BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-253N10
Chromosome4 (Build37)
Map Location 122,836,752 - 122,898,941
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHpcal4, Nt5c1a
Upstream geneLOC633269, LOC633279, 9530002B09Rik, Ppt1, Cap1, Mfsd2, Mycl1, Trit1, Bmp8b, Oxct2b, Ppie
Downstream geneHeyl, LOC194197, LOC622334, Pabpc4, Bmp8a, Oxct2a, Macf1, D830031N03Rik, LOC100039110, Ndufs5, 6330407G11Rik, Rhbdl2, LOC667064, Mycbp, Rragc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-253N10.bB6Ng01-253N10.g
ACCGA060462GA060463
length1,0201,127
definitionB6Ng01-253N10.b B6Ng01-253N10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,897,924 - 122,898,941)(122,836,752 - 122,837,878)
sequence
gaattcactctgaagaccagagagacagactgaggccctggctggccttg
aactcagagatttgcctgattctgcctcacaagtgctaggattaaagatg
tgggccaccacacccagcttgttttattttaaaaacaaggcctctctgtg
tagcgttgactatcctgcagcttgctaagtagaacaggctggccttgaac
tcacagagatccatctacttctgtttcaagagtgctgggattaaagacgt
gtaccaccaaccatattcagtatcattcatttttttttttctaatagagt
cttgatatgtgggctaggctggccttgaatttagcatcctccaatctcag
gttctttagtgctgggataacaggtgtgcacttccaaaccctgcttgtat
cccagcacttaaaacaccagggatattttctggcatatctatgttctctt
aaaaacccaagctgagattctgagagtaatgtcccttccatcctcagtaa
cttgggtctaaaaattctaattcactgggcttcagccagaatgagcaaat
tggagattggagaggtggatttggctaacaacataagctccttttggcct
gtataaagttttctaaacttgaaatggttgccaataattgaaagttcaaa
tttctaatttctcagaaaacaaatcaaaacaagacaccagggcccaccag
cccaaattcctatgtggcgggtatgctggattcttggtgctatttttctt
ctcaagaccttgcccagtgctctttgcgcctgtttcctgtgtggctcctg
tagacatagcgttgtgacccctgacacacacagtatgtttgcaatgacct
tggcaactttgtgatcagcgtcagctccaagcttagccttgagcagtggc
aggcagccacaaaggcatatatagccttgggccaggagtgtgagacactg
ctctgcagagttttgggtttgtcttattttgcaaacatgattcattcaat
ctctagaccctcttggatgg
gaattcactctgtagaccaggctggcctcgaactcagaaatccacctgcc
tctgcctcccaagtgctgggattaaaggtgtgtgccaccactgcctagct
gattagaagcatttttaaaggaggtcataggaactgtgagcacagctggg
cctgctggattatgcctataattccaggattcagtaggttgaggcagcag
tatcacacaagttttctagccatcctgggctacacaatgacttcaaggct
ggactgggctacagagctagatggtcttaaagagaaagagaaagatgact
ccagcagttttttattgctgccataaaatgccatggccaaggcaaggaag
ggtttctttaggttcacagctcctcttcaccctgggaagcttgggagtgg
gcatggccgcaggaacaactgagagctcacatcttgaccctcaaatggga
agctaactgggaatggagtactttctcctaaaggaccacacctcctaagc
ctcctaaacagtgccaccagctggggaccgagtagtcaaatgccagagcc
tatgggaacatttaaaccaggaggagctgagaggagaaagggatgctgtt
gagagctgtttgggagccatgggaagttcatagagaaataacagaggaaa
tcgttctacctgagagaagaatcccagagccgtatctgtcttcaggcaaa
ggacttattggaacagcctgccggagccacagagggaaggcttccatcct
ctcagtagagctgtcaattatgagaggtggggaggggggaaaacgttgag
ccctaaggtgggttggcctcccctgacttacagacatggtattttcttat
ttatctggacaaaacaggtatttccaaggtcccaaggccattcctggttc
agggacatcttgaagaacaaggggactagttcatatgtaatgagacaagt
tctgcctgttgcccttttctgtttgaatcccagggagagtgagatgagat
tggctcttgtgagacttctaagggtaaagaaagactgtggcttctgtgtt
cagaatcttgtgagctctccatagcagctagagggactgtgaatctaacg
accggagtcaacacccccatccttgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_122897924_122898941
seq2: B6Ng01-253N10.b_47_1066 (reverse)

seq1  CCATCCAAGAGGGTCTAGAGATTGAATGAATCATGTTTGCAAAATAAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCAAGAGGGTCTAGAGATTGAATGAATCATGTTTGCAAAATAAGAC  50

seq1  AAA-CCAAAACTCTGCAGAGCAGTGTCTCACACTCCTGG-CCAAGGCTAT  98
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAACCCAAAACTCTGCAGAGCAGTGTCTCACACTCCTGGCCCAAGGCTAT  100

seq1  ATATGCCTTTGTGGCTGCCTGCCACTGCTCAAGGCTAAGCTTGGAGCTGA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCCTTTGTGGCTGCCTGCCACTGCTCAAGGCTAAGCTTGGAGCTGA  150

seq1  CGCTGATCACAAAGTTGCCAAGGTCATTGCAAACATACTGTGTGTGTCAG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGATCACAAAGTTGCCAAGGTCATTGCAAACATACTGTGTGTGTCAG  200

seq1  GGGTCACAACGCTATGTCTACAGGAGCCACACAGGAAACAGGCGCAAAGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCACAACGCTATGTCTACAGGAGCCACACAGGAAACAGGCGCAAAGA  250

seq1  GCACTGGGCAAGGTCTTGAGAAGAAAAATAGCACCAAGAATCCAGCATAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGGCAAGGTCTTGAGAAGAAAAATAGCACCAAGAATCCAGCATAC  300

seq1  CCGCCACATAGGAATTTGGGCTGGTGGGCCCTGGTGTCTTGTTTTGATTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCACATAGGAATTTGGGCTGGTGGGCCCTGGTGTCTTGTTTTGATTT  350

seq1  GTTTTCTGAGAAATTAGAAATTTGAACTTTCAATTATTGGCAACCATTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTGAGAAATTAGAAATTTGAACTTTCAATTATTGGCAACCATTTC  400

seq1  AAGTTTAGAAAACTTTATACAGGCCAAAAGGAGCTTATGTTGTTAGCCAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTAGAAAACTTTATACAGGCCAAAAGGAGCTTATGTTGTTAGCCAA  450

seq1  ATCCACCTCTCCAATCTCCAATTTGCTCATTCTGGCTGAAGCCCAGTGAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCTCTCCAATCTCCAATTTGCTCATTCTGGCTGAAGCCCAGTGAA  500

seq1  TTAGAATTTTTAGACCCAAGTTACTGAGGATGGAAGGGACATTACTCTCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATTTTTAGACCCAAGTTACTGAGGATGGAAGGGACATTACTCTCA  550

seq1  GAATCTCAGCTTGGGTTTTTAAGAGAACATAGATATGCCAGAAAATATCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTCAGCTTGGGTTTTTAAGAGAACATAGATATGCCAGAAAATATCC  600

seq1  CTGGTGTTTTAAGTGCTGGGATACAAGCAGGGTTTGGAAGTGCACACCTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGTTTTAAGTGCTGGGATACAAGCAGGGTTTGGAAGTGCACACCTG  650

seq1  TTATCCCAGCACTAAAGAACCTGAGATTGGAGGATGCTAAATTCAAGGCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCCAGCACTAAAGAACCTGAGATTGGAGGATGCTAAATTCAAGGCC  700

seq1  AGCCTAGCCCACATATCAAGACTCTATTAGAAAAAAAAAAATGAATGATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAGCCCACATATCAAGACTCTATTAGAAAAAAAAAAATGAATGATA  750

seq1  CTGAATATGGTTGGTGGTACACGTCTTTAATCCCAGCACTCTTGAAACAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATATGGTTGGTGGTACACGTCTTTAATCCCAGCACTCTTGAAACAG  800

seq1  AAGTAGATGGATCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGCCTGTTCTACTTAGCAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGATGGATCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGCCTGTTCTACTTAGCAAG  850

seq1  CTGCAGGATAGTCAACGCTACACAGAGAGGCCTTGTTTTTAAAATAAAAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGGATAGTCAACGCTACACAGAGAGGCCTTGTTTTTAAAATAAAAC  900

seq1  AAGCTGGGTGTGGTGGCCCACATCTTTAATCCTAGCACTTGTGAGGCAGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGGTGTGGTGGCCCACATCTTTAATCCTAGCACTTGTGAGGCAGA  950

seq1  ATCAGGCAAATCTCTGAGTTCAAGGCCAGCCAGGGCCTCAGTCTGTCTCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGCAAATCTCTGAGTTCAAGGCCAGCCAGGGCCTCAGTCTGTCTCT  1000

seq1  CTGGTCTTCAGAGTGAATTC  1018
      ||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTTCAGAGTGAATTC  1020

seq1: chr4_122836752_122837878
seq2: B6Ng01-253N10.g_65_1191

seq1  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCACTGCCTAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCACTGCCTAGCT  100

seq1  GATTAGAAGCATTTTTAAAGGAGGTCATAGGAACTGTGAGCACAGCTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGAAGCATTTTTAAAGGAGGTCATAGGAACTGTGAGCACAGCTGGG  150

seq1  CCTGCTGGATTATGCCTATAATTCCAGGATTCAGTAGGTTGAGGCAGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGGATTATGCCTATAATTCCAGGATTCAGTAGGTTGAGGCAGCAG  200

seq1  TATCACACAAGTTTTCTAGCCATCCTGGGCTACACAATGACTTCAAGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACACAAGTTTTCTAGCCATCCTGGGCTACACAATGACTTCAAGGCT  250

seq1  GGACTGGGCTACAGAGCTAGATGGTCTTAAAGAGAAAGAGAAAGATGACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGGGCTACAGAGCTAGATGGTCTTAAAGAGAAAGAGAAAGATGACT  300

seq1  CCAGCAGTTTTTTATTGCTGCCATAAAATGCCATGGCCAAGGCAAGGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGTTTTTTATTGCTGCCATAAAATGCCATGGCCAAGGCAAGGAAG  350

seq1  GGTTTCTTTAGGTTCACAGCTCCTCTTCACCCTGGGAAGCTTGGGAGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTTTAGGTTCACAGCTCCTCTTCACCCTGGGAAGCTTGGGAGTGG  400

seq1  GCATGGCCGCAGGAACAACTGAGAGCTCACATCTTGACCCTCAAATGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGCCGCAGGAACAACTGAGAGCTCACATCTTGACCCTCAAATGGGA  450

seq1  AGCTAACTGGGAATGGAGTACTTTCTCCTAAAGGACCACACCTCCTAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAACTGGGAATGGAGTACTTTCTCCTAAAGGACCACACCTCCTAAGC  500

seq1  CTCCTAAACAGTGCCACCAGCTGGGGACCGAGTAGTCAAATGCCAGAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAAACAGTGCCACCAGCTGGGGACCGAGTAGTCAAATGCCAGAGCC  550

seq1  TATGGGAACATTTAAACCAGGAGGAGCTGAGAGGAGAAAGGGATGCTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGAACATTTAAACCAGGAGGAGCTGAGAGGAGAAAGGGATGCTGTT  600

seq1  GAGAGCTGTTTGGGAGCCATGGGAAGTTCATAGAGAAATAACAGAGGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTGTTTGGGAGCCATGGGAAGTTCATAGAGAAATAACAGAGGAAA  650

seq1  TCGTTCTACCTGAGAGAAGAATCCCAGAGCCGTATCTGTCTTCAGGCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTCTACCTGAGAGAAGAATCCCAGAGCCGTATCTGTCTTCAGGCAAA  700

seq1  GGACTTATTGGAACAGCCTGCCGGAGCCACAGAGGGAAGGCTTCCATCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTATTGGAACAGCCTGCCGGAGCCACAGAGGGAAGGCTTCCATCCT  750

seq1  CTCAGTAGAGCTGTCAATTATGAGAGGTGGGGA-GGGGGAAAACGTTGAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTCAGTAGAGCTGTCAATTATGAGAGGTGGGGAGGGGGGAAAACGTTGAG  800

seq1  CCCTAAGGTGGGTTGGCCTCCCCTGACTTACAGACATGGTATTTTCTTAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAGGTGGGTTGGCCTCCCCTGACTTACAGACATGGTATTTTCTTAT  850

seq1  TTATCTGGACAAAACAGGTATTTCCAAGGTCCCAAGGCCATTCCTGGTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGGACAAAACAGGTATTTCCAAGGTCCCAAGGCCATTCCTGGTTC  900

seq1  AGGGACATCTTGAAGAACAAGGGGACTAGTTCATATGTAATGAGAC-AGT  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGGGACATCTTGAAGAACAAGGGGACTAGTTCATATGTAATGAGACAAGT  950

seq1  TCTGCCTGTTGCCC-TTTCTGTTTGAATCCCAGGAGGAGTGAAGATGAGA  997
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||
seq2  TCTGCCTGTTGCCCTTTTCTGTTTGAATCCCAGGGAGAGTG-AGATGAGA  999

seq1  TTGGCTCTTGTGAGACCTTCCAAAGGGGAAAGAAAGACTGTGGCTTCTTG  1047
      ||||||||||||||||  | | ||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  TTGGCTCTTGTGAGAC--TTCTAAGGGTAAAGAAAGACTGTGGCTTC-TG  1046

seq1  TGTCCAG-ATC-TGTGAGGCTCTTCATAGCAGCTAGAGGGCCTGTG-ATC  1094
      ||| ||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| |||
seq2  TGTTCAGAATCTTGTGA-GCTCTCCATAGCAGCTAGAGGGACTGTGAATC  1095

seq1  TAACAGACACGAGTCACCACCCCCATCCTTGTA  1127
      |||| |||  |||||| ||||||||||||||||
seq2  TAAC-GACCGGAGTCAACACCCCCATCCTTGTA  1127