BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-244O04
Chromosome4 (Build37)
Map Location 40,622,456 - 40,742,277
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAptx, LOC665630, LOC622208, Dnaja1, Smu1, LOC100042305
Upstream geneLOC435775, LOC329824, LOC621880, LOC384007, Aco1, Ddx58, Topors, Ndufb6, 4930509K18Rik, A930001M12Rik
Downstream geneB4galt1, LOC100039668, Spink4, Bag1, Chmp5, Nfx1, Aqp7, Aqp3, Nol6, Ube2r2, Ubap2, Wdr40a, Ubap1, Kif24, Nudt2, AI464131, 1110017D15Rik, 1700066J24Rik, 2310028H24Rik, Dnaic1, 2310040A07Rik, LOC100042420, Cntfr, 2810432D09Rik, Dctn3, OTTMUSG00000006683, Oprs1, Galt, Il11ra1, Ccl27, LOC100039789
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-244O04.bB6Ng01-244O04.g
ACCGA053912GA053913
length1,1121,000
definitionB6Ng01-244O04.b B6Ng01-244O04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,741,162 - 40,742,277)(40,622,456 - 40,623,372)
sequence
gaattcacccaagaacagcttcccaataacctaggattagtataatctga
tctgccttgaattggctcattgcaccggtggagaaataacttactactag
tatctaagagtgctgagattgtgtccttcatagtccatggcttggctgtt
gacagtttgcttgctggggttcagccctgcttgctttatgtgtctgggtg
ctgtccctgttttgttcctactctgtagcacagatacactacccacagtt
tccaagagctctagggctcttcatgggatcgagggctgtcaaccctattt
gactcctctctacctctgaagacatgacatatactagcccactgattgaa
tgtcttactttggagggtatggaccatagagggagcagaggaagcctgga
ccagagtgaccaaggccgggtcatctcagaccctcatctgggcagcagca
aggtggtgagagatctaactgcaagcttgtggttctcagaaagctcaggg
gggtctccaatttactcctctaagtgctgtaaccagactaaggttgtgag
gcctaaaacaagagtcccatcctcctgtaaaacctcagggtcagaaacaa
aggtctattttggcaatccaggaagccagagaagagggtgagaaaggaga
gacagcccacagcagctctgagggactcccaagggcatggcacagagtcc
ttctgaaaccaggcctttatgcaaatttctctggaaagctggttttcctg
ttttatagtctgtctcacctcacagaaggaagcttcagacatgcaaagtt
cagcttacaaaaggagacagcaaacctgtcctgagggtgtcttgtggcct
agctcctgctgactcccaaacagagctcatagcacaagtaggttttctaa
cctatctcaaacatgcaagggttggagagggaggctcagcagttgagcaa
tctgttgctcttatggagggcctgggtttgatccctagcacccacatggt
catttataaccatctgtactcatgccagggctctatgcccccttgttatg
tctgaacataattctaatcctcagcatagcttgtagcatttgttcatggc
ctgccaagctat
gaattcctcacaaaaatcatctgacctgaacttttggagatttttggttg
gttggtttggtttcgtttggttttggttgggaggtttataattattgctg
ctatttcactaggggttgtaggtctgtataaattgcttatctttacttaa
ctttggtagctggtatacactgagaaaattatccatttcttttaggtttt
acaagttggtggaatacagatttctaaagtatgtccttatgattctctga
attttctcagtgtctgttgttatgcccccttttgtctctcatttgttaat
ttgtatctgctgtgtgtgtgtctgtgtctgtgtctgtgtctgcacatctg
tgtctgtgtgtctgtgtgtatgtctgtgtgtctgtgtaatgcctggctgt
gggcctctgcctctgttcacatatgttgccagtggaacatggtgagtgga
taggcactgatttatgagtatggtgggataccattaggagtcactgtgtt
ggtccctttttttattattgttatttatcagtagtgtctggtttgatcct
aggtctctgggctatctagtctcaggtttagaaaataaaaaaaaaggaaa
aacatctttatttttacaaccacatactaactgctttgtcctcttcctgt
tgttttatgttcacagtaatcctaccagtaaatgggaatttctgagactt
ttataggtgagaaatccaaggatcacagagttagagtttacccagagtca
tgctactgctaagtggtagatctgggaatcgagcccagagactctgaagc
ttctatgttgtctagtgtggaggttgtttttggtaacataaaactaatga
aagtcaagaatagtcaataaaacaaaaaacagtgtcaatattttcatcta
caatgcagcagaaaatccactcataggttatggggtgcccagccagggaa
ataaagggatggaagggacccaggtcacttcagaagctcgggggcactgg

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_40741162_40742277
seq2: B6Ng01-244O04.b_47_1158 (reverse)

seq1  ATAGC-TGGCAGGCATGGAACAAAATGGCTAC-AGCTATGCTGAGGATTA  48
      ||||| ||||||||   |||||||   ||||| |||||||||||||||||
seq2  ATAGCTTGGCAGGCCATGAACAAA--TGCTACAAGCTATGCTGAGGATTA  48

seq1  GGA-TATG-TCAGACCATAACAAGGGGGCATTAGAGCCCCTGGCATTGGA  96
      | | |||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||
seq2  GAATTATGTTCAGA-CATAACAAGGGGGCA-TAGAG-CCCTGGCAT--GA  93

seq1  GGTACAGATGGTTATAAATGACCATGTGGGTGCTAGGAATCAAACCCAGG  146
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  -GTACAGATGGTTATAAATGACCATGTGGGTGCTAGGGATCAAACCCAGG  142

seq1  CCCTCCATAAGAGCAACAGATTGCTCAACTGCTGAGCCT-CCTCTCCAAC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  CCCTCCATAAGAGCAACAGATTGCTCAACTGCTGAGCCTCCCTCTCCAA-  191

seq1  CCCTTGCATGTTTGAGATAGGTTAGAAAACCTACTTGTGCTATGAGCTCT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGCATGTTTGAGATAGGTTAGAAAACCTACTTGTGCTATGAGCTCT  241

seq1  GTTTGGGAGTCAGCAGGAGCTAGGCCACAAGACACCCTCAGGACAGGTTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGAGTCAGCAGGAGCTAGGCCACAAGACACCCTCAGGACAGGTTT  291

seq1  GCTGTCTCCTTTTGTAAGCTGAACTTTGCATGTCTGAAGCTTCCTTCTGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTCCTTTTGTAAGCTGAACTTTGCATGTCTGAAGCTTCCTTCTGT  341

seq1  GAGGTGAGACAGACTATAAAACAGGAAAACCAGCTTTCCAGAGAAATTTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAGACAGACTATAAAACAGGAAAACCAGCTTTCCAGAGAAATTTG  391

seq1  CATAAAGGCCTGGTTTCAGAAGGACTCTGTGCCATGCCCTTGGGAGTCCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAGGCCTGGTTTCAGAAGGACTCTGTGCCATGCCCTTGGGAGTCCC  441

seq1  TCAGAGCTGCTGTGGGCTGTCTCTCCTTTCTCACCCTCTTCTCTGGCTTC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCTGCTGTGGGCTGTCTCTCCTTTCTCACCCTCTTCTCTGGCTTC  491

seq1  CTGGATTGCCAAAATAGACCTTTGTTTCTGACCCTGAGGTTTTACAGGAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATTGCCAAAATAGACCTTTGTTTCTGACCCTGAGGTTTTACAGGAG  541

seq1  GATGGGACTCTTGTTTTAGGCCTCACAACCTTAGTCTGGTTACAGCACTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGACTCTTGTTTTAGGCCTCACAACCTTAGTCTGGTTACAGCACTT  591

seq1  AGAGGAGTAAATTGGAGACCCCCCTGAGCTTTCTGAGAACCACAAGCTTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAGTAAATTGGAGACCCCCCTGAGCTTTCTGAGAACCACAAGCTTG  641

seq1  CAGTTAGATCTCTCACCACCTTGCTGCTGCCCAGATGAGGGTCTGAGATG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAGATCTCTCACCACCTTGCTGCTGCCCAGATGAGGGTCTGAGATG  691

seq1  ACCCGGCCTTGGTCACTCTGGTCCAGGCTTCCTCTGCTCCCTCTATGGTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGGCCTTGGTCACTCTGGTCCAGGCTTCCTCTGCTCCCTCTATGGTC  741

seq1  CATACCCTCCAAAGTAAGACATTCAATCAGTGGGCTAGTATATGTCATGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCCTCCAAAGTAAGACATTCAATCAGTGGGCTAGTATATGTCATGT  791

seq1  CTTCAGAGGTAGAGAGGAGTCAAATAGGGTTGACAGCCCTCGATCCCATG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAGGTAGAGAGGAGTCAAATAGGGTTGACAGCCCTCGATCCCATG  841

seq1  AAGAGCCCTAGAGCTCTTGGAAACTGTGGGTAGTGTATCTGTGCTACAGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCCTAGAGCTCTTGGAAACTGTGGGTAGTGTATCTGTGCTACAGA  891

seq1  GTAGGAACAAAACAGGGACAGCACCCAGACACATAAAGCAAGCAGGGCTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAACAAAACAGGGACAGCACCCAGACACATAAAGCAAGCAGGGCTG  941

seq1  AACCCCAGCAAGCAAACTGTCAACAGCCAAGCCATGGACTATGAAGGACA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCAGCAAGCAAACTGTCAACAGCCAAGCCATGGACTATGAAGGACA  991

seq1  CAATCTCAGCACTCTTAGATACTAGTAGTAAGTTATTTCTCCACCGGTGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTCAGCACTCTTAGATACTAGTAGTAAGTTATTTCTCCACCGGTGC  1041

seq1  AATGAGCCAATTCAAGGCAGATCAGATTATACTAATCCTAGGTTATTGGG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCCAATTCAAGGCAGATCAGATTATACTAATCCTAGGTTATTGGG  1091

seq1  AAGCTGTTCTTGGGTGAATTC  1116
      |||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTTCTTGGGTGAATTC  1112

seq1: chr4_40622456_40623372
seq2: B6Ng01-244O04.g_143_1064

seq1  GGGAGGTTTATAATTATTGCTGCTATTTCACTAGGGGTTGTAGGTCTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGTTTATAATTATTGCTGCTATTTCACTAGGGGTTGTAGGTCTGTA  50

seq1  TAAATTGCTTATCTTTACTTAACTTTGGTAGCTGGTATACACTGAGAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGCTTATCTTTACTTAACTTTGGTAGCTGGTATACACTGAGAAAA  100

seq1  TTATCCATTTCTTTTAGGTTTTACAAGTTGGTGGAATACAGATTTCTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCATTTCTTTTAGGTTTTACAAGTTGGTGGAATACAGATTTCTAAA  150

seq1  GTATGTCCTTATGATTCTCTGAATTTTCTCAGTGTCTGTTGTTATGCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTCCTTATGATTCTCTGAATTTTCTCAGTGTCTGTTGTTATGCCCC  200

seq1  CTTTTGTCTCTCATTTGTTAATTTGTATCTGCTGTGTGTGTGTCTGTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTCTCTCATTTGTTAATTTGTATCTGCTGTGTGTGTGTCTGTGTC  250

seq1  TGTGTCTGTGTCTGCACATCTGTGTCTGTGTGTCTGTGTGTATGTCTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTGTGTCTGCACATCTGTGTCTGTGTGTCTGTGTGTATGTCTGTG  300

seq1  TGTCTGTGTAATGCCTGGCTGTGGGCCTCTGCCTCTGTTCACATATGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTGTAATGCCTGGCTGTGGGCCTCTGCCTCTGTTCACATATGTTG  350

seq1  CCAGTGGAACATGGTGAGTGGATAGGCACTGATTTATGAGTATGGTGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGAACATGGTGAGTGGATAGGCACTGATTTATGAGTATGGTGGGA  400

seq1  TACCATTAGGAGTCACTGTGTTGGTCCCTTTTTTTATTATTGTTATTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATTAGGAGTCACTGTGTTGGTCCCTTTTTTTATTATTGTTATTTAT  450

seq1  CAGTAGTGTCTGGTTTGATCCTAGGTCTCTGGGCTATCTAGTCTCAGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGTGTCTGGTTTGATCCTAGGTCTCTGGGCTATCTAGTCTCAGGTT  500

seq1  TAGAAAATAAAAAAAAAGGAAAAACATCTTTATTTTTACAACCACATACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAATAAAAAAAAAGGAAAAACATCTTTATTTTTACAACCACATACT  550

seq1  AACTGCTTTGTCCTCTTCCTGTTGTTTTATGTTCACAGTAATCCTACCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTTTGTCCTCTTCCTGTTGTTTTATGTTCACAGTAATCCTACCAG  600

seq1  TAAAT-GGAATTTCTGAGACTTTTATAGGTGAGAAATCCAAGGATCACAG  649
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGGAATTTCTGAGACTTTTATAGGTGAGAAATCCAAGGATCACAG  650

seq1  AGTTAGAGTTTA-CCAGAGTCATGCTACTGCTAAGTGGTAGATCTGGGAA  698
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGAGTTTACCCAGAGTCATGCTACTGCTAAGTGGTAGATCTGGGAA  700

seq1  TCGAGCCCAGAGACTCTGAAGCTTCTAATGTTGTCTAGTGTGGAGGTGGT  748
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  TCGAGCCCAGAGACTCTGAAGCTTCT-ATGTTGTCTAGTGTGGAGGTTGT  749

seq1  TTTGGTTAACATAAAACTAATGAAAGTCAAGAATAGTCAATAAAAC-AAA  797
      ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTTGGTAACATAAAACTAATGAAAGTCAAGAATAGTCAATAAAACAAAA  799

seq1  AACAGTGTCAATA-TTTCATC-ACAAGGCAGCAGAAAATCCACTCATAGG  845
      ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGTCAATATTTTCATCTACAATGCAGCAGAAAATCCACTCATAGG  849

seq1  -TATGGGGTG-CCAGCCCCAGGGAAATAAAGGGATGGGAGGGACCCAGGT  893
       ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTATGGGGTGCCCAG--CCAGGGAAATAAAGGGATGGAAGGGACCCAGGT  897

seq1  CACTCCAG-AGCTCGGGGGCACTGG  917
      |||| ||| ||||||||||||||||
seq2  CACTTCAGAAGCTCGGGGGCACTGG  922