1184