BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-255J09
Chromosome4 (Build37)
Map Location 35,928,293 - 36,083,883
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMobkl2b, Ifnk, 3110043O21Rik, LOC620559, LOC621227, Lingo2
Downstream geneLOC100042132
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-255J09.bB6Ng01-255J09.g
ACCGA061758GA061759
length1,143631
definitionB6Ng01-255J09.b B6Ng01-255J09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,082,743 - 36,083,883)(35,928,293 - 35,928,923)
sequence
gaattctttaagtaggctaaactggctgaccagagagctccagaaatccc
tccaatctctgccttgtaaattttctgcttattaacttagttttatcact
ttttattaaacacttccataattgctttagcaccaaaaatttcacaaaag
caaactatcacaagacaggaaaggcacaaaacatgtttaaattattaaag
ctgaaaatattatcaggtgcattttcctacacagttaagagttgttcttt
gtcaatggtaaagtgggaaaaccttattaatttttttaacaacatgcctc
acttagtatctccattgacttaattgaccctaaccatgtttttccttctt
gttttattttctagatgaaatgaaagaagcaaaatgcagtgttcaaggtt
ggtacattttataatgtctgaacacacagtaataaaaaaacaacatgcaa
aagcagcaaagccaaaataccctcagcttttcacacatatcagagaatat
tatgtttctatgttcttcactattgtatataaggtacaacataaatttta
gcatagaacaggttaataataaaaaactggcaatattgtatagacagaaa
tattcaatgttctctactctatctatccagttgtcttctgtgttcatctt
ttatatgtatttatcatactgcatacaaaaccatgctactttatttactt
ctacccaaacttaatctgaccttcgacaaattaacaatgtcctccctttt
ccaatatagcctgttatctctaacaataaaccttcacctgttatcataga
cccttgatttaacttgatatacgagacaagtaagtgagttttcaacactg
ctcagctatgttcagatgactactctcaaataatttgaaccctttgatgt
gatgataagaaaattaatttatgcatgtctagcatacatcaagtgtgtta
ttttttactattgtgcacatgtgttgcatatcaggaaaatttagtattta
gcaattctaaatatacttctacattccagcagatgacaggtgggggtaga
attgtggagcaagcactaagccctgcattttggcctggtgggtgataaac
tggtcattcccaccagccttctcttagtatacccacatcagca

gaattcaaagccagtcactgttcttaaatgggaactgtggcgagaggagg
ctgcaaacagtagcactatgattctgtgccttgtaaccatgtgagaaatg
gttagaccaaaaaaaaagataatcaatggaaaaattaagccaaccaagta
tttattttaacttaaagcaatgtgaactgtttctttgtacataaatatca
aagtaagttactcaatacatcaatggattactaagtctcactcttaaagc
aaaaacccagaaactattacaaatgccagcaatatttcactgaaaggacc
ctgatatagctgactcatatgaggctatgccagtgcctgacaaatgcata
agtggatgctcacagtcatctattggatggaacacagggaacccaatgta
ggagctagagaaagtacccaaggagctgaaggggtttgcaaccctctagg
tggaacaacaatatgaactaaccaatacacccagaactcatgtctctagc
tgcatatgtagcagaagatggcctagttggccatcattgggaagagatgc
cccttggtattgcaatctttatatgccccagtacaggggaatgccagggc
caagaagtgggagtgggttggtaggggatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_36082743_36083883
seq2: B6Ng01-255J09.b_46_1188 (reverse)

seq1  TGCTGATGTGGG--TACT-AGAGA--GCTGGT-GGAATGACAAGTTTAAC  44
      ||||||||||||  |||| |||||  |||||| |||||||| ||||| | 
seq2  TGCTGATGTGGGTATACTAAGAGAAGGCTGGTGGGAATGACCAGTTT-AT  49

seq1  CACCAACCAGGCCAAAATGCAGGGCTTTTAGTTGGCCTGCTCCA-ACATC  93
      |||| ||||||||||||||||||||  |||||  || ||||||| |  ||
seq2  CACCCACCAGGCCAAAATGCAGGGC--TTAGT--GCTTGCTCCACAATTC  95

seq1  TA-CCCCACCTGTCATCTGCTGGAATGTAGAAGTATATTTAGAATTGCTA  142
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCCACCTGTCATCTGCTGGAATGTAGAAGTATATTTAGAATTGCTA  145

seq1  ATTACTAAATTATCCTGATATGCAAACACATGTGCACAATAGTAAAAAAT  192
      | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTAAATTTTCCTGATATGC-AACACATGTGCACAATAGTAAAAAAT  194

seq1  AACACACTTGATGTATGCTAGACATGCATAAATTAATTTTCTTATCATCA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACTTGATGTATGCTAGACATGCATAAATTAATTTTCTTATCATCA  244

seq1  CATCAAAGGGTTCAAATTATTTGAGAGTAGTCATCTGAACATAGCTGAGC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAAGGGTTCAAATTATTTGAGAGTAGTCATCTGAACATAGCTGAGC  294

seq1  AGTGTTGAAAACTCACTTACTTGTCTCGTATATCAAGTTAAATCAAGGGT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGAAAACTCACTTACTTGTCTCGTATATCAAGTTAAATCAAGGGT  344

seq1  CTATGATAACAGGTGAAGGTTTATTGTTAGAGATAACAGGCTATATTGGA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGATAACAGGTGAAGGTTTATTGTTAGAGATAACAGGCTATATTGGA  394

seq1  AAAGGGAGGACATTGTTAATTTGTCGAAGGTCAGATTAAGTTTGGGTAGA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAGGACATTGTTAATTTGTCGAAGGTCAGATTAAGTTTGGGTAGA  444

seq1  AGTAAATAAAGTAGCATGGTTTTGTATGCAGTATGATAAATACATATAAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATAAAGTAGCATGGTTTTGTATGCAGTATGATAAATACATATAAA  494

seq1  AGATGAACACAGAAGACAACTGGATAGATAGAGTAGAGAACATTGAATAT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAACACAGAAGACAACTGGATAGATAGAGTAGAGAACATTGAATAT  544

seq1  TTCTGTCTATACAATATTGCCAGTTTTTTATTATTAACCTGTTCTATGCT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCTATACAATATTGCCAGTTTTTTATTATTAACCTGTTCTATGCT  594

seq1  AAAATTTATGTTGTACCTTATATACAATAGTGAAGAACATAGAAACATAA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTATGTTGTACCTTATATACAATAGTGAAGAACATAGAAACATAA  644

seq1  TATTCTCTGATATGTGTGAAAAGCTGAGGGTATTTTGGCTTTGCTGCTTT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTCTGATATGTGTGAAAAGCTGAGGGTATTTTGGCTTTGCTGCTTT  694

seq1  TGCATGTTGTTTTTTTATTACTGTGTGTTCAGACATTATAAAATGTACCA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTTGTTTTTTTATTACTGTGTGTTCAGACATTATAAAATGTACCA  744

seq1  ACCTTGAACACTGCATTTTGCTTCTTTCATTTCATCTAGAAAATAAAACA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGAACACTGCATTTTGCTTCTTTCATTTCATCTAGAAAATAAAACA  794

seq1  AGAAGGAAAAACATGGTTAGGGTCAATTAAGTCAATGGAGATACTAAGTG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAAAAACATGGTTAGGGTCAATTAAGTCAATGGAGATACTAAGTG  844

seq1  AGGCATGTTGTTAAAAAAATTAATAAGGTTTTCCCACTTTACCATTGACA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGTTGTTAAAAAAATTAATAAGGTTTTCCCACTTTACCATTGACA  894

seq1  AAGAACAACTCTTAACTGTGTAGGAAAATGCACCTGATAATATTTTCAGC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACAACTCTTAACTGTGTAGGAAAATGCACCTGATAATATTTTCAGC  944

seq1  TTTAATAATTTAAACATGTTTTGTGCCTTTCCTGTCTTGTGATAGTTTGC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATAATTTAAACATGTTTTGTGCCTTTCCTGTCTTGTGATAGTTTGC  994

seq1  TTTTGTGAAATTTTTGGTGCTAAAGCAATTATGGAAGTGTTTAATAAAAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGAAATTTTTGGTGCTAAAGCAATTATGGAAGTGTTTAATAAAAA  1044

seq1  GTGATAAAACTAAGTTAATAAGCAGAAAATTTACAAGGCAGAGATTGGAG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAAAACTAAGTTAATAAGCAGAAAATTTACAAGGCAGAGATTGGAG  1094

seq1  GGATTTCTGGAGCTCTCTGGTCAGCCAGTTTAGCCTACTTAAAGAATTC  1141
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTCTGGAGCTCTCTGGTCAGCCAGTTTAGCCTACTTAAAGAATTC  1143


seq1: chr4_35928293_35928923
seq2: B6Ng01-255J09.g_68_698

seq1  GAATTCAAAGCCAGTCACTGTTCTTAAATGGGAACTGTGGCGAGAGGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCCAGTCACTGTTCTTAAATGGGAACTGTGGCGAGAGGAGG  50

seq1  CTGCAAACAGTAGCACTATGATTCTGTGCCTTGTAACCATGTGAGAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAACAGTAGCACTATGATTCTGTGCCTTGTAACCATGTGAGAAATG  100

seq1  GTTAGACCAAAAAAAAAGATAATCAATGGAAAAATTAAGCCAACCAAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGACCAAAAAAAAAGATAATCAATGGAAAAATTAAGCCAACCAAGTA  150

seq1  TTTATTTTAACTTAAAGCAATGTGAACTGTTTCTTTGTACATAAATATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTAACTTAAAGCAATGTGAACTGTTTCTTTGTACATAAATATCA  200

seq1  AAGTAAGTTACTCAATACATCAATGGATTACTAAGTCTCACTCTTAAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGTTACTCAATACATCAATGGATTACTAAGTCTCACTCTTAAAGC  250

seq1  AAAAACCCAGAAACTATTACAAATGCCAGCAATATTTCACTGAAAGGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCCAGAAACTATTACAAATGCCAGCAATATTTCACTGAAAGGACC  300

seq1  CTGATATAGCTGACTCATATGAGGCTATGCCAGTGCCTGACAAATGCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATAGCTGACTCATATGAGGCTATGCCAGTGCCTGACAAATGCATA  350

seq1  AGTGGATGCTCACAGTCATCTATTGGATGGAACACAGGGAACCCAATGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATGCTCACAGTCATCTATTGGATGGAACACAGGGAACCCAATGTA  400

seq1  GGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTGAAGGGGTTTGCAACCCTCTAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTGAAGGGGTTTGCAACCCTCTAGG  450

seq1  TGGAACAACAATATGAACTAACCAATACACCCAGAACTCATGTCTCTAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACAACAATATGAACTAACCAATACACCCAGAACTCATGTCTCTAGC  500

seq1  TGCATATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTTGGCCATCATTGGGAAGAGATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTTGGCCATCATTGGGAAGAGATGC  550

seq1  CCCTTGGTATTGCAATCTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGGTATTGCAATCTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGC  600

seq1  CAAGAAGTGGGAGTGGGTTGGTAGGGGATCA  631
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGTGGGAGTGGGTTGGTAGGGGATCA  631


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |