BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257A10
Chromosome4 (Build37)
Map Location 6,804,529 - 6,953,563
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTox, LOC100039421
Upstream gene3110003A22Rik, Cyp7a1, Sdcbp, Nsmaf, LOC100039397, LOC100039414
Downstream geneLOC666700
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257A10.bB6Ng01-257A10.g
ACCGA062829GA062830
length7821,104
definitionB6Ng01-257A10.b B6Ng01-257A10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,952,781 - 6,953,563)(6,804,529 - 6,805,633)
sequence
gaattcagcctcttccttctggaaaacatctatccatgcgctgcacccat
gggactcccactcattcgtagtcccatcactgtcataactcttcataata
cttcttgtgtgaggacctctcatgtggaaatgtggccatcccagtgaaat
tgtctactactccaaatagagttgtttgctttttgcatttctttatagcc
aggaagagagttgaacacatatgctgtagataaagataatatctctgtct
ctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctgtatat
atatatatatatacatatatatataatttgtctatatataattgtctata
tataatttgtctgtatgtataatttgtctagatgtataatttgtctatat
atataatttgtctcaggagaacagcaccaaaggaaaacataaaatacata
catatataaattataatgtataatgtatgagcatatattttacactgcat
atattaaaagcatatttaatacatactacacaaatacgtatgcttctatt
tttaaatacatacatatttatatacatatatactcttgaacttaaaacat
aaaaacattagaaatttagtgaagtgaaatattgaactactaaaaacatt
ttggtctagagaatcatttagacatgtcgtgatagttatttgcatacttt
tgccaggataatggcttgatgaaagggtcattcactctttaagtttctaa
tgtcaacactacagggtaatatgatgggctat

gaattccttgcagctggactttttagatcttgtaaccaaagacccaaaga
gagcactcatcttttcccaatgatttctctttctataaattgtgtgtgaa
agatactgaagtccatttctatccaccttcaatactgccattctgttatg
agataaaatatagactagcaccactggggagtgggctagtagcagaagac
agacgggaacatgtcacatagcagtgttcactgctacagcacctcctttt
tcacagcttgccaaagtatctctaagctgttcaacacttttgtctgtgac
ttagcagaggcaaggcttctaacactcaggacatccttacatcctctctc
cacatagggggacaacagcaaagctgaacatgaacaagtatgtgggctat
tcctttagcacagcagtgccttttaagattttcaatgttaattccttggt
ccaatggcttctttgcttttaatctgacatgtattaagtgctaaaataaa
tagagtccatttctaagagaaccccatagagataacatggagtgttacag
atgctggaaactgagacaaaatgtgctgctagattcaaattcagctcaca
tggccaggagtataaatactgaccttcaccccactgttctacctaggaac
cacaaagatgttccatagttgtaggcttaaattatcttgtttaataactt
tgaaggagatttgctaactcaggatataatcagtaagaaaattaagcact
ggccttccatgtagaaaagagaggcctcagagcaggcaaagcaagagggg
aagcctgactgtagatgtccaccatggtgcactttctcaggaactcccaa
caatgttttgtgtcttagataggtgtctcccagaatcctttgtcaatgcg
ttgctcactaccttctgctgccattggggtgcagaggaagctttcagaca
tggggcttgctggaggaagttaggttcttggaaaacatgtctttggaagc
aaaaattaggagccaatcctttctctttctgcttccagccatacaatata
tgtatatatatatgtaatatatatattgctctactgtaggttctacccta
ccgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_6952781_6953563
seq2: B6Ng01-257A10.b_48_829 (reverse)

seq1  ATAGCCCATCATATTACCCTGTAGTGGTTGACATTAGAAAATTAAAGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  ATAGCCCATCATATTACCCTGTAGT-GTTGACATTAGAAACTTAAAGAGT  49

seq1  GAATGACCCTTTCATCAAGCCATTATCCTGGCAAAAGTAATGCAAAAAAC  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  GAATGACCCTTTCATCAAGCCATTATCCTGGCAAAAGT-ATGCAAATAAC  98

seq1  TATCACGACATGTCAAAATGATTCTCTAGACCAAAATGTTTTTAGTAGTT  150
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACGACATGTCTAAATGATTCTCTAGACCAAAATGTTTTTAGTAGTT  148

seq1  CAATTTTTCACTTCACTAAATTTCTAATGTTTTTATGTTTTAAGTTCAAG  200
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATTTCACTTCACTAAATTTCTAATGTTTTTATGTTTTAAGTTCAAG  198

seq1  AGTATATATGTATATAAATATGTAAGTATTTAAAAATAGAAGCATATGTA  250
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGTATATATGTATATAAATATGTATGTATTTAAAAATAGAAGCATACGTA  248

seq1  TTTGTGTAGTATGTATTAAATATGCTATTAATATATGCAGTGTAAAATAT  300
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTAGTATGTATTAAATATGCTTTTAATATATGCAGTGTAAAATAT  298

seq1  ATGCTCATACATTATACATTATAATTTATATATGTATGTATTTTCTGTTT  350
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATGCTCATACATTATACATTATAATTTATATATGTATGTATTTTATGTTT  348

seq1  TCCTTTGGTGCTGTTCT-CTGAGACAAATTATATATATAGACAAATTATA  399
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGGTGCTGTTCTCCTGAGACAAATTATATATATAGACAAATTATA  398

seq1  CATATAGACAAATTATACATACAGACAAATTATATATAGACAATTATATA  449
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAGACAAATTATACATACAGACAAATTATATATAGACAATTATATA  448

seq1  TAGACAAATTATATATATATGTATATATATATATATATATGGAGAGAGAG  499
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  TAGACAAATTATATATATATGTATATATATATATATATACAGAGAGAGAG  498

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAGATATTATC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAGATATTATC  548

seq1  TTTATCTACAGCATATGTGTTCAACTCTCTTCCTGGCTATAAAGAAATGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTACAGCATATGTGTTCAACTCTCTTCCTGGCTATAAAGAAATGC  598

seq1  AAAAAGCAAACAACTCTATTTGGAGTAGTAGACAATTTCACTGGGATGGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCAAACAACTCTATTTGGAGTAGTAGACAATTTCACTGGGATGGC  648

seq1  CACATTTCCACATGAGAGGTCCTCACACAAGAAGTATTATGAAGAGTTAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTCCACATGAGAGGTCCTCACACAAGAAGTATTATGAAGAGTTAT  698

seq1  GACAGTGATGGGACTACGAATGAGTGGGAGTCCCATGGGTGCAGCGCATG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGATGGGACTACGAATGAGTGGGAGTCCCATGGGTGCAGCGCATG  748

seq1  GATAGATGTTTTCCAGAAGGAAGAGGCTGAATTC  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATGTTTTCCAGAAGGAAGAGGCTGAATTC  782


seq1: chr4_6804529_6805633
seq2: B6Ng01-257A10.g_68_1171

seq1  GAATTCCTTGCAGCTGGACTTTTTAGATCTTGTAACCAAAGACCCAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGCAGCTGGACTTTTTAGATCTTGTAACCAAAGACCCAAAGA  50

seq1  GAGCACTCATCTTTTCCCAATGATTTCTCTTTCTATAAATTGTGTGTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTCATCTTTTCCCAATGATTTCTCTTTCTATAAATTGTGTGTGAA  100

seq1  AGATACTGAAGTCCATTTCTATCCACCTTCAATACTGCCATTCTGTTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTGAAGTCCATTTCTATCCACCTTCAATACTGCCATTCTGTTATG  150

seq1  AGATAAAATATAGACTAGCACCACTGGGGAGTGGGCTAGTAGCAGAAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAATATAGACTAGCACCACTGGGGAGTGGGCTAGTAGCAGAAGAC  200

seq1  AGACGGGAACATGTCACATAGCAGTGTTCACTGCTACAGCACCTCCTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGGGAACATGTCACATAGCAGTGTTCACTGCTACAGCACCTCCTTTT  250

seq1  TCACAGCTTGCCAAAGTATCTCTAAGCTGTTCAACACTTTTGTCTGTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCTTGCCAAAGTATCTCTAAGCTGTTCAACACTTTTGTCTGTGAC  300

seq1  TTAGCAGAGGCAAGGCTTCTAACACTCAGGACATCCTTACATCCTCTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAGAGGCAAGGCTTCTAACACTCAGGACATCCTTACATCCTCTCTC  350

seq1  CACATAGGGGGACAACAGCAAAGCTGAACATGAACAAGTATGTGGGCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGGGGGACAACAGCAAAGCTGAACATGAACAAGTATGTGGGCTAT  400

seq1  TCCTTTAGCACAGCAGTGCCTTTTAAGATTTTCAATGTTAATTCCTTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTAGCACAGCAGTGCCTTTTAAGATTTTCAATGTTAATTCCTTGGT  450

seq1  CCAATGGCTTCTTTGCTTTTAATCTGACATGTATTAAGTGCTAAAATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGGCTTCTTTGCTTTTAATCTGACATGTATTAAGTGCTAAAATAAA  500

seq1  TAGAGTCCATTTCTAAGAGAACCCCATAGAGATAACATGGAGTGTTACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCCATTTCTAAGAGAACCCCATAGAGATAACATGGAGTGTTACAG  550

seq1  ATGCTGGAAACTGAGACAAAATGTGCTGCTAGATTCAAATTCAGCTCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGGAAACTGAGACAAAATGTGCTGCTAGATTCAAATTCAGCTCACA  600

seq1  TGGCCAGGAGTATAAATACTGACCTTCACCCCACTGTTCTACCTAGGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAGGAGTATAAATACTGACCTTCACCCCACTGTTCTACCTAGGAAC  650

seq1  CACAAAGATGTTCCATAGTTGTAGGCTTAAATTATCTTGTTTAATAACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGATGTTCCATAGTTGTAGGCTTAAATTATCTTGTTTAATAACTT  700

seq1  TGAAGGAGATTTGCTAACTCAGGATATAATCAGTAAGAAAATTAAGCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGAGATTTGCTAACTCAGGATATAATCAGTAAGAAAATTAAGCACT  750

seq1  GGCCTTCCATGTAGAAAAGAGAGGCCTCAGAGCAGGCAAAGCAAGAGGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTCCATGTAGAAAAGAGAGGCCTCAGAGCAGGCAAAGCAAGAGGGG  800

seq1  AAGCCTGACTGTAGATGTCCACCATGGTGCACTTTCTCAGGAACTCCCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGACTGTAGATGTCCACCATGGTGCACTTTCTCAGGAACTCCCAA  850

seq1  CAATG-TTTGTGTCTTAGATAGGTGTCTCCCAGAATCCTTTGTCAAATGC  899
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAATGTTTTGTGTCTTAGATAGGTGTCTCCCAGAATCCTTTGTC-AATGC  899

seq1  G-TGCTCACTACCTTCTGCTGCCATTGGGGTGCAGAGGAAGCTTTCAGAC  948
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTCACTACCTTCTGCTGCCATTGGGGTGCAGAGGAAGCTTTCAGAC  949

seq1  ATGGGGCTTGCTGGAGGAAGTTAGGTTCTTGG-AAACATGTCTTTGGAAG  997
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATGGGGCTTGCTGGAGGAAGTTAGGTTCTTGGAAAACATGTCTTTGGAAG  999

seq1  CAAAAATTAGGAGCCAATCCTTTCCTCTTTCTGCTTCCAGCCAATACAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAAAAATTAGGAGCCAATCCTTT-CTCTTTCTGCTTCCAGCC-ATACAAT  1047

seq1  ATATGTATATATATATGT-ATATATATATTGGCTCCTACTGTAAGTTCTA  1096
      |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||
seq2  ATATGTATATATATATGTAATATATATATT-GCT-CTACTGTAGGTTCTA  1095

seq1  CCCTACCGC  1105
      |||||||||
seq2  CCCTACCGC  1104


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |