BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248O23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 111,147,801 - 111,292,090
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040381, 2310026E23Rik
Downstream geneSpata6, LOC621612, Slc5a9, LOC639774, C130057D23Rik, LOC639781, 9530098N22Rik, A430090E18Rik, A030013N09Rik, LOC665949, LOC630887, OTTMUSG00000008540
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248O23.bB6Ng01-248O23.g
ACCGA056883GA056884
length971997
definitionB6Ng01-248O23.b B6Ng01-248O23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,291,127 - 111,292,090)(111,147,801 - 111,148,783)
sequence
gaattcctctatcactgagcttatcgtgcacattttaattatctcttctc
tcttctgtctccccagtagaacaaaagccttagaatgccctcttctctag
tactttaccccaggtgctggttgtgattcctggcacgctaatatatgttt
atttttggtgaagaagaattgggtgttaagagacagaaactgtgagctga
ggaaggattttttagtaaagataaaatttctatcagccaaccatgccaat
agaaaggtggaagaacccataattggatgccagaaattaataacaaacca
gctacagcatcttccagagagacctgcgacttgggtttagaatttacttt
agcccataagttcaatttttttctaaacaattcctataacttcctttgcc
acaatactgaaggagaccaaagtaggtgtggtgtggagttgatcttcacc
tgtgtctttaaggagttggaggatcacactaccaaatgttggcaggagag
ggtgtccaggggcatttaagaatggctagattttgggaagccatgcgcct
ctgcttcatagcacagactattttgttggccttgctgagccagaagatat
aatatcacattctaaggtgatgggctcagtcttggtgtctgtgggcagag
catccagttcttatcatgacatctccaaggctctaggaagtctgaaacac
tgacctaccacctggattactccttgctcgcccctgctctgaggctatca
cctggacctcttaagttcagaaaagtaacagaggatcactgaaacctcag
tagactgggttctaactcatgcccactagcatatgagattccccgcccca
cacagttttatagcaggaactctatgactattttacccaaggagctatga
aaagctagtgtgagcacttaattgggggaagggtagttggtacataagtg
gaatgggcccctcccatatct

gaattccatttatgctttggtgttgttgtttgtttgtcttcttgttttct
tggagacagggtcttaaccatatagtcctggctggcctggaactaacaga
gctctgcctgtctctgcctcctgagcgctgggataaaagtcatgtgccat
cgcgctgaggtttctgtttggttttgcagctgtcctgcctaccagaccaa
gacaagaacttctgaaggacagtctaccttgctcagtatggtccttgacc
cagcacaaacctggaaaaagggcatcagtgagaatcagtcctgagctgct
gcggtttcccagtcacagggtaccccgcacatcaagcactggcagcaggc
tcagatggggccagggagatggggtaggacagggcctccagggtgctgcc
acaccccctggggctactgtcttggtgcctttcttgtgtgctcctgtttt
taaccccattcatgggggccacagccacgtaattggattgagccgacact
gacaaggtcaatttgacaatttcattaatcttttattaaacacgagccct
gagctccagccaagcttgtctgtgagctgtccccagaacgtgcctggcat
attcctgtctcgtatgcttccgcccggccagacatgactgtcctggtaat
gccagctgtgacagagtgcttcccgggtgctggatctgatgcagaggaaa
gctttcagtctcttgggccacctggtatgtgattagtgtgccacatgatt
atcaagatgatggtggtggtggaggtgacaatgatgaggtcacagtaacc
ctgacaattagaaatcaaaccttttccttttgtttgctgagaatgagatt
tgagcctttggagaaaggactttaagggtttctttcctggggagaatgaa
tgagcaggttaactatgtgtgtacttagtcaaagtctagatggaccagag
tttcagaggaacaatggaagaatgtgtatgattagcaatggtgtccg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_111291127_111292090
seq2: B6Ng01-248O23.b_49_1018 (reverse)

seq1  GATATGGGA--GGCCCATT-CACTTAATGTACAAACTACCCCTTCCCCAA  47
      |||||||||  |||||||| ||||| |||||| |||||||| | ||||||
seq2  GATATGGGAGGGGCCCATTCCACTT-ATGTACCAACTACCCTTCCCCCAA  49

seq1  TTAAAGTGCTCACACTAGCCTTTCATAGCT-CTTGG--TAAATAGTCATA  94
      || |||||||||||||||| |||||||||| |||||   |||||||||||
seq2  TT-AAGTGCTCACACTAGCTTTTCATAGCTCCTTGGGTAAAATAGTCATA  98

seq1  GAGTTCCTGCTAT-AAACTGTGTGGGGCGGGGAATCTCATATGCTAGT-G  142
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAGTTCCTGCTATAAAACTGTGTGGGGCGGGGAATCTCATATGCTAGTGG  148

seq1  GCATGAGTTAGAACCCAGTCTACTGAGGTTTCAGTGATCCTCTGTTACTT  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGTTAGAACCCAGTCTACTGAGGTTTCAGTGATCCTCTGTTACTT  198

seq1  TTCTGAACTTAAGAGGTCCAGGTGATAGCCTCAGAGCAGGGGCGAGCAAG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAACTTAAGAGGTCCAGGTGATAGCCTCAGAGCAGGGGCGAGCAAG  248

seq1  GAGTAATCCAGGTGGTAGGTCAGTGTTTCAGACTTCCTAGAGCCTTGGAG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAATCCAGGTGGTAGGTCAGTGTTTCAGACTTCCTAGAGCCTTGGAG  298

seq1  ATGTCATGATAAGAACTGGATGCTCTGCCCACAGACACCAAGACTGAGCC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATGATAAGAACTGGATGCTCTGCCCACAGACACCAAGACTGAGCC  348

seq1  CATCACCTTAGAATGTGATATTATATCTTCTGGCTCAGCAAGGCCAACAA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCTTAGAATGTGATATTATATCTTCTGGCTCAGCAAGGCCAACAA  398

seq1  AATAGTCTGTGCTATGAAGCAGAGGCGCATGGCTTCCCAAAATCTAGCCA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTCTGTGCTATGAAGCAGAGGCGCATGGCTTCCCAAAATCTAGCCA  448

seq1  TTCTTAAATGCCCCTGGACACCCTCTCCTGCCAACATTTGGTAGTGTGAT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAAATGCCCCTGGACACCCTCTCCTGCCAACATTTGGTAGTGTGAT  498

seq1  CCTCCAACTCCTTAAAGACACAGGTGAAGATCAACTCCACACCACACCTA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAACTCCTTAAAGACACAGGTGAAGATCAACTCCACACCACACCTA  548

seq1  CTTTGGTCTCCTTCAGTATTGTGGCAAAGGAAGTTATAGGAATTGTTTAG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTCTCCTTCAGTATTGTGGCAAAGGAAGTTATAGGAATTGTTTAG  598

seq1  AAAAAAATTGAACTTATGGGCTAAAGTAAATTCTAAACCCAAGTCGCAGG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATTGAACTTATGGGCTAAAGTAAATTCTAAACCCAAGTCGCAGG  648

seq1  TCTCTCTGGAAGATGCTGTAGCTGGTTTGTTATTAATTTCTGGCATCCAA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTGGAAGATGCTGTAGCTGGTTTGTTATTAATTTCTGGCATCCAA  698

seq1  TTATGGGTTCTTCCACCTTTCTATTGGCATGGTTGGCTGATAGAAATTTT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGTTCTTCCACCTTTCTATTGGCATGGTTGGCTGATAGAAATTTT  748

seq1  ATCTTTACTAAAAAATCCTTCCTCAGCTCACAGTTTCTGTCTCTTAACAC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTACTAAAAAATCCTTCCTCAGCTCACAGTTTCTGTCTCTTAACAC  798

seq1  CCAATTCTTCTTCACCAAAAATAAACATATATTAGCGTGCCAGGAATCAC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTCTTCTTCACCAAAAATAAACATATATTAGCGTGCCAGGAATCAC  848

seq1  AACCAGCACCTGGGGTAAAGTACTAGAGAAGAGGGCATTCTAAGGCTTTT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGCACCTGGGGTAAAGTACTAGAGAAGAGGGCATTCTAAGGCTTTT  898

seq1  GTTCTACTGGGGAGACAGAAGAGAGAAGAGATAATTAAAATGTGCACGAT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTACTGGGGAGACAGAAGAGAGAAGAGATAATTAAAATGTGCACGAT  948

seq1  AAGCTCAGTGATAGAGGAATTC  964
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCAGTGATAGAGGAATTC  970


seq1: chr4_111147801_111148783
seq2: B6Ng01-248O23.g_67_1063

seq1  GAATTCCATTTATGCTTTGGTGTTGTTGTTTGTTTGTCTTCTTGTTTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTTATGCTTTGGTGTTGTTGTTTGTTTGTCTTCTTGTTTTCT  50

seq1  TGGAGACAGGGTCTTAACCATATAGTCCTGGCTGGCCTGGAACTAACAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGACAGGGTCTTAACCATATAGTCCTGGCTGGCCTGGAACTAACAGA  100

seq1  GCTCTGCCTGTCTCTGCCTCCTGAGCGCTGGGATAAAAGTCATGTGCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGCCTGTCTCTGCCTCCTGAGCGCTGGGATAAAAGTCATGTGCCAT  150

seq1  CGCGCTGAGGTTTCTGTTTGGTTTTGCAGCTGTCCTGCCTACCAGACCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCGCTGAGGTTTCTGTTTGGTTTTGCAGCTGTCCTGCCTACCAGACCAA  200

seq1  GACAAGAACTTCTGAAGGACAGTCTACCTTGCTCAGTATGGTCCTTGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGAACTTCTGAAGGACAGTCTACCTTGCTCAGTATGGTCCTTGACC  250

seq1  CAGCACAAACCTGGAAAAAGGGCATCAGTGAGAATCAGTCCTGAGCTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACAAACCTGGAAAAAGGGCATCAGTGAGAATCAGTCCTGAGCTGCT  300

seq1  GCGGTTTCCCAGTCACAGGGTACCCCGCACATCAAGCACTGGCAGCAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGTTTCCCAGTCACAGGGTACCCCGCACATCAAGCACTGGCAGCAGGC  350

seq1  TCAGATGGGGCCAGGGAGATGGGGTAGGACAGGGCCTCCAGGGTGCTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGGGGCCAGGGAGATGGGGTAGGACAGGGCCTCCAGGGTGCTGCC  400

seq1  ACACCCCCTGGGGCTACTGTCTTGGTGCCTTTCTTGTGTGCTCCTGTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCCCTGGGGCTACTGTCTTGGTGCCTTTCTTGTGTGCTCCTGTTTT  450

seq1  TAACCCCATTCATGGGGGCCACAGCCACGTAATTGGATTGAGCCGACACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCCATTCATGGGGGCCACAGCCACGTAATTGGATTGAGCCGACACT  500

seq1  GACAAGGTCAATTTGACAATTTCATTAATCTTTTATTAAACACGAGCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGGTCAATTTGACAATTTCATTAATCTTTTATTAAACACGAGCCCT  550

seq1  GAGCTCCAGCCAAGCTTGTCTGTGAGCTGTCCCCAGAACGTGCCTGGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCCAGCCAAGCTTGTCTGTGAGCTGTCCCCAGAACGTGCCTGGCAT  600

seq1  ATTCCTGTCTCGTATGCTTCCGCCCGGCCAGACATGACTGTCCTGGTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTGTCTCGTATGCTTCCGCCCGGCCAGACATGACTGTCCTGGTAAT  650

seq1  GCCAGCTGTGACAGAGTGCTTCCCGGGTGCTGGATCTGATGCAGAGGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTGTGACAGAGTGCTTCCCGGGTGCTGGATCTGATGCAGAGGAAA  700

seq1  GCTTTCAGTCTCTTGGGCCACCTGGTATGTGATTAGTGTGCCACATGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCAGTCTCTTGGGCCACCTGGTATGTGATTAGTGTGCCACATGATT  750

seq1  ATCAAGATGATGGTGGTGGTGGAGGTGACAATGATGAGGTCACAGTAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGATGATGGTGGTGGTGGAGGTGACAATGATGAGGTCACAGTAACC  800

seq1  CTGACAATTAGAAATCAAACCTTTTCC-TTTGTTTGCTGAGAATGAGA-T  848
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  CTGACAATTAGAAATCAAACCTTTTCCTTTTGTTTGCTGAGAATGAGATT  850

seq1  TGAGCC-TTGGAGAAAGGACTTTAAGGG-TTCTTTCCTGGGGAGAATGAA  896
      |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTTTGGAGAAAGGACTTTAAGGGTTTCTTTCCTGGGGAGAATGAA  900

seq1  -GAGCAGG-TAAC----AGTGGAACTAG-CAA--GCTAGAATGGACCAGA  937
       ||||||| ||||     ||| |  ||| |||   |||| ||||||||||
seq2  TGAGCAGGTTAACTATGTGTGTACTTAGTCAAAGTCTAG-ATGGACCAGA  949

seq1  GTTTCAGAGGGAACAATGGA--GATGTGTATGATAAGCAAT-GTGTCCG  983
      |||||||| |||||||||||   ||||||||||| |||||| |||||||
seq2  GTTTCAGA-GGAACAATGGAAGAATGTGTATGATTAGCAATGGTGTCCG  997


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |