BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250N06
Chromosome4 (Build37)
Map Location 106,492,002 - 106,590,649
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSsbp3
Upstream geneMap1lc3, LOC384039, Usp24, LOC100039616, Pcsk9, Bsnd, Tmem61, Dhcr24, BC055111, Ttc22, Pars2, Ttc4, Gm1027, BC026682, Acot11
Downstream geneMrpl37, 2810410C14Rik, Cdcp2, 2210012G02Rik, Tmem59, LOC546840, Lrrc42, 2900042B11Rik, Dio1, Yipf1, LOC652920, Tmem48, Glis1, Dmrtb1, LOC100039889, LOC433743, 4933424M12Rik, 4930430J20Rik, Magoh, 0610037L13Rik, Cpt2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250N06.bB6Ng01-250N06.g
ACCGA058264GA058265
length1,1391,176
definitionB6Ng01-250N06.b B6Ng01-250N06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,492,002 - 106,493,144)(106,589,483 - 106,590,649)
sequence
gaattcacagagatctgcctacctctgcctccagagggctggaattaaag
acatagaccactctgtatatattttaaagctctttgacaggttgcagaaa
taactcagtgggtaagagcacagactgcataggcatgaagacttaagtct
aaatccttggcactcatgtgaaaaagccaagcatacctctaaccccagtg
ctagggagtaatgtgtaactttagttacatactaggggtggaatgtaacc
aagagtgttttgagtgctttctgtccactggctccaagttcagcaagaga
ccttatctacagggaataagacagggagctttaaatgtcttctggtcttc
atacacatgcagaggtactacccacctaaacacacacacatgacacatat
acatatacacaaacacataccacatatgccacatacacatatactacaca
aacacacacatacacagtcctttggaaggtcagatatggtggcacaggct
tagaatcaggaggctgaggcaagaagattataaactcttcaaaagaaaga
agggctagagagatagctcagtagtccagagtacttgctgcactctccca
ggaccaaaatttggttgagcacacatgtcaggcagctaacaactgccccc
aaggggtctgactccctcttctggcctccatgggcattgtatacatatgg
tgtatatacaaacactcagatacatatacttatccataattttacataaa
ataaaaagagaggcaggaagaagagagagaggtgaataaaggcaggaagg
agggagggacagaagccctttggaaagggttggggtgtagcttgacagaa
tacttccctatgtaactttaattttcttcaaatcttatttttaatgatag
ttcttaaatgctttaacctccttatagcccaccacccaccagaagtaatg
gaaaagaaaggattatggagaagtggacctgattagaaagttctttggag
caactcccatctgtgatgtctggaatcagcagtcaggtcacagttagcag
cagctctactatttgaaagacttcatggatacgccagcagttccagtttg
tagattattgttagccaagagcctggtaaccaacctagt
gaattccaggatagtcagagatacacagtgagactcttttctctaagcaa
gtaaataaatgaataaataaacacgataactttttaaaaaatcattagca
tatgtgatttcctgtgaaagaacataaatgtctatcagagactggtctaa
gcaattagaaggtatagctagctcagtggcagggcgcttgcctggcactc
atcgggccctgagttcgattcctagcacgggggcaagggattttgaaaca
gacactcccatcctaccttcctctctaaaatgaaaccatctgcaatggag
tcagaggctagcaaggtaggcttggctatttgtagttattttaaaagggg
tgacaggtgggggacaatacctcactaggtagtaaggaggcggggaagga
agttctcggacttctttacctggccaccacacactcagcttctggcgagc
tccagttcaggaagtccggcccctcagtcaccaccaccaccacttacctt
cccagagccccatcccgagaaggacagcagttaacagtcccttttaggac
cttttacaactcaagtccaccaggttagaagtaccactcccagcttcttt
ttctcaagcctggagaggacacaagcactgacaccaccctgagcatctac
accaaggataacgaaatcccatcacactaaccacctgggacgctcagtct
cactgtaactcctgttacagcagccattgtcaccatggcaacacccatct
cactgaaactgaccacctatgaaactcaaaggtgggattcggtctcctag
gcaaggttcagactcagcatgcaaaggagctgaccaagaagatgggacct
gatgctggtcatcagctcctacatatagaatgggaaggactgttcctacc
acacaagtccaaacctactgtgtgtctgtagacactggagcaacagacgt
ctgaacacaatcacctgcagtgcctactgaaagcaaacccagaaagtagt
ggaagaacatctagaatacttcccctttcctcacaccccactttccctga
cagatccaaacttctgtttcatcaaattcttaaagtcttggccaccggaa
cccagggcaggtcaagtgtgcactaagttacaacagccattggcccacag
aactttctttatgactcatgacttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_106492002_106493144
seq2: B6Ng01-250N06.b_46_1184

seq1  GAATTCACAGAGATCTGCCTACCTCTGCCTCCAGAGGGCTGGAATTAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGAGATCTGCCTACCTCTGCCTCCAGAGGGCTGGAATTAAAG  50

seq1  ACATAGACCACTCTGTATATATTTTAAAGCTCTTTGACAGGTTGCAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGACCACTCTGTATATATTTTAAAGCTCTTTGACAGGTTGCAGAAA  100

seq1  TAACTCAGTGGGTAAGAGCACAGACTGCATAGGCATGAAGACTTAAGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCAGTGGGTAAGAGCACAGACTGCATAGGCATGAAGACTTAAGTCT  150

seq1  AAATCCTTGGCACTCATGTGAAAAAGCCAAGCATACCTCTAACCCCAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTTGGCACTCATGTGAAAAAGCCAAGCATACCTCTAACCCCAGTG  200

seq1  CTAGGGAGTAATGTGTAACTTTAGTTACATACTAGGGGTGGAATGTAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGAGTAATGTGTAACTTTAGTTACATACTAGGGGTGGAATGTAACC  250

seq1  AAGAGTGTTTTGAGTGCTTTCTGTCCACTGGCTCCAAGTTCAGCAAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTGTTTTGAGTGCTTTCTGTCCACTGGCTCCAAGTTCAGCAAGAGA  300

seq1  CCTTATCTACAGGGAATAAGACAGGGAGCTTTAAATGTCTTCTGGTCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATCTACAGGGAATAAGACAGGGAGCTTTAAATGTCTTCTGGTCTTC  350

seq1  ATACACATGCAGAGGTACTACCCACCTAAACACACACACATGACACATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACATGCAGAGGTACTACCCACCTAAACACACACACATGACACATAT  400

seq1  ACATATACACAAACACATACCACATATGCCACATACACATATACTACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATACACAAACACATACCACATATGCCACATACACATATACTACACA  450

seq1  AACACACACATACACAGTCCTTTGGAAGGTCAGATATGGTGGCACAGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACACATACACAGTCCTTTGGAAGGTCAGATATGGTGGCACAGGCT  500

seq1  TAGAATCAGGAGGCTGAGGCAAGAAGATTATAAACTCTTCAAAAGAAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCAGGAGGCTGAGGCAAGAAGATTATAAACTCTTCAAAAGAAAGA  550

seq1  AGGGCTAGAGAGATAGCTCAGTAGTCCAGAGTACTTGCTGCACTCTCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTAGAGAGATAGCTCAGTAGTCCAGAGTACTTGCTGCACTCTCCCA  600

seq1  GGACCAAAATTTGGTTGAGCACACATGTCAGGCAGCTAACAACTGCCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAAAATTTGGTTGAGCACACATGTCAGGCAGCTAACAACTGCCCCC  650

seq1  AAGGGGTCTGACTCCCTCTTCTGGCCTCCATGGGCATTGTATACATATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGTCTGACTCCCTCTTCTGGCCTCCATGGGCATTGTATACATATGG  700

seq1  TGTATATACAAACACTCAGATACATATACTTATCCATAATTTTACATAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATACAAACACTCAGATACATATACTTATCCATAATTTTACATAAA  750

seq1  ATAAAAAGAGAGGCAGGAAGAAGAGAGAGAGGTGAATAAAGGCAGGAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAGAGAGGCAGGAAGAAGAGAGAGAGGTGAATAAAGGCAGGAAGG  800

seq1  AGGGAGGGACAGAAGCCCTTTGG-AAGGGTTGGGGTGTAGCTTGACAGAA  849
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGGACAGAAGCCCTTTGGAAAGGGTTGGGGTGTAGCTTGACAGAA  850

seq1  TACTTCCCTATGTAACTTTAATTTTCTTCAAATCTTATTTTTAATGATAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCCCTATGTAACTTTAATTTTCTTCAAATCTTATTTTTAATGATAG  900

seq1  TTCTTAAATGCTTTAACCTCCTTATAGCCCACCACCCACCAGAAGTAATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAAATGCTTTAACCTCCTTATAGCCCACCACCCACCAGAAGTAATG  950

seq1  GAAAAGAAAGGA-TATGGAGGAAGTGGACCTGATTAGAAAGGTTCTTTGG  998
      |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAAAAGAAAGGATTATGGA-GAAGTGGACCTGATTAGAAA-GTTCTTTGG  998

seq1  AGCAACTCCCATCTGTGATGTCTGGAAATCAGCAGTTCAGTTCACAGGTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||
seq2  AGCAACTCCCATCTGTGATGTCTGG-AATCAGCAG-TCAGGTCACA-GTT  1045

seq1  AGCAGGCAGCTCTACCTATTTGAAAAGACTTCATGGATACGCCAGCAG-T  1097
      |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGCA-GCAGCTCTA-CTATTTG-AAAGACTTCATGGATACGCCAGCAGTT  1092

seq1  CCAGTTTGGTAGAATAGTGTTAG-CAAGAG-CTGTGACACAACCTAGT  1143
      ||||||| ||||| || |||||| |||||| |||  |  |||||||||
seq2  CCAGTTT-GTAGATTATTGTTAGCCAAGAGCCTGGTAACCAACCTAGT  1139

seq1: chr4_106589483_106590649
seq2: B6Ng01-250N06.g_68_1243 (reverse)

seq1  TGAAGTCA----TTACAAGGAAAGTATCTGTGTGGCAAT-GCTGTTGTAA  45
      ||||||||    | | || |||||| |||||| | |||| ||||||||||
seq2  TGAAGTCATGAGTCATAAAGAAAGT-TCTGTGGGCCAATGGCTGTTGTAA  49

seq1  AATTTTAAGTGCACACTGAACCTG-CCTGGGTTCGGGTGGCC-AGACTTT  93
           | ||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||| |||||||
seq2  ----CTTAGTGCACACTTGACCTGCCCTGGGTTCCGGTGGCCAAGACTTT  95

seq1  ATG-ATTTGATGAAACAGGAGGTTGGGATCTGTCAGGGAA---GTGGTGT  139
      | | ||||||||||||| || ||| |||||||||||||||   | |||||
seq2  AAGAATTTGATGAAACA-GAAGTTTGGATCTGTCAGGGAAAGTGGGGTGT  144

seq1  GAGGAAA-GGGAAGTA-TCTAGATG-TCTTCCACTAC-TTCTGGGTTTTG  185
      ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||
seq2  GAGGAAAGGGGAAGTATTCTAGATGTTCTTCCACTACTTTCTGGG-TTTG  193

seq1  CTTTCAGTAGGCACTGCAGGTGATTGTGTTCAGACGTCTGTGGCTCCAGT  235
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTTCAGTAGGCACTGCAGGTGATTGTGTTCAGACGTCTGTTGCTCCAGT  243

seq1  GTCTACAGACACACAGTAGGTTTGGACTTGTGTGGTAGGAACAGTCC-TC  284
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTCTACAGACACACAGTAGGTTTGGACTTGTGTGGTAGGAACAGTCCTTC  293

seq1  CCATTCTATATGTAGGAGCTGATGACCAGCATCAGGTCCCATCTTCTTGG  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTATATGTAGGAGCTGATGACCAGCATCAGGTCCCATCTTCTTGG  343

seq1  TCAGCTCCTTTGCATGCTGAGTCTGAACCTTGCCTAGGAGACCGAATCCC  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCCTTTGCATGCTGAGTCTGAACCTTGCCTAGGAGACCGAATCCC  393

seq1  ACCTTTGAGTTTCATAGGTGGTCAGTTTCAGTGAGATGGGTGTTGCCATG  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGAGTTTCATAGGTGGTCAGTTTCAGTGAGATGGGTGTTGCCATG  443

seq1  GTGACAATGGCTGCTGTAACAGGAGTTACAGTGAGACTGAGCGTCCCAGG  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAATGGCTGCTGTAACAGGAGTTACAGTGAGACTGAGCGTCCCAGG  493

seq1  TGGTTAGTGTGATGGGATTTCGTTATCCTTGGTGTAGATGCTCAGGGTGG  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAGTGTGATGGGATTTCGTTATCCTTGGTGTAGATGCTCAGGGTGG  543

seq1  TGTCAGTGCTTGTGTCCTCTCCAGGCTTGAGAAAAAGAAGCTGGGAGTGG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTGCTTGTGTCCTCTCCAGGCTTGAGAAAAAGAAGCTGGGAGTGG  593

seq1  TACTTCTAACCTGGTGGACTTGAGTTGTAAAAGGTCCTAAAAGGGACTGT  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTAACCTGGTGGACTTGAGTTGTAAAAGGTCCTAAAAGGGACTGT  643

seq1  TAACTGCTGTCCTTCTCGGGATGGGGCTCTGGGAAGGTAAGTGGTGGTGG  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGCTGTCCTTCTCGGGATGGGGCTCTGGGAAGGTAAGTGGTGGTGG  693

seq1  TGGTGACTGAGGGGCCGGACTTCCTGAACTGGAGCTCGCCAGAAGCTGAG  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGACTGAGGGGCCGGACTTCCTGAACTGGAGCTCGCCAGAAGCTGAG  743

seq1  TGTGTGGTGGCCAGGTAAAGAAGTCCGAGAACTTCCTTCCCCGCCTCCTT  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGTGGCCAGGTAAAGAAGTCCGAGAACTTCCTTCCCCGCCTCCTT  793

seq1  ACTACCTAGTGAGGTATTGTCCCCCACCTGTCACCCCTTTTAAAATAACT  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCTAGTGAGGTATTGTCCCCCACCTGTCACCCCTTTTAAAATAACT  843

seq1  ACAAATAGCCAAGCCTACCTTGCTAGCCTCTGACTCCATTGCAGATGGTT  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATAGCCAAGCCTACCTTGCTAGCCTCTGACTCCATTGCAGATGGTT  893

seq1  TCATTTTAGAGAGGAAGGTAGGATGGGAGTGTCTGTTTCAAAATCCCTTG  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTAGAGAGGAAGGTAGGATGGGAGTGTCTGTTTCAAAATCCCTTG  943

seq1  CCCCCGTGCTAGGAATCGAACTCAGGGCCCGATGAGTGCCAGGCAAGCGC  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCGTGCTAGGAATCGAACTCAGGGCCCGATGAGTGCCAGGCAAGCGC  993

seq1  CCTGCCACTGAGCTAGCTATACCTTCTAATTGCTTAGACCAGTCTCTGAT  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCACTGAGCTAGCTATACCTTCTAATTGCTTAGACCAGTCTCTGAT  1043

seq1  AGACATTTATGTTCTTTCACAGGAAATCACATATGCTAATGATTTTTTAA  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTTATGTTCTTTCACAGGAAATCACATATGCTAATGATTTTTTAA  1093

seq1  AAAGTTATCGTGTTTATTTATTCATTTATTTACTTGCTTAGAGAAAAGAG  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTATCGTGTTTATTTATTCATTTATTTACTTGCTTAGAGAAAAGAG  1143

seq1  TCTCACTGTGTATCTCTGACTATCCTGGAATTC  1167
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTGTGTATCTCTGACTATCCTGGAATTC  1176