BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257D20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 78,296,280 - 78,430,635
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039974, LOC100039996
Downstream geneLOC100040026, LOC100040036, LOC667922
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257D20.bB6Ng01-257D20.g
ACCGA062990GA062991
length1,1471,134
definitionB6Ng01-257D20.b B6Ng01-257D20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,429,479 - 78,430,635)(78,296,280 - 78,297,413)
sequence
gaattcagtaaataagatagactaagatgatgaaacaaaaagtaaaagaa
gttaggtattagtatttgctattcataaaaagatctgttcagatattttc
tgtttgtctaaggtgctttcaaactgcaaacactttcagcctaaaagcag
gctatcatataacaaatgtgtttgctttggaggagtcattctgtagattc
tttaagttggagttatagggctgataataaaaataaaatctttttctgtt
tgtattttctaattgtgactgaacttgtaaccctagacctgtaatgaaaa
atcaaacacataatctgtacttcctggaaagtcattagtctgtctttgtt
ctatgaaacctgaataaataaagaaacacctggttgctagagatgtgata
ttcccctaagcaccatctcctgactcaatcctccctccccctgcagactt
tttatctcctctgcagggagctggcctgtcagctaggactctcacagagg
aatgacacctacagaggtgtgcccagaactccagtccacatactcagtac
ggagagggacaaggacagctcataacaggatcaacatgactgacaggcat
atgctgtgtctcaacataatttctctcctaaatgctgtacacatgtcctg
aacaggcagaccattggtgtcctatctctatgatccactctgtttcatgg
cagctctgattgatttttttttctcttaagtgtctacctatagaatcata
aaaaaaaactccatgtgtaaacaaattttccctatgaagtatgaagttca
tgcatcaagtatgtaagacagctcagagacaatcctagcctcagtggatg
ctttgtgtgattatgagattccagcactctaagtcctgagttaaatcccc
tcaagcttgaatgcctccatcacactcaaagttcccacttctcaataatt
ctgaaataagtgagtatccttgtgcataccatgaaattaaattctcatca
taacgcatattaaaattaattttcatattgaaaaaccttaaatgtataat
aattggtgaatgtgaacaactccataatacatcaacaatagtctaagtca
tagtaacacatcagtactgcaatacattgtctactgtataatatcct

gaattccacctttctgtttagactacatccccagtgaatgctcattgctt
tccaaaatcattttgtttttaatctgattttcaggcttaagattgtactg
aaatacttaattaaatttttcaagtcaactttacaagctggatagattta
aaattctttttaatctcaaagccatcagtactgcttgttccaagttgagc
tctaaaattcctggagacctcttcaggttgctgagtgagatcgtgaggag
ctctacctcctctacctagacacaaaaacatggacatcgcctaggcaaga
gtgtggatacagagaaagggaattcacatatactttttgttgaaacttat
gttagtgtggtcattgtagaaacagcataggtagcttttgaaaactgaaa
ctggaagttccatgagacccaactccatcattcatttgcagagaatgaaa
gcaatgaattgtgtagaagaatgacatactaaaatcaatattaaggatag
gaggcagtaggattttcaaggagtccaataatgtaaaacaggataaaatt
agtgggaggaattaattatagtgcattgtacaacatatagttaatatgtt
gggtaatgatatagaatatacttcaaaataactctaaaaagacttctaag
cttctaaacatgtaaaaatgatcaacgttcaaggagaaaaataactaata
taatgatttgattattatgtacagtgtataacaagtgaattattatatta
taccctaaaatatgtatgcacagaatgcatgtcaaatatatatatttcat
ttaaaatattatttatgtccgtttttttaatttattatgggaatattacc
ataattttagagattttttggaatcatactaaaggaggtttgaatatttt
ttgagctagtaacaatttctttttactttctttgctcagatacaaatgtg
tatcatagaaactatgccagctgggggaatgggggtgggactctctaatg
gatatactccattacattgatgaatatctcagttctctgtatcaagtagt
ccagtcacattggtgttcatcatggaaacacctgttaggctgtagcctat
attttgcatgtcacttaaaattaaggtgatagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_78429479_78430635
seq2: B6Ng01-257D20.b_45_1191 (reverse)

seq1  AGGATATTATACAGTAGACAATGTATTGCAAGGTACTGATGTGTTAACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||
seq2  AGGATATTATACAGTAGACAATGTATTGCA--GTACTGATGTGTT-ACTA  47

seq1  TGACTTTAGAACTATTGTTGATGTATTATGGAGTTGTTCAACCATTCACC  100
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  TGAC-TTAG-ACTATTGTTGATGTATTATGGAGTTGTTCA--CATTCACC  93

seq1  AATTA-TATACATTTAAGGTTTTTCCAATTATGAAAATTAATTTTAATAT  149
      ||||| |||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTATACATTTAAGGTTTTTC--AATATGAAAATTAATTTTAATAT  141

seq1  GCGTTATGAATGAAGAATTTAATTTCATGGTATGCACAAGGATACTCACT  199
      |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTATG-ATG-AGAATTTAATTTCATGGTATGCACAAGGATACTCACT  189

seq1  TATTTCAGAATTATTGAGAAGTGGGAACTTTGAGTGTGATGGAGGCATTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCAGAATTATTGAGAAGTGGGAACTTTGAGTGTGATGGAGGCATTC  239

seq1  AAGCTTGAGGGGATTTAACTCAGGACTTAGAGTGCTGGAATCTCATAATC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTGAGGGGATTTAACTCAGGACTTAGAGTGCTGGAATCTCATAATC  289

seq1  ACACAAAGCATCCACTGAGGCTAGGATTGTCTCTGAGCTGTCTTACATAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAGCATCCACTGAGGCTAGGATTGTCTCTGAGCTGTCTTACATAC  339

seq1  TTGATGCATGAACTTCATACTTCATAGGGAAAATTTGTTTACACATGGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGCATGAACTTCATACTTCATAGGGAAAATTTGTTTACACATGGAG  389

seq1  TTTTTTTTTATGATTCTATAGGTAGACACTTAAGAGAAAAAAAAATCAAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTATGATTCTATAGGTAGACACTTAAGAGAAAAAAAAATCAAT  439

seq1  CAGAGCTGCCATGAAACAGAGTGGATCATAGAGATAGGACACCAATGGTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTGCCATGAAACAGAGTGGATCATAGAGATAGGACACCAATGGTC  489

seq1  TGCCTGTTCAGGACATGTGTACAGCATTTAGGAGAGAAATTATGTTGAGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTTCAGGACATGTGTACAGCATTTAGGAGAGAAATTATGTTGAGA  539

seq1  CACAGCATATGCCTGTCAGTCATGTTGATCCTGTTATGAGCTGTCCTTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCATATGCCTGTCAGTCATGTTGATCCTGTTATGAGCTGTCCTTGT  589

seq1  CCCTCTCCGTACTGAGTATGTGGACTGGAGTTCTGGGCACACCTCTGTAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCCGTACTGAGTATGTGGACTGGAGTTCTGGGCACACCTCTGTAG  639

seq1  GTGTCATTCCTCTGTGAGAGTCCTAGCTGACAGGCCAGCTCCCTGCAGAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCATTCCTCTGTGAGAGTCCTAGCTGACAGGCCAGCTCCCTGCAGAG  689

seq1  GAGATAAAAAGTCTGCAGGGGGAGGGAGGATTGAGTCAGGAGATGGTGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAAAAAGTCTGCAGGGGGAGGGAGGATTGAGTCAGGAGATGGTGCT  739

seq1  TAGGGGAATATCACATCTCTAGCAACCAGGTGTTTCTTTATTTATTCAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGAATATCACATCTCTAGCAACCAGGTGTTTCTTTATTTATTCAGG  789

seq1  TTTCATAGAACAAAGACAGACTAATGACTTTCCAGGAAGTACAGATTATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAGAACAAAGACAGACTAATGACTTTCCAGGAAGTACAGATTATG  839

seq1  TGTTTGATTTTTCATTACAGGTCTAGGGTTACAAGTTCAGTCACAATTAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGATTTTTCATTACAGGTCTAGGGTTACAAGTTCAGTCACAATTAG  889

seq1  AAAATACAAACAGAAAAAGATTTTATTTTTATTATCAGCCCTATAACTCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACAAACAGAAAAAGATTTTATTTTTATTATCAGCCCTATAACTCC  939

seq1  AACTTAAAGAATCTACAGAATGACTCCTCCAAAGCAAACACATTTGTTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAAAGAATCTACAGAATGACTCCTCCAAAGCAAACACATTTGTTAT  989

seq1  ATGATAGCCTGCTTTTAGGCTGAAAGTGTTTGCAGTTTGAAAGCACCTTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAGCCTGCTTTTAGGCTGAAAGTGTTTGCAGTTTGAAAGCACCTTA  1039

seq1  GACAAACAGAAAATATCTGAACAGATCTTTTTATGAATAGCAAATACTAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAACAGAAAATATCTGAACAGATCTTTTTATGAATAGCAAATACTAA  1089

seq1  TACCTAACTTCTTTTACTTTTTGTTTCATCATCTTAGTCTATCTTATTTA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAACTTCTTTTACTTTTTGTTTCATCATCTTAGTCTATCTTATTTA  1139

seq1  CTGAATTC  1157
      ||||||||
seq2  CTGAATTC  1147


seq1: chr4_78296280_78297413
seq2: B6Ng01-257D20.g_68_1201

seq1  GAATTCCACCTTTCTGTTTAGACTACATCCCCAGTGAATGCTCATTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCTTTCTGTTTAGACTACATCCCCAGTGAATGCTCATTGCTT  50

seq1  TCCAAAATCATTTTGTTTTTAATCTGATTTTCAGGCTTAAGATTGTACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAATCATTTTGTTTTTAATCTGATTTTCAGGCTTAAGATTGTACTG  100

seq1  AAATACTTAATTAAATTTTTCAAGTCAACTTTACAAGCTGGATAGATTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTTAATTAAATTTTTCAAGTCAACTTTACAAGCTGGATAGATTTA  150

seq1  AAATTCTTTTTAATCTCAAAGCCATCAGTACTGCTTGTTCCAAGTTGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTTTTTAATCTCAAAGCCATCAGTACTGCTTGTTCCAAGTTGAGC  200

seq1  TCTAAAATTCCTGGAGACCTCTTCAGGTTGCTGAGTGAGATCGTGAGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAATTCCTGGAGACCTCTTCAGGTTGCTGAGTGAGATCGTGAGGAG  250

seq1  CTCTACCTCCTCTACCTAGACACAAAAACATGGACATCGCCTAGGCAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCTCCTCTACCTAGACACAAAAACATGGACATCGCCTAGGCAAGA  300

seq1  GTGTGGATACAGAGAAAGGGAATTCACATATACTTTTTGTTGAAACTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGATACAGAGAAAGGGAATTCACATATACTTTTTGTTGAAACTTAT  350

seq1  GTTAGTGTGGTCATTGTAGAAACAGCATAGGTAGCTTTTGAAAACTGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTGTGGTCATTGTAGAAACAGCATAGGTAGCTTTTGAAAACTGAAA  400

seq1  CTGGAAGTTCCATGAGACCCAACTCCATCATTCATTTGCAGAGAATGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGTTCCATGAGACCCAACTCCATCATTCATTTGCAGAGAATGAAA  450

seq1  GCAATGAATTGTGTAGAAGAATGACATACTAAAATCAATATTAAGGATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGAATTGTGTAGAAGAATGACATACTAAAATCAATATTAAGGATAG  500

seq1  GAGGCAGTAGGATTTTCAAGGAGTCCAATAATGTAAAACAGGATAAAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGTAGGATTTTCAAGGAGTCCAATAATGTAAAACAGGATAAAATT  550

seq1  AGTGGGAGGAATTAATTATAGTGCATTGTACAACATATAGTTAATATGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGAGGAATTAATTATAGTGCATTGTACAACATATAGTTAATATGTT  600

seq1  GGGTAATGATATAGAATATACTTCAAAATAACTCTAAAAAGACTTCTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAATGATATAGAATATACTTCAAAATAACTCTAAAAAGACTTCTAAG  650

seq1  CTTCTAAACATGTAAAAATGATCAACGTTCAAGGAGAAAAATAACTAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAAACATGTAAAAATGATCAACGTTCAAGGAGAAAAATAACTAATA  700

seq1  TAATGATTTGATTATTATGTACAGTGTATAACAAGTGAATTATTATATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATTTGATTATTATGTACAGTGTATAACAAGTGAATTATTATATTA  750

seq1  TACCCTAAAATATGTATGCACAGAATGCATGTCAAATATATATA-TTCAT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TACCCTAAAATATGTATGCACAGAATGCATGTCAAATATATATATTTCAT  800

seq1  TTAAAATATTATTTATGTCCGTTTTTTTAATTTATTATGGGAATATTACC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATATTATTTATGTCCGTTTTTTTAATTTATTATGGGAATATTACC  850

seq1  ATAATTTTAGAGATTTTTTGGAATCATACTAAAGGAGGTTTGAATA-TTT  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATAATTTTAGAGATTTTTTGGAATCATACTAAAGGAGGTTTGAATATTTT  900

seq1  TTGAGCTAGTAACAATTTCTTTTTACTTTCTTTGCTCAGATACAAATGTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTAGTAACAATTTCTTTTTACTTTCTTTGCTCAGATACAAATGTG  950

seq1  TATCATAG-AACTATGCCAGCTGGGGGAA-GGGGGTGGGACTCCTCTAAT  996
      |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  TATCATAGAAACTATGCCAGCTGGGGGAATGGGGGTGGGACT-CTCTAAT  999

seq1  -GATATACTCCATTACATTTGATG-ATATTTCAGTTTCCTCTGTATCATG  1044
       |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||  |||||||||| |
seq2  GGATATACTCCATTACA-TTGATGAATATCTCAGTT--CTCTGTATCAAG  1046

seq1  TAGTCAGTTCACATTGGTGTTTTCATCATTTGAAACA-CTGTTAGGTCTT  1093
      |||||   |||||||||||  ||||||| | |||||| ||||||||   |
seq2  TAGTCCAGTCACATTGGTG--TTCATCA-TGGAAACACCTGTTAGG--CT  1091

seq1  GGAGCCTATA-TTTGGATGTCACTAAAAATAAAGGTG-TAGCT  1134
      | |||||||| |||| |||||||| ||||| |||||| |||||
seq2  GTAGCCTATATTTTGCATGTCACTTAAAATTAAGGTGATAGCT  1134


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |