BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246E17
Chromosome4 (Build37)
Map Location 8,064,532 - 8,214,120
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCar8, LOC100039494
Upstream geneLOC666700
Downstream geneLOC100039505, LOC100039478, Rab2, EG666752, LOC666760, Chd7, LOC666782, LOC100039584, 4933402J24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246E17.bB6Ng01-246E17.g
ACCGA054945GA054946
length7661,020
definitionB6Ng01-246E17.b B6Ng01-246E17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,213,355 - 8,214,120)(8,064,532 - 8,065,551)
sequence
gaattctctgtttagatctgtaccccatttttaaaattggcctacttgtt
tttttgtttaaaccaagtttcttgagtttatttcggatattggccttcta
tcagatgtgtggttggtaaaaatcttctcccactctgtaggctgctactt
tgtccttttgatggtgtcttttggtgtgcctgtgggggacacagtgcctg
atcagacagggttgctggtgtccatggggaatcccaaacccacaaaatcc
aggatccagtccaagaagggttcatagtatattgcatgtttatctctggg
ttatttagccctcatagtggaggaccatgctgcaacaatctgcagaccta
cagagactaccatgggggccatcctcccagacagcagaggtatgcttatt
tccagttacactgtggtcaaatctgtgtttgggtacttggctgaaaggta
caattgggagtacctaatgtggaaaaccttgccttctgatccctaggaac
tccagggtcttcctttatccctagagttgggctctggattttcctcttga
cctggaggttggaaaggccagttactctctcactgtgttgccctgactga
agctttttcctggctaacagggcagagttggtggttcagcatgtctacct
tgccactcccatctaggataggttacattgcaggctccaaagtgaagtat
gtgactggaaatggacactagatcttacaggtaacaccaggtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgt

gaattcttccccattcaaacagagcagttccagcatcttagcctcaggca
atggaatgtattggttcatatagtctctctccacacggaataaaacacac
aagttctttcaccaaggatcatctgagactggctgcttttactaagctgt
aacttggggaggactctctcacatgaagcactcatcattggaccttggac
ccaccttcctggccagacctccttcacacacagaggcttacatcagagca
ctggctcctgacattgccactgttacagcagctatgggacccaagacact
ggccacctggatctctttattccttttctaagagctgtgacaattctggc
attcccggccagactccagccctatccaccctattcatgcagcaatgtct
gactccccaaaggcaagaggtaaactgtggaccccactggttctggacct
ttccctaccctctctaaggcagttagttgcttgagcacttcaccagtaga
ggtgaaacttgaatctacaattgcgggagtggctagccactgaccagagc
agcttgaggcccgtgtcatgagaggaaggccatacctgacactgacttga
tggtcaggaatcagagtccagatagtccagaaacctataatagaaccaaa
cacgtccagcaaatagaaagaaaaaaaaagtcaatgaaatgattcttaat
gatattctgctatactcatagacaggaatcttatatagtcgtcatcagag
aggctccatccagcaactgatggaaacagatgtagagtctcccaaccaaa
cattatgtggagtatgatgaatcctttggaagagagaggggaaggattgt
aggagtcagagaagtcaagaacgctacaagaagacagcacatagactcaa
ctaacaagggctcataggggctcaccaaaactgacaggcaatcctgaagc
ctgcatgggttctgacctagtccttctgtgtatgtttaacagttgttagc
ttgtgtttttttgtgtgact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_8213355_8214120
seq2: B6Ng01-246E17.b_45_810 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACCTGGTGTTACCTGTAAGATCTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACCTGGTGTTACCTGTAAGATCTAGT  50

seq1  GTCCATTTCCAGTCACATACTTCACTTTGGAGCCTGCAATGTAACCTATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTTCCAGTCACATACTTCACTTTGGAGCCTGCAATGTAACCTATC  100

seq1  CTAGATGGGAGTGGCAAGGTAGACATGCTGAACCACCAACTCTGCCCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATGGGAGTGGCAAGGTAGACATGCTGAACCACCAACTCTGCCCTGT  150

seq1  TAGCCAGGAAAAAGCTTCAGTCAGGGCAACACAGTGAGAGAGTAACTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAGGAAAAAGCTTCAGTCAGGGCAACACAGTGAGAGAGTAACTGGC  200

seq1  CTTTCCAACCTCCAGGTCAAGAGGAAAATCCAGAGCCCAACTCTAGGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCAACCTCCAGGTCAAGAGGAAAATCCAGAGCCCAACTCTAGGGAT  250

seq1  AAAGGAAGACCCTGGAGTTCCTAGGGATCAGAAGGCAAGGTTTTCCACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAGACCCTGGAGTTCCTAGGGATCAGAAGGCAAGGTTTTCCACAT  300

seq1  TAGGTACTCCCAATTGTACCTTTCAGCCAAGTACCCAAACACAGATTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTACTCCCAATTGTACCTTTCAGCCAAGTACCCAAACACAGATTTGA  350

seq1  CCACAGTGTAACTGGAAATAAGCATACCTCTGCTGTCTGGGAGGATGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTGTAACTGGAAATAAGCATACCTCTGCTGTCTGGGAGGATGGCC  400

seq1  CCCATGGTAGTCTCTGTAGGTCTGCAGATTGTTGCAGCATGGTCCTCCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGTAGTCTCTGTAGGTCTGCAGATTGTTGCAGCATGGTCCTCCAC  450

seq1  TATGAGGGCTAAATAACCCAGAGATAAACATGCAATATACTATGAACCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGGGCTAAATAACCCAGAGATAAACATGCAATATACTATGAACCCT  500

seq1  TCTTGGACTGGATCCTGGATTTTGTGGGTTTGGGATTCCCCATGGACACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGACTGGATCCTGGATTTTGTGGGTTTGGGATTCCCCATGGACACC  550

seq1  AGCAACCCTGTCTGATCAGGCACTGTGTCCCCCACAGGCACACCAAAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCCTGTCTGATCAGGCACTGTGTCCCCCACAGGCACACCAAAAGA  600

seq1  CACCATCAAAAGGACAAAGTAGCAGCCTACAGAGTGGGAGAAGATTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCAAAAGGACAAAGTAGCAGCCTACAGAGTGGGAGAAGATTTTTA  650

seq1  CCAACCACACATCTGATAGAAGGCCAATATCCGAAATAAACTCAAGAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCACACATCTGATAGAAGGCCAATATCCGAAATAAACTCAAGAAAC  700

seq1  TTGGTTTAAACAAAAAAACAAGTAGGCCAATTTTAAAAATGGGGTACAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTAAACAAAAAAACAAGTAGGCCAATTTTAAAAATGGGGTACAGA  750

seq1  TCTAAACAGAGAATTC  766
      ||||||||||||||||
seq2  TCTAAACAGAGAATTC  766


seq1: chr4_8064532_8065551
seq2: B6Ng01-246E17.g_68_1087

seq1  GAATTCTTCCCCATTCAAACAGAGCAGTTCCAGCATCTTAGCCTCAGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCCCATTCAAACAGAGCAGTTCCAGCATCTTAGCCTCAGGCA  50

seq1  ATGGAATGTATTGGTTCATATAGTCTCTCTCCACACGGAATAAAACACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATGTATTGGTTCATATAGTCTCTCTCCACACGGAATAAAACACAC  100

seq1  AAGTTCTTTCACCAAGGATCATCTGAGACTGGCTGCTTTTACTAAGCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCTTTCACCAAGGATCATCTGAGACTGGCTGCTTTTACTAAGCTGT  150

seq1  AACTTGGGGAGGACTCTCTCACATGAAGCACTCATCATTGGACCTTGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGGGGAGGACTCTCTCACATGAAGCACTCATCATTGGACCTTGGAC  200

seq1  CCACCTTCCTGGCCAGACCTCCTTCACACACAGAGGCTTACATCAGAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTCCTGGCCAGACCTCCTTCACACACAGAGGCTTACATCAGAGCA  250

seq1  CTGGCTCCTGACATTGCCACTGTTACAGCAGCTATGGGACCCAAGACACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCCTGACATTGCCACTGTTACAGCAGCTATGGGACCCAAGACACT  300

seq1  GGCCACCTGGATCTCTTTATTCCTTTTCTAAGAGCTGTGACAATTCTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACCTGGATCTCTTTATTCCTTTTCTAAGAGCTGTGACAATTCTGGC  350

seq1  ATTCCCGGCCAGACTCCAGCCCTATCCACCCTATTCATGCAGCAATGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCGGCCAGACTCCAGCCCTATCCACCCTATTCATGCAGCAATGTCT  400

seq1  GACTCCCCAAAGGCAAGAGGTAAACTGTGGACCCCACTGGTTCTGGACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCCCAAAGGCAAGAGGTAAACTGTGGACCCCACTGGTTCTGGACCT  450

seq1  TTCCCTACCCTCTCTAAGGCAGTTAGTTGCTTGAGCACTTCACCAGTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTACCCTCTCTAAGGCAGTTAGTTGCTTGAGCACTTCACCAGTAGA  500

seq1  GGTGAAACTTGAATCTACAATTGCGGGAGTGGCTAGCCACTGACCAGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAACTTGAATCTACAATTGCGGGAGTGGCTAGCCACTGACCAGAGC  550

seq1  AGCTTGAGGCCCGTGTCATGAGAGGAAGGCCATACCTGACACTGACTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGAGGCCCGTGTCATGAGAGGAAGGCCATACCTGACACTGACTTGA  600

seq1  TGGTCAGGAATCAGAGTCCAGATAGTCCAGAAACCTATAATAGAACCAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAGGAATCAGAGTCCAGATAGTCCAGAAACCTATAATAGAACCAAA  650

seq1  CACGTCCAGCAAATAGAAAGAAAAAAAAAGTCAATGAAATGATTCTTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTCCAGCAAATAGAAAGAAAAAAAAAGTCAATGAAATGATTCTTAAT  700

seq1  GATATTCTGCTATACTCATAGACAGGAATCTTATATAGTCGTCATCAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTCTGCTATACTCATAGACAGGAATCTTATATAGTCGTCATCAGAG  750

seq1  AGGCTCCATCCAGCAACTGATGGAAACAGATGTAGAGTCTCCCAACCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCCATCCAGCAACTGATGGAAACAGATGTAGAGTCTCCCAACCAAA  800

seq1  CATTATGTGGAGTATGATGAATCCTTTGGAAGAGAGAGGGGAAGGATTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGTGGAGTATGATGAATCCTTTGGAAGAGAGAGGGGAAGGATTGT  850

seq1  AGGAGTCAGAGAAGTCAAGAACGCTACAAGAAGACAGCACATAGACTCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTCAGAGAAGTCAAGAACGCTACAAGAAGACAGCACATAGACTCAA  900

seq1  CTAACAAGGGCTCATAGGGGCTCACCAAAACTGAACAGGCAATCCTGAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTAACAAGGGCTCATAGGGGCTCACCAAAACTG-ACAGGCAATCCTGAAG  949

seq1  CCTGCATGGG-TCTGACCTAGGTCCTCTGTGTATG-TTAACAGTTGTTTA  998
      |||||||||| ||||||||||  | |||||||||| |||||||||| |||
seq2  CCTGCATGGGTTCTGACCTAGTCCTTCTGTGTATGTTTAACAGTTG-TTA  998

seq1  GCTTGGTGTTTTTTGTGTGACT  1020
      |||||   ||||||||||||||
seq2  GCTTGTGTTTTTTTGTGTGACT  1020


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |